Primary Headwater Stream Analyses

Nathan Byer

2023-06-01

Reading in data

phwh<-read.csv("PHWH_postgresexport.csv",header=T,na.strings=c("","NA"))

creating summary files for downstream analysis

sitechecks<-data.frame(phwh$stream_name,phwh$date)

colnames(sitechecks)<-c("stream_names","date")

sitechecks$date<- as.Date(sitechecks$date , format = "%Y/%m/%d")

sitechecks$datecount<-as.numeric(sitechecks$date-min(sitechecks$date)+1)

sitechecks_surveyhistory<-sitechecks %>%
  group_by(stream_names) %>% 
  mutate(check=as.character(dense_rank(date))) %>%
  arrange(stream_names) %>% 
  distinct(stream_names, datecount, .keep_all = TRUE) %>%
  spread(check,datecount) %>%
  summarise(`1` = mean(`1`,na.rm=T),
            `2`=mean(`2`,na.rm=T),
            `3`=mean(`3`,na.rm=T),
            `4`=mean(`4`,na.rm=T),
            `5`=mean(`5`,na.rm=T),
            `6`=mean(`6`,na.rm=T),
            `7`=mean(`7`,na.rm=T),
            `8`=mean(`8`,na.rm=T),
            `9` = mean(`9`,na.rm=T),
            `10`=mean(`10`,na.rm=T),
            `11`=mean(`11`,na.rm=T),
            `12`=mean(`12`,na.rm=T),
            `13`=mean(`13`,na.rm=T),
            `14`=mean(`14`,na.rm=T),
            `15`=mean(`15`,na.rm=T),
            `16`=mean(`16`,na.rm=T))

phwh_subset<-phwh %>%
  dplyr::select(stream_name,reservation,river_basin,latitude,longitude,date,substrate_metric_total,percent_best_types,per_boulder_slabs,per_boulder_256mm,per_bedrock,per_cobble,per_gravel,per_sand,per_silt,per_leaf_woody,per_detritus,per_clay_hardpan,per_muck,per_artificial,pool_metric_total,pool_depth_.cm.,bankfull_metric_total,average_bankfull_.m.,sinuosity,base_flow,date_last_rain,amt_last_rain,X._canopy_open,temp,dissolved_oxygen_mgl,ph,conductivity,fish_observed,fish_time_collecting_minutes,frogs_tadpoles_observed,salamanders_observed,salamander_time_collecting_minutes,aquatic_macros_observed,macro_time_collecting_minutes,mountain_dusky_larvae,mountain_dusky_juveniles,mountain_dusky_adults,northern_dusky_larvae,northern_dusky_juveniles,northern_dusky_adults,two_lined_larvae,two_lined_juveniles,two_lined_adults,long_tailed_larvae,long_tailed_juveniles,long_tailed_adults,northern_red_larvae,northern_red_juveniles,northern_red_adults,mole_larvae,mole_juveniles,mole_adults,four_toed_larvae,four_toed_juveniles,four_toed_adults,red_backed_juveniles,red_backed_adults,slimy_juveniles,slimy_adults,blacknose_dace,bluegill_sunfish,bluntnose_minnow,brindled_madtom,brook_stickleback,brook_trout,central_mudminnow,central_stoneroller_minnow,common_shiner,creek_chub,eastern_sand_darter,fantail_darter,fathead_minnow,golden_shiner,goldfish,grass_pickerel,greenside_darter,green_sunfish,johnny_darter,largemouth_bass,longear_sunfish,longnose_dace,mottled_sculpin,northern_hog_sucker,pumpkinseed_sunfish,rainbow_darter,rainbow_trout,redbelly_dace,redside_dace,river_chub,silverjaw_minnow,smallmouth_bass,spotfin_shiner,stonecat_madtom,striped_shiner,trout_perch,warmouth_sunfish,white_sucker,yellow_bullhead_catfish,unidentified_fish_fry,sessile_animals,aquatic_worms,sow_bugs,scuds,water_mites,damselfly_nymphs,alderfly_larvae,other_beetles,crayfish,dragonfly_nymphs,riffle_beetles,other_flies,midges,snails,clams,fishfly_larvae,water_penny_beetles,cranefly_larvae,ameletidae,arthropleidae,baetidae,baetiscidae,caenidae,ephemerellidae,ephemeridae,heptageniidae,isonychiidae,leptohyphidae,leptophlebiidae,polymitarcyidae,potamanthidae,pseudironidae,siphlonuridae,capniidae,chloroperlidae,leuctridae,nemouridae,peltoperlidae,perlidae,perlodidae,pteronarcyidae,taeniopterygidae,brachycentridae,dipseuodopsidae,glossosomatidae,goeridae,helicopsychidae,hydropsychidae,hydroptilidae,lepidostomatidae,leptoceridae,limnephilidae,molannidae,odontoceridae,philopotamidae,phryganeidae,polycentropodidae,psychomiidae,rhyacophilidae,uenoidae,total_mayfly,total_stonefly,total_caddisfly,total_ept,hhei_score,hmfei_score,hmfei_narrative) %>% distinct(stream_name, date, .keep_all = TRUE)

phwh_abiotic<- phwh_subset %>%
  dplyr::select(stream_name,date,substrate_metric_total,percent_best_types,per_boulder_slabs,per_boulder_256mm,per_bedrock,per_cobble,per_gravel,per_sand,per_silt,per_leaf_woody,per_detritus,per_clay_hardpan,per_muck,per_artificial,pool_metric_total,pool_depth_.cm.,bankfull_metric_total,average_bankfull_.m.,sinuosity,base_flow,date_last_rain,amt_last_rain,X._canopy_open,temp,dissolved_oxygen_mgl,ph,conductivity) %>% distinct(stream_name, date, .keep_all = TRUE)

phwh_salamander<- phwh_subset %>%
  dplyr::select(stream_name,date,mountain_dusky_larvae,mountain_dusky_juveniles,mountain_dusky_adults,northern_dusky_larvae,northern_dusky_juveniles,northern_dusky_adults,two_lined_larvae,two_lined_juveniles,two_lined_adults,long_tailed_larvae,long_tailed_juveniles,long_tailed_adults,northern_red_larvae,northern_red_juveniles,northern_red_adults,mole_larvae,mole_juveniles,mole_adults,four_toed_larvae,four_toed_juveniles,four_toed_adults,red_backed_juveniles,red_backed_adults,slimy_juveniles,slimy_adults) %>%  replace(is.na(.),0) %>% replace(.=="abundant",30) %>% replace(.=="common",6) %>% replace(.=="rare", 1) %>% replace(.=="very abundant",50) %>% 
  distinct(stream_name, date, .keep_all = TRUE)

phwh_fish<- phwh_subset %>%
  dplyr::select(stream_name,date,blacknose_dace,bluegill_sunfish,bluntnose_minnow,brindled_madtom,brook_stickleback,brook_trout,central_mudminnow,central_stoneroller_minnow,common_shiner,creek_chub,eastern_sand_darter,fantail_darter,fathead_minnow,golden_shiner,goldfish,grass_pickerel,greenside_darter,green_sunfish,johnny_darter,largemouth_bass,longear_sunfish,longnose_dace,mottled_sculpin,northern_hog_sucker,pumpkinseed_sunfish,rainbow_darter,rainbow_trout,redbelly_dace,redside_dace,river_chub,silverjaw_minnow,smallmouth_bass,spotfin_shiner,stonecat_madtom,striped_shiner,trout_perch,warmouth_sunfish,white_sucker,yellow_bullhead_catfish,unidentified_fish_fry) %>%
  replace(is.na(.),0) %>%  replace(is.na(.),0) %>% replace(.=="abundant",30) %>% replace(.=="common",6) %>% replace(.=="rare", 1) %>% replace(.=="very abundant",50) %>%
  distinct(stream_name, date, .keep_all = TRUE) %>% dplyr::select(-stream_name,-date)

phwh_fish<-sapply(phwh_fish,as.numeric)



phwh_macro<- phwh_subset %>%
  dplyr::select(stream_name,date,sessile_animals,aquatic_worms,sow_bugs,scuds,water_mites,damselfly_nymphs,alderfly_larvae,other_beetles,crayfish,dragonfly_nymphs,riffle_beetles,other_flies,midges,snails,clams,fishfly_larvae,water_penny_beetles,cranefly_larvae,total_mayfly,total_stonefly,total_caddisfly) %>%  replace(is.na(.),0) %>% replace(.=="abundant",30) %>% replace(.=="common",6) %>% replace(.=="very abundant",50) %>%
  replace(.=="rare", 1)  %>% distinct(stream_name, date, .keep_all = TRUE) %>% dplyr::select(-stream_name,-date)

phwh_macro<-sapply(phwh_macro,as.numeric)

phwh_ept<-phwh_subset %>%
  dplyr::select(stream_name,date,ameletidae,arthropleidae,baetidae,baetiscidae,caenidae,ephemerellidae,ephemeridae,heptageniidae,isonychiidae,leptohyphidae,leptophlebiidae,polymitarcyidae,potamanthidae,pseudironidae,siphlonuridae,capniidae,chloroperlidae,leuctridae,nemouridae,peltoperlidae,perlidae,perlodidae,pteronarcyidae,taeniopterygidae,brachycentridae,dipseuodopsidae,glossosomatidae,goeridae,helicopsychidae,hydropsychidae,hydroptilidae,lepidostomatidae,leptoceridae,limnephilidae,molannidae,odontoceridae,philopotamidae,phryganeidae,polycentropodidae,psychomiidae,rhyacophilidae,uenoidae) %>%  
  replace(is.na(.),0) %>% replace(.=="abundant",30) %>% replace(.=="common",6) %>% replace(.=="rare", 1)  %>% replace(.=="very abundant",50) %>%
  distinct(stream_name, date, .keep_all = TRUE)


phwh_e<-phwh_subset %>%
  dplyr::select(stream_name,date,ameletidae,arthropleidae,baetidae,baetiscidae,caenidae,ephemerellidae,ephemeridae,heptageniidae,isonychiidae,leptohyphidae,leptophlebiidae,polymitarcyidae,potamanthidae,pseudironidae,siphlonuridae) %>%  replace(is.na(.),0) %>% replace(.=="abundant",30) %>% replace(.=="common",6) %>% replace(.=="rare", 1)  %>% replace(.=="very abundant",50) %>%
  distinct(stream_name, date, .keep_all = TRUE)

phwh_p<-phwh_subset %>%
  dplyr::select(stream_name,date,capniidae,chloroperlidae,leuctridae,nemouridae,peltoperlidae,perlidae,perlodidae,pteronarcyidae,taeniopterygidae) %>%  
  replace(is.na(.),0) %>% replace(.=="abundant",30) %>% replace(.=="common",6) %>% replace(.=="rare", 1)  %>% replace(.=="very abundant",50) %>%
  distinct(stream_name, date, .keep_all = TRUE)

phwh_t<-phwh_subset %>%
  dplyr::select(stream_name,date,brachycentridae,dipseuodopsidae,glossosomatidae,goeridae,helicopsychidae,hydropsychidae,hydroptilidae,lepidostomatidae,leptoceridae,limnephilidae,molannidae,odontoceridae,philopotamidae,phryganeidae,polycentropodidae,psychomiidae,rhyacophilidae,uenoidae) %>%  
  replace(is.na(.),0) %>% replace(.=="abundant",30) %>% replace(.=="common",6) %>% replace(.=="rare", 1)  %>% replace(.=="very abundant",50) %>%
  distinct(stream_name, date, .keep_all = TRUE)

fish_sum<-phwh_subset$fish_observed
sala_sum<-phwh_subset$salamanders_observed
macro_sum<-phwh_subset$aquatic_macros_observed
frog_sum<-phwh_subset$frogs_tadpoles_observed
total_ept<-phwh_subset$total_ept
hhei<-phwh_subset$hhei_score
hmfei<-phwh_subset$hmfei_score
score<-phwh_subset$hmfei_narrative
reservation<-phwh_subset$reservation
stream_name<-phwh$stream_name
watershed<-phwh$watershed

reservationsum<-phwh_subset %>%
  distinct(stream_name, .keep_all = TRUE) %>%
  dplyr::select(stream_name,reservation) %>%
  arrange(., stream_name)

reservationsum<-na.omit(reservationsum)

reservationcol<-as.numeric(factor(reservationsum$reservation))



scoresum<-phwh_subset %>%
   distinct(stream_name, .keep_all = TRUE) %>%
  dplyr::select(stream_name,hmfei_narrative) %>%
  arrange(., stream_name)
scoresum<-na.omit(scoresum)

scorecol<-as.numeric(factor(scoresum$hmfei_narrative))

streambiotic<-cbind(phwh_salamander,phwh_fish,phwh_macro)
streambioticsum<-streambiotic %>% 
  group_by(stream_name) %>%
  dplyr::select(!date) %>%
  summarise_all(list(sum))


streambiotic_nosite<-streambioticsum[-1,-1] %>% 
  select_if(colSums(.) != 0)

taxatype<-c(rep("salamander",19),rep("fish",20),rep("macro",21))

select sites

sitechecks_surveyhistory_rename<-sitechecks_surveyhistory %>% rename(stream_name=stream_names)

sitechecks_surveyhistory_res<-merge(sitechecks_surveyhistory_rename,reservationsum,by="stream_name")

sitechecks_surveyhistory_ressum<-sitechecks_surveyhistory_res %>%
  group_by(reservation)

greenlightsites<-read.csv("G:/NaturalResources/Byer/DataAnalysis/PHWH/PHWH_cycle3sites_011323_sites.csv")

sitechecks_surveyhistory_res_suff<-sitechecks_surveyhistory_res[sitechecks_surveyhistory_res$stream_name %in% greenlightsites$stream_nam , ]


phwh_subset_suff<-phwh_subset[phwh_subset$stream_name %in% greenlightsites$stream_nam ,]

just salamanders

class(phwh_subset_suff$stream_name)<-"character"

phwh_subset_suff_env_detecthistory<-phwh_subset_suff %>% 
  dplyr::select(stream_name,reservation,river_basin,latitude,longitude,date,substrate_metric_total,percent_best_types,per_boulder_slabs,per_boulder_256mm,
         per_bedrock,per_cobble,per_gravel,per_sand,per_silt,per_leaf_woody,per_detritus,per_clay_hardpan,per_muck,per_artificial,pool_metric_total,
         pool_depth_.cm.,bankfull_metric_total,average_bankfull_.m.,sinuosity,X._canopy_open,temp,
         dissolved_oxygen_mgl,ph,conductivity,hmfei_narrative) %>%
  group_by(stream_name, reservation,date)

phwh_salamander_suff<-phwh_salamander[phwh_salamander$stream_name %in% greenlightsites$stream_nam ,]


phwh_salamander_suff_detecthistory<-phwh_salamander_suff %>% 
  group_by(stream_name, date)

mtdusky<-phwh_salamander_suff_detecthistory$mountain_dusky_larvae+
  phwh_salamander_suff_detecthistory$mountain_dusky_juveniles+
  phwh_salamander_suff_detecthistory$mountain_dusky_adults

nodusky<-phwh_salamander_suff_detecthistory$northern_dusky_larvae+
  phwh_salamander_suff_detecthistory$northern_dusky_juveniles+
  phwh_salamander_suff_detecthistory$northern_dusky_adults

twolined<-phwh_salamander_suff_detecthistory$two_lined_larvae+
  phwh_salamander_suff_detecthistory$two_lined_juveniles+
  phwh_salamander_suff_detecthistory$two_lined_adults

longtail<-phwh_salamander_suff_detecthistory$long_tailed_larvae+
  phwh_salamander_suff_detecthistory$long_tailed_juveniles+
  phwh_salamander_suff_detecthistory$long_tailed_adults

red<-phwh_salamander_suff_detecthistory$northern_red_larvae+
  phwh_salamander_suff_detecthistory$northern_red_juveniles+
  phwh_salamander_suff_detecthistory$northern_red_adults

mole<-phwh_salamander_suff_detecthistory$mole_larvae+
  phwh_salamander_suff_detecthistory$mole_juveniles+
  phwh_salamander_suff_detecthistory$mole_adults

fourtoed<-phwh_salamander_suff_detecthistory$four_toed_larvae+
  phwh_salamander_suff_detecthistory$four_toed_juveniles+
  phwh_salamander_suff_detecthistory$four_toed_adults

redback<-phwh_salamander_suff_detecthistory$red_backed_juveniles+
  phwh_salamander_suff_detecthistory$red_backed_adults

slimy<-phwh_salamander_suff_detecthistory$slimy_juveniles+
  phwh_salamander_suff_detecthistory$slimy_adults

stream_name<-phwh_salamander_suff_detecthistory$stream_name
date<-phwh_salamander_suff_detecthistory$date

phwh_salamander_suff_sum<-data.frame(stream_name,date,
                                mtdusky,nodusky,twolined,longtail,red,
                                mole,fourtoed,redback,slimy)


sitechecks<-phwh_salamander_suff_sum[,c(1,2)]

sitechecks$date<- as.Date(sitechecks$date , format = "%Y/%m/%d")

sitechecks$dayofyear<-format(sitechecks$date, "%j")

sitechecks$datecount<-as.numeric(sitechecks$date-min(sitechecks$date)+1)


sitechecks_surveyhistory<-sitechecks %>%
  group_by(stream_name) %>% 
  mutate(check=as.character(dense_rank(date))) %>%
  arrange(stream_name) %>% 
  distinct(stream_name, datecount, .keep_all = TRUE) %>%
  spread(check,datecount) %>%
  summarise(`1` = mean(`1`,na.rm=T),
            `2`=mean(`2`,na.rm=T),
            `3`=mean(`3`,na.rm=T),
            `4`=mean(`4`,na.rm=T),
            `5`=mean(`5`,na.rm=T),
            `6`=mean(`6`,na.rm=T),
            `7`=mean(`7`,na.rm=T),
            `8`=mean(`8`,na.rm=T),
            `9` = mean(`9`,na.rm=T),
            `10`=mean(`10`,na.rm=T),
            `11`=mean(`11`,na.rm=T),
            `12`=mean(`12`,na.rm=T),
            `13`=mean(`13`,na.rm=T),
            `14`=mean(`14`,na.rm=T),
            `15`=mean(`15`,na.rm=T),
            `16`=mean(`16`,na.rm=T))

all taxa

phwh_subset_biotic<-phwh %>%
  dplyr::select(stream_name,date,mountain_dusky_larvae,mountain_dusky_juveniles,
                mountain_dusky_adults,northern_dusky_larvae,northern_dusky_juveniles,northern_dusky_adults,two_lined_larvae,two_lined_juveniles,
                two_lined_adults,long_tailed_larvae,long_tailed_juveniles,long_tailed_adults,northern_red_larvae,northern_red_juveniles,northern_red_adults,
                mole_larvae,mole_juveniles,mole_adults,four_toed_larvae,four_toed_juveniles,four_toed_adults,red_backed_juveniles,red_backed_adults,
                slimy_juveniles,slimy_adults,blacknose_dace,bluegill_sunfish,bluntnose_minnow,brindled_madtom,brook_stickleback,brook_trout,
                central_mudminnow,central_stoneroller_minnow,common_shiner,creek_chub,eastern_sand_darter,fantail_darter,fathead_minnow,golden_shiner,
                goldfish,grass_pickerel,greenside_darter,green_sunfish,johnny_darter,largemouth_bass,longear_sunfish,longnose_dace,mottled_sculpin,
                northern_hog_sucker,pumpkinseed_sunfish,rainbow_darter,rainbow_trout,redbelly_dace,redside_dace,river_chub,silverjaw_minnow,smallmouth_bass,
                spotfin_shiner,stonecat_madtom,striped_shiner,trout_perch,warmouth_sunfish,white_sucker,yellow_bullhead_catfish,unidentified_fish_fry,
                sessile_animals,aquatic_worms,sow_bugs,scuds,water_mites,damselfly_nymphs,alderfly_larvae,other_beetles,crayfish,dragonfly_nymphs,
                riffle_beetles,other_flies,midges,snails,clams,fishfly_larvae,water_penny_beetles,cranefly_larvae,ameletidae,arthropleidae,baetidae,
                baetiscidae,caenidae,ephemerellidae,ephemeridae,heptageniidae,isonychiidae,leptohyphidae,leptophlebiidae,polymitarcyidae,potamanthidae,
                pseudironidae,siphlonuridae,capniidae,chloroperlidae,leuctridae,nemouridae,peltoperlidae,perlidae,perlodidae,pteronarcyidae,taeniopterygidae,
                brachycentridae,dipseuodopsidae,glossosomatidae,goeridae,helicopsychidae,hydropsychidae,hydroptilidae,lepidostomatidae,leptoceridae,
                limnephilidae,molannidae,odontoceridae,philopotamidae,phryganeidae,polycentropodidae,psychomiidae,rhyacophilidae,uenoidae) %>% 
  distinct(stream_name, date, .keep_all = TRUE)

phwh_subset_biotic_2<-phwh_subset_biotic %>% replace(is.na(.),0) %>% replace(.=="abundant",30) %>% replace(.=="common",6) %>% replace(.=="rare", 1) %>% replace(.=="very abundant",50) %>%
  distinct(stream_name, date, .keep_all = TRUE) %>% dplyr::select(-stream_name,-date)

phwh_subset_biotic_3<-data.frame(sapply(phwh_subset_biotic_2,as.numeric))

phwh_subset_biotic_3$stream_name<-phwh_subset_biotic$stream_name

phwh_subset_biotic_3$date<-phwh_subset_biotic$date

streambiotic<-phwh_subset_biotic_3
streambioticsum<-streambiotic %>% 
  group_by(stream_name) %>%
  dplyr::select(!date) %>%
  summarise_all(list(sum))

streambioticsum_suff <-streambioticsum[streambioticsum$stream_name %in% greenlightsites$stream_nam , ]

streambioticsum_suff_mtdusky<-streambioticsum_suff$mountain_dusky_larvae+
  streambioticsum_suff$mountain_dusky_juveniles+
  streambioticsum_suff$mountain_dusky_adults

streambioticsum_suff_nodusky<-streambioticsum_suff$northern_dusky_larvae+
  streambioticsum_suff$northern_dusky_juveniles+
  streambioticsum_suff$northern_dusky_adults

streambioticsum_suff_twolined<-streambioticsum_suff$two_lined_larvae+
  streambioticsum_suff$two_lined_juveniles+
  streambioticsum_suff$two_lined_adults

streambioticsum_suff_longtail<-streambioticsum_suff$long_tailed_larvae+
  streambioticsum_suff$long_tailed_juveniles+
  streambioticsum_suff$long_tailed_adults

streambioticsum_suff_red<-streambioticsum_suff$northern_red_larvae+
  streambioticsum_suff$northern_red_juveniles+
  streambioticsum_suff$northern_red_adults

streambioticsum_suff_mole<-streambioticsum_suff$mole_larvae+
  streambioticsum_suff$mole_juveniles+
  streambioticsum_suff$mole_adults

streambioticsum_suff_fourtoed<-streambioticsum_suff$four_toed_larvae+
  streambioticsum_suff$four_toed_juveniles+
  streambioticsum_suff$four_toed_adults

streambioticsum_suff_redback<-streambioticsum_suff$red_backed_juveniles+
  streambioticsum_suff$red_backed_adults

streambioticsum_suff_slimy<-streambioticsum_suff$slimy_juveniles+
  streambioticsum_suff$slimy_adults

streambioticsum_suff_sal<-data.frame(streambioticsum_suff_mtdusky,streambioticsum_suff_nodusky,streambioticsum_suff_twolined,
                                     streambioticsum_suff_longtail,streambioticsum_suff_red,streambioticsum_suff_mole,
                                     streambioticsum_suff_fourtoed,streambioticsum_suff_redback,streambioticsum_suff_slimy)

streambioticsum_suff_fish<-streambioticsum_suff[,27:65]

streambioticsum_suff_macro<-streambioticsum_suff[,67:126]

streambioticsum_suff_biotic<-data.frame(streambioticsum_suff_sal,streambioticsum_suff_fish,streambioticsum_suff_macro)

streambioticsum_suff_biotic_bin<- streambioticsum_suff_biotic %>% mutate_if(is.numeric, ~1 * (. >= 1))

make new dataset for occupancy

streambiotic_suff<-phwh_subset_biotic_3[phwh_subset_biotic_3$stream_name %in% greenlightsites$stream_nam , ]

streambiotic_suff_mtdusky<-streambiotic_suff$mountain_dusky_larvae+
  streambiotic_suff$mountain_dusky_juveniles+
  streambiotic_suff$mountain_dusky_adults

streambiotic_suff_nodusky<-streambiotic_suff$northern_dusky_larvae+
  streambiotic_suff$northern_dusky_juveniles+
  streambiotic_suff$northern_dusky_adults

streambiotic_suff_twolined<-streambiotic_suff$two_lined_larvae+
  streambiotic_suff$two_lined_juveniles+
  streambiotic_suff$two_lined_adults

streambiotic_suff_longtail<-streambiotic_suff$long_tailed_larvae+
  streambiotic_suff$long_tailed_juveniles+
  streambiotic_suff$long_tailed_adults

streambiotic_suff_red<-streambiotic_suff$northern_red_larvae+
  streambiotic_suff$northern_red_juveniles+
  streambiotic_suff$northern_red_adults

streambiotic_suff_mole<-streambiotic_suff$mole_larvae+
  streambiotic_suff$mole_juveniles+
  streambiotic_suff$mole_adults

streambiotic_suff_fourtoed<-streambiotic_suff$four_toed_larvae+
  streambiotic_suff$four_toed_juveniles+
  streambiotic_suff$four_toed_adults

streambiotic_suff_redback<-streambiotic_suff$red_backed_juveniles+
  streambiotic_suff$red_backed_adults

streambiotic_suff_slimy<-streambiotic_suff$slimy_juveniles+
  streambiotic_suff$slimy_adults

streambiotic_suff_sal<-data.frame(streambiotic_suff_mtdusky,streambiotic_suff_nodusky,streambiotic_suff_twolined,
                                  streambiotic_suff_longtail,streambiotic_suff_red,streambiotic_suff_mole,
                                  streambiotic_suff_fourtoed,streambiotic_suff_redback,streambiotic_suff_slimy)

streambiotic_suff_fish<-streambiotic_suff[,26:64]

streambiotic_suff_macro<-streambiotic_suff[,66:125]

streambiotic_suff_biotic<-data.frame(streambiotic_suff_sal,streambiotic_suff_fish,streambiotic_suff_macro)

streambiotic_suff_biotic_bin<- streambiotic_suff_biotic %>% mutate_if(is.numeric, ~1 * (. >= 1))

phwh_alltax_suff_env_detecthistory<-cbind(phwh_subset_suff_env_detecthistory,streambiotic_suff_biotic_bin)

phwh_alltax_suff_env_detecthistory$date<- as.Date(phwh_alltax_suff_env_detecthistory$date , format = "%Y/%m/%d")

phwh_alltax_suff_env_detecthistory$datecount<-as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory$date-min(phwh_alltax_suff_env_detecthistory$date)+1)

phwh_alltax_suff_env_detecthistory$dayofyear<-format(phwh_alltax_suff_env_detecthistory$date, "%j")



phwh_alltax_suff_env_detecthistory<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory %>%
  dplyr::select(!c(latitude,longitude))


phwh_alltax_suff_env_detecthistory_firstcheck<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[1]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
                  per_gravel, per_sand, per_silt, per_leaf_woody, per_detritus, 
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                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
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                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
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                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
                  longear_sunfish, longnose_dace, mottled_sculpin, northern_hog_sucker, 
                  pumpkinseed_sunfish, rainbow_darter, rainbow_trout, redbelly_dace, 
                  redside_dace, river_chub, silverjaw_minnow, smallmouth_bass, 
                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
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                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
                  leptohyphidae, leptophlebiidae, polymitarcyidae, potamanthidae, 
                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

firstcheck_all<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_firstcheck %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")

phwh_alltax_suff_env_detecthistory_secondcheck<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[2]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
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                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
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                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
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                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
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                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
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                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
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                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

secondcheck_all<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_secondcheck %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")


phwh_alltax_suff_env_detecthistory_thirdcheck<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[3]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
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                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
                  sinuosity, X._canopy_open, temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, 
                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
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                  common_shiner, creek_chub, eastern_sand_darter, fantail_darter, 
                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
                  longear_sunfish, longnose_dace, mottled_sculpin, northern_hog_sucker, 
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                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
                  warmouth_sunfish, white_sucker, yellow_bullhead_catfish, 
                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
                  leptohyphidae, leptophlebiidae, polymitarcyidae, potamanthidae, 
                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

thirdcheck_all<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_thirdcheck %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
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  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")

phwh_alltax_suff_env_detecthistory_fourthcheck<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory %>% group_by(stream_name) %>% 
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  summarise_all(funs(list(.[4]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
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                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
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                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

fourthcheck_all<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_fourthcheck %>%
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  pivot_longer(-rowname) %>%
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  column_to_rownames(var = "name")

phwh_alltax_suff_env_detecthistory_fifthcheck<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory %>% group_by(stream_name) %>% 
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                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
                  sinuosity, X._canopy_open, temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, 
                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
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                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
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                  pumpkinseed_sunfish, rainbow_darter, rainbow_trout, redbelly_dace, 
                  redside_dace, river_chub, silverjaw_minnow, smallmouth_bass, 
                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
                  warmouth_sunfish, white_sucker, yellow_bullhead_catfish, 
                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
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                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

fifthcheck_all<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_fifthcheck %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")

phwh_alltax_suff_env_detecthistory_sixthcheck<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[6]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
                  per_gravel, per_sand, per_silt, per_leaf_woody, per_detritus, 
                  per_clay_hardpan, per_muck, per_artificial, pool_metric_total, 
                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
                  sinuosity, X._canopy_open, temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, 
                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
                  brook_trout, central_mudminnow, central_stoneroller_minnow, 
                  common_shiner, creek_chub, eastern_sand_darter, fantail_darter, 
                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
                  longear_sunfish, longnose_dace, mottled_sculpin, northern_hog_sucker, 
                  pumpkinseed_sunfish, rainbow_darter, rainbow_trout, redbelly_dace, 
                  redside_dace, river_chub, silverjaw_minnow, smallmouth_bass, 
                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
                  warmouth_sunfish, white_sucker, yellow_bullhead_catfish, 
                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
                  leptohyphidae, leptophlebiidae, polymitarcyidae, potamanthidae, 
                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

sixthcheck_all<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_sixthcheck %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")

phwh_alltax_suff_env_detecthistory_seventhcheck<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[7]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
                  per_gravel, per_sand, per_silt, per_leaf_woody, per_detritus, 
                  per_clay_hardpan, per_muck, per_artificial, pool_metric_total, 
                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
                  sinuosity, X._canopy_open, temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, 
                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
                  brook_trout, central_mudminnow, central_stoneroller_minnow, 
                  common_shiner, creek_chub, eastern_sand_darter, fantail_darter, 
                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
                  longear_sunfish, longnose_dace, mottled_sculpin, northern_hog_sucker, 
                  pumpkinseed_sunfish, rainbow_darter, rainbow_trout, redbelly_dace, 
                  redside_dace, river_chub, silverjaw_minnow, smallmouth_bass, 
                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
                  warmouth_sunfish, white_sucker, yellow_bullhead_catfish, 
                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
                  leptohyphidae, leptophlebiidae, polymitarcyidae, potamanthidae, 
                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

seventhcheck_all<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_seventhcheck %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")

seventhcheck_all_2<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_seventhcheck %>%
  dplyr::select(stream_name,streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  pivot_longer(-stream_name) %>%
  pivot_wider(names_from=stream_name) %>%
  column_to_rownames(var = "name")

phwh_alltax_suff_env_detecthistory_eighthcheck<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[8]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
                  per_gravel, per_sand, per_silt, per_leaf_woody, per_detritus, 
                  per_clay_hardpan, per_muck, per_artificial, pool_metric_total, 
                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
                  sinuosity, X._canopy_open, temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, 
                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
                  brook_trout, central_mudminnow, central_stoneroller_minnow, 
                  common_shiner, creek_chub, eastern_sand_darter, fantail_darter, 
                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
                  longear_sunfish, longnose_dace, mottled_sculpin, northern_hog_sucker, 
                  pumpkinseed_sunfish, rainbow_darter, rainbow_trout, redbelly_dace, 
                  redside_dace, river_chub, silverjaw_minnow, smallmouth_bass, 
                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
                  warmouth_sunfish, white_sucker, yellow_bullhead_catfish, 
                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
                  leptohyphidae, leptophlebiidae, polymitarcyidae, potamanthidae, 
                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

eighthcheck_all<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_eighthcheck %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")




phwhall_occobject<-list()

phwhall_occobject$y<-array(dim=c(108,137,8))

phwhall_occobject$y <- array(c(as.matrix(firstcheck_all),as.matrix(secondcheck_all),
                               as.matrix(thirdcheck_all),as.matrix(fourthcheck_all),
                               as.matrix(fifthcheck_all),as.matrix(sixthcheck_all),
                               as.matrix(seventhcheck_all),as.matrix(eighthcheck_all)), dim=c(108,137,8))

phwhall_occobject$det.covs$day<-as.matrix(sitechecks_surveyhistory[,2:9])

seasons<-round(sitechecks_surveyhistory[,2:9]/365)+1

dayyear<-cbind(as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory_firstcheck$dayofyear),as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory_secondcheck$dayofyear),
               as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory_thirdcheck$dayofyear),as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory_fourthcheck$dayofyear),
               as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory_fifthcheck$dayofyear),as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory_sixthcheck$dayofyear),
               as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory_seventhcheck$dayofyear),as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory_eighthcheck$dayofyear))


phwhall_occobject$det.covs$seasons<-as.matrix(seasons)

phwhall_occobject$det.covs$dayyear<-as.matrix(dayyear)

occcov<-phwh_subset_suff_env_detecthistory %>% group_by(stream_name) %>% 
  summarise_if(is.numeric, mean, na.rm = TRUE)

occcov_2<-occcov[,-1:-4]

cols<-seq(1,23,1)

occcov_2[,cols] = apply(occcov_2[,cols], 2, function(x) as.numeric(as.character(x)))

occcov_3<-occcov_2[ , colSums(is.na(occcov_2)) == 0]

phwhall_occobject$occ.covs<-as.matrix(occcov_3)


library(rgdal)
d <- data.frame(lon=occcov$longitude, lat=occcov$latitude)
coordinates(d) <- c("lon", "lat")
proj4string(d) <- CRS("+init=epsg:4326") # WGS 84
CRS.new <- CRS("+init=epsg:3734")
d.3734 <- spTransform(d, CRS.new)
plot(d)

projcoords<-data.frame(d.3734)



phwhall_occobject$coords<-as.matrix(projcoords)

phwhall_occobject$occ.covs
##        substrate_metric_total percent_best_types per_boulder_slabs per_boulder_256mm per_bedrock per_cobble per_gravel  per_sand   per_silt per_leaf_woody per_detritus per_clay_hardpan   per_muck per_artificial pool_metric_total pool_depth_.cm. bankfull_metric_total average_bankfull_.m. X._canopy_open
##   [1,]               22.33333           9.000000         0.0000000         1.6666667   0.0000000  7.3333333  45.000000 30.666667  0.6666667      5.0000000    0.6666667        7.3333333  0.0000000      1.6666667          20.00000       51.066667             30.000000             5.243333       33.00000
##   [2,]               27.50000          42.000000         0.0000000         2.0000000  35.5000000  4.5000000  29.000000 20.000000  1.0000000      5.5000000    0.0000000        2.5000000  0.0000000      0.0000000          27.50000       18.100000             17.500000             1.480000       15.50000
##   [3,]               25.00000          36.000000         0.3333333         7.0000000  19.6666667  9.0000000  33.333333 13.000000 10.3333333      5.0000000    0.0000000        1.6666667  0.0000000      0.6666667          23.33333       36.800000             26.666667             3.753333       21.66667
##   [4,]               21.33333          19.333333         2.3333333         5.0000000   0.0000000 12.0000000  40.000000 20.000000  2.6666667      2.0000000    0.0000000        9.0000000  1.0000000      6.0000000          23.33333       46.200000             28.333333             5.043333       21.33333
##   [5,]               32.33333          66.333333         0.0000000        14.0000000  47.6666667  4.6666667  17.333333  9.000000  2.6666667      3.0000000    0.0000000        1.6666667  0.0000000      0.0000000          25.00000       14.066667             20.000000             1.993333       14.33333
##   [6,]               11.00000           0.000000         0.0000000         0.0000000   0.0000000  0.0000000   5.000000  6.000000 35.0000000     36.5000000    0.0000000       10.0000000  7.5000000      0.0000000          12.50000       10.000000             15.000000             1.350000       19.00000
##   [7,]               20.00000           0.000000         0.0000000         0.0000000   0.0000000  0.0000000  50.000000 30.000000  1.0000000      1.0000000    0.0000000       18.0000000  0.0000000      0.0000000          20.00000       38.100000             25.000000             3.750000       20.00000
##   [8,]               22.50000          10.500000         0.0000000         0.5000000   0.0000000 10.0000000  36.000000 22.500000  3.5000000     10.0000000    1.5000000       15.5000000  0.5000000      0.0000000          20.00000       40.850000             22.500000             2.850000       22.00000
##   [9,]               18.00000           7.000000         0.0000000         3.6666667   0.6666667  2.6666667  15.333333 26.666667 23.3333333      2.0000000    0.3333333       17.6666667  7.0000000      0.0000000          20.00000       15.333333             25.000000             3.446667       17.00000
##  [10,]               28.00000          24.666667         0.0000000         8.0000000  10.0000000  6.6666667  31.666667 20.000000  4.6666667      5.6666667    0.0000000       13.3333333  0.0000000      0.0000000          23.33333       17.000000             18.333333             1.566667       15.66667
##  [11,]               23.53333          14.000000         0.0000000         1.6666667   3.2000000  9.8666667  44.266667 23.600000  1.7333333      6.6000000    0.4666667        5.9333333  0.6666667      0.0000000          23.66667       30.040000             27.666667             4.108000       18.73333
##  [12,]               21.68750          11.312500         0.0312500         1.2187500   0.0000000 10.0625000  36.937500 27.187500  5.4062500      3.5312500    0.6875000       14.0625000  0.8750000      0.0000000          23.12500       32.393750             27.187500             4.171875       22.56250
##  [13,]               21.50000          15.000000         0.0000000         0.0000000   0.0000000 15.0000000  42.500000 26.000000  1.5000000      2.5000000    0.5000000       12.0000000  0.0000000      0.0000000          20.00000       47.750000             22.500000             2.680000       18.00000
##  [14,]               22.50000          20.000000         0.0000000         1.5000000   0.0000000 18.5000000  38.000000 24.500000  4.5000000      4.5000000    0.5000000        8.0000000  0.0000000      0.0000000          30.00000       25.000000             20.000000             2.610000       17.00000
##  [15,]               30.33333          47.000000         2.6666667         2.0000000  20.0000000 22.3333333  33.666667 13.000000  1.0000000      3.3333333    0.0000000        2.0000000  0.0000000      0.0000000          25.00000       33.866667             26.666667             3.966667       26.00000
##  [16,]               34.50000          65.000000         6.5000000         5.0000000  25.0000000 28.5000000  21.500000  6.000000  1.0000000      5.5000000    0.0000000        1.0000000  0.0000000      0.0000000          25.00000       21.000000             17.500000             1.850000       22.50000
##  [17,]               22.66667          29.666667         4.0000000         3.3333333   3.6666667 18.6666667  36.666667 10.000000  5.0000000      6.0000000    0.0000000       12.6666667  0.0000000      0.0000000          26.66667       18.166667             20.000000             1.743333       17.00000
##  [18,]               36.00000          65.000000        14.2500000         3.2500000  23.0000000 24.5000000  16.750000  8.750000  2.5000000      5.5000000    0.0000000        1.5000000  0.0000000      0.0000000          25.00000       25.200000             21.250000             2.575000       25.75000
##  [19,]               14.00000          16.500000         0.0000000         5.5000000   0.0000000 11.0000000  20.000000  8.000000  9.0000000      3.5000000    4.0000000       20.5000000  9.0000000      9.5000000          27.50000       22.250000             17.500000             1.400000       36.50000
##  [20,]               23.33333          23.666667         1.0000000         3.3333333   0.0000000 19.3333333  27.333333 19.333333  6.3333333      8.6666667    0.0000000       14.6666667  0.0000000      0.0000000          20.00000       37.833333             23.333333             2.866667       21.66667
##  [21,]               15.00000           7.000000         0.3333333         0.6666667   0.0000000  6.0000000  14.666667 12.333333  9.6666667      4.6666667    0.0000000       51.6666667  0.0000000      0.0000000          16.66667       11.233333             20.000000             2.086667       21.33333
##  [22,]               28.50000          45.750000         4.2500000         3.0000000  17.0000000 21.5000000  24.250000 10.750000  7.2500000      5.0000000    0.0000000        6.5000000  0.5000000      0.0000000          21.25000       27.825000             26.250000             4.090000       15.25000
##  [23,]               32.33333          51.333333        10.3333333         3.3333333  17.3333333 20.3333333  31.000000 11.000000  3.3333333      2.6666667    0.0000000        0.6666667  0.0000000      0.0000000          23.33333       19.133333             25.000000             3.500000       14.50000
##  [24,]               27.00000          33.500000         5.0000000         1.3333333   4.8333333 22.3333333  41.333333 15.333333  3.3333333      2.3333333    0.0000000        4.1666667  0.0000000      0.0000000          23.33333       28.433333             25.000000             3.293333       18.66667
##  [25,]               27.00000          31.666667         6.3333333         1.0000000   6.6666667 17.6666667  41.666667 15.333333  2.3333333      3.3333333    0.3333333        5.3333333  0.0000000      0.0000000          23.33333       32.033333             20.000000             2.623333       16.00000
##  [26,]               18.75000           0.000000         0.0000000         0.0000000   0.0000000  0.0000000  30.000000 43.750000 11.0000000      4.2500000    0.2500000       10.7500000  0.0000000      0.0000000          22.50000       34.500000             18.750000             1.970000       41.25000
##  [27,]               33.66667          66.333333        10.3333333         4.3333333  37.6666667 14.0000000  19.666667  7.333333  2.6666667      2.3333333    0.0000000        1.6666667  0.0000000      0.0000000          21.66667       15.300000             20.000000             2.466667       13.33333
##  [28,]               20.66667          19.000000         1.0000000         3.0000000   7.6666667  7.3333333  38.666667 22.666667  4.6666667      2.0000000    0.0000000       12.6666667  0.3333333      0.0000000          28.33333       23.300000             23.333333             3.663333       17.33333
##  [29,]               22.00000          14.500000         0.0000000         0.7500000   0.0000000 13.7500000  32.750000 23.750000 10.0000000      3.5000000    0.0000000       15.2500000  0.2500000      0.0000000          22.50000       50.275000             22.500000             3.212500       22.00000
##  [30,]               24.00000          10.000000         0.0000000         1.3333333   0.0000000  8.6666667  41.666667 26.666667  2.6666667      6.0000000    0.0000000       13.0000000  0.0000000      0.0000000          20.00000       69.766667             25.000000             3.453333       18.00000
##  [31,]               33.00000          55.333333         1.6666667         2.6666667  38.6666667 12.3333333  35.666667  7.000000  0.6666667      1.3333333    0.0000000        0.0000000  0.0000000      0.0000000          23.33333       24.533333             26.666667             4.796667       28.66667
##  [32,]               28.00000          37.666667         1.0000000         4.0000000  18.0000000 14.6666667  43.333333 14.000000  1.0000000      1.6666667    0.0000000        2.3333333  0.0000000      0.0000000          23.33333       59.133333             23.333333             3.243333       26.00000
##  [33,]               21.33333           5.333333         0.0000000         0.3333333   0.0000000  5.0000000  45.000000 31.666667  6.6666667      3.6666667    0.0000000        7.6666667  0.0000000      0.0000000          20.00000       38.966667             20.000000             2.370000       17.00000
##  [34,]               15.00000           1.000000         0.0000000         0.3333333   0.0000000  0.6666667  20.000000 39.333333  8.3333333      3.0000000    0.6666667       26.6666667  1.0000000      0.0000000          18.33333       29.766667             18.333333             1.766667       18.00000
##  [35,]               24.00000          24.000000         0.0000000         1.0000000   0.0000000 23.0000000  40.000000 22.000000  1.6666667      4.0000000    0.0000000        8.3333333  0.0000000      0.0000000          21.66667       28.100000             21.666667             2.670000       48.33333
##  [36,]               19.00000          13.250000         0.0000000         1.2500000   0.0000000 12.0000000  45.000000 18.000000  1.2500000      1.5000000    0.0000000       21.0000000  0.0000000      0.0000000          25.00000       35.700000             20.000000             2.350000       17.50000
##  [37,]               21.00000          17.000000         0.0000000         2.0000000   0.0000000 15.0000000  45.000000 25.000000  0.0000000      8.0000000    0.0000000        5.0000000  0.0000000      0.0000000          20.00000       45.000000             30.000000             4.230000       40.00000
##  [38,]               27.33333          36.000000         1.3333333         3.6666667  16.6666667 14.3333333  36.333333 18.666667  2.3333333      5.0000000    0.0000000        1.6666667  0.0000000      0.0000000          21.66667       10.300000             18.333333             1.866667       23.00000
##  [39,]               22.33333          14.333333         0.0000000         7.0000000   0.0000000  7.3333333  38.333333 26.666667  3.0000000      4.6666667    0.3333333        9.3333333  0.0000000      0.0000000          20.00000       40.000000             20.000000             2.336667       17.66667
##  [40,]               18.33333           5.000000         0.0000000         1.0000000   0.0000000  4.0000000  26.666667 29.000000  4.6666667      7.6666667    0.0000000       27.0000000  0.0000000      0.0000000          26.66667       18.933333             18.333333             1.836667       28.00000
##  [41,]               21.00000          17.333333         0.3333333         5.6666667   0.0000000 11.3333333  43.333333 21.000000  2.6666667      2.6666667    0.3333333       11.6666667  1.0000000      0.0000000          23.33333       40.266667             20.000000             2.493333       21.33333
##  [42,]               20.66667          15.000000         0.3333333         6.3333333   0.0000000  8.3333333  31.333333 24.333333  4.3333333      7.0000000    1.6666667       15.3333333  1.0000000      0.0000000          25.00000       14.133333             18.333333             1.646667       18.33333
##  [43,]               21.50000          10.000000         0.0000000         3.7500000   0.0000000  6.2500000  32.000000 37.250000  5.7500000      4.5000000    0.0000000       10.5000000  0.0000000      0.0000000          22.50000       27.875000             20.000000             2.305000       20.00000
##  [44,]               20.00000          10.500000         0.0000000         1.5000000   0.0000000  9.0000000  40.666667 24.666667  2.0000000      4.0000000    0.1666667       18.0000000  0.0000000      0.0000000          23.33333       21.000000             20.000000             2.373333       18.66667
##  [45,]               30.50000          60.625000         8.7500000         3.2500000  28.7500000 19.8750000  28.000000  7.000000  1.1250000      2.7500000    0.5000000        0.0000000  0.0000000      0.0000000          26.25000       23.925000             27.500000             3.920000       18.75000
##  [46,]               31.25000          49.500000         4.7500000         6.2500000  23.5000000 15.0000000  33.250000 10.000000  2.8750000      2.8750000    0.1250000        1.3750000  0.0000000      0.0000000          26.25000       32.350000             28.750000             4.205000       17.75000
##  [47,]               34.25000          75.750000         4.7500000         5.0000000  55.5000000 10.5000000  15.750000  4.750000  0.3750000      2.8750000    0.0000000        0.5000000  0.0000000      0.0000000          22.50000       14.375000             22.500000             2.915000       17.75000
##  [48,]               33.25000          56.000000         4.7500000         4.7500000  31.2500000 21.2500000  26.000000  6.250000  1.7500000      1.1250000    0.1250000        2.7500000  0.0000000      0.0000000          27.50000       22.975000             22.500000             2.872500       18.50000
##  [49,]               25.40000          28.600000         0.0000000         4.0000000   0.0000000 24.6000000  40.600000 21.000000  1.6000000      3.4000000    0.2000000        4.6000000  0.0000000      0.0000000          22.00000       43.980000             27.000000             4.478000       34.80000
##  [50,]               29.50000          42.500000         0.5000000        20.0000000   9.5000000 12.5000000  17.500000 27.500000  2.0000000      3.0000000    0.5000000        7.0000000  0.0000000      0.0000000          22.50000       28.500000             17.500000             1.540000       16.00000
##  [51,]               19.33333          18.333333         0.3333333        11.6666667   0.0000000  6.3333333  21.666667 35.000000  1.0000000      7.6666667    0.3333333       16.0000000  0.0000000      0.0000000          15.00000        8.300000             16.666667             1.390000       17.33333
##  [52,]               19.00000           9.333333         0.0000000         5.0000000   0.0000000  4.3333333  21.000000 30.666667  3.3333333      5.3333333    0.0000000       30.3333333  0.0000000      0.0000000          26.66667       18.400000              8.333333             1.060000       19.66667
##  [53,]               29.62500          45.875000         1.3750000        11.1250000  10.5000000 22.8750000  33.625000 14.000000  1.1875000      3.3125000    0.1250000        1.8125000  0.0625000      0.0000000          25.62500       22.300000             26.250000             4.570000       28.50000
##  [54,]               38.14286          80.214286         0.0000000         9.0000000  66.2857143  4.9285714   5.571429  7.857143  2.2142857      3.0000000    0.4285714        0.1428571  0.5714286      0.0000000          25.00000       20.642857             24.285714             3.270000       20.00000
##  [55,]               21.66667          18.666667         1.6666667         4.3333333   0.0000000 13.0000000  25.000000 36.666667  0.6666667      6.3333333    1.6666667       10.6666667  0.0000000      0.0000000          11.66667        4.526667             15.000000             1.273333       15.33333
##  [56,]               19.33333           6.000000         0.0000000         2.5000000   0.0000000  3.5000000  29.000000 34.000000  1.3333333      3.6666667    1.0000000       25.0000000  0.0000000      0.0000000          18.33333        8.733333             15.000000             1.313333       24.66667
##  [57,]               18.50000           9.250000         0.0000000         4.5000000   0.0000000  4.7500000  25.750000 27.500000  4.0000000      4.0000000    0.7500000       22.0000000  0.0000000      0.0000000          18.75000       24.975000             21.250000             2.467500       20.75000
##  [58,]               19.66667           5.666667         0.0000000         1.3333333   0.0000000  4.3333333  25.666667 44.666667  3.3333333      3.3333333    2.3333333       15.0000000  0.0000000      0.0000000          21.66667       23.066667             20.000000             2.020000       17.66667
##  [59,]               10.75000           4.000000         0.0000000         2.5000000   0.0000000  1.5250000   6.750000 23.875000  2.4750000      6.6250000    4.2500000       52.0000000  0.0000000      0.0000000          11.25000        6.300000             10.000000             1.107500       19.00000
##  [60,]               15.00000          11.250000         0.7500000         3.7500000   0.0000000  6.7500000  10.500000 32.000000  1.7500000      6.2500000    2.7500000       35.5000000  0.0000000      0.0000000           8.75000        5.475000             12.500000             1.080000       17.75000
##  [61,]               22.66667          28.000000         1.3333333         9.0000000   2.6666667 15.0000000  22.333333 42.333333  0.5000000      2.5000000    2.5000000        1.8333333  0.0000000      0.0000000          20.00000       13.233333             11.666667             1.226667       19.33333
##  [62,]               22.33333          12.333333         0.1666667         0.5000000   0.0000000 11.6666667  41.000000 24.666667  2.0000000      4.3333333    0.6666667       14.6666667  0.3333333      0.0000000          20.00000       43.000000             28.333333             3.743333       21.00000
##  [63,]               29.00000          47.666667         7.0000000         6.3333333   1.3333333 33.0000000  26.000000 16.000000  1.0000000      3.6666667    0.3333333        5.3333333  0.0000000      0.0000000          21.66667       30.900000             18.333333             1.420000       15.33333
##  [64,]                6.00000           0.750000         0.0000000         0.2500000   0.0000000  0.5000000   3.250000  2.000000  0.5000000     11.0000000    3.0000000       79.5000000  0.0000000      0.0000000           7.50000        4.000000             10.000000             1.085000       15.00000
##  [65,]               26.33333          32.333333         1.3333333         4.0000000  13.6666667 13.3333333  19.000000 29.666667  3.3333333      6.3333333    2.6666667        6.6666667  0.0000000      0.0000000          11.66667        7.333333             13.333333             1.323333       20.33333
##  [66,]                3.50000           0.000000         0.0000000         0.0000000   0.0000000  0.0000000   0.250000  0.000000  2.2500000      3.5000000    0.0000000       94.0000000  0.0000000      0.0000000          15.00000        9.000000             10.000000             1.125000       67.50000
##  [67,]               19.33333           2.666667         0.0000000         0.3333333   0.0000000  2.3333333  32.666667 32.666667  3.0000000      3.3333333    0.0000000       25.6666667  0.0000000      0.0000000          20.00000       39.333333             21.666667             2.736667       19.33333
##  [68,]               19.00000           6.300000         0.0000000         0.7000000   0.0000000  5.6000000  24.800000 44.800000  3.4000000      4.4000000    0.3000000       15.4000000  0.6000000      0.0000000          23.00000       20.840000             16.000000             1.740000       19.40000
##  [69,]               22.66667          17.666667         0.6666667         4.3333333   0.0000000 12.6666667  30.000000 23.333333  5.0000000      5.0000000    1.6666667       17.3333333  0.0000000      0.0000000          15.00000        8.796667             18.333333             1.563333       17.66667
##  [70,]               20.00000           2.666667         0.0000000         1.0000000   0.0000000  1.6666667  27.000000 27.666667  7.3333333      9.6666667    0.0000000       25.6666667  0.0000000      0.0000000          21.66667       10.800000             11.666667             1.026667       15.33333
##  [71,]               23.00000          15.250000         0.2500000         8.5000000   0.0000000  6.5000000  27.500000 37.500000  3.0000000      3.7500000    1.0000000       11.5000000  0.0000000      0.0000000          15.00000        6.550000             10.000000             1.005000       16.50000
##  [72,]               20.33333           9.666667         0.0000000         0.6666667   0.0000000  9.0000000  29.666667 28.333333  5.0000000      2.0000000    0.3333333       22.6666667  2.3333333      0.0000000          23.33333       17.133333             16.666667             1.843333       16.33333
##  [73,]               22.33333           4.666667         0.0000000         1.0000000   0.0000000  3.6666667  41.666667 28.333333  2.6666667      6.3333333    0.0000000       16.0000000  0.3333333      0.0000000          20.00000       34.166667             21.666667             3.076667       15.33333
##  [74,]               20.66667          22.000000         0.0000000         8.0000000   0.0000000 14.0000000  29.333333 30.000000  3.6666667      1.3333333    0.0000000       12.0000000  0.0000000      0.0000000          26.66667       18.233333             18.333333             1.690000       26.00000
##  [75,]               19.50000          13.500000         0.0000000         8.0000000   0.0000000  5.5000000  22.500000 25.000000  2.5000000      3.0000000    0.0000000       32.0000000  1.5000000      0.0000000          27.50000       23.150000             12.500000             1.240000       22.00000
##  [76,]               22.50000          14.500000         0.0000000         4.5000000   0.0000000 10.0000000  38.500000 29.000000  2.0000000      1.0000000    0.0000000       14.0000000  1.0000000      0.0000000          25.00000       19.250000             22.500000             2.505000       19.00000
##  [77,]               22.33333          17.000000         0.0000000         7.6666667   0.0000000  9.3333333  30.333333 32.333333  5.3333333      4.0000000    1.0000000       10.0000000  0.0000000      0.0000000          18.33333       10.100000             18.333333             1.840000       16.00000
##  [78,]               22.00000          17.333333         0.3333333         3.0000000   0.0000000 14.0000000  39.000000 31.000000  1.6666667      3.0000000    0.0000000        8.0000000  0.0000000      0.0000000          20.00000       42.733333             26.666667             3.540000       18.66667
##  [79,]               22.33333          14.333333         0.6666667         2.3333333   0.0000000 11.3333333  43.333333 32.666667  1.3333333      2.6666667    0.0000000        5.0000000  0.0000000      0.0000000          25.00000       17.733333             20.000000             2.300000       18.00000
##  [80,]               22.00000          10.500000         0.0000000         4.0000000   0.0000000  6.5000000  37.500000 39.500000  2.0000000      6.0000000    1.0000000        3.5000000  0.0000000      0.0000000          22.50000       15.050000             20.000000             1.715000       20.00000
##  [81,]               12.00000           4.000000         0.0000000         1.0000000   0.0000000  3.0000000  18.000000 40.000000  0.0000000      8.0000000    0.0000000       30.0000000  0.0000000      0.0000000           0.00000        0.000000             15.000000             1.150000       18.00000
##  [82,]               21.50000           3.500000         0.0000000         1.0000000   0.0000000  2.5000000  39.500000 37.500000  0.5000000      4.5000000    0.0000000       14.5000000  0.0000000      0.0000000          15.00000        6.100000             17.500000             1.470000       19.50000
##  [83,]               23.00000           4.500000         0.0000000         1.5000000   0.0000000  3.0000000  38.000000 33.000000  4.0000000      9.0000000    2.5000000        8.5000000  0.5000000      0.0000000          20.00000       13.800000             15.000000             1.330000       17.00000
##  [84,]               19.00000           2.500000         0.0000000         0.5000000   0.0000000  2.0000000  30.000000 32.500000  3.5000000      2.5000000    0.5000000       28.5000000  0.0000000      0.0000000          30.00000       28.450000             15.000000             1.335000       32.50000
##  [85,]               17.50000           2.500000         0.0000000         0.5000000   0.0000000  2.0000000  24.500000 37.000000  2.0000000      4.0000000    0.5000000       29.5000000  0.0000000      0.0000000          27.50000       22.650000             17.500000             1.915000       36.50000
##  [86,]               22.00000          12.000000         0.0000000         1.5000000   0.0000000 10.5000000  44.000000 28.000000  2.5000000      5.5000000    0.0000000        8.0000000  0.0000000      0.0000000          20.00000       52.800000             30.000000             5.950000       37.50000
##  [87,]               21.33333           1.000000         0.0000000         0.0000000   0.0000000  1.0000000  37.333333 33.000000  5.6666667      4.6666667    1.6666667        9.6666667  1.3333333      0.0000000          21.66667       31.666667             21.666667             2.933333       31.00000
##  [88,]               31.66667          56.333333         0.0000000         1.6666667  43.0000000 11.6666667  28.333333 11.666667  0.6666667      3.0000000    0.0000000        0.0000000  0.0000000      0.0000000          25.00000       13.800000             26.666667             4.233333       21.66667
##  [89,]               22.66667          33.666667         0.0000000         4.0000000  15.6666667 14.0000000  28.333333 23.666667  2.6666667      8.3333333    0.0000000        3.3333333  0.0000000      0.0000000          20.00000       51.100000             28.333333             4.330000       19.00000
##  [90,]               13.66667           1.000000         0.0000000         0.0000000   1.0000000  0.0000000  20.666667 15.000000  7.3333333     12.0000000    1.0000000       41.6666667  1.3333333      0.0000000          23.33333       14.466667             16.666667             1.346667       20.33333
##  [91,]               24.50000          21.500000         0.0000000         1.0000000   0.0000000 20.5000000  45.000000 22.500000  1.5000000      0.5000000    0.0000000        9.0000000  0.0000000      0.0000000          22.50000       34.900000             15.000000             1.300000       56.50000
##  [92,]               31.75000          67.750000         0.0000000         1.2500000  63.5000000  3.0000000  14.750000 11.250000  2.7500000      2.5000000    0.2500000        0.7500000  0.0000000      0.0000000          25.00000       18.175000             26.250000             3.812500       18.00000
##  [93,]               26.66667          27.000000         1.0000000         1.6666667  21.3333333  3.0000000  40.333333 19.666667  1.0000000      4.3333333    0.3333333        7.0000000  0.3333333      0.0000000          28.33333       19.033333             18.333333             1.800000       18.00000
##  [94,]               23.33333          17.333333         0.3333333         1.6666667   6.0000000  9.3333333  37.666667 27.333333  1.6666667      7.3333333    0.3333333        8.3333333  0.0000000      0.0000000          25.00000       14.500000             15.000000             1.380000       17.00000
##  [95,]               23.00000          12.375000         0.0000000         1.1250000   3.2500000  8.0000000  41.250000 35.250000  1.2500000      4.3750000    0.5000000        5.0000000  0.0000000      0.0000000          25.00000       31.225000             25.000000             3.317500       23.25000
##  [96,]               22.00000           4.000000         0.0000000         0.5000000   0.0000000  3.5000000  45.500000 28.000000  3.5000000      7.0000000    2.0000000        9.5000000  0.0000000      0.5000000          25.00000       31.650000             20.000000             2.545000       16.50000
##  [97,]               20.50000           0.500000         0.0000000         0.5000000   0.0000000  0.0000000  29.500000 46.000000  2.5000000      5.5000000    1.0000000       15.0000000  0.0000000      0.0000000          25.00000       16.550000             20.000000             1.635000       24.00000
##  [98,]               26.00000          23.500000         1.0000000         1.0000000   1.5000000 20.0000000  39.000000 21.500000  1.0000000      6.0000000    0.5000000        8.5000000  0.0000000      0.0000000          22.50000       35.300000             30.000000             5.600000       40.00000
##  [99,]               33.00000          41.333333         0.6666667         1.0000000  33.0000000  9.3333333  37.666667 12.000000  3.0000000      2.5000000    0.1666667        0.5000000  0.1666667      0.0000000          25.00000       14.533333             28.333333             3.930000       19.66667
## [100,]               21.66667          13.333333         0.3333333         0.3333333   0.0000000 12.6666667  46.333333 24.666667  1.6666667      3.0000000    0.0000000       11.0000000  0.0000000      0.0000000          25.00000       17.700000             21.666667             2.933333       21.00000
## [101,]               28.00000          26.500000         4.0000000         3.0000000   9.5000000 10.0000000  50.500000  9.500000  0.5000000      7.0000000    0.0000000        6.0000000  0.0000000      0.0000000           7.50000        5.000000             25.000000             3.755000       19.50000
## [102,]               31.66667          42.000000         1.3333333         3.0000000  22.6666667 15.0000000  35.333333 13.333333  1.3333333      5.3333333    0.3333333        2.3333333  0.0000000      0.0000000          30.00000       26.600000             25.000000             4.560000       22.00000
## [103,]               28.33333          52.666667         8.0000000         3.0000000  12.0000000 29.6666667  34.000000 11.333333  0.6666667      1.3333333    0.0000000        0.0000000  0.0000000      0.0000000          20.00000       63.600000             30.000000             4.560000       34.00000
## [104,]               22.33333          14.666667         0.6666667         0.3333333   1.6666667 12.0000000  43.666667 25.000000  0.6666667      5.0000000    0.6666667       10.3333333  0.0000000      0.0000000          26.66667       21.033333             23.333333             3.053333       20.33333
## [105,]               27.50000          39.000000         0.0000000         3.0000000  32.0000000  4.0000000  28.000000 17.500000  1.0000000      5.0000000    0.0000000        9.5000000  0.0000000      0.0000000          25.00000       13.600000             17.500000             1.425000       20.00000
## [106,]               32.50000          55.500000         2.5000000         1.0000000  40.0000000 12.0000000  31.500000  9.000000  0.5000000      2.0000000    0.0000000        1.5000000  0.0000000      0.0000000          25.00000       35.500000             22.500000             2.625000       17.00000
## [107,]               34.66667          60.833333         0.0000000         0.8333333  56.6666667  3.3333333  19.000000 11.666667  1.1666667      2.8333333    0.1666667        4.3333333  0.0000000      0.0000000          11.66667        6.233333             18.333333             1.940000       16.66667
## [108,]               27.00000          44.875000         0.0000000        12.5000000   8.3750000 24.0000000  32.375000 13.625000  2.8750000      1.1250000    0.3750000        4.0000000  0.0000000      0.7500000          23.75000       31.437500             27.500000             4.882500       51.25000
## [109,]               23.00000          17.000000         0.0000000         4.0000000   6.0000000  7.0000000  43.000000 29.000000  2.0000000      2.0000000    0.0000000        7.0000000  0.0000000      0.0000000          25.00000       12.000000             25.000000             3.930000       15.00000
## [110,]               34.00000          41.000000         0.0000000        10.0000000  21.0000000 10.0000000  26.000000  9.000000  2.0000000      9.0000000    1.0000000       12.0000000  0.0000000      0.0000000          25.00000       20.000000             20.000000             2.560000       18.00000
## [111,]               23.00000          25.000000         0.6666667         3.0000000  13.0000000  8.3333333  45.000000 19.333333  1.3333333      4.0000000    1.0000000        4.3333333  0.0000000      0.0000000          25.00000       14.800000             18.333333             2.013333       16.66667
## [112,]               17.00000           3.500000         0.0000000         0.0000000   0.0000000  3.5000000  28.500000 40.000000  6.0000000      3.0000000    0.0000000       17.0000000  2.0000000      0.0000000          20.00000       46.300000             17.500000             1.585000       35.00000
## [113,]               20.00000           7.500000         0.0000000         0.0000000   0.0000000  7.5000000  64.000000 21.500000  1.5000000      0.0000000    0.5000000        5.0000000  0.0000000      0.0000000          22.50000       26.400000             10.000000             1.110000       97.00000
## [114,]               21.66667          16.000000         0.0000000         1.3333333   0.0000000 14.6666667  37.333333 26.666667  3.6666667      2.6666667    0.0000000       13.6666667  0.0000000      0.0000000          20.00000       50.200000             21.666667             2.653333       63.33333
## [115,]               21.66667          16.000000         0.0000000         2.0000000   0.0000000 14.0000000  40.000000 25.666667  3.3333333      1.3333333    0.6666667       13.0000000  0.0000000      0.0000000          20.00000       44.533333             23.333333             2.983333       40.00000
## [116,]               26.33333          33.666667         4.0000000         3.6666667   0.0000000 26.0000000  40.333333 18.666667  3.6666667      1.0000000    0.3333333        2.3333333  0.0000000      0.0000000          25.00000       17.733333             26.666667             3.853333       16.00000
## [117,]               28.50000          34.500000         2.5000000         5.5000000   0.7500000 25.7500000  41.250000 13.750000  2.5000000      2.0000000    0.2500000        5.5000000  0.2500000      0.0000000          20.00000       48.525000             27.500000             4.480000       36.25000
## [118,]               33.25000          71.500000         2.2500000         7.5000000  51.2500000 10.5000000  19.250000  5.500000  2.1250000      1.6250000    0.0000000        0.0000000  0.0000000      0.0000000          26.25000       17.100000             26.250000             3.697500       20.75000
## [119,]               32.66667          61.000000         1.6666667         4.3333333  45.0000000 10.0000000  26.000000  6.666667  1.6666667      1.6666667    0.3333333        2.6666667  0.0000000      0.0000000          28.33333       19.566667             23.333333             3.073333       14.33333
## [120,]               24.33333          33.333333         2.3333333         9.0000000   0.0000000 22.0000000  37.000000 19.333333  1.3333333      2.5000000    0.1666667        6.3333333  0.0000000      0.0000000          25.00000       24.466667             25.000000             3.220000       16.00000
## [121,]               29.50000          39.000000        10.5000000         3.0000000   0.0000000 25.5000000  22.500000 12.500000  8.5000000      7.5000000    0.0000000        9.0000000  0.0000000      1.5000000          25.00000       12.000000             17.500000             1.865000       16.50000
## [122,]               27.50000          31.500000         1.5000000        17.5000000   0.0000000 12.5000000  33.000000 18.500000  4.5000000      5.5000000    0.0000000        5.5000000  0.0000000      1.5000000          25.00000       15.500000             20.000000             1.890000       15.00000
## [123,]               29.00000          39.000000         1.0000000         6.0000000  15.0000000 17.0000000  31.000000 18.500000  3.0000000      5.0000000    0.0000000        3.5000000  0.0000000      0.0000000          30.00000       24.250000             20.000000             1.800000       11.50000
## [124,]               32.00000          42.000000         0.0000000         3.0000000  28.0000000 11.0000000  34.000000 18.000000  2.0000000      4.0000000    0.0000000        0.0000000  0.0000000      0.0000000          25.00000       15.000000             20.000000             3.000000       18.00000
## [125,]               29.00000          43.500000         5.0000000         3.0000000  30.0000000  5.0000000  24.000000 16.000000  2.5000000      2.5000000    0.5000000       11.0000000  0.5000000      0.0000000          22.50000       29.000000             20.000000             2.355000       14.50000
## [126,]               32.25000          58.000000         6.2500000         2.5000000  37.2500000  9.7500000  26.000000 10.750000  2.5000000      4.2500000    0.7500000        0.0000000  0.0000000      0.2500000          28.75000       22.975000             26.250000             4.160000       21.25000
## [127,]               22.33333           5.000000         0.0000000         0.6666667   0.0000000  4.3333333  37.333333 30.000000  7.3333333      2.0000000    0.6666667       16.3333333  1.3333333      0.0000000          20.00000       54.233333             23.333333             3.600000       23.00000
## [128,]               18.00000           5.000000         0.0000000         0.0000000   0.0000000  5.0000000  43.500000 22.500000  6.5000000      4.0000000    2.5000000       17.5000000  0.0000000      0.0000000          22.50000       23.250000             20.000000             1.865000       19.50000
## [129,]               35.00000          79.000000         0.6666667         2.6666667  70.6666667  5.0000000  11.666667  5.000000  0.8333333      0.8333333    0.1666667        0.1666667  0.0000000      2.3333333          23.33333       28.300000             28.333333             5.533333       31.00000
## [130,]               29.33333          45.666667         0.0000000         2.6666667  36.0000000  7.0000000  36.333333 14.000000  1.1666667      0.8333333    0.1666667        0.1666667  0.0000000      1.6666667          26.66667       15.633333             18.333333             1.833333       43.33333
## [131,]               33.00000          58.500000         1.0000000         1.0000000  48.0000000  8.5000000  25.000000 10.000000  3.5000000      1.5000000    0.5000000        0.0000000  0.5000000      0.5000000          27.50000       19.100000             30.000000             5.580000       30.00000
## [132,]               26.00000          37.000000         4.0000000         9.0000000   6.0000000 18.0000000  33.000000 12.500000  3.5000000      6.5000000    0.0000000        7.5000000  0.0000000      0.0000000          27.50000       22.500000             22.500000             2.785000       20.00000
## [133,]               28.00000          35.000000         0.0000000         5.0000000   0.0000000 30.0000000  40.000000 15.000000  2.0000000      3.0000000    0.0000000        5.0000000  0.0000000      0.0000000          20.00000       34.000000             30.000000             5.770000       18.00000
## [134,]               32.00000          69.000000         0.0000000         9.0000000  50.0000000 10.0000000  20.000000 10.000000  0.5000000      0.5000000    0.0000000        0.0000000  0.0000000      0.0000000          20.00000       36.000000             30.000000             6.270000       21.00000
## [135,]               33.00000          54.000000         0.0000000         6.0000000  40.0000000  8.0000000  30.000000 12.000000  1.0000000      1.0000000    3.0000000        0.0000000  0.0000000      0.0000000          30.00000       27.000000             30.000000             5.430000       20.00000
## [136,]               25.33333          29.666667         1.6666667         2.3333333  16.6666667  9.0000000  41.666667 17.333333  2.0000000      2.6666667    0.0000000        6.6666667  0.0000000      0.0000000          11.66667       12.333333             21.666667             2.553333       16.00000
## [137,]               19.50000           0.000000         0.0000000         0.0000000   0.0000000  0.0000000  31.500000 42.500000  7.5000000      3.5000000    0.0000000       15.0000000  0.0000000      0.0000000          25.00000       48.500000             20.000000             1.855000       42.50000
## [138,]               26.50000          26.500000         2.5000000         3.0000000   2.5000000 18.5000000  35.500000 17.000000  7.5000000      5.5000000    1.5000000        5.0000000  1.5000000      0.0000000          17.50000       22.000000             20.000000             1.765000       21.50000
## [139,]               25.00000          14.000000         0.0000000         0.6666667   5.3333333 10.0000000  50.000000 17.000000  4.0000000      4.0000000    0.0000000        8.0000000  0.0000000      0.0000000          26.66667       20.666667             25.000000             3.520000       19.00000
## [140,]               17.00000           2.500000         0.0000000         0.0000000   0.0000000  2.5000000  32.500000 22.000000  7.0000000      6.0000000    0.0000000       30.0000000  0.0000000      0.0000000          22.50000       27.000000             12.500000             1.265000       25.00000
## [141,]               20.66667           3.333333         0.0000000         1.6666667   0.0000000  1.6666667  36.000000 38.333333  3.3333333      2.6666667    1.3333333       15.0000000  0.0000000      0.0000000          23.33333       47.333333             25.000000             3.676667       53.33333
## [142,]               19.75000           3.250000         0.0000000         0.1250000   0.0000000  3.1250000  18.750000 63.250000  8.2500000      2.7500000    0.0000000        3.7500000  0.0000000      0.0000000          27.50000       20.000000             20.000000             2.047500       36.25000
## [143,]               25.66667          36.333333         8.3333333         2.3333333   0.0000000 25.6666667  36.000000 18.000000  5.3333333      1.0000000    0.0000000        3.3333333  0.0000000      0.0000000          28.33333       21.666667             26.666667             3.663333       14.33333
## [144,]               27.00000          38.000000         3.3333333         5.0000000   1.3333333 26.6666667  35.000000 15.333333  4.0000000      2.0000000    2.0000000        7.6666667  0.0000000      0.0000000          20.00000       40.666667             23.333333             2.910000       23.33333
## [145,]               25.33333          60.000000         2.3333333         4.3333333  39.3333333 14.0000000  27.666667  8.666667  2.3333333      3.6666667    0.3333333        0.0000000  0.0000000      0.0000000          28.33333       24.700000             21.666667             2.756667       25.33333
## [146,]               23.75000          15.000000         0.7500000         0.7500000   0.0000000 13.5000000  44.500000 21.250000  5.7500000      4.7500000    0.7500000        8.0000000  0.0000000      0.0000000          20.00000       46.375000             21.250000             2.735000       28.75000
## [147,]               28.25000          47.750000         3.2500000         6.5000000   0.0000000 38.0000000  33.250000 10.000000  2.3750000      2.6250000    0.0000000        4.0000000  0.0000000      0.0000000          22.50000       35.000000             30.000000             6.555000       28.75000
## [148,]               29.80000          50.800000        10.2000000         3.2000000   7.4000000 30.0000000  27.000000 13.200000  4.4000000      2.0000000    0.0000000        2.6000000  0.0000000      0.0000000          24.00000       21.920000             24.000000             3.198000       18.20000
## [149,]               20.66667          15.333333         0.0000000         0.0000000   0.0000000 15.3333333  41.666667 26.666667  3.6666667      3.3333333    0.0000000        9.3333333  0.0000000      0.0000000          23.00000       41.333333             21.666667             2.426667       21.66667
## [150,]               27.00000          29.500000         0.6250000         3.8750000   0.0000000 25.0000000  38.625000 15.875000  5.1250000      3.2500000    0.0000000        7.3750000  0.2500000      0.0000000          25.62500       26.312500             21.250000             2.655000       21.12500
## [151,]               22.00000          11.666667         0.0000000         1.3333333   0.0000000 10.3333333  37.666667 37.666667  2.6666667      4.3333333    0.3333333        5.0000000  0.6666667      0.0000000          20.00000       47.266667             26.666667             3.636667       31.66667
## [152,]               23.33333          13.333333         0.0000000         0.3333333   0.0000000 13.0000000  41.000000 36.666667  1.0000000      2.6666667    0.0000000        4.6666667  0.6666667      0.0000000          28.33333       26.366667             23.333333             3.230000       21.66667
## [153,]               26.00000          35.000000         0.5000000         6.5000000   7.0000000 21.0000000  40.000000 17.500000  0.5000000      3.0000000    0.0000000        4.0000000  0.0000000      0.0000000          27.50000       18.450000             25.000000             3.215000       17.00000
## [154,]               33.50000          73.250000         0.0000000         1.0000000  70.5000000  1.7500000  16.500000  8.500000  0.7500000      0.5000000    0.2500000        0.2500000  0.0000000      0.0000000          27.50000       21.000000             25.000000             3.530000       40.00000
## [155,]               22.00000          13.666667         0.0000000         6.0000000   0.0000000  7.6666667  47.000000 20.333333  6.0000000      3.3333333    2.0000000        7.6666667  0.0000000      0.0000000          18.33333       13.100000             21.666667             2.226667       19.00000
## [156,]               22.00000          25.500000         0.0000000        12.0000000   0.0000000 13.5000000  29.000000  9.500000  1.0000000      7.0000000    0.5000000       27.5000000  0.0000000      0.0000000          15.00000        8.000000             25.000000             3.065000       18.00000
## [157,]               22.00000          15.000000         0.0000000         0.0000000   0.0000000 15.0000000  35.000000 30.000000  5.0000000      5.0000000    1.0000000        9.0000000  0.0000000      0.0000000          20.00000       43.000000             25.000000             3.300000       25.00000
## [158,]               17.00000          15.500000         2.5000000         3.5000000   0.0000000  9.5000000  40.000000  9.000000  7.5000000      4.5000000    1.0000000       22.5000000  0.0000000      0.0000000          15.00000       10.500000             15.000000             1.295000       45.00000
## [159,]               26.00000          37.500000         8.7500000         4.0000000  13.7500000 11.0000000  26.500000 14.000000  1.5000000      8.0000000   10.0000000        2.7500000  0.0000000      0.0000000          10.00000        6.250000             21.250000             2.437500       18.00000
## [160,]               23.50000          35.000000         8.0000000         7.5000000   3.0000000 16.5000000  32.500000 21.000000  3.0000000      4.0000000    0.0000000        4.5000000  0.0000000      0.0000000          25.00000       13.500000             20.000000             2.320000       19.00000
## [161,]               35.75000          80.750000         9.0000000         4.5000000  60.0000000  7.2500000  11.250000  4.750000  2.7500000      5.7500000    0.0000000        0.0000000  0.0000000      0.0000000          25.00000       23.000000             26.250000             3.922500       25.25000
## [162,]               24.80000          46.000000         4.0000000         4.6000000  26.0000000 11.4000000  17.000000 10.800000 11.2000000      3.0000000    0.2000000       12.0000000  0.0000000      0.0000000          20.00000       16.500000             22.000000             2.752000       14.20000
## [163,]               26.33333          57.000000        18.3333333        14.0000000   1.3333333 23.3333333  26.000000  9.666667  1.0000000      1.3333333    0.0000000        1.6666667  0.0000000      0.0000000          26.66667       22.000000             26.666667             3.746667       17.00000
## [164,]               30.33333          48.666667         2.6666667        19.0000000   0.0000000 27.0000000  24.666667 18.666667  3.3333333      1.6666667    0.0000000        3.0000000  0.0000000      0.0000000          26.66667       31.000000             20.000000             2.596667       13.66667
## [165,]               22.00000          33.333333         3.0000000         9.0000000   2.3333333 19.0000000  33.333333 18.333333  1.0000000      3.0000000    0.0000000       12.6666667  0.0000000      0.0000000          26.66667       20.333333             21.666667             2.656667       16.33333
## [166,]               31.25000          64.000000        10.7500000        16.0000000   3.5000000 29.2500000  23.250000 10.750000  1.2500000      2.2500000    0.2500000        2.7500000  0.0000000      0.0000000          26.25000       20.250000             30.000000             4.695000       16.50000
## [167,]               25.50000          31.500000         5.0000000         9.5000000   2.5000000 14.5000000  31.000000 17.500000  3.0000000      4.0000000    0.0000000       10.5000000  2.5000000      0.0000000          25.00000       11.500000             22.500000             2.745000       17.50000
## [168,]               31.33333          55.666667        10.6666667         4.3333333  14.0000000 26.6666667  33.666667  8.333333  1.3333333      3.3333333    0.0000000        0.3333333  0.0000000      0.0000000          26.66667       25.333333             26.666667             3.876667       16.00000
## [169,]               32.66667          64.000000         0.0000000         2.3333333  57.6666667  3.3333333  15.000000  6.666667  4.3333333      2.3333333    0.0000000        3.3333333  3.3333333      1.6666667          25.00000       26.333333             23.333333             3.820000       17.00000
## [170,]               23.00000          13.500000         0.0000000         3.0000000   2.5000000  8.0000000  42.500000 25.500000  3.5000000      4.0000000    0.5000000       10.5000000  0.0000000      0.0000000          22.50000       17.000000             17.500000             1.990000       13.00000
## [171,]               22.00000          24.000000         0.0000000         4.5000000  12.5000000  7.0000000  40.000000 30.000000  3.0000000      3.0000000    0.0000000        0.0000000  0.0000000      0.0000000          25.00000       27.000000             25.000000             3.465000       22.50000
## [172,]               20.50000          27.500000         3.0000000         3.5000000  11.5000000  9.5000000  27.500000 24.000000  6.0000000      5.0000000    0.0000000       10.0000000  0.0000000      0.0000000          27.50000       20.000000             20.000000             2.350000       16.50000
## [173,]               19.00000          15.500000         1.0000000         5.5000000   0.0000000  9.0000000  37.500000 22.000000  6.0000000      4.5000000    0.0000000       15.0000000  0.0000000      0.0000000          25.00000       12.500000             20.000000             1.995000       16.50000
## [174,]               28.00000          39.666667         3.6666667         6.6666667  14.6666667 14.6666667  37.000000 16.000000  3.3333333      2.6666667    0.0000000        1.3333333  0.0000000      0.0000000          21.66667       31.333333             23.333333             3.183333       20.33333
## [175,]               11.66667           1.666667         0.0000000         0.3333333   0.0000000  1.3333333  20.000000  8.666667 15.6666667      3.6666667    0.0000000       37.0000000 13.3333333      0.0000000          18.33333       17.100000             16.666667             1.950000       31.00000
## [176,]               23.00000          15.333333         0.0000000         2.0000000   0.0000000 13.3333333  36.666667 21.666667  7.6666667      2.6666667    1.0000000       13.3333333  0.0000000      1.6666667          23.33333       27.333333             18.333333             1.976667       38.66667
## [177,]               26.20000          29.750000         0.2000000         3.4000000   2.2000000 18.0000000  33.000000 16.000000  1.8000000      1.6000000    0.0000000        3.8000000  0.0000000      0.0000000          22.00000       45.200000             28.000000             4.720000       22.25000
## [178,]               29.42857          42.857143         4.0000000        10.5714286   3.8571429 24.4285714  30.142857 15.571429  3.4285714      1.8571429    0.1428571        6.1428571  0.0000000      0.0000000          23.57143       33.571429             26.428571             4.330000       19.71429
## [179,]               24.00000          34.000000         1.0000000         9.6666667   0.0000000 23.3333333  33.333333 23.666667  4.0000000      1.3333333    0.0000000        7.0000000  0.0000000      0.0000000          26.66667       31.000000             25.000000             3.486667       23.33333
## [180,]               24.50000          27.250000         0.0000000         5.5000000   0.0000000 21.7500000  35.500000 25.750000  3.2500000      4.7500000    0.0000000        3.5000000  0.0000000      0.0000000          23.75000       25.666667             27.500000             4.352500       18.33333
## [181,]               31.00000          52.000000        10.0000000         3.5000000  21.0000000 17.5000000  32.500000  7.500000  0.5000000      3.5000000    0.0000000        4.0000000  0.0000000      0.0000000          30.00000       25.500000             20.000000             2.250000       12.50000
## [182,]               23.25000          37.500000         2.2500000        12.2500000   2.2500000 20.7500000  39.000000 14.750000  4.5000000      0.3750000    0.1250000        1.5000000  0.2500000      2.0000000          20.00000       51.500000             15.000000             1.545000       98.75000
## [183,]               25.50000          32.000000         0.5000000         7.5000000  12.5000000 11.5000000  32.500000 11.500000  1.0000000      3.0000000    2.5000000       17.5000000  0.0000000      0.0000000          27.50000       25.500000             20.000000             1.530000       46.50000
## [184,]               30.66667          47.333333         0.3333333        19.3333333   4.3333333 23.3333333  35.000000 12.333333  2.0000000      1.6666667    0.0000000        1.6666667  0.0000000      0.0000000          23.33333       32.333333             25.000000             3.616667       20.33333
## [185,]               21.50000          22.500000         0.0000000         7.5000000   0.0000000 15.0000000  38.500000 14.500000  2.0000000      5.0000000    0.0000000       17.5000000  0.0000000      0.0000000          22.50000       15.750000             17.500000             1.590000       17.50000
## [186,]               19.50000           9.000000         0.0000000         3.0000000   0.0000000  6.0000000  32.500000 31.500000  3.0000000      5.0000000    1.5000000       17.5000000  0.0000000      0.0000000          27.50000       18.600000             20.000000             2.125000       18.50000
## [187,]               17.33333           2.500000         0.0000000         0.1666667   0.0000000  2.3333333  18.333333 17.000000  3.3333333      9.6666667    0.5000000       45.3333333  3.3333333      0.0000000          26.66667       19.100000             18.333333             1.600000       16.66667
## [188,]               25.33333          22.666667         0.0000000         1.0000000  13.3333333  8.3333333  34.000000 26.000000  4.6666667      2.3333333    0.6666667        9.6666667  0.0000000      0.0000000          23.33333       34.500000             23.333333             3.053333       23.33333
## [189,]               24.40000          27.800000         0.4000000         8.0000000   2.2000000 17.2000000  46.000000 19.800000  0.6000000      1.4000000    0.0000000        2.0000000  0.0000000      2.4000000          25.00000       29.880000             23.000000             3.344000       18.00000
## [190,]               26.60000          25.200000         2.4000000         2.0000000   1.6000000 19.2000000  46.600000 17.200000  1.0000000      2.4000000    0.2000000        7.4000000  0.0000000      0.0000000          22.00000       33.520000             22.000000             2.748000       32.00000
## [191,]               29.00000          42.333333         4.3333333         5.0000000   9.6666667 23.3333333  34.333333 13.333333  0.6666667      6.0000000    0.0000000        3.3333333  0.0000000      0.0000000          25.00000       30.933333             26.666667             3.626667       30.66667
## [192,]               34.00000          76.750000         1.5000000         2.0000000  66.2500000  7.0000000  16.750000  4.250000  0.7500000      1.5000000    0.0000000        0.0000000  0.0000000      0.0000000          23.75000       48.775000             28.250000             4.775000       32.50000
rownames(phwhall_occobject$y)<-rownames(firstcheck_all)

single year of surveying?

phwh_alltax_suff_env_detecthistory<-cbind(phwh_subset_suff_env_detecthistory,streambiotic_suff_biotic_bin)

phwh_alltax_suff_env_detecthistory$date<- as.Date(phwh_alltax_suff_env_detecthistory$date , format = "%Y/%m/%d")

phwh_alltax_suff_env_detecthistory$datecount<-as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory$date-min(phwh_alltax_suff_env_detecthistory$date)+1)

phwh_alltax_suff_env_detecthistory$dayofyear<-format(phwh_alltax_suff_env_detecthistory$date, "%j")


phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory

phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years$year<-year(phwh_alltax_suff_env_detecthistory$date)

phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_2 <- phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years %>%
  group_by(stream_name,year,dayofyear)

summary(factor(phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years$year))
## 2003 2004 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2020 2021 
##   30   17   22   53   55   40    5    8   43   46   48   38    6   49   40   27   64
phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_2008<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years[phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years$year %in% 2008,] %>%
  dplyr::select(-year)


phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_2008_firstcheck<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_2008 %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[1]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, latitude,longitude, date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
                  per_gravel, per_sand, per_silt, per_leaf_woody, per_detritus, 
                  per_clay_hardpan, per_muck, per_artificial, pool_metric_total, 
                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
                  sinuosity, X._canopy_open, temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, 
                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
                  brook_trout, central_mudminnow, central_stoneroller_minnow, 
                  common_shiner, creek_chub, eastern_sand_darter, fantail_darter, 
                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
                  longear_sunfish, longnose_dace, mottled_sculpin, northern_hog_sucker, 
                  pumpkinseed_sunfish, rainbow_darter, rainbow_trout, redbelly_dace, 
                  redside_dace, river_chub, silverjaw_minnow, smallmouth_bass, 
                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
                  warmouth_sunfish, white_sucker, yellow_bullhead_catfish, 
                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
                  leptohyphidae, leptophlebiidae, polymitarcyidae, potamanthidae, 
                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

firstcheck_all_2008<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_2008_firstcheck %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")

phwh_alltax_suff_env_detecthistory_secondcheck_2008<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_2008 %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[2]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, latitude,longitude,date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
                  per_gravel, per_sand, per_silt, per_leaf_woody, per_detritus, 
                  per_clay_hardpan, per_muck, per_artificial, pool_metric_total, 
                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
                  sinuosity, X._canopy_open, temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, 
                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
                  brook_trout, central_mudminnow, central_stoneroller_minnow, 
                  common_shiner, creek_chub, eastern_sand_darter, fantail_darter, 
                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
                  longear_sunfish, longnose_dace, mottled_sculpin, northern_hog_sucker, 
                  pumpkinseed_sunfish, rainbow_darter, rainbow_trout, redbelly_dace, 
                  redside_dace, river_chub, silverjaw_minnow, smallmouth_bass, 
                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
                  warmouth_sunfish, white_sucker, yellow_bullhead_catfish, 
                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
                  leptohyphidae, leptophlebiidae, polymitarcyidae, potamanthidae, 
                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

secondcheck_all_2008<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_secondcheck_2008 %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")


phwh_alltax_suff_env_detecthistory_thirdcheck_2008<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_2008 %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[3]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, latitude,longitude,date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
                  per_gravel, per_sand, per_silt, per_leaf_woody, per_detritus, 
                  per_clay_hardpan, per_muck, per_artificial, pool_metric_total, 
                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
                  sinuosity, X._canopy_open, temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, 
                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
                  brook_trout, central_mudminnow, central_stoneroller_minnow, 
                  common_shiner, creek_chub, eastern_sand_darter, fantail_darter, 
                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
                  longear_sunfish, longnose_dace, mottled_sculpin, northern_hog_sucker, 
                  pumpkinseed_sunfish, rainbow_darter, rainbow_trout, redbelly_dace, 
                  redside_dace, river_chub, silverjaw_minnow, smallmouth_bass, 
                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
                  warmouth_sunfish, white_sucker, yellow_bullhead_catfish, 
                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
                  leptohyphidae, leptophlebiidae, polymitarcyidae, potamanthidae, 
                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

thirdcheck_all_2008<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_thirdcheck_2008 %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")

#stop at third survey - nothing further


sitechecks_2008<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_2008[,c(1,6)]

sitechecks_2008$date<- as.Date(sitechecks_2008$date , format = "%Y/%m/%d")

sitechecks_2008$dayofyear<-format(sitechecks_2008$date, "%j")

sitechecks_2008$datecount<-as.numeric(sitechecks_2008$date-min(sitechecks_2008$date)+1)


sitechecks_2008_surveyhistory<-sitechecks_2008 %>%
  group_by(stream_name) %>% 
  mutate(check=as.character(dense_rank(date))) %>%
  arrange(stream_name) %>% 
  distinct(stream_name, datecount, .keep_all = TRUE) %>%
  spread(check,datecount) %>%
  summarise(`1` = mean(`1`,na.rm=T),
            `2`=mean(`2`,na.rm=T),
            `3`=mean(`3`,na.rm=T),
            )

phwhall_occobject_2008<-list()

phwhall_occobject_2008$y<-array(dim=c(108,36,3))

phwhall_occobject_2008$y <- array(c(as.matrix(firstcheck_all_2008),as.matrix(secondcheck_all_2008),
                               as.matrix(thirdcheck_all_2008)), dim=c(108,36,3))

phwhall_occobject_2008$det.covs$day<-as.matrix(sitechecks_2008_surveyhistory[,2:4])

dayyear_2008<-cbind(as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_2008_firstcheck$dayofyear),as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory_secondcheck_2008$dayofyear),
               as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory_thirdcheck_2008$dayofyear))

phwhall_occobject_2008$det.covs$dayyear<-as.matrix(dayyear_2008)

phwh_subset_suff_env_detecthistory_2008<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_2008 %>% 
  dplyr::select(stream_name,reservation,latitude,longitude,river_basin,date,substrate_metric_total,percent_best_types,per_boulder_slabs,per_boulder_256mm,
         per_bedrock,per_cobble,per_gravel,per_sand,per_silt,per_leaf_woody,per_detritus,per_clay_hardpan,per_muck,per_artificial,pool_metric_total,
         pool_depth_.cm.,bankfull_metric_total,average_bankfull_.m.,sinuosity,X._canopy_open,temp,
         dissolved_oxygen_mgl,ph,conductivity,hmfei_narrative) %>%
  group_by(stream_name, reservation,date)

occcov_2008<-phwh_subset_suff_env_detecthistory_2008 %>% group_by(stream_name) %>% 
  summarise_if(is.numeric, mean, na.rm = TRUE)

occcov_2008_2<-occcov_2008[,c(-1,-4)]

cols<-seq(1,25,1)

occcov_2008_2[,cols] = apply(occcov_2008_2[,cols], 2, function(x) as.numeric(as.character(x)))

occcov_2008_3<-occcov_2008_2[ , colSums(is.na(occcov_2008_2)) == 0]

phwhall_occobject_2008$occ.covs<-as.matrix(occcov_2008_3)

library(rgdal)
d <- data.frame(lon=occcov_2008_3$longitude, lat=occcov_2008_3$latitude)
coordinates(d) <- c("lon", "lat")
proj4string(d) <- CRS("+init=epsg:4326") # WGS 84
CRS.new <- CRS("+init=epsg:3734")
d.3734 <- spTransform(d, CRS.new)
plot(d)

projcoords<-data.frame(d.3734)

phwhall_occobject_2008$coords<-as.matrix(projcoords)

rownames(phwhall_occobject_2008$y)<-rownames(firstcheck_all_2008)



phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_2009<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years[phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years$year %in% 2009,]

phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_2014<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years[phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years$year %in% 2014,]

phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_2015<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years[phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years$year %in% 2015,]

phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_2018<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years[phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years$year %in% 2018,]

occcov_4<-occcov_3
occcov_4$stream_name<-occcov$stream_name

write.csv(occcov_4,"PHWH_occcovs_mean.csv")

#First cycle surveys - 2007-2010

phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_0710<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years[phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years$year %in% c(2007,2008,2009,2010),] %>%
  dplyr::select(-year)


phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_0710_firstcheck<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_0710 %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[1]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, latitude,longitude, date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
                  per_gravel, per_sand, per_silt, per_leaf_woody, per_detritus, 
                  per_clay_hardpan, per_muck, per_artificial, pool_metric_total, 
                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
                  sinuosity, X._canopy_open, temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, 
                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
                  brook_trout, central_mudminnow, central_stoneroller_minnow, 
                  common_shiner, creek_chub, eastern_sand_darter, fantail_darter, 
                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
                  longear_sunfish, longnose_dace, mottled_sculpin, northern_hog_sucker, 
                  pumpkinseed_sunfish, rainbow_darter, rainbow_trout, redbelly_dace, 
                  redside_dace, river_chub, silverjaw_minnow, smallmouth_bass, 
                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
                  warmouth_sunfish, white_sucker, yellow_bullhead_catfish, 
                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
                  leptohyphidae, leptophlebiidae, polymitarcyidae, potamanthidae, 
                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

firstcheck_all_0710<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_0710_firstcheck %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")

phwh_alltax_suff_env_detecthistory_secondcheck_0710<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_0710 %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[2]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, latitude,longitude,date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
                  per_gravel, per_sand, per_silt, per_leaf_woody, per_detritus, 
                  per_clay_hardpan, per_muck, per_artificial, pool_metric_total, 
                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
                  sinuosity, X._canopy_open, temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, 
                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
                  brook_trout, central_mudminnow, central_stoneroller_minnow, 
                  common_shiner, creek_chub, eastern_sand_darter, fantail_darter, 
                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
                  longear_sunfish, longnose_dace, mottled_sculpin, northern_hog_sucker, 
                  pumpkinseed_sunfish, rainbow_darter, rainbow_trout, redbelly_dace, 
                  redside_dace, river_chub, silverjaw_minnow, smallmouth_bass, 
                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
                  warmouth_sunfish, white_sucker, yellow_bullhead_catfish, 
                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
                  leptohyphidae, leptophlebiidae, polymitarcyidae, potamanthidae, 
                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

secondcheck_all_0710<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_secondcheck_0710 %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")


phwh_alltax_suff_env_detecthistory_thirdcheck_0710<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_0710 %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[3]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, latitude,longitude,date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
                  per_gravel, per_sand, per_silt, per_leaf_woody, per_detritus, 
                  per_clay_hardpan, per_muck, per_artificial, pool_metric_total, 
                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
                  sinuosity, X._canopy_open, temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, 
                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
                  brook_trout, central_mudminnow, central_stoneroller_minnow, 
                  common_shiner, creek_chub, eastern_sand_darter, fantail_darter, 
                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
                  longear_sunfish, longnose_dace, mottled_sculpin, northern_hog_sucker, 
                  pumpkinseed_sunfish, rainbow_darter, rainbow_trout, redbelly_dace, 
                  redside_dace, river_chub, silverjaw_minnow, smallmouth_bass, 
                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
                  warmouth_sunfish, white_sucker, yellow_bullhead_catfish, 
                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
                  leptohyphidae, leptophlebiidae, polymitarcyidae, potamanthidae, 
                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

thirdcheck_all_0710<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_thirdcheck_0710 %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")

phwh_alltax_suff_env_detecthistory_fourthcheck_0710<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_0710 %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[4]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, latitude,longitude,date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
                  per_gravel, per_sand, per_silt, per_leaf_woody, per_detritus, 
                  per_clay_hardpan, per_muck, per_artificial, pool_metric_total, 
                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
                  sinuosity, X._canopy_open, temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, 
                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
                  brook_trout, central_mudminnow, central_stoneroller_minnow, 
                  common_shiner, creek_chub, eastern_sand_darter, fantail_darter, 
                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
                  longear_sunfish, longnose_dace, mottled_sculpin, northern_hog_sucker, 
                  pumpkinseed_sunfish, rainbow_darter, rainbow_trout, redbelly_dace, 
                  redside_dace, river_chub, silverjaw_minnow, smallmouth_bass, 
                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
                  warmouth_sunfish, white_sucker, yellow_bullhead_catfish, 
                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
                  leptohyphidae, leptophlebiidae, polymitarcyidae, potamanthidae, 
                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

fourthcheck_all_0710<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_fourthcheck_0710 %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")


phwh_alltax_suff_env_detecthistory_fifthcheck_0710<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_0710 %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[5]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, latitude,longitude,date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
                  per_gravel, per_sand, per_silt, per_leaf_woody, per_detritus, 
                  per_clay_hardpan, per_muck, per_artificial, pool_metric_total, 
                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
                  sinuosity, X._canopy_open, temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, 
                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
                  brook_trout, central_mudminnow, central_stoneroller_minnow, 
                  common_shiner, creek_chub, eastern_sand_darter, fantail_darter, 
                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
                  longear_sunfish, longnose_dace, mottled_sculpin, northern_hog_sucker, 
                  pumpkinseed_sunfish, rainbow_darter, rainbow_trout, redbelly_dace, 
                  redside_dace, river_chub, silverjaw_minnow, smallmouth_bass, 
                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
                  warmouth_sunfish, white_sucker, yellow_bullhead_catfish, 
                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
                  leptohyphidae, leptophlebiidae, polymitarcyidae, potamanthidae, 
                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

fifthcheck_all_0710<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_fifthcheck_0710 %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")

#stop at third survey - nothing further


sitechecks_0710<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_0710[,c(1,6)]

sitechecks_0710$date<- as.Date(sitechecks_0710$date , format = "%Y/%m/%d")

sitechecks_0710$dayofyear<-format(sitechecks_0710$date, "%j")

sitechecks_0710$datecount<-as.numeric(sitechecks_0710$date-min(sitechecks_0710$date)+1)


sitechecks_0710_surveyhistory<-sitechecks_0710 %>%
  group_by(stream_name) %>% 
  mutate(check=as.character(dense_rank(date))) %>%
  arrange(stream_name) %>% 
  distinct(stream_name, datecount, .keep_all = TRUE) %>%
  spread(check,datecount) %>%
  summarise(`1` = mean(`1`,na.rm=T),
            `2`=mean(`2`,na.rm=T),
            `3`=mean(`3`,na.rm=T),
            )

phwhall_occobject_0710<-list()

phwhall_occobject_0710$y<-array(dim=c(108,141,3))

phwhall_occobject_0710$y <- array(c(as.matrix(firstcheck_all_0710),as.matrix(secondcheck_all_0710),
                               as.matrix(thirdcheck_all_0710)), dim=c(108,141,3))

phwhall_occobject_0710$det.covs$day<-as.matrix(sitechecks_0710_surveyhistory[,2:4])

dayyear_0710<-cbind(as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_0710_firstcheck$dayofyear),as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory_secondcheck_0710$dayofyear),
               as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory_thirdcheck_0710$dayofyear))

phwhall_occobject_0710$det.covs$dayyear<-as.matrix(dayyear_0710)

phwh_subset_suff_env_detecthistory_0710<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_0710 %>% 
  dplyr::select(stream_name,reservation,latitude,longitude,river_basin,date,substrate_metric_total,percent_best_types,per_boulder_slabs,per_boulder_256mm,
         per_bedrock,per_cobble,per_gravel,per_sand,per_silt,per_leaf_woody,per_detritus,per_clay_hardpan,per_muck,per_artificial,pool_metric_total,
         pool_depth_.cm.,bankfull_metric_total,average_bankfull_.m.,sinuosity,X._canopy_open,temp,
         dissolved_oxygen_mgl,ph,conductivity,hmfei_narrative) %>%
  group_by(stream_name, reservation,date)

occcov_0710<-phwh_subset_suff_env_detecthistory_0710 %>% group_by(stream_name) %>% 
  summarise_if(is.numeric, mean, na.rm = TRUE)

occcov_0710_2<-occcov_0710[,c(-1,-4)]

cols<-seq(1,25,1)

occcov_0710_2[,cols] = apply(occcov_0710_2[,cols], 2, function(x) as.numeric(as.character(x)))

occcov_0710_3<-occcov_0710_2[ , colSums(is.na(occcov_0710_2)) == 0]

phwhall_occobject_0710$occ.covs<-as.matrix(occcov_0710_3)

library(rgdal)
d <- data.frame(lon=occcov_0710_3$longitude, lat=occcov_0710_3$latitude)
coordinates(d) <- c("lon", "lat")
proj4string(d) <- CRS("+init=epsg:4326") # WGS 84
CRS.new <- CRS("+init=epsg:3734")
d.3734 <- spTransform(d, CRS.new)
plot(d)

projcoords<-data.frame(d.3734)

phwhall_occobject_0710$coords<-as.matrix(projcoords)

rownames(phwhall_occobject_0710$y)<-rownames(firstcheck_all_0710)

#First cycle surveys - 2013-2016

phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_1316<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years[phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years$year %in% c(2013,2014,2015,2016),] %>%
  dplyr::select(-year)


phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_1316_firstcheck<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_1316 %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[1]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, latitude,longitude, date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
                  per_gravel, per_sand, per_silt, per_leaf_woody, per_detritus, 
                  per_clay_hardpan, per_muck, per_artificial, pool_metric_total, 
                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
                  sinuosity, X._canopy_open, temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, 
                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
                  brook_trout, central_mudminnow, central_stoneroller_minnow, 
                  common_shiner, creek_chub, eastern_sand_darter, fantail_darter, 
                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
                  longear_sunfish, longnose_dace, mottled_sculpin, northern_hog_sucker, 
                  pumpkinseed_sunfish, rainbow_darter, rainbow_trout, redbelly_dace, 
                  redside_dace, river_chub, silverjaw_minnow, smallmouth_bass, 
                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
                  warmouth_sunfish, white_sucker, yellow_bullhead_catfish, 
                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
                  leptohyphidae, leptophlebiidae, polymitarcyidae, potamanthidae, 
                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

firstcheck_all_1316<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_1316_firstcheck %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")

phwh_alltax_suff_env_detecthistory_secondcheck_1316<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_1316 %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[2]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, latitude,longitude,date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
                  per_gravel, per_sand, per_silt, per_leaf_woody, per_detritus, 
                  per_clay_hardpan, per_muck, per_artificial, pool_metric_total, 
                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
                  sinuosity, X._canopy_open, temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, 
                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
                  brook_trout, central_mudminnow, central_stoneroller_minnow, 
                  common_shiner, creek_chub, eastern_sand_darter, fantail_darter, 
                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
                  longear_sunfish, longnose_dace, mottled_sculpin, northern_hog_sucker, 
                  pumpkinseed_sunfish, rainbow_darter, rainbow_trout, redbelly_dace, 
                  redside_dace, river_chub, silverjaw_minnow, smallmouth_bass, 
                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
                  warmouth_sunfish, white_sucker, yellow_bullhead_catfish, 
                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
                  leptohyphidae, leptophlebiidae, polymitarcyidae, potamanthidae, 
                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

secondcheck_all_1316<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_secondcheck_1316 %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")


phwh_alltax_suff_env_detecthistory_thirdcheck_1316<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_1316 %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[3]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, latitude,longitude,date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
                  per_gravel, per_sand, per_silt, per_leaf_woody, per_detritus, 
                  per_clay_hardpan, per_muck, per_artificial, pool_metric_total, 
                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
                  sinuosity, X._canopy_open, temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, 
                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
                  brook_trout, central_mudminnow, central_stoneroller_minnow, 
                  common_shiner, creek_chub, eastern_sand_darter, fantail_darter, 
                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
                  longear_sunfish, longnose_dace, mottled_sculpin, northern_hog_sucker, 
                  pumpkinseed_sunfish, rainbow_darter, rainbow_trout, redbelly_dace, 
                  redside_dace, river_chub, silverjaw_minnow, smallmouth_bass, 
                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
                  warmouth_sunfish, white_sucker, yellow_bullhead_catfish, 
                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
                  leptohyphidae, leptophlebiidae, polymitarcyidae, potamanthidae, 
                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

thirdcheck_all_1316<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_thirdcheck_1316 %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")

phwh_alltax_suff_env_detecthistory_fourthcheck_1316<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_1316 %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[4]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, latitude,longitude,date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
                  per_gravel, per_sand, per_silt, per_leaf_woody, per_detritus, 
                  per_clay_hardpan, per_muck, per_artificial, pool_metric_total, 
                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
                  sinuosity, X._canopy_open, temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, 
                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
                  brook_trout, central_mudminnow, central_stoneroller_minnow, 
                  common_shiner, creek_chub, eastern_sand_darter, fantail_darter, 
                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
                  longear_sunfish, longnose_dace, mottled_sculpin, northern_hog_sucker, 
                  pumpkinseed_sunfish, rainbow_darter, rainbow_trout, redbelly_dace, 
                  redside_dace, river_chub, silverjaw_minnow, smallmouth_bass, 
                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
                  warmouth_sunfish, white_sucker, yellow_bullhead_catfish, 
                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
                  leptohyphidae, leptophlebiidae, polymitarcyidae, potamanthidae, 
                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

fourthcheck_all_1316<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_fourthcheck_1316 %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")


phwh_alltax_suff_env_detecthistory_fifthcheck_1316<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_1316 %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[5]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, latitude,longitude,date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
                  per_gravel, per_sand, per_silt, per_leaf_woody, per_detritus, 
                  per_clay_hardpan, per_muck, per_artificial, pool_metric_total, 
                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
                  sinuosity, X._canopy_open, temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, 
                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
                  brook_trout, central_mudminnow, central_stoneroller_minnow, 
                  common_shiner, creek_chub, eastern_sand_darter, fantail_darter, 
                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
                  longear_sunfish, longnose_dace, mottled_sculpin, northern_hog_sucker, 
                  pumpkinseed_sunfish, rainbow_darter, rainbow_trout, redbelly_dace, 
                  redside_dace, river_chub, silverjaw_minnow, smallmouth_bass, 
                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
                  warmouth_sunfish, white_sucker, yellow_bullhead_catfish, 
                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
                  leptohyphidae, leptophlebiidae, polymitarcyidae, potamanthidae, 
                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

fifthcheck_all_1316<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_fifthcheck_1316 %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")

#stop at third survey - not much further


sitechecks_1316<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_1316[,c(1,6)]

sitechecks_1316$date<- as.Date(sitechecks_1316$date , format = "%Y/%m/%d")

sitechecks_1316$dayofyear<-format(sitechecks_1316$date, "%j")

sitechecks_1316$datecount<-as.numeric(sitechecks_1316$date-min(sitechecks_1316$date)+1)


sitechecks_1316_surveyhistory<-sitechecks_1316 %>%
  group_by(stream_name) %>% 
  mutate(check=as.character(dense_rank(date))) %>%
  arrange(stream_name) %>% 
  distinct(stream_name, datecount, .keep_all = TRUE) %>%
  spread(check,datecount) %>%
  summarise(`1` = mean(`1`,na.rm=T),
            `2`=mean(`2`,na.rm=T),
            `3`=mean(`3`,na.rm=T),
            )

phwhall_occobject_1316<-list()

phwhall_occobject_1316$y<-array(dim=c(108,154,3))

phwhall_occobject_1316$y <- array(c(as.matrix(firstcheck_all_1316),as.matrix(secondcheck_all_1316),
                               as.matrix(thirdcheck_all_1316)), dim=c(108,154,3))

phwhall_occobject_1316$det.covs$day<-as.matrix(sitechecks_1316_surveyhistory[,2:4])

dayyear_1316<-cbind(as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_1316_firstcheck$dayofyear),as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory_secondcheck_1316$dayofyear),
               as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory_thirdcheck_1316$dayofyear))

phwhall_occobject_1316$det.covs$dayyear<-as.matrix(dayyear_1316)

phwh_subset_suff_env_detecthistory_1316<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_1316 %>% 
  dplyr::select(stream_name,reservation,latitude,longitude,river_basin,date,substrate_metric_total,percent_best_types,per_boulder_slabs,per_boulder_256mm,
         per_bedrock,per_cobble,per_gravel,per_sand,per_silt,per_leaf_woody,per_detritus,per_clay_hardpan,per_muck,per_artificial,pool_metric_total,
         pool_depth_.cm.,bankfull_metric_total,average_bankfull_.m.,sinuosity,X._canopy_open,temp,
         dissolved_oxygen_mgl,ph,conductivity,hmfei_narrative) %>%
  group_by(stream_name, reservation,date)

occcov_1316<-phwh_subset_suff_env_detecthistory_1316 %>% group_by(stream_name) %>% 
  summarise_if(is.numeric, mean, na.rm = TRUE)

occcov_1316_2<-occcov_1316[,c(-1,-4)]

cols<-seq(1,25,1)

occcov_1316_2[,cols] = apply(occcov_1316_2[,cols], 2, function(x) as.numeric(as.character(x)))

occcov_1316_3<-occcov_1316_2[ , colSums(is.na(occcov_1316_2)) == 0]

phwhall_occobject_1316$occ.covs<-as.matrix(occcov_1316_3)

library(rgdal)
d <- data.frame(lon=occcov_1316_3$longitude, lat=occcov_1316_3$latitude)
coordinates(d) <- c("lon", "lat")
proj4string(d) <- CRS("+init=epsg:4326") # WGS 84
CRS.new <- CRS("+init=epsg:3734")
d.3734 <- spTransform(d, CRS.new)
plot(d)

projcoords<-data.frame(d.3734)

phwhall_occobject_1316$coords<-as.matrix(projcoords)

rownames(phwhall_occobject_1316$y)<-rownames(firstcheck_all_1316)

#First cycle surveys - 2017-2021

phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_1821<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years[phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years$year %in% c(2018,2019,2020,2021),] %>%
  dplyr::select(-year)


phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_1821_firstcheck<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_1821 %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[1]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, latitude,longitude, date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
                  per_gravel, per_sand, per_silt, per_leaf_woody, per_detritus, 
                  per_clay_hardpan, per_muck, per_artificial, pool_metric_total, 
                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
                  sinuosity, X._canopy_open, temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, 
                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
                  brook_trout, central_mudminnow, central_stoneroller_minnow, 
                  common_shiner, creek_chub, eastern_sand_darter, fantail_darter, 
                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
                  longear_sunfish, longnose_dace, mottled_sculpin, northern_hog_sucker, 
                  pumpkinseed_sunfish, rainbow_darter, rainbow_trout, redbelly_dace, 
                  redside_dace, river_chub, silverjaw_minnow, smallmouth_bass, 
                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
                  warmouth_sunfish, white_sucker, yellow_bullhead_catfish, 
                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
                  leptohyphidae, leptophlebiidae, polymitarcyidae, potamanthidae, 
                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

firstcheck_all_1821<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_1821_firstcheck %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")

phwh_alltax_suff_env_detecthistory_secondcheck_1821<- phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_1821 %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[2]))) %>% 
  unnest(cols = c(reservation, river_basin, latitude,longitude,date, substrate_metric_total, percent_best_types, 
                  per_boulder_slabs, per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, 
                  per_gravel, per_sand, per_silt, per_leaf_woody, per_detritus, 
                  per_clay_hardpan, per_muck, per_artificial, pool_metric_total, 
                  pool_depth_.cm., bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., 
                  sinuosity, X._canopy_open, temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, 
                  conductivity, hmfei_narrative, streambiotic_suff_mtdusky, 
                  streambiotic_suff_nodusky, streambiotic_suff_twolined, streambiotic_suff_longtail, 
                  streambiotic_suff_red, streambiotic_suff_mole, streambiotic_suff_fourtoed, 
                  streambiotic_suff_redback, streambiotic_suff_slimy, blacknose_dace, 
                  bluegill_sunfish, bluntnose_minnow, brindled_madtom, brook_stickleback, 
                  brook_trout, central_mudminnow, central_stoneroller_minnow, 
                  common_shiner, creek_chub, eastern_sand_darter, fantail_darter, 
                  fathead_minnow, golden_shiner, goldfish, grass_pickerel, 
                  greenside_darter, green_sunfish, johnny_darter, largemouth_bass, 
                  longear_sunfish, longnose_dace, mottled_sculpin, northern_hog_sucker, 
                  pumpkinseed_sunfish, rainbow_darter, rainbow_trout, redbelly_dace, 
                  redside_dace, river_chub, silverjaw_minnow, smallmouth_bass, 
                  spotfin_shiner, stonecat_madtom, striped_shiner, trout_perch, 
                  warmouth_sunfish, white_sucker, yellow_bullhead_catfish, 
                  sessile_animals, aquatic_worms, sow_bugs, scuds, water_mites, 
                  damselfly_nymphs, alderfly_larvae, other_beetles, crayfish, 
                  dragonfly_nymphs, riffle_beetles, other_flies, midges, snails, 
                  clams, fishfly_larvae, water_penny_beetles, cranefly_larvae, 
                  ameletidae, arthropleidae, baetidae, baetiscidae, caenidae, 
                  ephemerellidae, ephemeridae, heptageniidae, isonychiidae, 
                  leptohyphidae, leptophlebiidae, polymitarcyidae, potamanthidae, 
                  pseudironidae, siphlonuridae, capniidae, chloroperlidae, 
                  leuctridae, nemouridae, peltoperlidae, perlidae, perlodidae, 
                  pteronarcyidae, taeniopterygidae, brachycentridae, dipseuodopsidae, 
                  glossosomatidae, goeridae, helicopsychidae, hydropsychidae, 
                  hydroptilidae, lepidostomatidae, leptoceridae, limnephilidae, 
                  molannidae, odontoceridae, philopotamidae, phryganeidae, 
                  polycentropodidae, psychomiidae, rhyacophilidae, uenoidae, 
                  datecount, dayofyear))

secondcheck_all_1821<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_secondcheck_1821 %>%
  dplyr::select(streambiotic_suff_mtdusky:uenoidae) %>%
  rownames_to_column() %>%
  pivot_longer(-rowname) %>%
  pivot_wider(names_from=rowname) %>%
  column_to_rownames(var = "name")



#stop at second survey - not much further

sitechecks_1821<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_1821[,c(1,6)]

sitechecks_1821$date<- as.Date(sitechecks_1821$date , format = "%Y/%m/%d")

sitechecks_1821$dayofyear<-format(sitechecks_1821$date, "%j")

sitechecks_1821$datecount<-as.numeric(sitechecks_1821$date-min(sitechecks_1821$date)+1)


sitechecks_1821_surveyhistory<-sitechecks_1821 %>%
  group_by(stream_name) %>% 
  mutate(check=as.character(dense_rank(date))) %>%
  arrange(stream_name) %>% 
  distinct(stream_name, datecount, .keep_all = TRUE) %>%
  spread(check,datecount) %>%
  summarise(`1` = mean(`1`,na.rm=T),
            `2`=mean(`2`,na.rm=T)
            )

phwhall_occobject_1821<-list()

phwhall_occobject_1821$y<-array(dim=c(108,171,2))

phwhall_occobject_1821$y <- array(c(as.matrix(firstcheck_all_1821),as.matrix(secondcheck_all_1821)), dim=c(108,171,2))

phwhall_occobject_1821$det.covs$day<-as.matrix(sitechecks_1821_surveyhistory[,2:3])

dayyear_1821<-cbind(as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_1821_firstcheck$dayofyear),as.numeric(phwh_alltax_suff_env_detecthistory_secondcheck_1821$dayofyear))

phwhall_occobject_1821$det.covs$dayyear<-as.matrix(dayyear_1821)

phwh_subset_suff_env_detecthistory_1821<-phwh_alltax_suff_env_detecthistory_years_1821 %>% 
  dplyr::select(stream_name,reservation,latitude,longitude,river_basin,date,substrate_metric_total,percent_best_types,per_boulder_slabs,per_boulder_256mm,
         per_bedrock,per_cobble,per_gravel,per_sand,per_silt,per_leaf_woody,per_detritus,per_clay_hardpan,per_muck,per_artificial,pool_metric_total,
         pool_depth_.cm.,bankfull_metric_total,average_bankfull_.m.,sinuosity,X._canopy_open,temp,
         dissolved_oxygen_mgl,ph,conductivity,hmfei_narrative) %>%
  group_by(stream_name, reservation,date)

occcov_1821<-phwh_subset_suff_env_detecthistory_1821 %>% group_by(stream_name) %>% 
  summarise_if(is.numeric, mean, na.rm = TRUE)

occcov_1821_2<-occcov_1821[,c(-1,-4)]

cols<-seq(1,25,1)

occcov_1821_2[,cols] = apply(occcov_1821_2[,cols], 2, function(x) as.numeric(as.character(x)))

occcov_1821_3<-occcov_1821_2[ , colSums(is.na(occcov_1821_2)) == 0]

phwhall_occobject_1821$occ.covs<-as.matrix(occcov_1821_3)

library(rgdal)
d <- data.frame(lon=occcov_1821_3$longitude, lat=occcov_1821_3$latitude)
coordinates(d) <- c("lon", "lat")
proj4string(d) <- CRS("+init=epsg:4326") # WGS 84
CRS.new <- CRS("+init=epsg:3734")
d.3734 <- spTransform(d, CRS.new)
plot(d)

projcoords<-data.frame(d.3734)

phwhall_occobject_1821$coords<-as.matrix(projcoords)

rownames(phwhall_occobject_1821$y)<-rownames(firstcheck_all_1821)

RDAs

library(vegan)

p_alltax_step_0<-rda(streambioticsum_suff_biotic_bin~1,occcov_3[,-1],scale=T)
p_alltax_step_1<-rda(streambioticsum_suff_biotic_bin~.,occcov_3[,-1],scale=T)

set.seed(12345)
p_alltax_step<- ordistep(p_alltax_step_0, scope = formula(p_alltax_step_1))
## 
## Start: streambioticsum_suff_biotic_bin ~ 1 
## 
##                         Df    AIC      F Pr(>F)   
## + pool_depth_.cm.        1 802.90 4.5215  0.005 **
## + bankfull_metric_total  1 803.39 4.0226  0.005 **
## + average_bankfull_.m.   1 803.42 3.9945  0.005 **
## + per_sand               1 803.96 3.4480  0.005 **
## + percent_best_types     1 804.18 3.2291  0.005 **
## + per_cobble             1 804.21 3.1975  0.005 **
## + per_clay_hardpan       1 804.48 2.9274  0.005 **
## + pool_metric_total      1 804.89 2.5114  0.005 **
## + per_bedrock            1 805.21 2.1893  0.005 **
## + per_detritus           1 804.89 2.5072  0.010 **
## + X._canopy_open         1 805.00 2.3983  0.010 **
## + per_boulder_256mm      1 805.32 2.0847  0.015 * 
## + per_gravel             1 805.50 1.8972  0.020 * 
## + per_boulder_slabs      1 805.66 1.7380  0.020 * 
## + per_leaf_woody         1 804.72 2.6799  0.035 * 
## + per_silt               1 805.90 1.4983  0.120   
## + per_muck               1 806.22 1.1828  0.230   
## + per_artificial         1 806.33 1.0733  0.270   
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
## Step: streambioticsum_suff_biotic_bin ~ pool_depth_.cm. 
## 
##                   Df    AIC      F Pr(>F)   
## - pool_depth_.cm.  1 805.41 4.5215  0.005 **
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
##                         Df    AIC      F Pr(>F)   
## + per_sand               1 801.09 3.7809  0.005 **
## + percent_best_types     1 801.53 3.3386  0.005 **
## + per_cobble             1 801.86 3.0134  0.005 **
## + per_clay_hardpan       1 802.17 2.7046  0.005 **
## + average_bankfull_.m.   1 802.26 2.6126  0.005 **
## + bankfull_metric_total  1 802.26 2.6096  0.005 **
## + per_bedrock            1 802.47 2.4053  0.005 **
## + pool_metric_total      1 802.73 2.1430  0.010 **
## + per_boulder_256mm      1 803.07 1.8085  0.020 * 
## + per_detritus           1 802.88 1.9947  0.035 * 
## + per_boulder_slabs      1 803.07 1.8075  0.045 * 
## + per_leaf_woody         1 802.54 2.3336  0.055 . 
## + X._canopy_open         1 803.33 1.5479  0.075 . 
## + per_silt               1 803.29 1.5903  0.105   
## + per_muck               1 803.55 1.3271  0.165   
## + per_artificial         1 803.88 0.9982  0.375   
## + per_gravel             1 803.91 0.9709  0.500   
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
## Step: streambioticsum_suff_biotic_bin ~ pool_depth_.cm. + per_sand 
## 
##                   Df    AIC      F Pr(>F)   
## - per_sand         1 802.90 3.7809  0.005 **
## - pool_depth_.cm.  1 803.96 4.8506  0.005 **
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
##                         Df    AIC      F Pr(>F)   
## + per_cobble             1 799.42 3.6300  0.005 **
## + percent_best_types     1 799.69 3.3648  0.005 **
## + per_boulder_256mm      1 800.81 2.2442  0.005 **
## + per_clay_hardpan       1 800.53 2.5259  0.010 **
## + per_leaf_woody         1 800.70 2.3572  0.020 * 
## + pool_metric_total      1 801.11 1.9516  0.025 * 
## + per_boulder_slabs      1 801.30 1.7674  0.035 * 
## + bankfull_metric_total  1 801.55 1.5150  0.035 * 
## + average_bankfull_.m.   1 801.58 1.4917  0.045 * 
## + per_gravel             1 801.67 1.3991  0.050 * 
## + per_detritus           1 801.28 1.7823  0.055 . 
## + X._canopy_open         1 801.50 1.5649  0.085 . 
## + per_silt               1 801.45 1.6167  0.090 . 
## + per_muck               1 801.80 1.2690  0.205   
## + per_bedrock            1 801.96 1.1126  0.260   
## + per_artificial         1 802.20 0.8715  0.430   
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
## Step: streambioticsum_suff_biotic_bin ~ pool_depth_.cm. + per_sand +      per_cobble 
## 
##                   Df    AIC      F Pr(>F)   
## - per_cobble       1 801.09 3.6300  0.005 **
## - per_sand         1 801.86 4.3959  0.005 **
## - pool_depth_.cm.  1 802.48 5.0177  0.005 **
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
##                         Df    AIC      F Pr(>F)   
## + percent_best_types     1 799.05 2.3189  0.005 **
## + per_gravel             1 799.28 2.0932  0.005 **
## + per_bedrock            1 799.25 2.1252  0.010 **
## + pool_metric_total      1 799.46 1.9175  0.015 * 
## + per_boulder_256mm      1 799.70 1.6818  0.020 * 
## + per_clay_hardpan       1 799.62 1.7635  0.035 * 
## + bankfull_metric_total  1 799.98 1.4126  0.045 * 
## + per_detritus           1 799.42 1.9620  0.055 . 
## + per_leaf_woody         1 799.49 1.8927  0.085 . 
## + X._canopy_open         1 799.92 1.4691  0.095 . 
## + average_bankfull_.m.   1 800.07 1.3171  0.120   
## + per_silt               1 799.94 1.4520  0.140   
## + per_muck               1 800.49 0.9114  0.480   
## + per_artificial         1 800.63 0.7713  0.590   
## + per_boulder_slabs      1 800.56 0.8403  0.655   
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
## Step: streambioticsum_suff_biotic_bin ~ pool_depth_.cm. + per_sand +      per_cobble + percent_best_types 
## 
##                      Df    AIC      F Pr(>F)   
## - percent_best_types  1 799.42 2.3189  0.005 **
## - per_cobble          1 799.69 2.5812  0.005 **
## - per_sand            1 801.34 4.2206  0.005 **
## - pool_depth_.cm.     1 802.07 4.9446  0.005 **
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
##                         Df    AIC      F Pr(>F)   
## + pool_metric_total      1 799.01 1.9918  0.005 **
## + per_gravel             1 799.03 1.9698  0.005 **
## + bankfull_metric_total  1 799.31 1.6932  0.020 * 
## + average_bankfull_.m.   1 799.52 1.4922  0.025 * 
## + per_boulder_256mm      1 799.56 1.4572  0.040 * 
## + per_detritus           1 798.75 2.2431  0.050 * 
## + per_clay_hardpan       1 799.55 1.4652  0.080 . 
## + per_leaf_woody         1 799.58 1.4369  0.125   
## + X._canopy_open         1 799.56 1.4493  0.140   
## + per_silt               1 799.75 1.2635  0.145   
## + per_bedrock            1 799.87 1.1533  0.230   
## + per_muck               1 800.20 0.8287  0.595   
## + per_artificial         1 800.31 0.7234  0.655   
## + per_boulder_slabs      1 800.20 0.8273  0.765   
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
## Step: streambioticsum_suff_biotic_bin ~ pool_depth_.cm. + per_sand +      per_cobble + percent_best_types + pool_metric_total 
## 
##                      Df    AIC      F Pr(>F)   
## - pool_metric_total   1 799.05 1.9918  0.010 **
## - percent_best_types  1 799.46 2.3913  0.005 **
## - per_cobble          1 799.69 2.6133  0.005 **
## - per_sand            1 801.47 4.3697  0.005 **
## - pool_depth_.cm.     1 801.62 4.5187  0.005 **
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
##                         Df    AIC      F Pr(>F)  
## + per_gravel             1 799.36 1.5918  0.020 *
## + bankfull_metric_total  1 799.30 1.6499  0.030 *
## + per_detritus           1 799.09 1.8610  0.040 *
## + average_bankfull_.m.   1 799.46 1.5008  0.040 *
## + per_boulder_256mm      1 799.49 1.4678  0.055 .
## + X._canopy_open         1 799.50 1.4606  0.090 .
## + per_silt               1 799.70 1.2654  0.165  
## + per_clay_hardpan       1 799.69 1.2726  0.185  
## + per_leaf_woody         1 799.84 1.1275  0.205  
## + per_bedrock            1 799.82 1.1530  0.220  
## + per_muck               1 800.14 0.8375  0.585  
## + per_artificial         1 800.26 0.7267  0.685  
## + per_boulder_slabs      1 800.13 0.8447  0.715  
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
## Step: streambioticsum_suff_biotic_bin ~ pool_depth_.cm. + per_sand +      per_cobble + percent_best_types + pool_metric_total + per_gravel 
## 
##                      Df    AIC      F Pr(>F)   
## - pool_metric_total   1 799.03 1.6137  0.045 * 
## - per_gravel          1 799.01 1.5918  0.025 * 
## - percent_best_types  1 799.47 2.0395  0.005 **
## - per_cobble          1 800.55 3.0975  0.005 **
## - pool_depth_.cm.     1 801.24 3.7754  0.005 **
## - per_sand            1 801.87 4.3891  0.005 **
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
##                         Df    AIC      F Pr(>F)  
## + per_detritus           1 799.49 1.8097  0.040 *
## + per_boulder_256mm      1 799.85 1.4568  0.040 *
## + average_bankfull_.m.   1 799.94 1.3712  0.075 .
## + bankfull_metric_total  1 799.94 1.3731  0.080 .
## + per_silt               1 800.01 1.2985  0.125  
## + X._canopy_open         1 799.86 1.4509  0.145  
## + per_leaf_woody         1 800.04 1.2770  0.185  
## + per_bedrock            1 800.14 1.1760  0.270  
## + per_muck               1 800.43 0.9020  0.505  
## + per_clay_hardpan       1 800.46 0.8665  0.550  
## + per_boulder_slabs      1 800.45 0.8783  0.620  
## + per_artificial         1 800.59 0.7388  0.625  
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
## Step: streambioticsum_suff_biotic_bin ~ pool_depth_.cm. + per_sand +      per_cobble + percent_best_types + pool_metric_total + per_gravel +      per_detritus 
## 
##                      Df    AIC      F Pr(>F)   
## - pool_metric_total   1 798.90 1.3593  0.120   
## - per_detritus        1 799.36 1.8097  0.075 . 
## - per_gravel          1 799.09 1.5420  0.045 * 
## - percent_best_types  1 799.74 2.1778  0.005 **
## - per_cobble          1 800.75 3.1549  0.005 **
## - pool_depth_.cm.     1 801.16 3.5604  0.005 **
## - per_sand            1 802.05 4.4257  0.005 **
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
## Step: streambioticsum_suff_biotic_bin ~ pool_depth_.cm. + per_sand +      per_cobble + percent_best_types + per_gravel + per_detritus 
## 
##                         Df    AIC      F Pr(>F)  
## + average_bankfull_.m.   1 799.47 1.3693  0.065 .
## + bankfull_metric_total  1 799.50 1.3497  0.075 .
## + per_boulder_256mm      1 799.42 1.4209  0.085 .
## + pool_metric_total      1 799.49 1.3593  0.085 .
## + per_leaf_woody         1 799.40 1.4429  0.090 .
## + per_silt               1 799.54 1.3035  0.110  
## + X._canopy_open         1 799.38 1.4610  0.125  
## + per_bedrock            1 799.69 1.1603  0.205  
## + per_boulder_slabs      1 799.88 0.9771  0.455  
## + per_muck               1 799.93 0.9346  0.490  
## + per_artificial         1 800.00 0.8632  0.490  
## + per_clay_hardpan       1 799.98 0.8825  0.520  
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
##                      Df    AIC      F Pr(>F)   
## - per_detritus        1 799.03 2.0671  0.050 * 
## - per_gravel          1 798.75 1.7955  0.005 **
## - percent_best_types  1 799.40 2.4251  0.005 **
## - per_cobble          1 800.16 3.1717  0.005 **
## - pool_depth_.cm.     1 800.59 3.5907  0.005 **
## - per_sand            1 801.46 4.4482  0.005 **
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
##                         Df    AIC      F Pr(>F)  
## + per_boulder_256mm      1 799.42 1.4209  0.050 *
## + average_bankfull_.m.   1 799.47 1.3693  0.055 .
## + pool_metric_total      1 799.49 1.3593  0.095 .
## + X._canopy_open         1 799.38 1.4610  0.115  
## + bankfull_metric_total  1 799.50 1.3497  0.120  
## + per_silt               1 799.54 1.3035  0.140  
## + per_leaf_woody         1 799.40 1.4429  0.155  
## + per_bedrock            1 799.69 1.1603  0.235  
## + per_boulder_slabs      1 799.88 0.9771  0.420  
## + per_artificial         1 800.00 0.8632  0.465  
## + per_muck               1 799.93 0.9346  0.485  
## + per_clay_hardpan       1 799.98 0.8825  0.525  
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
## Step: streambioticsum_suff_biotic_bin ~ pool_depth_.cm. + per_sand +      per_cobble + percent_best_types + per_gravel + per_detritus +      per_boulder_256mm 
## 
##                      Df    AIC      F Pr(>F)   
## - per_boulder_256mm   1 798.90 1.4209  0.055 . 
## - per_detritus        1 799.56 2.0625  0.050 * 
## - per_gravel          1 799.27 1.7755  0.015 * 
## - percent_best_types  1 799.75 2.2417  0.005 **
## - per_cobble          1 800.63 3.0992  0.005 **
## - pool_depth_.cm.     1 800.69 3.1551  0.005 **
## - per_sand            1 801.79 4.2366  0.005 **
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
##                         Df    AIC      F Pr(>F)  
## + average_bankfull_.m.   1 800.03 1.3263  0.070 .
## + pool_metric_total      1 799.97 1.3866  0.090 .
## + X._canopy_open         1 799.90 1.4569  0.115  
## + bankfull_metric_total  1 800.04 1.3234  0.125  
## + per_leaf_woody         1 799.86 1.4939  0.145  
## + per_silt               1 800.07 1.2893  0.165  
## + per_artificial         1 800.45 0.9242  0.440  
## + per_muck               1 800.43 0.9465  0.465  
## + per_clay_hardpan       1 800.50 0.8817  0.470  
## + per_boulder_slabs      1 800.42 0.9557  0.485  
## + per_bedrock            1 800.49 0.8919  0.690  
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
p_alltax_step
## Call: rda(formula = streambioticsum_suff_biotic_bin ~ pool_depth_.cm. + per_sand + per_cobble + percent_best_types + per_gravel + per_detritus + per_boulder_256mm, data = occcov_3[, -1], scale = T)
## 
##                Inertia Proportion Rank
## Total         66.00000    1.00000     
## Constrained    6.52586    0.09888    7
## Unconstrained 59.47414    0.90112   66
## Inertia is correlations 
## 
## Eigenvalues for constrained axes:
##   RDA1   RDA2   RDA3   RDA4   RDA5   RDA6   RDA7 
## 2.6830 1.5345 1.0334 0.5284 0.3645 0.2091 0.1730 
## 
## Eigenvalues for unconstrained axes:
##   PC1   PC2   PC3   PC4   PC5   PC6   PC7   PC8 
## 7.290 3.042 2.498 2.315 1.980 1.889 1.765 1.653 
## (Showing 8 of 66 unconstrained eigenvalues)
anova(p_alltax_step)
## Permutation test for rda under reduced model
## Permutation: free
## Number of permutations: 999
## 
## Model: rda(formula = streambioticsum_suff_biotic_bin ~ pool_depth_.cm. + per_sand + per_cobble + percent_best_types + per_gravel + per_detritus + per_boulder_256mm, data = occcov_3[, -1], scale = T)
##           Df Variance      F Pr(>F)    
## Model      7    6.526 2.8842  0.001 ***
## Residual 184   59.474                  
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
anova(p_alltax_step,by="term")
## Permutation test for rda under reduced model
## Terms added sequentially (first to last)
## Permutation: free
## Number of permutations: 999
## 
## Model: rda(formula = streambioticsum_suff_biotic_bin ~ pool_depth_.cm. + per_sand + per_cobble + percent_best_types + per_gravel + per_detritus + per_boulder_256mm, data = occcov_3[, -1], scale = T)
##                     Df Variance      F Pr(>F)    
## pool_depth_.cm.      1    1.534 4.7462  0.001 ***
## per_sand             1    1.264 3.9115  0.001 ***
## per_cobble           1    1.197 3.7039  0.001 ***
## percent_best_types   1    0.759 2.3497  0.003 ** 
## per_gravel           1    0.642 1.9856  0.006 ** 
## per_detritus         1    0.670 2.0718  0.039 *  
## per_boulder_256mm    1    0.459 1.4209  0.064 .  
## Residual           184   59.474                  
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
library(ggord)

phwh_salamander_suff_sum_bin<-phwh_salamander_suff_sum %>% mutate_if(is.numeric, ~1 * (. >= 1))

phwh_salamander_suff_env_detecthistory<-cbind(phwh_subset_suff_env_detecthistory,phwh_salamander_suff_sum_bin[,-1:-2])


phwh_salamander_suff_env_detecthistory$datecount<-sitechecks$datecount

phwh_salamander_suff_env_detecthistory$dayofyear<-sitechecks$dayofyear



phwh_salamander_suff_env_detecthistory<-phwh_salamander_suff_env_detecthistory %>%
  dplyr::select(!c(latitude,longitude))


phwh_subset_suff_env_detecthistory_first<- phwh_salamander_suff_env_detecthistory %>% group_by(stream_name) %>% 
  arrange(datecount) %>% 
  summarise_all(funs(list(.[1]))) %>% 
  unnest(cols = c(date, reservation, river_basin,hmfei_narrative, substrate_metric_total, percent_best_types, per_boulder_slabs, 
                  per_boulder_256mm, per_bedrock, per_cobble, per_gravel, per_sand, 
                  per_silt, per_leaf_woody, per_detritus, per_clay_hardpan, 
                  per_muck, per_artificial, pool_metric_total, pool_depth_.cm., 
                  bankfull_metric_total, average_bankfull_.m., sinuosity, X._canopy_open, 
                  temp, dissolved_oxygen_mgl, ph, conductivity, mtdusky, nodusky, 
                  twolined, longtail, red, mole, fourtoed, redback, slimy, 
                  datecount, dayofyear))


hmfei_narrative<-phwh_subset_suff_env_detecthistory_first$hmfei_narrative

ggord(p_alltax_step,  xlim=c(-1,1.25),ylim = c(-1.25, 0.75),txt=4,arrow=TRUE,ptslab=TRUE,addsize=3, size =4,grp_in=hmfei_narrative)

This sets up a fairly clear contrast between substrate sandiness and most other substrate metrics.

taxa most differentiated with axes

## most differentiated taxa

plot_df <- scores(p_alltax_step, display = "sites") %>% 
  as.data.frame() 
plot_df$stream_name<-streambioticsum_suff$stream_name

plot_df <- plot_df %>%
  full_join(streambioticsum_suff, by = "stream_name")

# envfit() takes the output of metaMDS() and the species matrix you created
fitrdaall <- envfit(p_alltax_step, streambioticsum_suff_biotic_bin, perm = 999) 

# extract p-values for each species
fitrdaall_pvals <- fitrdaall$vectors$pvals %>% 
  as.data.frame() %>% 
  rownames_to_column("species") %>% 
  dplyr::rename("pvals" = ".")

# extract coordinates for species, only keep species with p-val = 0.001
fit_spp <- fitrdaall %>% 
  scores(., display = "vectors") %>% 
  as.data.frame() %>% 
  rownames_to_column("species") %>% 
  full_join(., fitrdaall_pvals, by = "species") %>% 
  filter(pvals == 0.001)

rdaall_plot_new <- ggplot(plot_df, aes(x = RDA1, y = RDA2)) +
  coord_fixed() +
  geom_point(aes(color = hmfei_narrative), size = 3, alpha = 0.8) +
  stat_ellipse(aes(color = hmfei_narrative)) +
  geom_segment(data = fit_spp, aes(x = 0, xend = RDA1, y = 0, yend = RDA2),
               col = "black") +
  geom_text(data = fit_spp, aes(label = species)) 
rdaall_plot_new

fit_spp
##                          species         RDA1         RDA2 pvals
## 1   streambioticsum_suff_nodusky -0.329216674  0.155108131 0.001
## 2  streambioticsum_suff_twolined -0.285661542  0.556360216 0.001
## 3  streambioticsum_suff_longtail -0.336955690 -0.120614444 0.001
## 4       streambioticsum_suff_red -0.723512943 -0.055929464 0.001
## 5   streambioticsum_suff_redback -0.537499021 -0.006655245 0.001
## 6     streambioticsum_suff_slimy -0.278494096  0.197728949 0.001
## 7                 blacknose_dace  0.155599595  0.420050709 0.001
## 8                     creek_chub  0.226821069  0.392966202 0.001
## 9                  aquatic_worms  0.192709566  0.288216489 0.001
## 10                      sow_bugs  0.400580333  0.156365767 0.001
## 11                   water_mites  0.174129802  0.320100166 0.001
## 12              damselfly_nymphs  0.377049938  0.385621657 0.001
## 13               alderfly_larvae -0.310111451  0.280640675 0.001
## 14                      crayfish -0.402506234  0.340251469 0.001
## 15              dragonfly_nymphs -0.165020260  0.534136734 0.001
## 16                riffle_beetles  0.262547260  0.578226863 0.001
## 17                        midges  0.051990299  0.281117987 0.001
## 18                        snails  0.519929061  0.296759927 0.001
## 19                fishfly_larvae -0.609185774  0.231001588 0.001
## 20           water_penny_beetles -0.206641534  0.574422704 0.001
## 21               cranefly_larvae -0.076679443  0.527004958 0.001
## 22                    ameletidae  0.199386194  0.502826067 0.001
## 23                      baetidae -0.040324032  0.557549578 0.001
## 24                 heptageniidae -0.328412533  0.360655278 0.001
## 25                 leptohyphidae -0.165700930  0.213683067 0.001
## 26               leptophlebiidae -0.713457664  0.141270040 0.001
## 27                chloroperlidae -0.224883231  0.363361837 0.001
## 28                    leuctridae -0.555865682  0.446104508 0.001
## 29                    nemouridae -0.702901939  0.202975744 0.001
## 30                      perlidae -0.462233140  0.269901477 0.001
## 31                    perlodidae -0.284367917  0.152668568 0.001
## 32                hydropsychidae -0.191548504  0.593862522 0.001
## 33                 hydroptilidae  0.182670809  0.234543317 0.001
## 34              lepidostomatidae -0.762105710 -0.070256653 0.001
## 35                 limnephilidae -0.607199064  0.015109537 0.001
## 36                    molannidae -0.404309398 -0.043275970 0.001
## 37                 odontoceridae -0.514622467 -0.053647895 0.001
## 38                philopotamidae -0.211335501  0.586719205 0.001
## 39             polycentropodidae  0.002732334  0.447883242 0.001
## 40                rhyacophilidae -0.620273067  0.188277541 0.001
## 41                      uenoidae -0.496586095  0.312993942 0.001

cooccurrence networks

summarizing all taxa

phwh_subset_biotic<-phwh %>%
  dplyr::select(stream_name,date,mountain_dusky_larvae,mountain_dusky_juveniles,
                mountain_dusky_adults,northern_dusky_larvae,northern_dusky_juveniles,northern_dusky_adults,two_lined_larvae,two_lined_juveniles,
                two_lined_adults,long_tailed_larvae,long_tailed_juveniles,long_tailed_adults,northern_red_larvae,northern_red_juveniles,northern_red_adults,
                mole_larvae,mole_juveniles,mole_adults,four_toed_larvae,four_toed_juveniles,four_toed_adults,red_backed_juveniles,red_backed_adults,
                slimy_juveniles,slimy_adults,blacknose_dace,bluegill_sunfish,bluntnose_minnow,brindled_madtom,brook_stickleback,brook_trout,
                central_mudminnow,central_stoneroller_minnow,common_shiner,creek_chub,eastern_sand_darter,fantail_darter,fathead_minnow,golden_shiner,
                goldfish,grass_pickerel,greenside_darter,green_sunfish,johnny_darter,largemouth_bass,longear_sunfish,longnose_dace,mottled_sculpin,
                northern_hog_sucker,pumpkinseed_sunfish,rainbow_darter,rainbow_trout,redbelly_dace,redside_dace,river_chub,silverjaw_minnow,smallmouth_bass,
                spotfin_shiner,stonecat_madtom,striped_shiner,trout_perch,warmouth_sunfish,white_sucker,yellow_bullhead_catfish,unidentified_fish_fry,
                sessile_animals,aquatic_worms,sow_bugs,scuds,water_mites,damselfly_nymphs,alderfly_larvae,other_beetles,crayfish,dragonfly_nymphs,
                riffle_beetles,other_flies,midges,snails,clams,fishfly_larvae,water_penny_beetles,cranefly_larvae,ameletidae,arthropleidae,baetidae,
                baetiscidae,caenidae,ephemerellidae,ephemeridae,heptageniidae,isonychiidae,leptohyphidae,leptophlebiidae,polymitarcyidae,potamanthidae,
                pseudironidae,siphlonuridae,capniidae,chloroperlidae,leuctridae,nemouridae,peltoperlidae,perlidae,perlodidae,pteronarcyidae,taeniopterygidae,
                brachycentridae,dipseuodopsidae,glossosomatidae,goeridae,helicopsychidae,hydropsychidae,hydroptilidae,lepidostomatidae,leptoceridae,
                limnephilidae,molannidae,odontoceridae,philopotamidae,phryganeidae,polycentropodidae,psychomiidae,rhyacophilidae,uenoidae) %>% 
  distinct(stream_name, date, .keep_all = TRUE)

phwh_subset_biotic_2<-phwh_subset_biotic %>% replace(is.na(.),0) %>% replace(.=="abundant",30) %>% replace(.=="common",6) %>% replace(.=="rare", 1) %>% replace(.=="very abundant",50) %>%
  distinct(stream_name, date, .keep_all = TRUE) %>% dplyr::select(-stream_name,-date)

phwh_subset_biotic_3<-data.frame(sapply(phwh_subset_biotic_2,as.numeric))

phwh_subset_biotic_3$stream_name<-phwh_subset_biotic$stream_name

phwh_subset_biotic_3$date<-phwh_subset_biotic$date


streambiotic<-phwh_subset_biotic_3
streambioticsum<-streambiotic %>% 
  group_by(stream_name) %>%
  dplyr::select(!date) %>%
  summarise_all(list(sum))

streambioticsum_suff <-streambioticsum[streambioticsum$stream_name %in% greenlightsites$stream_nam , ]

streambioticsum_suff_mtdusky<-streambioticsum_suff$mountain_dusky_larvae+
  streambioticsum_suff$mountain_dusky_juveniles+
  streambioticsum_suff$mountain_dusky_adults

streambioticsum_suff_nodusky<-streambioticsum_suff$northern_dusky_larvae+
  streambioticsum_suff$northern_dusky_juveniles+
  streambioticsum_suff$northern_dusky_adults

streambioticsum_suff_twolined<-streambioticsum_suff$two_lined_larvae+
  streambioticsum_suff$two_lined_juveniles+
  streambioticsum_suff$two_lined_adults

streambioticsum_suff_longtail<-streambioticsum_suff$long_tailed_larvae+
  streambioticsum_suff$long_tailed_juveniles+
  streambioticsum_suff$long_tailed_adults

streambioticsum_suff_red<-streambioticsum_suff$northern_red_larvae+
  streambioticsum_suff$northern_red_juveniles+
  streambioticsum_suff$northern_red_adults

streambioticsum_suff_mole<-streambioticsum_suff$mole_larvae+
  streambioticsum_suff$mole_juveniles+
  streambioticsum_suff$mole_adults

streambioticsum_suff_fourtoed<-streambioticsum_suff$four_toed_larvae+
  streambioticsum_suff$four_toed_juveniles+
  streambioticsum_suff$four_toed_adults

streambioticsum_suff_redback<-streambioticsum_suff$red_backed_juveniles+
  streambioticsum_suff$red_backed_adults

streambioticsum_suff_slimy<-streambioticsum_suff$slimy_juveniles+
  streambioticsum_suff$slimy_adults

streambioticsum_suff_sal<-data.frame(streambioticsum_suff_mtdusky,streambioticsum_suff_nodusky,streambioticsum_suff_twolined,
                                     streambioticsum_suff_longtail,streambioticsum_suff_red,streambioticsum_suff_mole,
                                     streambioticsum_suff_fourtoed,streambioticsum_suff_redback,streambioticsum_suff_slimy)

streambioticsum_suff_fish<-streambioticsum_suff[,27:65]

streambioticsum_suff_macro<-streambioticsum_suff[,67:126]

streambioticsum_suff_biotic<-data.frame(streambioticsum_suff_sal,streambioticsum_suff_fish,streambioticsum_suff_macro)

streambioticsum_suff_biotic_bin<- streambioticsum_suff_biotic %>% mutate_if(is.numeric, ~1 * (. >= 1))

streambioticsum_suff_biotic_bin_t<-t(streambioticsum_suff_biotic_bin)
library(netassoc)

m_obs<-matrix(streambioticsum_suff_biotic_bin_t,ncol=137,nrow=108)

m_obs<-m_obs[rowSums(m_obs[])>0,]

m_obs<-m_obs[rowSums(m_obs[])<137,]


# Number of m species
nsp <- nrow(m_obs)
# Number of n sites
nsi <- ncol(m_obs)


m_nul <- floor(matrix(rbernoulli(nsp*nsi,p=0.5),ncol=nsi,nrow=nsp))

n <- make_netassoc_network(m_obs, m_nul,
                           method="partial_correlation",
                           args=list(method="shrinkage"), # for alternative estimators see ?partial_correlation
                           p.method='fdr', 
                           numnulls=100, 
                           plot=TRUE,
                           alpha=0.001)

## Calculating observed co-occurrence scores...

## Generating null replicate 1...
## Generating null replicate 2...
## Generating null replicate 3...
## Generating null replicate 4...
## Generating null replicate 5...
## Generating null replicate 6...
## Generating null replicate 7...
## Generating null replicate 8...
## Generating null replicate 9...
## Generating null replicate 10...
## Generating null replicate 11...
## Generating null replicate 12...
## Generating null replicate 13...
## Generating null replicate 14...
## Generating null replicate 15...
## Generating null replicate 16...
## Generating null replicate 17...
## Generating null replicate 18...
## Generating null replicate 19...
## Generating null replicate 20...
## Generating null replicate 21...
## Generating null replicate 22...
## Generating null replicate 23...
## Generating null replicate 24...
## Generating null replicate 25...
## Generating null replicate 26...
## Generating null replicate 27...
## Generating null replicate 28...
## Generating null replicate 29...
## Generating null replicate 30...
## Generating null replicate 31...
## Generating null replicate 32...
## Generating null replicate 33...
## Generating null replicate 34...
## Generating null replicate 35...
## Generating null replicate 36...
## Generating null replicate 37...
## Generating null replicate 38...
## Generating null replicate 39...
## Generating null replicate 40...
## Generating null replicate 41...
## Generating null replicate 42...
## Generating null replicate 43...
## Generating null replicate 44...
## Generating null replicate 45...
## Generating null replicate 46...
## Generating null replicate 47...
## Generating null replicate 48...
## Generating null replicate 49...
## Generating null replicate 50...
## Generating null replicate 51...
## Generating null replicate 52...
## Generating null replicate 53...
## Generating null replicate 54...
## Generating null replicate 55...
## Generating null replicate 56...
## Generating null replicate 57...
## Generating null replicate 58...
## Generating null replicate 59...
## Generating null replicate 60...
## Generating null replicate 61...
## Generating null replicate 62...
## Generating null replicate 63...
## Generating null replicate 64...
## Generating null replicate 65...
## Generating null replicate 66...
## Generating null replicate 67...
## Generating null replicate 68...
## Generating null replicate 69...
## Generating null replicate 70...
## Generating null replicate 71...
## Generating null replicate 72...
## Generating null replicate 73...
## Generating null replicate 74...
## Generating null replicate 75...
## Generating null replicate 76...
## Generating null replicate 77...
## Generating null replicate 78...
## Generating null replicate 79...
## Generating null replicate 80...
## Generating null replicate 81...
## Generating null replicate 82...
## Generating null replicate 83...
## Generating null replicate 84...
## Generating null replicate 85...
## Generating null replicate 86...
## Generating null replicate 87...
## Generating null replicate 88...
## Generating null replicate 89...
## Generating null replicate 90...
## Generating null replicate 91...
## Generating null replicate 92...
## Generating null replicate 93...
## Generating null replicate 94...
## Generating null replicate 95...
## Generating null replicate 96...
## Generating null replicate 97...
## Generating null replicate 98...
## Generating null replicate 99...
## Generating null replicate 100...
## Calculating standardized effect sizes...

## Adjusting p-values for multiple comparisons...

## Building network...

n$network_all
## IGRAPH 2c0e1a3 DNW- 61 2608 -- 
## + attr: name (v/c), weight (e/n)
## + edges from 2c0e1a3 (vertex names):
##   [1] Species 1->Species 2  Species 1->Species 3  Species 1->Species 4  Species 1->Species 5  Species 1->Species 6  Species 1->Species 7  Species 1->Species 8  Species 1->Species 9  Species 1->Species 10 Species 1->Species 13 Species 1->Species 15 Species 1->Species 17 Species 1->Species 18 Species 1->Species 19 Species 1->Species 21 Species 1->Species 22 Species 1->Species 23 Species 1->Species 25 Species 1->Species 26 Species 1->Species 27 Species 1->Species 29 Species 1->Species 30 Species 1->Species 31 Species 1->Species 32 Species 1->Species 33 Species 1->Species 34 Species 1->Species 36
##  [28] Species 1->Species 37 Species 1->Species 38 Species 1->Species 42 Species 1->Species 43 Species 1->Species 44 Species 1->Species 46 Species 1->Species 47 Species 1->Species 48 Species 1->Species 49 Species 1->Species 50 Species 1->Species 54 Species 1->Species 55 Species 1->Species 56 Species 1->Species 58 Species 2->Species 1  Species 2->Species 3  Species 2->Species 4  Species 2->Species 6  Species 2->Species 7  Species 2->Species 8  Species 2->Species 9  Species 2->Species 10 Species 2->Species 12 Species 2->Species 13 Species 2->Species 14 Species 2->Species 16 Species 2->Species 17
##  [55] Species 2->Species 18 Species 2->Species 19 Species 2->Species 24 Species 2->Species 25 Species 2->Species 27 Species 2->Species 28 Species 2->Species 29 Species 2->Species 30 Species 2->Species 32 Species 2->Species 33 Species 2->Species 34 Species 2->Species 35 Species 2->Species 36 Species 2->Species 37 Species 2->Species 39 Species 2->Species 40 Species 2->Species 41 Species 2->Species 43 Species 2->Species 44 Species 2->Species 45 Species 2->Species 46 Species 2->Species 47 Species 2->Species 48 Species 2->Species 49 Species 2->Species 50 Species 2->Species 51 Species 2->Species 53
##  [82] Species 2->Species 55 Species 2->Species 56 Species 2->Species 58 Species 2->Species 59 Species 2->Species 61 Species 3->Species 1  Species 3->Species 2  Species 3->Species 5  Species 3->Species 7  Species 3->Species 9  Species 3->Species 10 Species 3->Species 11 Species 3->Species 12 Species 3->Species 13 Species 3->Species 15 Species 3->Species 16 Species 3->Species 18 Species 3->Species 21 Species 3->Species 22 Species 3->Species 25 Species 3->Species 26 Species 3->Species 27 Species 3->Species 28 Species 3->Species 29 Species 3->Species 31 Species 3->Species 32 Species 3->Species 33
## [109] Species 3->Species 36 Species 3->Species 37 Species 3->Species 38 Species 3->Species 39 Species 3->Species 40 Species 3->Species 41 Species 3->Species 42 Species 3->Species 43 Species 3->Species 44 Species 3->Species 47 Species 3->Species 48 Species 3->Species 50 Species 3->Species 51 Species 3->Species 52 Species 3->Species 53 Species 3->Species 57 Species 3->Species 59 Species 3->Species 61 Species 4->Species 1  Species 4->Species 2  Species 4->Species 5  Species 4->Species 6  Species 4->Species 7  Species 4->Species 8  Species 4->Species 14 Species 4->Species 16 Species 4->Species 20
## [136] Species 4->Species 22 Species 4->Species 24 Species 4->Species 25 Species 4->Species 26 Species 4->Species 28 Species 4->Species 30 Species 4->Species 31 Species 4->Species 32 Species 4->Species 34 Species 4->Species 35 Species 4->Species 36 Species 4->Species 38 Species 4->Species 39 Species 4->Species 40 Species 4->Species 42 Species 4->Species 44 Species 4->Species 45 Species 4->Species 47 Species 4->Species 48 Species 4->Species 50 Species 4->Species 51 Species 4->Species 52 Species 4->Species 53 Species 4->Species 54 Species 4->Species 55 Species 4->Species 56 Species 4->Species 57
## [163] Species 4->Species 58 Species 4->Species 60 Species 5->Species 1  Species 5->Species 3  Species 5->Species 4  Species 5->Species 6  Species 5->Species 7  Species 5->Species 12 Species 5->Species 13 Species 5->Species 14 Species 5->Species 15 Species 5->Species 16 Species 5->Species 17 Species 5->Species 18 Species 5->Species 19 Species 5->Species 20 Species 5->Species 21 Species 5->Species 22 Species 5->Species 23 Species 5->Species 25 Species 5->Species 26 Species 5->Species 27 Species 5->Species 28 Species 5->Species 29 Species 5->Species 31 Species 5->Species 32 Species 5->Species 33
## [190] Species 5->Species 35 Species 5->Species 37 Species 5->Species 39 Species 5->Species 40 Species 5->Species 41 Species 5->Species 42 Species 5->Species 43 Species 5->Species 46 Species 5->Species 47 Species 5->Species 48 Species 5->Species 49 Species 5->Species 50 Species 5->Species 52 Species 5->Species 53 Species 5->Species 54 Species 5->Species 55 Species 5->Species 56 Species 5->Species 57 Species 5->Species 58 Species 5->Species 60 Species 6->Species 1  Species 6->Species 2  Species 6->Species 4  Species 6->Species 5  Species 6->Species 7  Species 6->Species 8  Species 6->Species 9 
## + ... omitted several edges
plot(n$network_all)

# presence/absence across plots

streambioticsum_suff_biotic_bin_t_2<-streambioticsum_suff_biotic_bin_t[rowSums(streambioticsum_suff_biotic_bin_t[])>0,]
streambioticsum_suff_biotic_bin_t_3<-streambioticsum_suff_biotic_bin_t_2[rowSums(streambioticsum_suff_biotic_bin_t_2[])<137,]


library(cooccur)
library(igraph)
co <- print(cooccur(streambioticsum_suff_biotic_bin_t_3, spp_names = TRUE))
## 
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
  |==============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================| 100%
## Call:
## cooccur(mat = streambioticsum_suff_biotic_bin_t_3, spp_names = TRUE)
## 
## Of 1653 species pair combinations, 721 pairs (43.62 %) were removed from the analysis because expected co-occurrence was < 1 and 932 pairs were analyzed
## 
## Cooccurrence Table:
##     sp1 sp2 sp1_inc sp2_inc obs_cooccur prob_cooccur exp_cooccur    p_lt    p_gt                      sp1_name                      sp2_name
## 1     1   2      40      74          34        0.080        15.4 1.00000 0.00000  streambioticsum_suff_mtdusky  streambioticsum_suff_nodusky
## 2     1   3      40     133          36        0.144        27.7 0.99988 0.00069  streambioticsum_suff_mtdusky streambioticsum_suff_twolined
## 5     1   7      40      70           9        0.076        14.6 0.02800 0.98941  streambioticsum_suff_mtdusky  streambioticsum_suff_redback
## 8     1  13      40      43           3        0.047         9.0 0.00650 0.99871  streambioticsum_suff_mtdusky                    creek_chub
## 16    1  27      40      79          24        0.086        16.5 0.99806 0.00574  streambioticsum_suff_mtdusky               alderfly_larvae
## 18    1  29      40     101          15        0.110        21.0 0.02416 0.99020  streambioticsum_suff_mtdusky                riffle_beetles
## 21    1  32      40      68          20        0.074        14.2 0.98988 0.02500  streambioticsum_suff_mtdusky                fishfly_larvae
## 26    1  38      40      50           4        0.054        10.4 0.00566 0.99872  streambioticsum_suff_mtdusky                 heptageniidae
## 30    1  43      40      93          29        0.101        19.4 0.99987 0.00052  streambioticsum_suff_mtdusky                    leuctridae
## 32    1  45      40      51           5        0.055        10.6 0.01590 0.99545  streambioticsum_suff_mtdusky                      perlidae
## 33    1  46      40      22           1        0.024         4.6 0.03199 0.99585  streambioticsum_suff_mtdusky                    perlodidae
## 36    1  51      40      52           1        0.056        10.8 0.00001 1.00000  streambioticsum_suff_mtdusky                 limnephilidae
## 40    1  56      40      81          26        0.088        16.9 0.99972 0.00099  streambioticsum_suff_mtdusky             polycentropodidae
## 43    2   3      74     133          64        0.267        51.3 1.00000 0.00002  streambioticsum_suff_nodusky streambioticsum_suff_twolined
## 45    2   5      74      18          12        0.036         6.9 0.99741 0.01097  streambioticsum_suff_nodusky      streambioticsum_suff_red
## 47    2   8      74       8           7        0.016         3.1 0.99962 0.00576  streambioticsum_suff_nodusky    streambioticsum_suff_slimy
## 50    2  13      74      43          11        0.086        16.6 0.03378 0.98613  streambioticsum_suff_nodusky                    creek_chub
## 59    2  27      74      79          42        0.159        30.4 0.99986 0.00044  streambioticsum_suff_nodusky               alderfly_larvae
## 64    2  32      74      68          39        0.137        26.2 0.99998 0.00007  streambioticsum_suff_nodusky                fishfly_larvae
## 65    2  33      74      47          26        0.094        18.1 0.99792 0.00577  streambioticsum_suff_nodusky           water_penny_beetles
## 66    2  34      74      70          34        0.141        27.0 0.98955 0.02257  streambioticsum_suff_nodusky                    ameletidae
## 72    2  40      74      73          39        0.147        28.1 0.99973 0.00079  streambioticsum_suff_nodusky               leptophlebiidae
## 74    2  43      74      93          48        0.187        35.8 0.99992 0.00026  streambioticsum_suff_nodusky                    leuctridae
## 75    2  44      74      61          32        0.122        23.5 0.99779 0.00568  streambioticsum_suff_nodusky                    nemouridae
## 83    2  53      74       6           5        0.012         2.3 0.99712 0.03244  streambioticsum_suff_nodusky                 odontoceridae
## 84    2  54      74      74          37        0.149        28.5 0.99683 0.00765  streambioticsum_suff_nodusky                philopotamidae
## 86    2  56      74      81          42        0.163        31.2 0.99965 0.00101  streambioticsum_suff_nodusky             polycentropodidae
## 87    2  57      74      27          19        0.054        10.4 0.99994 0.00032  streambioticsum_suff_nodusky                rhyacophilidae
## 88    2  58      74      54          33        0.108        20.8 0.99998 0.00007  streambioticsum_suff_nodusky                      uenoidae
## 90    3   5     133      18          17        0.065        12.5 0.99908 0.00935 streambioticsum_suff_twolined      streambioticsum_suff_red
## 92    3   7     133      70          57        0.253        48.5 0.99864 0.00399 streambioticsum_suff_twolined  streambioticsum_suff_redback
## 93    3   8     133       8           8        0.029         5.5 1.00000 0.04959 streambioticsum_suff_twolined    streambioticsum_suff_slimy
## 94    3   9     133      25          22        0.090        17.3 0.99524 0.02079 streambioticsum_suff_twolined                blacknose_dace
## 97    3  13     133      43          38        0.155        29.8 0.99976 0.00113 streambioticsum_suff_twolined                    creek_chub
## 108   3  27     133      79          68        0.285        54.7 1.00000 0.00001 streambioticsum_suff_twolined               alderfly_larvae
## 109   3  28     133     125          98        0.451        86.6 0.99994 0.00020 streambioticsum_suff_twolined              dragonfly_nymphs
## 110   3  29     133     101          82        0.364        70.0 0.99996 0.00014 streambioticsum_suff_twolined                riffle_beetles
## 113   3  32     133      68          60        0.245        47.1 1.00000 0.00001 streambioticsum_suff_twolined                fishfly_larvae
## 114   3  33     133      47          45        0.170        32.6 1.00000 0.00000 streambioticsum_suff_twolined           water_penny_beetles
## 115   3  34     133      70          61        0.253        48.5 1.00000 0.00002 streambioticsum_suff_twolined                    ameletidae
## 119   3  38     133      50          42        0.180        34.6 0.99825 0.00576 streambioticsum_suff_twolined                 heptageniidae
## 121   3  40     133      73          68        0.263        50.6 1.00000 0.00000 streambioticsum_suff_twolined               leptophlebiidae
## 122   3  42     133      22          20        0.079        15.2 0.99783 0.01294 streambioticsum_suff_twolined                chloroperlidae
## 123   3  43     133      93          82        0.336        64.4 1.00000 0.00000 streambioticsum_suff_twolined                    leuctridae
## 124   3  44     133      61          53        0.220        42.3 0.99996 0.00017 streambioticsum_suff_twolined                    nemouridae
## 125   3  45     133      51          47        0.184        35.3 1.00000 0.00001 streambioticsum_suff_twolined                      perlidae
## 129   3  50     133      35          32        0.126        24.2 0.99988 0.00078 streambioticsum_suff_twolined              lepidostomatidae
## 130   3  51     133      52          43        0.188        36.0 0.99678 0.00959 streambioticsum_suff_twolined                 limnephilidae
## 133   3  54     133      74          68        0.267        51.3 1.00000 0.00000 streambioticsum_suff_twolined                philopotamidae
## 135   3  56     133      81          70        0.292        56.1 1.00000 0.00001 streambioticsum_suff_twolined             polycentropodidae
## 136   3  57     133      27          25        0.097        18.7 0.99969 0.00238 streambioticsum_suff_twolined                rhyacophilidae
## 137   3  58     133      54          48        0.195        37.4 0.99998 0.00011 streambioticsum_suff_twolined                      uenoidae
## 138   4   7       6      70           6        0.011         2.2 1.00000 0.00204 streambioticsum_suff_longtail  streambioticsum_suff_redback
## 144   4  27       6      79           5        0.013         2.5 0.99568 0.04393 streambioticsum_suff_longtail               alderfly_larvae
## 147   4  30       6     131           1        0.021         4.1 0.01298 0.99914 streambioticsum_suff_longtail                        snails
## 149   4  32       6      68           5        0.011         2.1 0.99830 0.02180 streambioticsum_suff_longtail                fishfly_larvae
## 150   4  33       6      47           4        0.008         1.5 0.99637 0.03259 streambioticsum_suff_longtail           water_penny_beetles
## 153   4  40       6      73           5        0.012         2.3 0.99735 0.03045 streambioticsum_suff_longtail               leptophlebiidae
## 155   4  44       6      61           5        0.010         1.9 0.99914 0.01298 streambioticsum_suff_longtail                    nemouridae
## 157   4  50       6      35           4        0.006         1.1 0.99918 0.01079 streambioticsum_suff_longtail              lepidostomatidae
## 158   4  51       6      52           5        0.008         1.6 0.99968 0.00598 streambioticsum_suff_longtail                 limnephilidae
## 162   5   7      18      70          17        0.034         6.6 1.00000 0.00000      streambioticsum_suff_red  streambioticsum_suff_redback
## 164   5  13      18      43           0        0.021         4.0 0.00814 1.00000      streambioticsum_suff_red                    creek_chub
## 165   5  23      18      53           1        0.026         5.0 0.01896 0.99785      streambioticsum_suff_red                      sow_bugs
## 168   5  26      18      97           4        0.047         9.1 0.01042 0.99779      streambioticsum_suff_red              damselfly_nymphs
## 170   5  28      18     125          17        0.061        11.7 0.99972 0.00338      streambioticsum_suff_red              dragonfly_nymphs
## 172   5  30      18     131           4        0.064        12.3 0.00003 1.00000      streambioticsum_suff_red                        snails
## 174   5  32      18      68          14        0.033         6.4 0.99998 0.00015      streambioticsum_suff_red                fishfly_larvae
## 176   5  34      18      70           1        0.034         6.6 0.00226 0.99983      streambioticsum_suff_red                    ameletidae
## 180   5  40      18      73          17        0.036         6.8 1.00000 0.00000      streambioticsum_suff_red               leptophlebiidae
## 182   5  43      18      93          17        0.045         8.7 1.00000 0.00002      streambioticsum_suff_red                    leuctridae
## 183   5  44      18      61          15        0.030         5.7 1.00000 0.00000      streambioticsum_suff_red                    nemouridae
## 187   5  50      18      35          17        0.017         3.3 1.00000 0.00000      streambioticsum_suff_red              lepidostomatidae
## 188   5  51      18      52          16        0.025         4.9 1.00000 0.00000      streambioticsum_suff_red                 limnephilidae
## 189   5  54      18      74          14        0.036         6.9 0.99994 0.00047      streambioticsum_suff_red                philopotamidae
## 191   5  57      18      27          12        0.013         2.5 1.00000 0.00000      streambioticsum_suff_red                rhyacophilidae
## 192   5  58      18      54          11        0.026         5.1 0.99960 0.00219      streambioticsum_suff_red                      uenoidae
## 197   7   8      70       8           7        0.015         2.9 0.99976 0.00394  streambioticsum_suff_redback    streambioticsum_suff_slimy
## 198   7   9      70      25          14        0.047         9.1 0.99086 0.02696  streambioticsum_suff_redback                blacknose_dace
## 209   7  27      70      79          39        0.150        28.8 0.99943 0.00159  streambioticsum_suff_redback               alderfly_larvae
## 212   7  30      70     131          36        0.249        47.8 0.00016 0.99996  streambioticsum_suff_redback                        snails
## 214   7  32      70      68          38        0.129        24.8 0.99999 0.00004  streambioticsum_suff_redback                fishfly_larvae
## 215   7  33      70      47          26        0.089        17.1 0.99937 0.00197  streambioticsum_suff_redback           water_penny_beetles
## 219   7  37      70       3           3        0.006         1.1 1.00000 0.04714  streambioticsum_suff_redback                   ephemeridae
## 220   7  38      70      50          28        0.095        18.2 0.99974 0.00087  streambioticsum_suff_redback                 heptageniidae
## 222   7  40      70      73          42        0.139        26.6 1.00000 0.00000  streambioticsum_suff_redback               leptophlebiidae
## 223   7  42      70      22          14        0.042         8.0 0.99862 0.00566  streambioticsum_suff_redback                chloroperlidae
## 224   7  43      70      93          45        0.177        33.9 0.99976 0.00071  streambioticsum_suff_redback                    leuctridae
## 225   7  44      70      61          35        0.116        22.2 0.99999 0.00004  streambioticsum_suff_redback                    nemouridae
## 226   7  45      70      51          32        0.097        18.6 1.00000 0.00001  streambioticsum_suff_redback                      perlidae
## 230   7  50      70      35          25        0.066        12.8 1.00000 0.00000  streambioticsum_suff_redback              lepidostomatidae
## 231   7  51      70      52          33        0.099        19.0 1.00000 0.00000  streambioticsum_suff_redback                 limnephilidae
## 232   7  52      70       4           4        0.008         1.5 1.00000 0.01671  streambioticsum_suff_redback                    molannidae
## 233   7  53      70       6           6        0.011         2.2 1.00000 0.00204  streambioticsum_suff_redback                 odontoceridae
## 234   7  54      70      74          34        0.141        27.0 0.98955 0.02257  streambioticsum_suff_redback                philopotamidae
## 237   7  57      70      27          17        0.051         9.8 0.99941 0.00240  streambioticsum_suff_redback                rhyacophilidae
## 238   7  58      70      54          35        0.103        19.7 1.00000 0.00000  streambioticsum_suff_redback                      uenoidae
## 239   8   9       8      25           4        0.005         1.0 0.99891 0.01110    streambioticsum_suff_slimy                blacknose_dace
## 243   8  25       8      65           6        0.014         2.7 0.99763 0.01909    streambioticsum_suff_slimy                   water_mites
## 247   8  29       8     101           7        0.022         4.2 0.99489 0.04473    streambioticsum_suff_slimy                riffle_beetles
## 250   8  32       8      68           6        0.015         2.8 0.99677 0.02436    streambioticsum_suff_slimy                fishfly_larvae
## 251   8  33       8      47           5        0.010         2.0 0.99692 0.02240    streambioticsum_suff_slimy           water_penny_beetles
## 254   8  40       8      73           7        0.016         3.0 0.99966 0.00525    streambioticsum_suff_slimy               leptophlebiidae
## 255   8  43       8      93           7        0.020         3.9 0.99742 0.02632    streambioticsum_suff_slimy                    leuctridae
## 256   8  44       8      61           6        0.013         2.5 0.99848 0.01349    streambioticsum_suff_slimy                    nemouridae
## 260   8  54       8      74           7        0.016         3.1 0.99962 0.00576    streambioticsum_suff_slimy                philopotamidae
## 261   8  56       8      81           7        0.018         3.4 0.99919 0.01058    streambioticsum_suff_slimy             polycentropodidae
## 262   8  57       8      27           4        0.006         1.1 0.99839 0.01483    streambioticsum_suff_slimy                rhyacophilidae
## 263   8  58       8      54           6        0.012         2.2 0.99936 0.00682    streambioticsum_suff_slimy                      uenoidae
## 264   9  13      25      43          15        0.029         5.6 1.00000 0.00001                blacknose_dace                    creek_chub
## 268   9  26      25      97          19        0.066        12.6 0.99872 0.00527                blacknose_dace              damselfly_nymphs
## 271   9  29      25     101          23        0.068        13.2 1.00000 0.00001                blacknose_dace                riffle_beetles
## 275   9  33      25      47          11        0.032         6.1 0.99471 0.01776                blacknose_dace           water_penny_beetles
## 276   9  34      25      70          16        0.047         9.1 0.99938 0.00261                blacknose_dace                    ameletidae
## 278   9  38      25      50          14        0.034         6.5 0.99988 0.00061                blacknose_dace                 heptageniidae
## 279   9  39      25      12           5        0.008         1.6 0.99854 0.01058                blacknose_dace                 leptohyphidae
## 280   9  40      25      73          14        0.050         9.5 0.98533 0.04028                blacknose_dace               leptophlebiidae
## 281   9  42      25      22           9        0.015         2.9 0.99995 0.00042                blacknose_dace                chloroperlidae
## 282   9  43      25      93          19        0.063        12.1 0.99940 0.00272                blacknose_dace                    leuctridae
## 283   9  44      25      61          15        0.041         7.9 0.99961 0.00172                blacknose_dace                    nemouridae
## 284   9  45      25      51          15        0.035         6.6 0.99997 0.00015                blacknose_dace                      perlidae
## 285   9  46      25      22           8        0.015         2.9 0.99958 0.00256                blacknose_dace                    perlodidae
## 287   9  50      25      35           0        0.024         4.6 0.00444 1.00000                blacknose_dace              lepidostomatidae
## 289   9  54      25      74          14        0.050         9.6 0.98296 0.04570                blacknose_dace                philopotamidae
## 318  13  15      43       5           4        0.006         1.1 0.99953 0.00938                    creek_chub                 johnny_darter
## 320  13  22      43       5           4        0.006         1.1 0.99953 0.00938                    creek_chub               sessile_animals
## 324  13  26      43      97          32        0.113        21.7 0.99993 0.00030                    creek_chub              damselfly_nymphs
## 325  13  27      43      79          24        0.092        17.7 0.99138 0.02104                    creek_chub               alderfly_larvae
## 326  13  28      43     125          38        0.146        28.0 0.99998 0.00013                    creek_chub              dragonfly_nymphs
## 327  13  29      43     101          41        0.118        22.6 1.00000 0.00000                    creek_chub                riffle_beetles
## 328  13  30      43     131          39        0.153        29.3 0.99998 0.00013                    creek_chub                        snails
## 329  13  31      43      55          18        0.064        12.3 0.98976 0.02552                    creek_chub                         clams
## 332  13  34      43      70          26        0.082        15.7 0.99994 0.00025                    creek_chub                    ameletidae
## 333  13  35      43      13           6        0.015         2.9 0.98948 0.04399                    creek_chub                      caenidae
## 335  13  38      43      50          19        0.058        11.2 0.99923 0.00260                    creek_chub                 heptageniidae
## 339  13  43      43      93          27        0.108        20.8 0.98980 0.02450                    creek_chub                    leuctridae
## 341  13  45      43      51          22        0.059        11.4 0.99998 0.00007                    creek_chub                      perlidae
## 344  13  50      43      35           3        0.041         7.8 0.02005 0.99532                    creek_chub              lepidostomatidae
## 345  13  51      43      52          18        0.061        11.6 0.99534 0.01287                    creek_chub                 limnephilidae
## 347  13  54      43      74          23        0.086        16.6 0.99269 0.01823                    creek_chub                philopotamidae
## 348  13  55      43       9           5        0.010         2.0 0.99546 0.02804                    creek_chub                  phryganeidae
## 362  15  29       5     101           5        0.014         2.6 1.00000 0.03839                 johnny_darter                riffle_beetles
## 370  15  43       5      93           5        0.013         2.4 1.00000 0.02519                 johnny_darter                    leuctridae
## 383  16  29       5     101           5        0.014         2.6 1.00000 0.03839                rainbow_darter                riffle_beetles
## 412  20  34       4      70           4        0.008         1.5 1.00000 0.01671                  white_sucker                    ameletidae
## 443  23  24      53      60          33        0.086        16.6 1.00000 0.00000                      sow_bugs                         scuds
## 444  23  25      53      65          30        0.093        17.9 0.99999 0.00005                      sow_bugs                   water_mites
## 445  23  26      53      97          33        0.139        26.8 0.98534 0.03196                      sow_bugs              damselfly_nymphs
## 449  23  30      53     131          43        0.188        36.2 0.99561 0.01228                      sow_bugs                        snails
## 450  23  31      53      55          22        0.079        15.2 0.99487 0.01314                      sow_bugs                         clams
## 451  23  32      53      68           8        0.098        18.8 0.00015 0.99997                      sow_bugs                fishfly_larvae
## 458  23  40      53      73           9        0.105        20.2 0.00012 0.99997                      sow_bugs               leptophlebiidae
## 460  23  43      53      93          20        0.134        25.7 0.04700 0.97732                      sow_bugs                    leuctridae
## 461  23  44      53      61           6        0.088        16.8 0.00008 0.99999                      sow_bugs                    nemouridae
## 462  23  45      53      51           7        0.073        14.1 0.00633 0.99815                      sow_bugs                      perlidae
## 463  23  46      53      22           1        0.032         6.1 0.00539 0.99950                      sow_bugs                    perlodidae
## 464  23  49      53      22          11        0.032         6.1 0.99576 0.01518                      sow_bugs                 hydroptilidae
## 465  23  50      53      35           3        0.050         9.7 0.00290 0.99949                      sow_bugs              lepidostomatidae
## 466  23  51      53      52           7        0.075        14.4 0.00487 0.99862                      sow_bugs                 limnephilidae
## 472  23  57      53      27           2        0.039         7.5 0.00660 0.99898                      sow_bugs                rhyacophilidae
## 473  23  58      53      54           9        0.078        14.9 0.02359 0.99115                      sow_bugs                      uenoidae
## 474  24  25      60      65          31        0.106        20.3 0.99986 0.00046                         scuds                   water_mites
## 476  24  27      60      79          15        0.129        24.7 0.00157 0.99949                         scuds               alderfly_larvae
## 480  24  31      60      55          25        0.090        17.2 0.99760 0.00649                         scuds                         clams
## 481  24  32      60      68          13        0.111        21.2 0.00508 0.99822                         scuds                fishfly_larvae
## 486  24  38      60      50           7        0.081        15.6 0.00133 0.99967                         scuds                 heptageniidae
## 487  24  39      60      12           0        0.020         3.8 0.00946 1.00000                         scuds                 leptohyphidae
## 488  24  40      60      73          11        0.119        22.8 0.00009 0.99998                         scuds               leptophlebiidae
## 490  24  43      60      93          22        0.151        29.1 0.02012 0.99103                         scuds                    leuctridae
## 491  24  44      60      61          12        0.099        19.1 0.01271 0.99519                         scuds                    nemouridae
## 492  24  45      60      51           5        0.083        15.9 0.00005 0.99999                         scuds                      perlidae
## 506  25  28      65     125          48        0.220        42.3 0.97719 0.04746                   water_mites              dragonfly_nymphs
## 507  25  29      65     101          47        0.178        34.2 0.99998 0.00007                   water_mites                riffle_beetles
## 508  25  30      65     131          50        0.231        44.3 0.97941 0.04431                   water_mites                        snails
## 525  25  49      65      22          12        0.039         7.4 0.99092 0.02844                   water_mites                 hydroptilidae
## 530  25  54      65      74          33        0.130        25.1 0.99580 0.01006                   water_mites                philopotamidae
## 536  26  28      97     125          78        0.329        63.2 1.00000 0.00001              damselfly_nymphs              dragonfly_nymphs
## 537  26  29      97     101          69        0.266        51.0 1.00000 0.00000              damselfly_nymphs                riffle_beetles
## 538  26  30      97     131          77        0.345        66.2 0.99980 0.00064              damselfly_nymphs                        snails
## 539  26  31      97      55          37        0.145        27.8 0.99912 0.00256              damselfly_nymphs                         clams
## 542  26  34      97      70          44        0.184        35.4 0.99703 0.00719              damselfly_nymphs                    ameletidae
## 543  26  35      97      13          12        0.034         6.6 0.99991 0.00142              damselfly_nymphs                      caenidae
## 548  26  40      97      73          30        0.192        36.9 0.02875 0.98605              damselfly_nymphs               leptophlebiidae
## 556  26  50      97      35          11        0.092        17.7 0.01000 0.99664              damselfly_nymphs              lepidostomatidae
## 565  27  28      79     125          64        0.268        51.4 0.99998 0.00008               alderfly_larvae              dragonfly_nymphs
## 566  27  29      79     101          50        0.216        41.6 0.99582 0.00964               alderfly_larvae                riffle_beetles
## 569  27  32      79      68          49        0.146        28.0 1.00000 0.00000               alderfly_larvae                fishfly_larvae
## 570  27  33      79      47          33        0.101        19.3 1.00000 0.00000               alderfly_larvae           water_penny_beetles
## 571  27  34      79      70          37        0.150        28.8 0.99592 0.00962               alderfly_larvae                    ameletidae
## 575  27  38      79      50          31        0.107        20.6 0.99986 0.00048               alderfly_larvae                 heptageniidae
## 576  27  39      79      12          11        0.026         4.9 0.99999 0.00029               alderfly_larvae                 leptohyphidae
## 577  27  40      79      73          47        0.156        30.0 1.00000 0.00000               alderfly_larvae               leptophlebiidae
## 578  27  42      79      22          15        0.047         9.1 0.99844 0.00634               alderfly_larvae                chloroperlidae
## 579  27  43      79      93          59        0.199        38.3 1.00000 0.00000               alderfly_larvae                    leuctridae
## 580  27  44      79      61          38        0.131        25.1 0.99999 0.00005               alderfly_larvae                    nemouridae
## 581  27  45      79      51          42        0.109        21.0 1.00000 0.00000               alderfly_larvae                      perlidae
## 586  27  51      79      52          30        0.111        21.4 0.99861 0.00388               alderfly_larvae                 limnephilidae
## 589  27  54      79      74          43        0.159        30.4 0.99996 0.00014               alderfly_larvae                philopotamidae
## 590  27  55      79       9           7        0.019         3.7 0.99610 0.02661               alderfly_larvae                  phryganeidae
## 591  27  56      79      81          41        0.174        33.3 0.99237 0.01663               alderfly_larvae             polycentropodidae
## 592  27  57      79      27          17        0.058        11.1 0.99631 0.01195               alderfly_larvae                rhyacophilidae
## 593  27  58      79      54          39        0.116        22.2 1.00000 0.00000               alderfly_larvae                      uenoidae
## 594  28  29     125     101          80        0.342        65.8 1.00000 0.00001              dragonfly_nymphs                riffle_beetles
## 596  28  31     125      55          43        0.186        35.8 0.99582 0.01123              dragonfly_nymphs                         clams
## 597  28  32     125      68          52        0.231        44.3 0.99594 0.01024              dragonfly_nymphs                fishfly_larvae
## 598  28  33     125      47          43        0.159        30.6 1.00000 0.00000              dragonfly_nymphs           water_penny_beetles
## 599  28  34     125      70          56        0.237        45.6 0.99978 0.00072              dragonfly_nymphs                    ameletidae
## 600  28  35     125      13          12        0.044         8.5 0.99700 0.02610              dragonfly_nymphs                      caenidae
## 603  28  38     125      50          44        0.170        32.6 0.99999 0.00003              dragonfly_nymphs                 heptageniidae
## 605  28  40     125      73          58        0.248        47.5 0.99976 0.00077              dragonfly_nymphs               leptophlebiidae
## 606  28  42     125      22          19        0.075        14.3 0.99577 0.01909              dragonfly_nymphs                chloroperlidae
## 607  28  43     125      93          76        0.315        60.5 1.00000 0.00000              dragonfly_nymphs                    leuctridae
## 608  28  44     125      61          51        0.207        39.7 0.99997 0.00014              dragonfly_nymphs                    nemouridae
## 609  28  45     125      51          46        0.173        33.2 1.00000 0.00000              dragonfly_nymphs                      perlidae
## 610  28  46     125      22          19        0.075        14.3 0.99577 0.01909              dragonfly_nymphs                    perlodidae
## 613  28  50     125      35          32        0.119        22.8 0.99999 0.00012              dragonfly_nymphs              lepidostomatidae
## 614  28  51     125      52          44        0.176        33.9 0.99993 0.00032              dragonfly_nymphs                 limnephilidae
## 617  28  54     125      74          62        0.251        48.2 1.00000 0.00001              dragonfly_nymphs                philopotamidae
## 620  28  57     125      27          25        0.092        17.6 0.99994 0.00054              dragonfly_nymphs                rhyacophilidae
## 621  28  58     125      54          49        0.183        35.2 1.00000 0.00000              dragonfly_nymphs                      uenoidae
## 622  29  30     101     131          83        0.359        68.9 1.00000 0.00001                riffle_beetles                        snails
## 623  29  31     101      55          35        0.151        28.9 0.98256 0.03707                riffle_beetles                         clams
## 625  29  33     101      47          34        0.129        24.7 0.99958 0.00140                riffle_beetles           water_penny_beetles
## 626  29  34     101      70          54        0.192        36.8 1.00000 0.00000                riffle_beetles                    ameletidae
## 630  29  38     101      50          37        0.137        26.3 0.99991 0.00033                riffle_beetles                 heptageniidae
## 631  29  39     101      12          10        0.033         6.3 0.99576 0.02557                riffle_beetles                 leptohyphidae
## 633  29  42     101      22          16        0.060        11.6 0.98864 0.03585                riffle_beetles                chloroperlidae
## 634  29  43     101      93          59        0.255        48.9 0.99893 0.00273                riffle_beetles                    leuctridae
## 636  29  45     101      51          37        0.140        26.8 0.99981 0.00067                riffle_beetles                      perlidae
## 640  29  50     101      35          13        0.096        18.4 0.03283 0.98675                riffle_beetles              lepidostomatidae
## 641  29  51     101      52          33        0.142        27.4 0.97770 0.04660                riffle_beetles                 limnephilidae
## 644  29  54     101      74          53        0.203        38.9 0.99999 0.00002                riffle_beetles                philopotamidae
## 646  29  56     101      81          51        0.222        42.6 0.99549 0.01028                riffle_beetles             polycentropodidae
## 648  29  58     101      54          35        0.148        28.4 0.98911 0.02458                riffle_beetles                      uenoidae
## 649  30  31     131      55          45        0.195        37.5 0.99761 0.00712                        snails                         clams
## 650  30  32     131      68          40        0.242        46.4 0.02871 0.98678                        snails                fishfly_larvae
## 652  30  34     131      70          54        0.249        47.8 0.98604 0.03104                        snails                    ameletidae
## 658  30  40     131      73          35        0.259        49.8 0.00000 1.00000                        snails               leptophlebiidae
## 660  30  43     131      93          57        0.330        63.5 0.03229 0.98461                        snails                    leuctridae
## 661  30  44     131      61          30        0.217        41.6 0.00013 0.99997                        snails                    nemouridae
## 665  30  49     131      22          19        0.078        15.0 0.99011 0.03906                        snails                 hydroptilidae
## 666  30  50     131      35          12        0.124        23.9 0.00000 1.00000                        snails              lepidostomatidae
## 669  30  53     131       6           0        0.021         4.1 0.00086 1.00000                        snails                 odontoceridae
## 697  31  58      55      54          21        0.081        15.5 0.98266 0.03857                         clams                      uenoidae
## 698  32  33      68      47          33        0.087        16.6 1.00000 0.00000                fishfly_larvae           water_penny_beetles
## 699  32  34      68      70          31        0.129        24.8 0.98188 0.03726                fishfly_larvae                    ameletidae
## 702  32  37      68       3           3        0.006         1.1 1.00000 0.04316                fishfly_larvae                   ephemeridae
## 703  32  38      68      50          25        0.092        17.7 0.99595 0.01041                fishfly_larvae                 heptageniidae
## 704  32  39      68      12           8        0.022         4.2 0.99520 0.02360                fishfly_larvae                 leptohyphidae
## 705  32  40      68      73          46        0.135        25.9 1.00000 0.00000                fishfly_larvae               leptophlebiidae
## 706  32  42      68      22          13        0.041         7.8 0.99594 0.01429                fishfly_larvae                chloroperlidae
## 707  32  43      68      93          59        0.172        32.9 1.00000 0.00000                fishfly_larvae                    leuctridae
## 708  32  44      68      61          44        0.113        21.6 1.00000 0.00000                fishfly_larvae                    nemouridae
## 709  32  45      68      51          34        0.094        18.1 1.00000 0.00000                fishfly_larvae                      perlidae
## 710  32  46      68      22          13        0.041         7.8 0.99594 0.01429                fishfly_larvae                    perlodidae
## 711  32  47      68       3           3        0.006         1.1 1.00000 0.04316                fishfly_larvae               glossosomatidae
## 713  32  50      68      35          25        0.065        12.4 1.00000 0.00000                fishfly_larvae              lepidostomatidae
## 714  32  51      68      52          32        0.096        18.4 1.00000 0.00001                fishfly_larvae                 limnephilidae
## 716  32  53      68       6           6        0.011         2.1 1.00000 0.00170                fishfly_larvae                 odontoceridae
## 717  32  54      68      74          44        0.137        26.2 1.00000 0.00000                fishfly_larvae                philopotamidae
## 719  32  56      68      81          39        0.149        28.7 0.99952 0.00137                fishfly_larvae             polycentropodidae
## 720  32  57      68      27          21        0.050         9.6 1.00000 0.00000                fishfly_larvae                rhyacophilidae
## 721  32  58      68      54          35        0.100        19.1 1.00000 0.00000                fishfly_larvae                      uenoidae
## 722  33  34      47      70          28        0.089        17.1 0.99995 0.00018           water_penny_beetles                    ameletidae
## 725  33  38      47      50          22        0.064        12.2 0.99992 0.00030           water_penny_beetles                 heptageniidae
## 726  33  39      47      12           8        0.015         2.9 0.99980 0.00171           water_penny_beetles                 leptohyphidae
## 727  33  40      47      73          28        0.093        17.9 0.99986 0.00049           water_penny_beetles               leptophlebiidae
## 728  33  42      47      22          12        0.028         5.4 0.99977 0.00122           water_penny_beetles                chloroperlidae
## 729  33  43      47      93          43        0.119        22.8 1.00000 0.00000           water_penny_beetles                    leuctridae
## 730  33  44      47      61          27        0.078        14.9 1.00000 0.00002           water_penny_beetles                    nemouridae
## 731  33  45      47      51          24        0.065        12.5 0.99999 0.00003           water_penny_beetles                      perlidae
## 732  33  46      47      22          10        0.028         5.4 0.99473 0.01871           water_penny_beetles                    perlodidae
## 733  33  49      47      22          10        0.028         5.4 0.99473 0.01871           water_penny_beetles                 hydroptilidae
## 734  33  50      47      35          14        0.045         8.6 0.99356 0.01864           water_penny_beetles              lepidostomatidae
## 735  33  51      47      52          18        0.066        12.7 0.98377 0.03783           water_penny_beetles                 limnephilidae
## 737  33  54      47      74          35        0.094        18.1 1.00000 0.00000           water_penny_beetles                philopotamidae
## 739  33  56      47      81          31        0.103        19.8 0.99996 0.00015           water_penny_beetles             polycentropodidae
## 740  33  57      47      27          16        0.034         6.6 1.00000 0.00003           water_penny_beetles                rhyacophilidae
## 741  33  58      47      54          29        0.069        13.2 1.00000 0.00000           water_penny_beetles                      uenoidae
## 743  34  36      70       5           5        0.009         1.8 1.00000 0.00587                    ameletidae                ephemerellidae
## 745  34  38      70      50          32        0.095        18.2 1.00000 0.00000                    ameletidae                 heptageniidae
## 746  34  39      70      12           9        0.023         4.4 0.99913 0.00607                    ameletidae                 leptohyphidae
## 747  34  40      70      73          38        0.139        26.6 0.99987 0.00040                    ameletidae               leptophlebiidae
## 748  34  42      70      22          13        0.042         8.0 0.99434 0.01896                    ameletidae                chloroperlidae
## 749  34  43      70      93          44        0.177        33.9 0.99929 0.00194                    ameletidae                    leuctridae
## 750  34  44      70      61          29        0.116        22.2 0.98992 0.02248                    ameletidae                    nemouridae
## 751  34  45      70      51          26        0.097        18.6 0.99606 0.01007                    ameletidae                      perlidae
## 752  34  46      70      22          15        0.042         8.0 0.99973 0.00138                    ameletidae                    perlodidae
## 759  34  54      70      74          33        0.141        27.0 0.97743 0.04485                    ameletidae                philopotamidae
## 761  34  56      70      81          40        0.154        29.5 0.99956 0.00125                    ameletidae             polycentropodidae
## 763  34  58      70      54          31        0.103        19.7 0.99995 0.00018                    ameletidae                      uenoidae
## 769  35  45      13      51           7        0.018         3.5 0.99355 0.02866                      caenidae                      perlidae
## 770  35  46      13      22           4        0.008         1.5 0.99129 0.04644                      caenidae                    perlodidae
## 777  35  58      13      54           7        0.019         3.7 0.99038 0.03941                      caenidae                      uenoidae
## 791  38  39      50      12           8        0.016         3.1 0.99965 0.00271                 heptageniidae                 leptohyphidae
## 792  38  40      50      73          39        0.099        19.0 1.00000 0.00000                 heptageniidae               leptophlebiidae
## 793  38  42      50      22          13        0.030         5.7 0.99992 0.00049                 heptageniidae                chloroperlidae
## 794  38  43      50      93          38        0.126        24.2 1.00000 0.00000                 heptageniidae                    leuctridae
## 795  38  44      50      61          32        0.083        15.9 1.00000 0.00000                 heptageniidae                    nemouridae
## 796  38  45      50      51          32        0.069        13.3 1.00000 0.00000                 heptageniidae                      perlidae
## 797  38  46      50      22          15        0.030         5.7 1.00000 0.00001                 heptageniidae                    perlodidae
## 799  38  50      50      35          14        0.047         9.1 0.98705 0.03382                 heptageniidae              lepidostomatidae
## 800  38  51      50      52          25        0.071        13.5 0.99999 0.00004                 heptageniidae                 limnephilidae
## 803  38  54      50      74          25        0.100        19.3 0.98174 0.03940                 heptageniidae                philopotamidae
## 806  38  57      50      27          14        0.037         7.0 0.99960 0.00176                 heptageniidae                rhyacophilidae
## 807  38  58      50      54          30        0.073        14.1 1.00000 0.00000                 heptageniidae                      uenoidae
## 808  39  40      12      73          11        0.024         4.6 1.00000 0.00012                 leptohyphidae               leptophlebiidae
## 809  39  42      12      22           7        0.007         1.4 1.00000 0.00005                 leptohyphidae                chloroperlidae
## 810  39  43      12      93          11        0.030         5.8 0.99989 0.00175                 leptohyphidae                    leuctridae
## 811  39  44      12      61          11        0.020         3.8 1.00000 0.00002                 leptohyphidae                    nemouridae
## 812  39  45      12      51          11        0.017         3.2 1.00000 0.00000                 leptohyphidae                      perlidae
## 813  39  46      12      22           4        0.007         1.4 0.99420 0.03483                 leptohyphidae                    perlodidae
## 814  39  49      12      22           4        0.007         1.4 0.99420 0.03483                 leptohyphidae                 hydroptilidae
## 815  39  50      12      35           5        0.011         2.2 0.99016 0.04568                 leptohyphidae              lepidostomatidae
## 820  39  58      12      54          11        0.018         3.4 1.00000 0.00000                 leptohyphidae                      uenoidae
## 821  40  42      73      22          18        0.044         8.4 1.00000 0.00001               leptophlebiidae                chloroperlidae
## 822  40  43      73      93          61        0.184        35.4 1.00000 0.00000               leptophlebiidae                    leuctridae
## 823  40  44      73      61          47        0.121        23.2 1.00000 0.00000               leptophlebiidae                    nemouridae
## 824  40  45      73      51          42        0.101        19.4 1.00000 0.00000               leptophlebiidae                      perlidae
## 825  40  46      73      22          17        0.044         8.4 0.99999 0.00009               leptophlebiidae                    perlodidae
## 828  40  50      73      35          30        0.069        13.3 1.00000 0.00000               leptophlebiidae              lepidostomatidae
## 829  40  51      73      52          35        0.103        19.8 1.00000 0.00000               leptophlebiidae                 limnephilidae
## 830  40  52      73       4           4        0.008         1.5 1.00000 0.01984               leptophlebiidae                    molannidae
## 831  40  53      73       6           6        0.012         2.3 1.00000 0.00265               leptophlebiidae                 odontoceridae
## 832  40  54      73      74          36        0.147        28.1 0.99459 0.01242               leptophlebiidae                philopotamidae
## 834  40  56      73      81          41        0.160        30.8 0.99936 0.00175               leptophlebiidae             polycentropodidae
## 835  40  57      73      27          21        0.053        10.3 1.00000 0.00001               leptophlebiidae                rhyacophilidae
## 836  40  58      73      54          37        0.107        20.5 1.00000 0.00000               leptophlebiidae                      uenoidae
## 837  42  43      22      93          21        0.056        10.7 1.00000 0.00000                chloroperlidae                    leuctridae
## 838  42  44      22      61          21        0.036         7.0 1.00000 0.00000                chloroperlidae                    nemouridae
## 839  42  45      22      51          17        0.030         5.8 1.00000 0.00000                chloroperlidae                      perlidae
## 840  42  46      22      22          10        0.013         2.5 1.00000 0.00001                chloroperlidae                    perlodidae
## 842  42  50      22      35          10        0.021         4.0 0.99972 0.00156                chloroperlidae              lepidostomatidae
## 844  42  54      22      74          17        0.044         8.5 0.99999 0.00011                chloroperlidae                philopotamidae
## 846  42  56      22      81          14        0.048         9.3 0.99145 0.02705                chloroperlidae             polycentropodidae
## 847  42  57      22      27          10        0.016         3.1 0.99999 0.00012                chloroperlidae                rhyacophilidae
## 848  42  58      22      54          14        0.032         6.2 0.99996 0.00023                chloroperlidae                      uenoidae
## 849  43  44      93      61          51        0.154        29.5 1.00000 0.00000                    leuctridae                    nemouridae
## 850  43  45      93      51          43        0.129        24.7 1.00000 0.00000                    leuctridae                      perlidae
## 854  43  50      93      35          31        0.088        17.0 1.00000 0.00000                    leuctridae              lepidostomatidae
## 855  43  51      93      52          38        0.131        25.2 0.99999 0.00003                    leuctridae                 limnephilidae
## 857  43  53      93       6           6        0.015         2.9 1.00000 0.01185                    leuctridae                 odontoceridae
## 858  43  54      93      74          57        0.187        35.8 1.00000 0.00000                    leuctridae                philopotamidae
## 860  43  56      93      81          54        0.204        39.2 1.00000 0.00001                    leuctridae             polycentropodidae
## 861  43  57      93      27          25        0.068        13.1 1.00000 0.00000                    leuctridae                rhyacophilidae
## 862  43  58      93      54          42        0.136        26.2 1.00000 0.00000                    leuctridae                      uenoidae
## 863  44  45      61      51          36        0.084        16.2 1.00000 0.00000                    nemouridae                      perlidae
## 864  44  46      61      22          20        0.036         7.0 1.00000 0.00000                    nemouridae                    perlodidae
## 866  44  50      61      35          27        0.058        11.1 1.00000 0.00000                    nemouridae              lepidostomatidae
## 867  44  51      61      52          33        0.086        16.5 1.00000 0.00000                    nemouridae                 limnephilidae
## 869  44  53      61       6           6        0.010         1.9 1.00000 0.00086                    nemouridae                 odontoceridae
## 870  44  54      61      74          38        0.122        23.5 1.00000 0.00000                    nemouridae                philopotamidae
## 873  44  57      61      27          24        0.045         8.6 1.00000 0.00000                    nemouridae                rhyacophilidae
## 874  44  58      61      54          36        0.089        17.2 1.00000 0.00000                    nemouridae                      uenoidae
## 875  45  46      51      22          14        0.030         5.8 0.99998 0.00011                      perlidae                    perlodidae
## 877  45  50      51      35          18        0.048         9.3 0.99990 0.00044                      perlidae              lepidostomatidae
## 878  45  51      51      52          28        0.072        13.8 1.00000 0.00000                      perlidae                 limnephilidae
## 881  45  54      51      74          31        0.102        19.7 0.99996 0.00015                      perlidae                philopotamidae
## 884  45  57      51      27          13        0.037         7.2 0.99777 0.00795                      perlidae                rhyacophilidae
## 885  45  58      51      54          31        0.075        14.3 1.00000 0.00000                      perlidae                      uenoidae
## 887  46  50      22      35          10        0.021         4.0 0.99972 0.00156                    perlodidae              lepidostomatidae
## 888  46  51      22      52          11        0.031         6.0 0.99650 0.01291                    perlodidae                 limnephilidae
## 892  46  57      22      27           7        0.016         3.1 0.99548 0.01933                    perlodidae                rhyacophilidae
## 893  46  58      22      54          15        0.032         6.2 1.00000 0.00004                    perlodidae                      uenoidae
## 900  49  56      22      81          17        0.048         9.3 0.99993 0.00045                 hydroptilidae             polycentropodidae
## 903  50  51      35      52          26        0.049         9.5 1.00000 0.00000              lepidostomatidae                 limnephilidae
## 904  50  53      35       6           6        0.006         1.1 1.00000 0.00003              lepidostomatidae                 odontoceridae
## 905  50  54      35      74          20        0.070        13.5 0.99612 0.01115              lepidostomatidae                philopotamidae
## 908  50  57      35      27          19        0.026         4.9 1.00000 0.00000              lepidostomatidae                rhyacophilidae
## 909  50  58      35      54          20        0.051         9.8 0.99999 0.00006              lepidostomatidae                      uenoidae
## 910  51  52      52       4           4        0.006         1.1 1.00000 0.00493                 limnephilidae                    molannidae
## 911  51  53      52       6           6        0.008         1.6 1.00000 0.00032                 limnephilidae                 odontoceridae
## 912  51  54      52      74          27        0.104        20.0 0.99326 0.01612                 limnephilidae                philopotamidae
## 914  51  56      52      81          16        0.114        21.9 0.03587 0.98376                 limnephilidae             polycentropodidae
## 915  51  57      52      27          18        0.038         7.3 1.00000 0.00000                 limnephilidae                rhyacophilidae
## 916  51  58      52      54          26        0.076        14.6 0.99999 0.00006                 limnephilidae                      uenoidae
## 920  53  54       6      74           6        0.012         2.3 1.00000 0.00288                 odontoceridae                philopotamidae
## 924  54  56      74      81          44        0.163        31.2 0.99997 0.00011                philopotamidae             polycentropodidae
## 925  54  57      74      27          20        0.054        10.4 0.99999 0.00006                philopotamidae                rhyacophilidae
## 926  54  58      74      54          30        0.108        20.8 0.99924 0.00223                philopotamidae                      uenoidae
## 929  55  58       9      54           7        0.013         2.5 0.99982 0.00226                  phryganeidae                      uenoidae
## 930  56  57      81      27          18        0.059        11.4 0.99856 0.00528             polycentropodidae                rhyacophilidae
## 931  56  58      81      54          30        0.119        22.8 0.99380 0.01474             polycentropodidae                      uenoidae
## 932  57  58      27      54          20        0.040         7.6 1.00000 0.00000                rhyacophilidae                      uenoidae
co[, "sp1_name"] == rownames(streambioticsum_suff_biotic_bin_t_3)[co$sp1]
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## [358] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
co[, "sp2_name"] == rownames(streambioticsum_suff_biotic_bin_t_3)[co$sp2]
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## [358] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
nodes <- data.frame(id = 1:nrow(streambioticsum_suff_biotic_bin_t_3),
                    label = rownames(streambioticsum_suff_biotic_bin_t_3),
                    shadow = TRUE) 
edges <- data.frame(from = co$sp1, to = co$sp2,
                    color = ifelse(co$p_lt <= 0.05, "#B0B2C1", "#3C3F51"),
                    dashes = ifelse(co$p_lt <= 0.05, TRUE, FALSE))

cooc<-cooccur(streambioticsum_suff_biotic_bin_t_3, spp_names = TRUE)
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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visNetwork(nodes = nodes, edges = edges) %>%
  visIgraphLayout(layout = "layout_with_kk")
plot(cooc)

pair.attributes(cooc)
##      pos   neg   rand num_pos num_neg num_rand                       sppname
## 1  14.29 16.67  69.05       6       7       29  streambioticsum_suff_mtdusky
## 9  34.04  2.13  63.83      16       1       30  streambioticsum_suff_nodusky
## 19 49.02  0.00  50.98      25       0       26 streambioticsum_suff_twolined
## 30 29.63  3.70  66.67       8       1       18 streambioticsum_suff_longtail
## 39 38.24 14.71  47.06      13       5       16      streambioticsum_suff_red
## 49  0.00  0.00 100.00       0       0        5     streambioticsum_suff_mole
## 50 46.81  4.26  48.94      22       2       23  streambioticsum_suff_redback
## 51 51.72  0.00  48.28      15       0       14    streambioticsum_suff_slimy
## 52 47.22  2.78  50.00      17       1       18                blacknose_dace
## 2   0.00  0.00 100.00       0       0        5              bluegill_sunfish
## 3   0.00  0.00 100.00       0       0       23    central_stoneroller_minnow
## 4  42.86  9.52  47.62      18       4       20                    creek_chub
## 5   0.00  0.00 100.00       0       0        5                 green_sunfish
## 6  11.54  0.00  88.46       3       0       23                 johnny_darter
## 7   3.85  0.00  96.15       1       0       25                rainbow_darter
## 8   0.00  0.00 100.00       0       0        5                 redbelly_dace
## 10  4.35  0.00  95.65       1       0       22                  white_sucker
## 11  3.85  0.00  96.15       1       0       25               sessile_animals
## 12 13.33 24.44  62.22       6      11       28                      sow_bugs
## 13  6.67 17.78  75.56       3       8       34                         scuds
## 14 17.02  0.00  82.98       8       0       39                   water_mites
## 15 17.65  5.88  76.47       9       3       39              damselfly_nymphs
## 16 51.06  2.13  46.81      24       1       22               alderfly_larvae
## 17 47.06  0.00  52.94      24       0       27              dragonfly_nymphs
## 18 45.10  3.92  50.98      23       2       26                riffle_beetles
## 20 15.69 17.65  66.67       8       9       34                        snails
## 21 17.78  0.00  82.22       8       0       37                         clams
## 22 59.57  6.38  34.04      28       3       16                fishfly_larvae
## 23 61.90  0.00  38.10      26       0       16           water_penny_beetles
## 24 51.06  2.13  46.81      24       1       22                    ameletidae
## 25 18.18  0.00  81.82       6       0       27                      caenidae
## 26  3.85  0.00  96.15       1       0       25                ephemerellidae
## 27 13.33  0.00  86.67       2       0       13                   ephemeridae
## 28 48.89  4.44  46.67      22       2       21                 heptageniidae
## 29 48.48  3.03  48.48      16       1       16                 leptohyphidae
## 31 57.45  8.51  34.04      27       4       16               leptophlebiidae
## 32 60.00  0.00  40.00      21       0       14                chloroperlidae
## 33 59.57  6.38  34.04      28       3       16                    leuctridae
## 34 55.56  6.67  37.78      25       3       17                    nemouridae
## 35 51.11  6.67  42.22      23       3       19                      perlidae
## 36 45.71  5.71  48.57      16       2       17                    perlodidae
## 37  6.67  0.00  93.33       1       0       14               glossosomatidae
## 38 17.14  0.00  82.86       6       0       29                 hydroptilidae
## 40 52.63 15.79  31.58      20       6       12              lepidostomatidae
## 41 48.89  6.67  44.44      22       3       20                 limnephilidae
## 42 13.04  0.00  86.96       3       0       20                    molannidae
## 43 33.33  3.70  62.96       9       1       17                 odontoceridae
## 44 55.32  0.00  44.68      26       0       21                philopotamidae
## 45  9.38  0.00  90.62       3       0       29                  phryganeidae
## 46 34.04  2.13  63.83      16       1       30             polycentropodidae
## 47 58.33  2.78  38.89      21       1       14                rhyacophilidae
## 48 60.00  2.22  37.78      27       1       17                      uenoidae
pair.profile(cooc)

prob.table(cooc)
##     sp1 sp2 sp1_inc sp2_inc obs_cooccur prob_cooccur exp_cooccur    p_lt    p_gt                      sp1_name                      sp2_name
## 1     1   2      40      74          34        0.080        15.4 1.00000 0.00000  streambioticsum_suff_mtdusky  streambioticsum_suff_nodusky
## 2     1   3      40     133          36        0.144        27.7 0.99988 0.00069  streambioticsum_suff_mtdusky streambioticsum_suff_twolined
## 3     1   4      40       6           0        0.007         1.2 0.24106 1.00000  streambioticsum_suff_mtdusky streambioticsum_suff_longtail
## 4     1   5      40      18           1        0.020         3.8 0.07543 0.98809  streambioticsum_suff_mtdusky      streambioticsum_suff_red
## 5     1   7      40      70           9        0.076        14.6 0.02800 0.98941  streambioticsum_suff_mtdusky  streambioticsum_suff_redback
## 6     1   8      40       8           0        0.009         1.7 0.14831 1.00000  streambioticsum_suff_mtdusky    streambioticsum_suff_slimy
## 7     1   9      40      25           4        0.027         5.2 0.36752 0.81440  streambioticsum_suff_mtdusky                blacknose_dace
## 8     1  13      40      43           3        0.047         9.0 0.00650 0.99871  streambioticsum_suff_mtdusky                    creek_chub
## 9     1  15      40       5           1        0.005         1.0 0.72106 0.69334  streambioticsum_suff_mtdusky                 johnny_darter
## 10    1  16      40       5           1        0.005         1.0 0.72106 0.69334  streambioticsum_suff_mtdusky                rainbow_darter
## 11    1  22      40       5           3        0.005         1.0 0.99295 0.06201  streambioticsum_suff_mtdusky               sessile_animals
## 12    1  23      40      53          15        0.058        11.0 0.95940 0.08651  streambioticsum_suff_mtdusky                      sow_bugs
## 13    1  24      40      60          14        0.065        12.5 0.78001 0.34645  streambioticsum_suff_mtdusky                         scuds
## 14    1  25      40      65          13        0.071        13.5 0.49854 0.64818  streambioticsum_suff_mtdusky                   water_mites
## 15    1  26      40      97          21        0.105        20.2 0.67663 0.45892  streambioticsum_suff_mtdusky              damselfly_nymphs
## 16    1  27      40      79          24        0.086        16.5 0.99806 0.00574  streambioticsum_suff_mtdusky               alderfly_larvae
## 17    1  28      40     125          25        0.136        26.0 0.41594 0.71959  streambioticsum_suff_mtdusky              dragonfly_nymphs
## 18    1  29      40     101          15        0.110        21.0 0.02416 0.99020  streambioticsum_suff_mtdusky                riffle_beetles
## 19    1  30      40     131          27        0.142        27.3 0.52620 0.62330  streambioticsum_suff_mtdusky                        snails
## 20    1  31      40      55           9        0.060        11.5 0.22295 0.87897  streambioticsum_suff_mtdusky                         clams
## 21    1  32      40      68          20        0.074        14.2 0.98988 0.02500  streambioticsum_suff_mtdusky                fishfly_larvae
## 22    1  33      40      47          12        0.051         9.8 0.86771 0.23700  streambioticsum_suff_mtdusky           water_penny_beetles
## 23    1  34      40      70          19        0.076        14.6 0.96403 0.07521  streambioticsum_suff_mtdusky                    ameletidae
## 24    1  35      40      13           3        0.014         2.7 0.72574 0.53359  streambioticsum_suff_mtdusky                      caenidae
## 25    1  36      40       5           2        0.005         1.0 0.93799 0.27894  streambioticsum_suff_mtdusky                ephemerellidae
## 26    1  38      40      50           4        0.054        10.4 0.00566 0.99872  streambioticsum_suff_mtdusky                 heptageniidae
## 27    1  39      40      12           1        0.013         2.5 0.24279 0.94487  streambioticsum_suff_mtdusky                 leptohyphidae
## 28    1  40      40      73          15        0.079        15.2 0.54584 0.59903  streambioticsum_suff_mtdusky               leptophlebiidae
## 29    1  42      40      22           4        0.024         4.6 0.49876 0.71706  streambioticsum_suff_mtdusky                chloroperlidae
## 30    1  43      40      93          29        0.101        19.4 0.99987 0.00052  streambioticsum_suff_mtdusky                    leuctridae
## 31    1  44      40      61          10        0.066        12.7 0.20091 0.89118  streambioticsum_suff_mtdusky                    nemouridae
## 32    1  45      40      51           5        0.055        10.6 0.01590 0.99545  streambioticsum_suff_mtdusky                      perlidae
## 33    1  46      40      22           1        0.024         4.6 0.03199 0.99585  streambioticsum_suff_mtdusky                    perlodidae
## 34    1  49      40      22           5        0.024         4.6 0.70596 0.50124  streambioticsum_suff_mtdusky                 hydroptilidae
## 35    1  50      40      35           5        0.038         7.3 0.20769 0.90478  streambioticsum_suff_mtdusky              lepidostomatidae
## 36    1  51      40      52           1        0.056        10.8 0.00001 1.00000  streambioticsum_suff_mtdusky                 limnephilidae
## 37    1  53      40       6           0        0.007         1.2 0.24106 1.00000  streambioticsum_suff_mtdusky                 odontoceridae
## 38    1  54      40      74          19        0.080        15.4 0.93106 0.13047  streambioticsum_suff_mtdusky                philopotamidae
## 39    1  55      40       9           1        0.010         1.9 0.40623 0.88393  streambioticsum_suff_mtdusky                  phryganeidae
## 40    1  56      40      81          26        0.088        16.9 0.99972 0.00099  streambioticsum_suff_mtdusky             polycentropodidae
## 41    1  57      40      27           4        0.029         5.6 0.29173 0.86331  streambioticsum_suff_mtdusky                rhyacophilidae
## 42    1  58      40      54          11        0.059        11.2 0.54599 0.61035  streambioticsum_suff_mtdusky                      uenoidae
## 43    2   3      74     133          64        0.267        51.3 1.00000 0.00002  streambioticsum_suff_nodusky streambioticsum_suff_twolined
## 44    2   4      74       6           2        0.012         2.3 0.57494 0.74740  streambioticsum_suff_nodusky streambioticsum_suff_longtail
## 45    2   5      74      18          12        0.036         6.9 0.99741 0.01097  streambioticsum_suff_nodusky      streambioticsum_suff_red
## 46    2   7      74      70          32        0.141        27.0 0.95515 0.08216  streambioticsum_suff_nodusky  streambioticsum_suff_redback
## 47    2   8      74       8           7        0.016         3.1 0.99962 0.00576  streambioticsum_suff_nodusky    streambioticsum_suff_slimy
## 48    2   9      74      25           9        0.050         9.6 0.48132 0.68777  streambioticsum_suff_nodusky                blacknose_dace
## 49    2  11      74       4           1        0.008         1.5 0.49982 0.86015  streambioticsum_suff_nodusky    central_stoneroller_minnow
## 50    2  13      74      43          11        0.086        16.6 0.03378 0.98613  streambioticsum_suff_nodusky                    creek_chub
## 51    2  15      74       5           1        0.010         1.9 0.36005 0.91520  streambioticsum_suff_nodusky                 johnny_darter
## 52    2  16      74       5           0        0.010         1.9 0.08480 1.00000  streambioticsum_suff_nodusky                rainbow_darter
## 53    2  20      74       4           1        0.008         1.5 0.49982 0.86015  streambioticsum_suff_nodusky                  white_sucker
## 54    2  22      74       5           4        0.010         1.9 0.99219 0.07362  streambioticsum_suff_nodusky               sessile_animals
## 55    2  23      74      53          20        0.106        20.4 0.51193 0.61868  streambioticsum_suff_nodusky                      sow_bugs
## 56    2  24      74      60          22        0.120        23.1 0.42257 0.69712  streambioticsum_suff_nodusky                         scuds
## 57    2  25      74      65          29        0.130        25.1 0.91790 0.14009  streambioticsum_suff_nodusky                   water_mites
## 58    2  26      74      97          33        0.195        37.4 0.12456 0.92642  streambioticsum_suff_nodusky              damselfly_nymphs
## 59    2  27      74      79          42        0.159        30.4 0.99986 0.00044  streambioticsum_suff_nodusky               alderfly_larvae
## 60    2  28      74     125          53        0.251        48.2 0.95199 0.08874  streambioticsum_suff_nodusky              dragonfly_nymphs
## 61    2  29      74     101          34        0.203        38.9 0.09429 0.94653  streambioticsum_suff_nodusky                riffle_beetles
## 62    2  30      74     131          45        0.263        50.5 0.05656 0.97128  streambioticsum_suff_nodusky                        snails
## 63    2  31      74      55          24        0.110        21.2 0.86045 0.22450  streambioticsum_suff_nodusky                         clams
## 64    2  32      74      68          39        0.137        26.2 0.99998 0.00007  streambioticsum_suff_nodusky                fishfly_larvae
## 65    2  33      74      47          26        0.094        18.1 0.99792 0.00577  streambioticsum_suff_nodusky           water_penny_beetles
## 66    2  34      74      70          34        0.141        27.0 0.98955 0.02257  streambioticsum_suff_nodusky                    ameletidae
## 67    2  35      74      13           5        0.026         5.0 0.62010 0.61060  streambioticsum_suff_nodusky                      caenidae
## 68    2  36      74       5           1        0.010         1.9 0.36005 0.91520  streambioticsum_suff_nodusky                ephemerellidae
## 69    2  37      74       3           1        0.006         1.2 0.66972 0.77015  streambioticsum_suff_nodusky                   ephemeridae
## 70    2  38      74      50          20        0.100        19.3 0.66280 0.46670  streambioticsum_suff_nodusky                 heptageniidae
## 71    2  39      74      12           6        0.024         4.6 0.87382 0.29165  streambioticsum_suff_nodusky                 leptohyphidae
## 72    2  40      74      73          39        0.147        28.1 0.99973 0.00079  streambioticsum_suff_nodusky               leptophlebiidae
## 73    2  42      74      22           9        0.044         8.5 0.68612 0.49055  streambioticsum_suff_nodusky                chloroperlidae
## 74    2  43      74      93          48        0.187        35.8 0.99992 0.00026  streambioticsum_suff_nodusky                    leuctridae
## 75    2  44      74      61          32        0.122        23.5 0.99779 0.00568  streambioticsum_suff_nodusky                    nemouridae
## 76    2  45      74      51          20        0.102        19.7 0.61355 0.51848  streambioticsum_suff_nodusky                      perlidae
## 77    2  46      74      22          10        0.044         8.5 0.82697 0.31388  streambioticsum_suff_nodusky                    perlodidae
## 78    2  47      74       3           3        0.006         1.2 1.00000 0.05582  streambioticsum_suff_nodusky               glossosomatidae
## 79    2  49      74      22           9        0.044         8.5 0.68612 0.49055  streambioticsum_suff_nodusky                 hydroptilidae
## 80    2  50      74      35          18        0.070        13.5 0.97182 0.06285  streambioticsum_suff_nodusky              lepidostomatidae
## 81    2  51      74      52          19        0.104        20.0 0.43060 0.69485  streambioticsum_suff_nodusky                 limnephilidae
## 82    2  52      74       4           2        0.008         1.5 0.83962 0.50018  streambioticsum_suff_nodusky                    molannidae
## 83    2  53      74       6           5        0.012         2.3 0.99712 0.03244  streambioticsum_suff_nodusky                 odontoceridae
## 84    2  54      74      74          37        0.149        28.5 0.99683 0.00765  streambioticsum_suff_nodusky                philopotamidae
## 85    2  55      74       9           5        0.018         3.5 0.92107 0.23196  streambioticsum_suff_nodusky                  phryganeidae
## 86    2  56      74      81          42        0.163        31.2 0.99965 0.00101  streambioticsum_suff_nodusky             polycentropodidae
## 87    2  57      74      27          19        0.054        10.4 0.99994 0.00032  streambioticsum_suff_nodusky                rhyacophilidae
## 88    2  58      74      54          33        0.108        20.8 0.99998 0.00007  streambioticsum_suff_nodusky                      uenoidae
## 89    3   4     133       6           5        0.022         4.2 0.89337 0.40154 streambioticsum_suff_twolined streambioticsum_suff_longtail
## 90    3   5     133      18          17        0.065        12.5 0.99908 0.00935 streambioticsum_suff_twolined      streambioticsum_suff_red
## 91    3   6     133       2           2        0.007         1.4 1.00000 0.47873 streambioticsum_suff_twolined     streambioticsum_suff_mole
## 92    3   7     133      70          57        0.253        48.5 0.99864 0.00399 streambioticsum_suff_twolined  streambioticsum_suff_redback
## 93    3   8     133       8           8        0.029         5.5 1.00000 0.04959 streambioticsum_suff_twolined    streambioticsum_suff_slimy
## 94    3   9     133      25          22        0.090        17.3 0.99524 0.02079 streambioticsum_suff_twolined                blacknose_dace
## 95    3  10     133       2           2        0.007         1.4 1.00000 0.47873 streambioticsum_suff_twolined              bluegill_sunfish
## 96    3  11     133       4           2        0.014         2.8 0.36081 0.91291 streambioticsum_suff_twolined    central_stoneroller_minnow
## 97    3  13     133      43          38        0.155        29.8 0.99976 0.00113 streambioticsum_suff_twolined                    creek_chub
## 98    3  14     133       2           2        0.007         1.4 1.00000 0.47873 streambioticsum_suff_twolined                 green_sunfish
## 99    3  15     133       5           4        0.018         3.5 0.84422 0.51203 streambioticsum_suff_twolined                 johnny_darter
## 100   3  16     133       5           5        0.018         3.5 1.00000 0.15578 streambioticsum_suff_twolined                rainbow_darter
## 101   3  18     133       2           2        0.007         1.4 1.00000 0.47873 streambioticsum_suff_twolined                 redbelly_dace
## 102   3  20     133       4           3        0.014         2.8 0.77297 0.63919 streambioticsum_suff_twolined                  white_sucker
## 103   3  22     133       5           5        0.018         3.5 1.00000 0.15578 streambioticsum_suff_twolined               sessile_animals
## 104   3  23     133      53          33        0.191        36.7 0.13085 0.92853 streambioticsum_suff_twolined                      sow_bugs
## 105   3  24     133      60          40        0.216        41.6 0.35741 0.75802 streambioticsum_suff_twolined                         scuds
## 106   3  25     133      65          49        0.235        45.0 0.93177 0.12489 streambioticsum_suff_twolined                   water_mites
## 107   3  26     133      97          72        0.350        67.2 0.95176 0.08880 streambioticsum_suff_twolined              damselfly_nymphs
## 108   3  27     133      79          68        0.285        54.7 1.00000 0.00001 streambioticsum_suff_twolined               alderfly_larvae
## 109   3  28     133     125          98        0.451        86.6 0.99994 0.00020 streambioticsum_suff_twolined              dragonfly_nymphs
## 110   3  29     133     101          82        0.364        70.0 0.99996 0.00014 streambioticsum_suff_twolined                riffle_beetles
## 111   3  30     133     131          91        0.473        90.7 0.60292 0.52959 streambioticsum_suff_twolined                        snails
## 112   3  31     133      55          39        0.198        38.1 0.68328 0.44862 streambioticsum_suff_twolined                         clams
## 113   3  32     133      68          60        0.245        47.1 1.00000 0.00001 streambioticsum_suff_twolined                fishfly_larvae
## 114   3  33     133      47          45        0.170        32.6 1.00000 0.00000 streambioticsum_suff_twolined           water_penny_beetles
## 115   3  34     133      70          61        0.253        48.5 1.00000 0.00002 streambioticsum_suff_twolined                    ameletidae
## 116   3  35     133      13          11        0.047         9.0 0.94870 0.17768 streambioticsum_suff_twolined                      caenidae
## 117   3  36     133       5           5        0.018         3.5 1.00000 0.15578 streambioticsum_suff_twolined                ephemerellidae
## 118   3  37     133       3           2        0.011         2.1 0.66993 0.77605 streambioticsum_suff_twolined                   ephemeridae
## 119   3  38     133      50          42        0.180        34.6 0.99825 0.00576 streambioticsum_suff_twolined                 heptageniidae
## 120   3  39     133      12          10        0.043         8.3 0.92926 0.22724 streambioticsum_suff_twolined                 leptohyphidae
## 121   3  40     133      73          68        0.263        50.6 1.00000 0.00000 streambioticsum_suff_twolined               leptophlebiidae
## 122   3  42     133      22          20        0.079        15.2 0.99783 0.01294 streambioticsum_suff_twolined                chloroperlidae
## 123   3  43     133      93          82        0.336        64.4 1.00000 0.00000 streambioticsum_suff_twolined                    leuctridae
## 124   3  44     133      61          53        0.220        42.3 0.99996 0.00017 streambioticsum_suff_twolined                    nemouridae
## 125   3  45     133      51          47        0.184        35.3 1.00000 0.00001 streambioticsum_suff_twolined                      perlidae
## 126   3  46     133      22          17        0.079        15.2 0.86809 0.27367 streambioticsum_suff_twolined                    perlodidae
## 127   3  47     133       3           2        0.011         2.1 0.66993 0.77605 streambioticsum_suff_twolined               glossosomatidae
## 128   3  49     133      22          15        0.079        15.2 0.54094 0.64938 streambioticsum_suff_twolined                 hydroptilidae
## 129   3  50     133      35          32        0.126        24.2 0.99988 0.00078 streambioticsum_suff_twolined              lepidostomatidae
## 130   3  51     133      52          43        0.188        36.0 0.99678 0.00959 streambioticsum_suff_twolined                 limnephilidae
## 131   3  52     133       4           4        0.014         2.8 1.00000 0.22703 streambioticsum_suff_twolined                    molannidae
## 132   3  53     133       6           6        0.022         4.2 1.00000 0.10663 streambioticsum_suff_twolined                 odontoceridae
## 133   3  54     133      74          68        0.267        51.3 1.00000 0.00000 streambioticsum_suff_twolined                philopotamidae
## 134   3  55     133       9           6        0.032         6.2 0.55971 0.71623 streambioticsum_suff_twolined                  phryganeidae
## 135   3  56     133      81          70        0.292        56.1 1.00000 0.00001 streambioticsum_suff_twolined             polycentropodidae
## 136   3  57     133      27          25        0.097        18.7 0.99969 0.00238 streambioticsum_suff_twolined                rhyacophilidae
## 137   3  58     133      54          48        0.195        37.4 0.99998 0.00011 streambioticsum_suff_twolined                      uenoidae
## 138   4   7       6      70           6        0.011         2.2 1.00000 0.00204 streambioticsum_suff_longtail  streambioticsum_suff_redback
## 139   4  13       6      43           1        0.007         1.3 0.59589 0.78655 streambioticsum_suff_longtail                    creek_chub
## 140   4  23       6      53           0        0.009         1.7 0.13965 1.00000 streambioticsum_suff_longtail                      sow_bugs
## 141   4  24       6      60           0        0.010         1.9 0.10182 1.00000 streambioticsum_suff_longtail                         scuds
## 142   4  25       6      65           1        0.011         2.0 0.33739 0.91961 streambioticsum_suff_longtail                   water_mites
## 143   4  26       6      97           3        0.016         3.0 0.64882 0.66856 streambioticsum_suff_longtail              damselfly_nymphs
## 144   4  27       6      79           5        0.013         2.5 0.99568 0.04393 streambioticsum_suff_longtail               alderfly_larvae
## 145   4  28       6     125           4        0.020         3.9 0.68268 0.65056 streambioticsum_suff_longtail              dragonfly_nymphs
## 146   4  29       6     101           3        0.016         3.2 0.60817 0.70668 streambioticsum_suff_longtail                riffle_beetles
## 147   4  30       6     131           1        0.021         4.1 0.01298 0.99914 streambioticsum_suff_longtail                        snails
## 148   4  31       6      55           2        0.009         1.7 0.77168 0.55266 streambioticsum_suff_longtail                         clams
## 149   4  32       6      68           5        0.011         2.1 0.99830 0.02180 streambioticsum_suff_longtail                fishfly_larvae
## 150   4  33       6      47           4        0.008         1.5 0.99637 0.03259 streambioticsum_suff_longtail           water_penny_beetles
## 151   4  34       6      70           2        0.011         2.2 0.61841 0.71148 streambioticsum_suff_longtail                    ameletidae
## 152   4  38       6      50           3        0.008         1.6 0.95922 0.18319 streambioticsum_suff_longtail                 heptageniidae
## 153   4  40       6      73           5        0.012         2.3 0.99735 0.03045 streambioticsum_suff_longtail               leptophlebiidae
## 154   4  43       6      93           5        0.015         2.9 0.98815 0.09187 streambioticsum_suff_longtail                    leuctridae
## 155   4  44       6      61           5        0.010         1.9 0.99914 0.01298 streambioticsum_suff_longtail                    nemouridae
## 156   4  45       6      51           3        0.008         1.6 0.95621 0.19190 streambioticsum_suff_longtail                      perlidae
## 157   4  50       6      35           4        0.006         1.1 0.99918 0.01079 streambioticsum_suff_longtail              lepidostomatidae
## 158   4  51       6      52           5        0.008         1.6 0.99968 0.00598 streambioticsum_suff_longtail                 limnephilidae
## 159   4  54       6      74           2        0.012         2.3 0.57494 0.74740 streambioticsum_suff_longtail                philopotamidae
## 160   4  56       6      81           2        0.013         2.5 0.49844 0.80334 streambioticsum_suff_longtail             polycentropodidae
## 161   4  58       6      54           4        0.009         1.7 0.99281 0.05368 streambioticsum_suff_longtail                      uenoidae
## 162   5   7      18      70          17        0.034         6.6 1.00000 0.00000      streambioticsum_suff_red  streambioticsum_suff_redback
## 163   5   9      18      25           0        0.012         2.3 0.07145 1.00000      streambioticsum_suff_red                blacknose_dace
## 164   5  13      18      43           0        0.021         4.0 0.00814 1.00000      streambioticsum_suff_red                    creek_chub
## 165   5  23      18      53           1        0.026         5.0 0.01896 0.99785      streambioticsum_suff_red                      sow_bugs
## 166   5  24      18      60           8        0.029         5.6 0.93450 0.15803      streambioticsum_suff_red                         scuds
## 167   5  25      18      65           8        0.032         6.1 0.89430 0.22802      streambioticsum_suff_red                   water_mites
## 168   5  26      18      97           4        0.047         9.1 0.01042 0.99779      streambioticsum_suff_red              damselfly_nymphs
## 169   5  27      18      79           8        0.039         7.4 0.71136 0.47635      streambioticsum_suff_red               alderfly_larvae
## 170   5  28      18     125          17        0.061        11.7 0.99972 0.00338      streambioticsum_suff_red              dragonfly_nymphs
## 171   5  29      18     101           6        0.049         9.5 0.07021 0.97612      streambioticsum_suff_red                riffle_beetles
## 172   5  30      18     131           4        0.064        12.3 0.00003 1.00000      streambioticsum_suff_red                        snails
## 173   5  31      18      55           7        0.027         5.2 0.89782 0.22668      streambioticsum_suff_red                         clams
## 174   5  32      18      68          14        0.033         6.4 0.99998 0.00015      streambioticsum_suff_red                fishfly_larvae
## 175   5  33      18      47           7        0.023         4.4 0.95746 0.11627      streambioticsum_suff_red           water_penny_beetles
## 176   5  34      18      70           1        0.034         6.6 0.00226 0.99983      streambioticsum_suff_red                    ameletidae
## 177   5  35      18      13           0        0.006         1.2 0.26613 1.00000      streambioticsum_suff_red                      caenidae
## 178   5  38      18      50           8        0.024         4.7 0.98048 0.06084      streambioticsum_suff_red                 heptageniidae
## 179   5  39      18      12           1        0.006         1.1 0.68755 0.70430      streambioticsum_suff_red                 leptohyphidae
## 180   5  40      18      73          17        0.036         6.8 1.00000 0.00000      streambioticsum_suff_red               leptophlebiidae
## 181   5  42      18      22           4        0.011         2.1 0.96122 0.13324      streambioticsum_suff_red                chloroperlidae
## 182   5  43      18      93          17        0.045         8.7 1.00000 0.00002      streambioticsum_suff_red                    leuctridae
## 183   5  44      18      61          15        0.030         5.7 1.00000 0.00000      streambioticsum_suff_red                    nemouridae
## 184   5  45      18      51           8        0.025         4.8 0.97757 0.06799      streambioticsum_suff_red                      perlidae
## 185   5  46      18      22           3        0.011         2.1 0.86676 0.34004      streambioticsum_suff_red                    perlodidae
## 186   5  49      18      22           2        0.011         2.1 0.65996 0.64056      streambioticsum_suff_red                 hydroptilidae
## 187   5  50      18      35          17        0.017         3.3 1.00000 0.00000      streambioticsum_suff_red              lepidostomatidae
## 188   5  51      18      52          16        0.025         4.9 1.00000 0.00000      streambioticsum_suff_red                 limnephilidae
## 189   5  54      18      74          14        0.036         6.9 0.99994 0.00047      streambioticsum_suff_red                philopotamidae
## 190   5  56      18      81           9        0.040         7.6 0.83054 0.32222      streambioticsum_suff_red             polycentropodidae
## 191   5  57      18      27          12        0.013         2.5 1.00000 0.00000      streambioticsum_suff_red                rhyacophilidae
## 192   5  58      18      54          11        0.026         5.1 0.99960 0.00219      streambioticsum_suff_red                      uenoidae
## 193   6  26       2      97           0        0.005         1.0 0.24351 1.00000     streambioticsum_suff_mole              damselfly_nymphs
## 194   6  28       2     125           1        0.007         1.3 0.57733 0.87942     streambioticsum_suff_mole              dragonfly_nymphs
## 195   6  29       2     101           2        0.005         1.1 1.00000 0.27541     streambioticsum_suff_mole                riffle_beetles
## 196   6  30       2     131           0        0.007         1.4 0.09980 1.00000     streambioticsum_suff_mole                        snails
## 197   7   8      70       8           7        0.015         2.9 0.99976 0.00394  streambioticsum_suff_redback    streambioticsum_suff_slimy
## 198   7   9      70      25          14        0.047         9.1 0.99086 0.02696  streambioticsum_suff_redback                blacknose_dace
## 199   7  11      70       4           2        0.008         1.5 0.86158 0.46328  streambioticsum_suff_redback    central_stoneroller_minnow
## 200   7  13      70      43          16        0.082        15.7 0.61939 0.52175  streambioticsum_suff_redback                    creek_chub
## 201   7  15      70       5           1        0.009         1.8 0.39848 0.89953  streambioticsum_suff_redback                 johnny_darter
## 202   7  16      70       5           2        0.009         1.8 0.74408 0.60152  streambioticsum_suff_redback                rainbow_darter
## 203   7  20      70       4           0        0.008         1.5 0.16007 1.00000  streambioticsum_suff_redback                  white_sucker
## 204   7  22      70       5           1        0.009         1.8 0.39848 0.89953  streambioticsum_suff_redback               sessile_animals
## 205   7  23      70      53          15        0.101        19.3 0.09894 0.94865  streambioticsum_suff_redback                      sow_bugs
## 206   7  24      70      60          23        0.114        21.9 0.70172 0.41788  streambioticsum_suff_redback                         scuds
## 207   7  25      70      65          25        0.123        23.7 0.71697 0.39808  streambioticsum_suff_redback                   water_mites
## 208   7  26      70      97          31        0.184        35.4 0.12320 0.92781  streambioticsum_suff_redback              damselfly_nymphs
## 209   7  27      70      79          39        0.150        28.8 0.99943 0.00159  streambioticsum_suff_redback               alderfly_larvae
## 210   7  28      70     125          50        0.237        45.6 0.94036 0.10783  streambioticsum_suff_redback              dragonfly_nymphs
## 211   7  29      70     101          37        0.192        36.8 0.58025 0.53888  streambioticsum_suff_redback                riffle_beetles
## 212   7  30      70     131          36        0.249        47.8 0.00016 0.99996  streambioticsum_suff_redback                        snails
## 213   7  31      70      55          20        0.104        20.1 0.56148 0.57011  streambioticsum_suff_redback                         clams
## 214   7  32      70      68          38        0.129        24.8 0.99999 0.00004  streambioticsum_suff_redback                fishfly_larvae
## 215   7  33      70      47          26        0.089        17.1 0.99937 0.00197  streambioticsum_suff_redback           water_penny_beetles
## 216   7  34      70      70          24        0.133        25.5 0.37663 0.73464  streambioticsum_suff_redback                    ameletidae
## 217   7  35      70      13           4        0.025         4.7 0.45292 0.76602  streambioticsum_suff_redback                      caenidae
## 218   7  36      70       5           1        0.009         1.8 0.39848 0.89953  streambioticsum_suff_redback                ephemerellidae
## 219   7  37      70       3           3        0.006         1.1 1.00000 0.04714  streambioticsum_suff_redback                   ephemeridae
## 220   7  38      70      50          28        0.095        18.2 0.99974 0.00087  streambioticsum_suff_redback                 heptageniidae
## 221   7  39      70      12           7        0.023         4.4 0.97145 0.09591  streambioticsum_suff_redback                 leptohyphidae
## 222   7  40      70      73          42        0.139        26.6 1.00000 0.00000  streambioticsum_suff_redback               leptophlebiidae
## 223   7  42      70      22          14        0.042         8.0 0.99862 0.00566  streambioticsum_suff_redback                chloroperlidae
## 224   7  43      70      93          45        0.177        33.9 0.99976 0.00071  streambioticsum_suff_redback                    leuctridae
## 225   7  44      70      61          35        0.116        22.2 0.99999 0.00004  streambioticsum_suff_redback                    nemouridae
## 226   7  45      70      51          32        0.097        18.6 1.00000 0.00001  streambioticsum_suff_redback                      perlidae
## 227   7  46      70      22          12        0.042         8.0 0.98104 0.05266  streambioticsum_suff_redback                    perlodidae
## 228   7  47      70       3           2        0.006         1.1 0.95286 0.30085  streambioticsum_suff_redback               glossosomatidae
## 229   7  49      70      22           7        0.042         8.0 0.40961 0.75999  streambioticsum_suff_redback                 hydroptilidae
## 230   7  50      70      35          25        0.066        12.8 1.00000 0.00000  streambioticsum_suff_redback              lepidostomatidae
## 231   7  51      70      52          33        0.099        19.0 1.00000 0.00000  streambioticsum_suff_redback                 limnephilidae
## 232   7  52      70       4           4        0.008         1.5 1.00000 0.01671  streambioticsum_suff_redback                    molannidae
## 233   7  53      70       6           6        0.011         2.2 1.00000 0.00204  streambioticsum_suff_redback                 odontoceridae
## 234   7  54      70      74          34        0.141        27.0 0.98955 0.02257  streambioticsum_suff_redback                philopotamidae
## 235   7  55      70       9           6        0.017         3.3 0.98754 0.06038  streambioticsum_suff_redback                  phryganeidae
## 236   7  56      70      81          29        0.154        29.5 0.49708 0.62209  streambioticsum_suff_redback             polycentropodidae
## 237   7  57      70      27          17        0.051         9.8 0.99941 0.00240  streambioticsum_suff_redback                rhyacophilidae
## 238   7  58      70      54          35        0.103        19.7 1.00000 0.00000  streambioticsum_suff_redback                      uenoidae
## 239   8   9       8      25           4        0.005         1.0 0.99891 0.01110    streambioticsum_suff_slimy                blacknose_dace
## 240   8  13       8      43           2        0.009         1.8 0.74479 0.56889    streambioticsum_suff_slimy                    creek_chub
## 241   8  23       8      53           1        0.012         2.2 0.30011 0.92875    streambioticsum_suff_slimy                      sow_bugs
## 242   8  24       8      60           4        0.013         2.5 0.93590 0.21322    streambioticsum_suff_slimy                         scuds
## 243   8  25       8      65           6        0.014         2.7 0.99763 0.01909    streambioticsum_suff_slimy                   water_mites
## 244   8  26       8      97           2        0.021         4.0 0.13262 0.96980    streambioticsum_suff_slimy              damselfly_nymphs
## 245   8  27       8      79           4        0.017         3.3 0.81298 0.43188    streambioticsum_suff_slimy               alderfly_larvae
## 246   8  28       8     125           7        0.027         5.2 0.97023 0.16499    streambioticsum_suff_slimy              dragonfly_nymphs
## 247   8  29       8     101           7        0.022         4.2 0.99489 0.04473    streambioticsum_suff_slimy                riffle_beetles
## 248   8  30       8     131           5        0.028         5.5 0.49446 0.77663    streambioticsum_suff_slimy                        snails
## 249   8  31       8      55           3        0.012         2.3 0.83429 0.41376    streambioticsum_suff_slimy                         clams
## 250   8  32       8      68           6        0.015         2.8 0.99677 0.02436    streambioticsum_suff_slimy                fishfly_larvae
## 251   8  33       8      47           5        0.010         2.0 0.99692 0.02240    streambioticsum_suff_slimy           water_penny_beetles
## 252   8  34       8      70           4        0.015         2.9 0.88113 0.32270    streambioticsum_suff_slimy                    ameletidae
## 253   8  38       8      50           4        0.011         2.1 0.97055 0.12408    streambioticsum_suff_slimy                 heptageniidae
## 254   8  40       8      73           7        0.016         3.0 0.99966 0.00525    streambioticsum_suff_slimy               leptophlebiidae
## 255   8  43       8      93           7        0.020         3.9 0.99742 0.02632    streambioticsum_suff_slimy                    leuctridae
## 256   8  44       8      61           6        0.013         2.5 0.99848 0.01349    streambioticsum_suff_slimy                    nemouridae
## 257   8  45       8      51           4        0.011         2.1 0.96788 0.13191    streambioticsum_suff_slimy                      perlidae
## 258   8  50       8      35           3        0.008         1.5 0.96199 0.16149    streambioticsum_suff_slimy              lepidostomatidae
## 259   8  51       8      52           4        0.011         2.2 0.96505 0.13999    streambioticsum_suff_slimy                 limnephilidae
## 260   8  54       8      74           7        0.016         3.1 0.99962 0.00576    streambioticsum_suff_slimy                philopotamidae
## 261   8  56       8      81           7        0.018         3.4 0.99919 0.01058    streambioticsum_suff_slimy             polycentropodidae
## 262   8  57       8      27           4        0.006         1.1 0.99839 0.01483    streambioticsum_suff_slimy                rhyacophilidae
## 263   8  58       8      54           6        0.012         2.2 0.99936 0.00682    streambioticsum_suff_slimy                      uenoidae
## 264   9  13      25      43          15        0.029         5.6 1.00000 0.00001                blacknose_dace                    creek_chub
## 265   9  23      25      53           9        0.036         6.9 0.89177 0.21839                blacknose_dace                      sow_bugs
## 266   9  24      25      60           7        0.041         7.8 0.45119 0.72304                blacknose_dace                         scuds
## 267   9  25      25      65          11        0.044         8.5 0.91375 0.17732                blacknose_dace                   water_mites
## 268   9  26      25      97          19        0.066        12.6 0.99872 0.00527                blacknose_dace              damselfly_nymphs
## 269   9  27      25      79          14        0.054        10.3 0.96599 0.08154                blacknose_dace               alderfly_larvae
## 270   9  28      25     125          20        0.085        16.3 0.97541 0.07000                blacknose_dace              dragonfly_nymphs
## 271   9  29      25     101          23        0.068        13.2 1.00000 0.00001                blacknose_dace                riffle_beetles
## 272   9  30      25     131          19        0.089        17.1 0.87121 0.25745                blacknose_dace                        snails
## 273   9  31      25      55           5        0.037         7.2 0.21855 0.90007                blacknose_dace                         clams
## 274   9  32      25      68          13        0.046         8.9 0.97978 0.05304                blacknose_dace                fishfly_larvae
## 275   9  33      25      47          11        0.032         6.1 0.99471 0.01776                blacknose_dace           water_penny_beetles
## 276   9  34      25      70          16        0.047         9.1 0.99938 0.00261                blacknose_dace                    ameletidae
## 277   9  35      25      13           3        0.009         1.7 0.92899 0.23008                blacknose_dace                      caenidae
## 278   9  38      25      50          14        0.034         6.5 0.99988 0.00061                blacknose_dace                 heptageniidae
## 279   9  39      25      12           5        0.008         1.6 0.99854 0.01058                blacknose_dace                 leptohyphidae
## 280   9  40      25      73          14        0.050         9.5 0.98533 0.04028                blacknose_dace               leptophlebiidae
## 281   9  42      25      22           9        0.015         2.9 0.99995 0.00042                blacknose_dace                chloroperlidae
## 282   9  43      25      93          19        0.063        12.1 0.99940 0.00272                blacknose_dace                    leuctridae
## 283   9  44      25      61          15        0.041         7.9 0.99961 0.00172                blacknose_dace                    nemouridae
## 284   9  45      25      51          15        0.035         6.6 0.99997 0.00015                blacknose_dace                      perlidae
## 285   9  46      25      22           8        0.015         2.9 0.99958 0.00256                blacknose_dace                    perlodidae
## 286   9  49      25      22           3        0.015         2.9 0.68430 0.57126                blacknose_dace                 hydroptilidae
## 287   9  50      25      35           0        0.024         4.6 0.00444 1.00000                blacknose_dace              lepidostomatidae
## 288   9  51      25      52           6        0.035         6.8 0.45910 0.72376                blacknose_dace                 limnephilidae
## 289   9  54      25      74          14        0.050         9.6 0.98296 0.04570                blacknose_dace                philopotamidae
## 290   9  55      25       9           1        0.006         1.2 0.66847 0.72321                blacknose_dace                  phryganeidae
## 291   9  56      25      81          13        0.055        10.5 0.89957 0.19769                blacknose_dace             polycentropodidae
## 292   9  57      25      27           3        0.018         3.5 0.51885 0.72174                blacknose_dace                rhyacophilidae
## 293   9  58      25      54          10        0.037         7.0 0.94757 0.12091                blacknose_dace                      uenoidae
## 294  10  26       2      97           2        0.005         1.0 1.00000 0.25393              bluegill_sunfish              damselfly_nymphs
## 295  10  28       2     125           2        0.007         1.3 1.00000 0.42267              bluegill_sunfish              dragonfly_nymphs
## 296  10  29       2     101           2        0.005         1.1 1.00000 0.27541              bluegill_sunfish                riffle_beetles
## 297  10  30       2     131           2        0.007         1.4 1.00000 0.46439              bluegill_sunfish                        snails
## 298  11  23       4      53           3        0.006         1.1 0.99466 0.06468    central_stoneroller_minnow                      sow_bugs
## 299  11  24       4      60           2        0.007         1.2 0.90879 0.37011    central_stoneroller_minnow                         scuds
## 300  11  25       4      65           3        0.007         1.4 0.98766 0.11344    central_stoneroller_minnow                   water_mites
## 301  11  26       4      97           3        0.011         2.0 0.93685 0.31842    central_stoneroller_minnow              damselfly_nymphs
## 302  11  27       4      79           3        0.009         1.6 0.97262 0.19024    central_stoneroller_minnow               alderfly_larvae
## 303  11  28       4     125           3        0.014         2.6 0.82338 0.56461    central_stoneroller_minnow              dragonfly_nymphs
## 304  11  29       4     101           4        0.011         2.1 1.00000 0.07441    central_stoneroller_minnow                riffle_beetles
## 305  11  30       4     131           4        0.014         2.7 1.00000 0.21353    central_stoneroller_minnow                        snails
## 306  11  31       4      55           2        0.006         1.1 0.92828 0.32384    central_stoneroller_minnow                         clams
## 307  11  32       4      68           2        0.007         1.4 0.87190 0.44470    central_stoneroller_minnow                fishfly_larvae
## 308  11  34       4      70           2        0.008         1.5 0.86158 0.46328    central_stoneroller_minnow                    ameletidae
## 309  11  38       4      50           1        0.005         1.0 0.72158 0.70413    central_stoneroller_minnow                 heptageniidae
## 310  11  40       4      73           0        0.008         1.5 0.14472 1.00000    central_stoneroller_minnow               leptophlebiidae
## 311  11  43       4      93           1        0.010         1.9 0.33445 0.93140    central_stoneroller_minnow                    leuctridae
## 312  11  44       4      61           1        0.007         1.3 0.62058 0.78647    central_stoneroller_minnow                    nemouridae
## 313  11  45       4      51           1        0.006         1.1 0.71259 0.71246    central_stoneroller_minnow                      perlidae
## 314  11  51       4      52           3        0.006         1.1 0.99507 0.06132    central_stoneroller_minnow                 limnephilidae
## 315  11  54       4      74           1        0.008         1.5 0.49982 0.86015    central_stoneroller_minnow                philopotamidae
## 316  11  56       4      81           0        0.009         1.7 0.10915 1.00000    central_stoneroller_minnow             polycentropodidae
## 317  11  58       4      54           1        0.006         1.1 0.68532 0.73641    central_stoneroller_minnow                      uenoidae
## 318  13  15      43       5           4        0.006         1.1 0.99953 0.00938                    creek_chub                 johnny_darter
## 319  13  16      43       5           3        0.006         1.1 0.99062 0.07533                    creek_chub                rainbow_darter
## 320  13  22      43       5           4        0.006         1.1 0.99953 0.00938                    creek_chub               sessile_animals
## 321  13  23      43      53          13        0.062        11.9 0.73906 0.39787                    creek_chub                      sow_bugs
## 322  13  24      43      60          13        0.070        13.4 0.51451 0.63235                    creek_chub                         scuds
## 323  13  25      43      65          16        0.076        14.6 0.76291 0.36163                    creek_chub                   water_mites
## 324  13  26      43      97          32        0.113        21.7 0.99993 0.00030                    creek_chub              damselfly_nymphs
## 325  13  27      43      79          24        0.092        17.7 0.99138 0.02104                    creek_chub               alderfly_larvae
## 326  13  28      43     125          38        0.146        28.0 0.99998 0.00013                    creek_chub              dragonfly_nymphs
## 327  13  29      43     101          41        0.118        22.6 1.00000 0.00000                    creek_chub                riffle_beetles
## 328  13  30      43     131          39        0.153        29.3 0.99998 0.00013                    creek_chub                        snails
## 329  13  31      43      55          18        0.064        12.3 0.98976 0.02552                    creek_chub                         clams
## 330  13  32      43      68          18        0.079        15.2 0.88117 0.20473                    creek_chub                fishfly_larvae
## 331  13  33      43      47          14        0.055        10.5 0.94259 0.11682                    creek_chub           water_penny_beetles
## 332  13  34      43      70          26        0.082        15.7 0.99994 0.00025                    creek_chub                    ameletidae
## 333  13  35      43      13           6        0.015         2.9 0.98948 0.04399                    creek_chub                      caenidae
## 334  13  36      43       5           3        0.006         1.1 0.99062 0.07533                    creek_chub                ephemerellidae
## 335  13  38      43      50          19        0.058        11.2 0.99923 0.00260                    creek_chub                 heptageniidae
## 336  13  39      43      12           5        0.014         2.7 0.97146 0.10170                    creek_chub                 leptohyphidae
## 337  13  40      43      73          21        0.085        16.3 0.96593 0.07032                    creek_chub               leptophlebiidae
## 338  13  42      43      22           8        0.026         4.9 0.96907 0.08504                    creek_chub                chloroperlidae
## 339  13  43      43      93          27        0.108        20.8 0.98980 0.02450                    creek_chub                    leuctridae
## 340  13  44      43      61          17        0.071        13.7 0.92176 0.14584                    creek_chub                    nemouridae
## 341  13  45      43      51          22        0.059        11.4 0.99998 0.00007                    creek_chub                      perlidae
## 342  13  46      43      22           6        0.026         4.9 0.80673 0.36474                    creek_chub                    perlodidae
## 343  13  49      43      22           3        0.026         4.9 0.22430 0.91301                    creek_chub                 hydroptilidae
## 344  13  50      43      35           3        0.041         7.8 0.02005 0.99532                    creek_chub              lepidostomatidae
## 345  13  51      43      52          18        0.061        11.6 0.99534 0.01287                    creek_chub                 limnephilidae
## 346  13  53      43       6           0        0.007         1.3 0.21345 1.00000                    creek_chub                 odontoceridae
## 347  13  54      43      74          23        0.086        16.6 0.99269 0.01823                    creek_chub                philopotamidae
## 348  13  55      43       9           5        0.010         2.0 0.99546 0.02804                    creek_chub                  phryganeidae
## 349  13  56      43      81          17        0.094        18.1 0.41316 0.71604                    creek_chub             polycentropodidae
## 350  13  57      43      27           7        0.031         6.0 0.77006 0.39866                    creek_chub                rhyacophilidae
## 351  13  58      43      54          16        0.063        12.1 0.95292 0.09635                    creek_chub                      uenoidae
## 352  14  26       2      97           2        0.005         1.0 1.00000 0.25393                 green_sunfish              damselfly_nymphs
## 353  14  28       2     125           2        0.007         1.3 1.00000 0.42267                 green_sunfish              dragonfly_nymphs
## 354  14  29       2     101           2        0.005         1.1 1.00000 0.27541                 green_sunfish                riffle_beetles
## 355  14  30       2     131           2        0.007         1.4 1.00000 0.46439                 green_sunfish                        snails
## 356  15  23       5      53           1        0.007         1.4 0.57744 0.80511                 johnny_darter                      sow_bugs
## 357  15  24       5      60           1        0.008         1.6 0.50132 0.85007                 johnny_darter                         scuds
## 358  15  25       5      65           3        0.009         1.7 0.95432 0.21507                 johnny_darter                   water_mites
## 359  15  26       5      97           3        0.013         2.5 0.80922 0.50987                 johnny_darter              damselfly_nymphs
## 360  15  27       5      79           2        0.011         2.1 0.66423 0.68542                 johnny_darter               alderfly_larvae
## 361  15  28       5     125           5        0.017         3.3 1.00000 0.11368                 johnny_darter              dragonfly_nymphs
## 362  15  29       5     101           5        0.014         2.6 1.00000 0.03839                 johnny_darter                riffle_beetles
## 363  15  30       5     131           5        0.018         3.4 1.00000 0.14425                 johnny_darter                        snails
## 364  15  31       5      55           2        0.007         1.4 0.85720 0.44454                 johnny_darter                         clams
## 365  15  32       5      68           2        0.009         1.8 0.76076 0.58167                 johnny_darter                fishfly_larvae
## 366  15  33       5      47           2        0.006         1.2 0.90467 0.35608                 johnny_darter           water_penny_beetles
## 367  15  34       5      70           4        0.009         1.8 0.99413 0.06009                 johnny_darter                    ameletidae
## 368  15  38       5      50           3        0.007         1.3 0.98312 0.11198                 johnny_darter                 heptageniidae
## 369  15  40       5      73           2        0.010         1.9 0.71828 0.63051                 johnny_darter               leptophlebiidae
## 370  15  43       5      93           5        0.013         2.4 1.00000 0.02519                 johnny_darter                    leuctridae
## 371  15  44       5      61           2        0.008         1.6 0.81544 0.50933                 johnny_darter                    nemouridae
## 372  15  45       5      51           2        0.007         1.3 0.88216 0.40046                 johnny_darter                      perlidae
## 373  15  51       5      52           2        0.007         1.4 0.87614 0.41152                 johnny_darter                 limnephilidae
## 374  15  54       5      74           4        0.010         1.9 0.99219 0.07362                 johnny_darter                philopotamidae
## 375  15  56       5      81           2        0.011         2.1 0.64560 0.70275                 johnny_darter             polycentropodidae
## 376  15  58       5      54           2        0.007         1.4 0.86366 0.43357                 johnny_darter                      uenoidae
## 377  16  23       5      53           0        0.007         1.4 0.19489 1.00000                rainbow_darter                      sow_bugs
## 378  16  24       5      60           2        0.008         1.6 0.82275 0.49868                rainbow_darter                         scuds
## 379  16  25       5      65           2        0.009         1.7 0.78493 0.55118                rainbow_darter                   water_mites
## 380  16  26       5      97           3        0.013         2.5 0.80922 0.50987                rainbow_darter              damselfly_nymphs
## 381  16  27       5      79           3        0.011         2.1 0.90678 0.33577                rainbow_darter               alderfly_larvae
## 382  16  28       5     125           5        0.017         3.3 1.00000 0.11368                rainbow_darter              dragonfly_nymphs
## 383  16  29       5     101           5        0.014         2.6 1.00000 0.03839                rainbow_darter                riffle_beetles
## 384  16  30       5     131           4        0.018         3.4 0.85575 0.49067                rainbow_darter                        snails
## 385  16  31       5      55           2        0.007         1.4 0.85720 0.44454                rainbow_darter                         clams
## 386  16  32       5      68           2        0.009         1.8 0.76076 0.58167                rainbow_darter                fishfly_larvae
## 387  16  33       5      47           2        0.006         1.2 0.90467 0.35608                rainbow_darter           water_penny_beetles
## 388  16  34       5      70           3        0.009         1.8 0.93991 0.25592                rainbow_darter                    ameletidae
## 389  16  38       5      50           3        0.007         1.3 0.98312 0.11198                rainbow_darter                 heptageniidae
## 390  16  40       5      73           3        0.010         1.9 0.92994 0.28172                rainbow_darter               leptophlebiidae
## 391  16  43       5      93           4        0.013         2.4 0.97481 0.16529                rainbow_darter                    leuctridae
## 392  16  44       5      61           2        0.008         1.6 0.81544 0.50933                rainbow_darter                    nemouridae
## 393  16  45       5      51           2        0.007         1.3 0.88216 0.40046                rainbow_darter                      perlidae
## 394  16  51       5      52           2        0.007         1.4 0.87614 0.41152                rainbow_darter                 limnephilidae
## 395  16  54       5      74           4        0.010         1.9 0.99219 0.07362                rainbow_darter                philopotamidae
## 396  16  56       5      81           4        0.011         2.1 0.98758 0.10193                rainbow_darter             polycentropodidae
## 397  16  58       5      54           2        0.007         1.4 0.86366 0.43357                rainbow_darter                      uenoidae
## 398  18  26       2      97           1        0.005         1.0 0.74607 0.75649                 redbelly_dace              damselfly_nymphs
## 399  18  28       2     125           2        0.007         1.3 1.00000 0.42267                 redbelly_dace              dragonfly_nymphs
## 400  18  29       2     101           2        0.005         1.1 1.00000 0.27541                 redbelly_dace                riffle_beetles
## 401  18  30       2     131           2        0.007         1.4 1.00000 0.46439                 redbelly_dace                        snails
## 402  20  23       4      53           1        0.006         1.1 0.69445 0.72860                  white_sucker                      sow_bugs
## 403  20  24       4      60           2        0.007         1.2 0.90879 0.37011                  white_sucker                         scuds
## 404  20  25       4      65           2        0.007         1.4 0.88656 0.41674                  white_sucker                   water_mites
## 405  20  26       4      97           2        0.011         2.0 0.68158 0.69729                  white_sucker              damselfly_nymphs
## 406  20  27       4      79           0        0.009         1.6 0.11734 1.00000                  white_sucker               alderfly_larvae
## 407  20  28       4     125           4        0.014         2.6 1.00000 0.17662                  white_sucker              dragonfly_nymphs
## 408  20  29       4     101           3        0.011         2.1 0.92559 0.35079                  white_sucker                riffle_beetles
## 409  20  30       4     131           4        0.014         2.7 1.00000 0.21353                  white_sucker                        snails
## 410  20  31       4      55           2        0.006         1.1 0.92828 0.32384                  white_sucker                         clams
## 411  20  32       4      68           0        0.007         1.4 0.17097 1.00000                  white_sucker                fishfly_larvae
## 412  20  34       4      70           4        0.008         1.5 1.00000 0.01671                  white_sucker                    ameletidae
## 413  20  38       4      50           2        0.005         1.0 0.94508 0.27842                  white_sucker                 heptageniidae
## 414  20  40       4      73           1        0.008         1.5 0.50901 0.85528                  white_sucker               leptophlebiidae
## 415  20  43       4      93           2        0.010         1.9 0.71266 0.66555                  white_sucker                    leuctridae
## 416  20  44       4      61           2        0.007         1.3 0.90457 0.37942                  white_sucker                    nemouridae
## 417  20  45       4      51           0        0.006         1.1 0.28754 1.00000                  white_sucker                      perlidae
## 418  20  51       4      52           1        0.006         1.1 0.70354 0.72062                  white_sucker                 limnephilidae
## 419  20  54       4      74           3        0.008         1.5 0.97903 0.16038                  white_sucker                philopotamidae
## 420  20  56       4      81           2        0.009         1.7 0.79708 0.56341                  white_sucker             polycentropodidae
## 421  20  58       4      54           1        0.006         1.1 0.68532 0.73641                  white_sucker                      uenoidae
## 422  22  23       5      53           2        0.007         1.4 0.86998 0.42256               sessile_animals                      sow_bugs
## 423  22  24       5      60           2        0.008         1.6 0.82275 0.49868               sessile_animals                         scuds
## 424  22  25       5      65           0        0.009         1.7 0.12323 1.00000               sessile_animals                   water_mites
## 425  22  26       5      97           4        0.013         2.5 0.96876 0.19078               sessile_animals              damselfly_nymphs
## 426  22  27       5      79           2        0.011         2.1 0.66423 0.68542               sessile_animals               alderfly_larvae
## 427  22  28       5     125           4        0.017         3.3 0.88632 0.42840               sessile_animals              dragonfly_nymphs
## 428  22  29       5     101           3        0.014         2.6 0.78152 0.54926               sessile_animals                riffle_beetles
## 429  22  30       5     131           4        0.018         3.4 0.85575 0.49067               sessile_animals                        snails
## 430  22  31       5      55           3        0.007         1.4 0.97567 0.14280               sessile_animals                         clams
## 431  22  32       5      68           1        0.009         1.8 0.41833 0.89087               sessile_animals                fishfly_larvae
## 432  22  33       5      47           1        0.006         1.2 0.64392 0.75853               sessile_animals           water_penny_beetles
## 433  22  34       5      70           3        0.009         1.8 0.93991 0.25592               sessile_animals                    ameletidae
## 434  22  38       5      50           1        0.007         1.3 0.61062 0.78282               sessile_animals                 heptageniidae
## 435  22  40       5      73           2        0.010         1.9 0.71828 0.63051               sessile_animals               leptophlebiidae
## 436  22  43       5      93           2        0.013         2.4 0.52959 0.79565               sessile_animals                    leuctridae
## 437  22  44       5      61           1        0.008         1.6 0.49067 0.85575               sessile_animals                    nemouridae
## 438  22  45       5      51           1        0.007         1.3 0.59954 0.79047               sessile_animals                      perlidae
## 439  22  51       5      52           0        0.007         1.4 0.20210 1.00000               sessile_animals                 limnephilidae
## 440  22  54       5      74           3        0.010         1.9 0.92638 0.29051               sessile_animals                philopotamidae
## 441  22  56       5      81           2        0.011         2.1 0.64560 0.70275               sessile_animals             polycentropodidae
## 442  22  58       5      54           1        0.007         1.4 0.56643 0.81212               sessile_animals                      uenoidae
## 443  23  24      53      60          33        0.086        16.6 1.00000 0.00000                      sow_bugs                         scuds
## 444  23  25      53      65          30        0.093        17.9 0.99999 0.00005                      sow_bugs                   water_mites
## 445  23  26      53      97          33        0.139        26.8 0.98534 0.03196                      sow_bugs              damselfly_nymphs
## 446  23  27      53      79          17        0.114        21.8 0.07798 0.96025                      sow_bugs               alderfly_larvae
## 447  23  28      53     125          35        0.180        34.5 0.62920 0.50379                      sow_bugs              dragonfly_nymphs
## 448  23  29      53     101          30        0.145        27.9 0.80134 0.30069                      sow_bugs                riffle_beetles
## 449  23  30      53     131          43        0.188        36.2 0.99561 0.01228                      sow_bugs                        snails
## 450  23  31      53      55          22        0.079        15.2 0.99487 0.01314                      sow_bugs                         clams
## 451  23  32      53      68           8        0.098        18.8 0.00015 0.99997                      sow_bugs                fishfly_larvae
## 452  23  33      53      47          10        0.068        13.0 0.17705 0.90603                      sow_bugs           water_penny_beetles
## 453  23  34      53      70          22        0.101        19.3 0.85655 0.23175                      sow_bugs                    ameletidae
## 454  23  35      53      13           3        0.019         3.6 0.49471 0.74959                      sow_bugs                      caenidae
## 455  23  36      53       5           3        0.007         1.4 0.97888 0.13002                      sow_bugs                ephemerellidae
## 456  23  38      53      50          11        0.072        13.8 0.19972 0.88919                      sow_bugs                 heptageniidae
## 457  23  39      53      12           2        0.017         3.3 0.30679 0.89219                      sow_bugs                 leptohyphidae
## 458  23  40      53      73           9        0.105        20.2 0.00012 0.99997                      sow_bugs               leptophlebiidae
## 459  23  42      53      22           5        0.032         6.1 0.39682 0.78370                      sow_bugs                chloroperlidae
## 460  23  43      53      93          20        0.134        25.7 0.04700 0.97732                      sow_bugs                    leuctridae
## 461  23  44      53      61           6        0.088        16.8 0.00008 0.99999                      sow_bugs                    nemouridae
## 462  23  45      53      51           7        0.073        14.1 0.00633 0.99815                      sow_bugs                      perlidae
## 463  23  46      53      22           1        0.032         6.1 0.00539 0.99950                      sow_bugs                    perlodidae
## 464  23  49      53      22          11        0.032         6.1 0.99576 0.01518                      sow_bugs                 hydroptilidae
## 465  23  50      53      35           3        0.050         9.7 0.00290 0.99949                      sow_bugs              lepidostomatidae
## 466  23  51      53      52           7        0.075        14.4 0.00487 0.99862                      sow_bugs                 limnephilidae
## 467  23  52      53       4           0        0.006         1.1 0.27140 1.00000                      sow_bugs                    molannidae
## 468  23  53      53       6           0        0.009         1.7 0.13965 1.00000                      sow_bugs                 odontoceridae
## 469  23  54      53      74          21        0.106        20.4 0.64080 0.48807                      sow_bugs                philopotamidae
## 470  23  55      53       9           2        0.013         2.5 0.52649 0.76457                      sow_bugs                  phryganeidae
## 471  23  56      53      81          23        0.116        22.4 0.64650 0.48015                      sow_bugs             polycentropodidae
## 472  23  57      53      27           2        0.039         7.5 0.00660 0.99898                      sow_bugs                rhyacophilidae
## 473  23  58      53      54           9        0.078        14.9 0.02359 0.99115                      sow_bugs                      uenoidae
## 474  24  25      60      65          31        0.106        20.3 0.99986 0.00046                         scuds                   water_mites
## 475  24  26      60      97          36        0.158        30.3 0.97327 0.05287                         scuds              damselfly_nymphs
## 476  24  27      60      79          15        0.129        24.7 0.00157 0.99949                         scuds               alderfly_larvae
## 477  24  28      60     125          40        0.203        39.1 0.67880 0.44565                         scuds              dragonfly_nymphs
## 478  24  29      60     101          32        0.164        31.6 0.61455 0.50818                         scuds                riffle_beetles
## 479  24  30      60     131          46        0.213        40.9 0.97028 0.06196                         scuds                        snails
## 480  24  31      60      55          25        0.090        17.2 0.99760 0.00649                         scuds                         clams
## 481  24  32      60      68          13        0.111        21.2 0.00508 0.99822                         scuds                fishfly_larvae
## 482  24  33      60      47          10        0.076        14.7 0.06235 0.97242                         scuds           water_penny_beetles
## 483  24  34      60      70          19        0.114        21.9 0.22193 0.86280                         scuds                    ameletidae
## 484  24  35      60      13           5        0.021         4.1 0.81538 0.38151                         scuds                      caenidae
## 485  24  36      60       5           1        0.008         1.6 0.50132 0.85007                         scuds                ephemerellidae
## 486  24  38      60      50           7        0.081        15.6 0.00133 0.99967                         scuds                 heptageniidae
## 487  24  39      60      12           0        0.020         3.8 0.00946 1.00000                         scuds                 leptohyphidae
## 488  24  40      60      73          11        0.119        22.8 0.00009 0.99998                         scuds               leptophlebiidae
## 489  24  42      60      22           5        0.036         6.9 0.25555 0.87934                         scuds                chloroperlidae
## 490  24  43      60      93          22        0.151        29.1 0.02012 0.99103                         scuds                    leuctridae
## 491  24  44      60      61          12        0.099        19.1 0.01271 0.99519                         scuds                    nemouridae
## 492  24  45      60      51           5        0.083        15.9 0.00005 0.99999                         scuds                      perlidae
## 493  24  46      60      22           5        0.036         6.9 0.25555 0.87934                         scuds                    perlodidae
## 494  24  49      60      22           9        0.036         6.9 0.89834 0.21109                         scuds                 hydroptilidae
## 495  24  50      60      35          11        0.057        10.9 0.59554 0.56366                         scuds              lepidostomatidae
## 496  24  51      60      52          14        0.085        16.2 0.27218 0.83214                         scuds                 limnephilidae
## 497  24  52      60       4           1        0.007         1.2 0.62989 0.77979                         scuds                    molannidae
## 498  24  53      60       6           0        0.010         1.9 0.10182 1.00000                         scuds                 odontoceridae
## 499  24  54      60      74          26        0.120        23.1 0.85974 0.22318                         scuds                philopotamidae
## 500  24  55      60       9           2        0.015         2.8 0.42642 0.83181                         scuds                  phryganeidae
## 501  24  56      60      81          26        0.132        25.3 0.64684 0.47522                         scuds             polycentropodidae
## 502  24  57      60      27           8        0.044         8.4 0.51931 0.65607                         scuds                rhyacophilidae
## 503  24  58      60      54          12        0.088        16.9 0.06296 0.97077                         scuds                      uenoidae
## 504  25  26      65      97          37        0.171        32.8 0.92263 0.13199                   water_mites              damselfly_nymphs
## 505  25  27      65      79          28        0.139        26.7 0.70740 0.40644                   water_mites               alderfly_larvae
## 506  25  28      65     125          48        0.220        42.3 0.97719 0.04746                   water_mites              dragonfly_nymphs
## 507  25  29      65     101          47        0.178        34.2 0.99998 0.00007                   water_mites                riffle_beetles
## 508  25  30      65     131          50        0.231        44.3 0.97941 0.04431                   water_mites                        snails
## 509  25  31      65      55          20        0.097        18.6 0.73845 0.38065                   water_mites                         clams
## 510  25  32      65      68          21        0.120        23.0 0.31534 0.78866                   water_mites                fishfly_larvae
## 511  25  33      65      47          19        0.083        15.9 0.89761 0.17888                   water_mites           water_penny_beetles
## 512  25  34      65      70          29        0.123        23.7 0.96644 0.06462                   water_mites                    ameletidae
## 513  25  35      65      13           5        0.023         4.4 0.75214 0.46460                   water_mites                      caenidae
## 514  25  36      65       5           2        0.009         1.7 0.78493 0.55118                   water_mites                ephemerellidae
## 515  25  37      65       3           1        0.005         1.0 0.73491 0.71292                   water_mites                   ephemeridae
## 516  25  38      65      50          18        0.088        16.9 0.70970 0.41778                   water_mites                 heptageniidae
## 517  25  39      65      12           5        0.021         4.1 0.81883 0.38124                   water_mites                 leptohyphidae
## 518  25  40      65      73          24        0.129        24.7 0.47490 0.64709                   water_mites               leptophlebiidae
## 519  25  42      65      22           8        0.039         7.4 0.69765 0.48199                   water_mites                chloroperlidae
## 520  25  43      65      93          37        0.164        31.5 0.96692 0.06286                   water_mites                    leuctridae
## 521  25  44      65      61          20        0.108        20.7 0.48287 0.64473                   water_mites                    nemouridae
## 522  25  45      65      51          17        0.090        17.3 0.53569 0.60097                   water_mites                      perlidae
## 523  25  46      65      22           5        0.039         7.4 0.17634 0.92488                   water_mites                    perlodidae
## 524  25  47      65       3           2        0.005         1.0 0.96239 0.26509                   water_mites               glossosomatidae
## 525  25  49      65      22          12        0.039         7.4 0.99092 0.02844                   water_mites                 hydroptilidae
## 526  25  50      65      35          12        0.062        11.8 0.60623 0.54937                   water_mites              lepidostomatidae
## 527  25  51      65      52          20        0.092        17.6 0.83989 0.25618                   water_mites                 limnephilidae
## 528  25  52      65       4           1        0.007         1.4 0.58326 0.81165                   water_mites                    molannidae
## 529  25  53      65       6           3        0.011         2.0 0.89816 0.32831                   water_mites                 odontoceridae
## 530  25  54      65      74          33        0.130        25.1 0.99580 0.01006                   water_mites                philopotamidae
## 531  25  55      65       9           1        0.016         3.0 0.12980 0.97806                   water_mites                  phryganeidae
## 532  25  56      65      81          29        0.143        27.4 0.73990 0.36879                   water_mites             polycentropodidae
## 533  25  57      65      27          12        0.048         9.1 0.92774 0.15045                   water_mites                rhyacophilidae
## 534  25  58      65      54          17        0.095        18.3 0.39852 0.72528                   water_mites                      uenoidae
## 535  26  27      97      79          44        0.208        39.9 0.91093 0.14625              damselfly_nymphs               alderfly_larvae
## 536  26  28      97     125          78        0.329        63.2 1.00000 0.00001              damselfly_nymphs              dragonfly_nymphs
## 537  26  29      97     101          69        0.266        51.0 1.00000 0.00000              damselfly_nymphs                riffle_beetles
## 538  26  30      97     131          77        0.345        66.2 0.99980 0.00064              damselfly_nymphs                        snails
## 539  26  31      97      55          37        0.145        27.8 0.99912 0.00256              damselfly_nymphs                         clams
## 540  26  32      97      68          35        0.179        34.4 0.63514 0.48252              damselfly_nymphs                fishfly_larvae
## 541  26  33      97      47          28        0.124        23.7 0.94514 0.10355              damselfly_nymphs           water_penny_beetles
## 542  26  34      97      70          44        0.184        35.4 0.99703 0.00719              damselfly_nymphs                    ameletidae
## 543  26  35      97      13          12        0.034         6.6 0.99991 0.00142              damselfly_nymphs                      caenidae
## 544  26  36      97       5           3        0.013         2.5 0.80922 0.50987              damselfly_nymphs                ephemerellidae
## 545  26  37      97       3           2        0.008         1.5 0.87304 0.50785              damselfly_nymphs                   ephemeridae
## 546  26  38      97      50          30        0.132        25.3 0.95793 0.08137              damselfly_nymphs                 heptageniidae
## 547  26  39      97      12           8        0.032         6.1 0.92840 0.19631              damselfly_nymphs                 leptohyphidae
## 548  26  40      97      73          30        0.192        36.9 0.02875 0.98605              damselfly_nymphs               leptophlebiidae
## 549  26  42      97      22          11        0.058        11.1 0.56888 0.60959              damselfly_nymphs                chloroperlidae
## 550  26  43      97      93          45        0.245        47.0 0.33411 0.76344              damselfly_nymphs                    leuctridae
## 551  26  44      97      61          27        0.161        30.8 0.15184 0.90974              damselfly_nymphs                    nemouridae
## 552  26  45      97      51          31        0.134        25.8 0.96989 0.06062              damselfly_nymphs                      perlidae
## 553  26  46      97      22          12        0.058        11.1 0.73440 0.43112              damselfly_nymphs                    perlodidae
## 554  26  47      97       3           1        0.008         1.5 0.49215 0.88081              damselfly_nymphs               glossosomatidae
## 555  26  49      97      22          13        0.058        11.1 0.86025 0.26560              damselfly_nymphs                 hydroptilidae
## 556  26  50      97      35          11        0.092        17.7 0.01000 0.99664              damselfly_nymphs              lepidostomatidae
## 557  26  51      97      52          25        0.137        26.3 0.40114 0.71736              damselfly_nymphs                 limnephilidae
## 558  26  52      97       4           1        0.011         2.0 0.30271 0.94198              damselfly_nymphs                    molannidae
## 559  26  53      97       6           1        0.016         3.0 0.10092 0.98648              damselfly_nymphs                 odontoceridae
## 560  26  54      97      74          42        0.195        37.4 0.93550 0.11111              damselfly_nymphs                philopotamidae
## 561  26  55      97       9           6        0.024         4.5 0.91023 0.25910              damselfly_nymphs                  phryganeidae
## 562  26  56      97      81          46        0.213        40.9 0.94864 0.09034              damselfly_nymphs             polycentropodidae
## 563  26  57      97      27          10        0.071        13.6 0.09584 0.95782              damselfly_nymphs                rhyacophilidae
## 564  26  58      97      54          30        0.142        27.3 0.84929 0.23827              damselfly_nymphs                      uenoidae
## 565  27  28      79     125          64        0.268        51.4 0.99998 0.00008               alderfly_larvae              dragonfly_nymphs
## 566  27  29      79     101          50        0.216        41.6 0.99582 0.00964               alderfly_larvae                riffle_beetles
## 567  27  30      79     131          54        0.281        53.9 0.57347 0.55156               alderfly_larvae                        snails
## 568  27  31      79      55          24        0.118        22.6 0.72867 0.38755               alderfly_larvae                         clams
## 569  27  32      79      68          49        0.146        28.0 1.00000 0.00000               alderfly_larvae                fishfly_larvae
## 570  27  33      79      47          33        0.101        19.3 1.00000 0.00000               alderfly_larvae           water_penny_beetles
## 571  27  34      79      70          37        0.150        28.8 0.99592 0.00962               alderfly_larvae                    ameletidae
## 572  27  35      79      13           7        0.028         5.3 0.89452 0.24886               alderfly_larvae                      caenidae
## 573  27  36      79       5           2        0.011         2.1 0.66423 0.68542               alderfly_larvae                ephemerellidae
## 574  27  37      79       3           3        0.006         1.2 1.00000 0.06810               alderfly_larvae                   ephemeridae
## 575  27  38      79      50          31        0.107        20.6 0.99986 0.00048               alderfly_larvae                 heptageniidae
## 576  27  39      79      12          11        0.026         4.9 0.99999 0.00029               alderfly_larvae                 leptohyphidae
## 577  27  40      79      73          47        0.156        30.0 1.00000 0.00000               alderfly_larvae               leptophlebiidae
## 578  27  42      79      22          15        0.047         9.1 0.99844 0.00634               alderfly_larvae                chloroperlidae
## 579  27  43      79      93          59        0.199        38.3 1.00000 0.00000               alderfly_larvae                    leuctridae
## 580  27  44      79      61          38        0.131        25.1 0.99999 0.00005               alderfly_larvae                    nemouridae
## 581  27  45      79      51          42        0.109        21.0 1.00000 0.00000               alderfly_larvae                      perlidae
## 582  27  46      79      22          12        0.047         9.1 0.94282 0.13024               alderfly_larvae                    perlodidae
## 583  27  47      79       3           2        0.006         1.2 0.93190 0.36790               alderfly_larvae               glossosomatidae
## 584  27  49      79      22           9        0.047         9.1 0.58544 0.59613               alderfly_larvae                 hydroptilidae
## 585  27  50      79      35          19        0.075        14.4 0.97295 0.06050               alderfly_larvae              lepidostomatidae
## 586  27  51      79      52          30        0.111        21.4 0.99861 0.00388               alderfly_larvae                 limnephilidae
## 587  27  52      79       4           2        0.009         1.6 0.80976 0.54556               alderfly_larvae                    molannidae
## 588  27  53      79       6           2        0.013         2.5 0.52026 0.78826               alderfly_larvae                 odontoceridae
## 589  27  54      79      74          43        0.159        30.4 0.99996 0.00014               alderfly_larvae                philopotamidae
## 590  27  55      79       9           7        0.019         3.7 0.99610 0.02661               alderfly_larvae                  phryganeidae
## 591  27  56      79      81          41        0.174        33.3 0.99237 0.01663               alderfly_larvae             polycentropodidae
## 592  27  57      79      27          17        0.058        11.1 0.99631 0.01195               alderfly_larvae                rhyacophilidae
## 593  27  58      79      54          39        0.116        22.2 1.00000 0.00000               alderfly_larvae                      uenoidae
## 594  28  29     125     101          80        0.342        65.8 1.00000 0.00001              dragonfly_nymphs                riffle_beetles
## 595  28  30     125     131          90        0.444        85.3 0.95421 0.08594              dragonfly_nymphs                        snails
## 596  28  31     125      55          43        0.186        35.8 0.99582 0.01123              dragonfly_nymphs                         clams
## 597  28  32     125      68          52        0.231        44.3 0.99594 0.01024              dragonfly_nymphs                fishfly_larvae
## 598  28  33     125      47          43        0.159        30.6 1.00000 0.00000              dragonfly_nymphs           water_penny_beetles
## 599  28  34     125      70          56        0.237        45.6 0.99978 0.00072              dragonfly_nymphs                    ameletidae
## 600  28  35     125      13          12        0.044         8.5 0.99700 0.02610              dragonfly_nymphs                      caenidae
## 601  28  36     125       5           5        0.017         3.3 1.00000 0.11368              dragonfly_nymphs                ephemerellidae
## 602  28  37     125       3           3        0.010         2.0 1.00000 0.27362              dragonfly_nymphs                   ephemeridae
## 603  28  38     125      50          44        0.170        32.6 0.99999 0.00003              dragonfly_nymphs                 heptageniidae
## 604  28  39     125      12          10        0.041         7.8 0.96155 0.14476              dragonfly_nymphs                 leptohyphidae
## 605  28  40     125      73          58        0.248        47.5 0.99976 0.00077              dragonfly_nymphs               leptophlebiidae
## 606  28  42     125      22          19        0.075        14.3 0.99577 0.01909              dragonfly_nymphs                chloroperlidae
## 607  28  43     125      93          76        0.315        60.5 1.00000 0.00000              dragonfly_nymphs                    leuctridae
## 608  28  44     125      61          51        0.207        39.7 0.99997 0.00014              dragonfly_nymphs                    nemouridae
## 609  28  45     125      51          46        0.173        33.2 1.00000 0.00000              dragonfly_nymphs                      perlidae
## 610  28  46     125      22          19        0.075        14.3 0.99577 0.01909              dragonfly_nymphs                    perlodidae
## 611  28  47     125       3           3        0.010         2.0 1.00000 0.27362              dragonfly_nymphs               glossosomatidae
## 612  28  49     125      22          15        0.075        14.3 0.70710 0.47405              dragonfly_nymphs                 hydroptilidae
## 613  28  50     125      35          32        0.119        22.8 0.99999 0.00012              dragonfly_nymphs              lepidostomatidae
## 614  28  51     125      52          44        0.176        33.9 0.99993 0.00032              dragonfly_nymphs                 limnephilidae
## 615  28  52     125       4           3        0.014         2.6 0.82338 0.56461              dragonfly_nymphs                    molannidae
## 616  28  53     125       6           6        0.020         3.9 1.00000 0.07295              dragonfly_nymphs                 odontoceridae
## 617  28  54     125      74          62        0.251        48.2 1.00000 0.00001              dragonfly_nymphs                philopotamidae
## 618  28  55     125       9           8        0.031         5.9 0.98107 0.11649              dragonfly_nymphs                  phryganeidae
## 619  28  56     125      81          55        0.275        52.7 0.80151 0.29483              dragonfly_nymphs             polycentropodidae
## 620  28  57     125      27          25        0.092        17.6 0.99994 0.00054              dragonfly_nymphs                rhyacophilidae
## 621  28  58     125      54          49        0.183        35.2 1.00000 0.00000              dragonfly_nymphs                      uenoidae
## 622  29  30     101     131          83        0.359        68.9 1.00000 0.00001                riffle_beetles                        snails
## 623  29  31     101      55          35        0.151        28.9 0.98256 0.03707                riffle_beetles                         clams
## 624  29  32     101      68          41        0.186        35.8 0.95863 0.07623                riffle_beetles                fishfly_larvae
## 625  29  33     101      47          34        0.129        24.7 0.99958 0.00140                riffle_beetles           water_penny_beetles
## 626  29  34     101      70          54        0.192        36.8 1.00000 0.00000                riffle_beetles                    ameletidae
## 627  29  35     101      13          10        0.036         6.8 0.98497 0.06072                riffle_beetles                      caenidae
## 628  29  36     101       5           3        0.014         2.6 0.78152 0.54926                riffle_beetles                ephemerellidae
## 629  29  37     101       3           3        0.008         1.6 1.00000 0.14351                riffle_beetles                   ephemeridae
## 630  29  38     101      50          37        0.137        26.3 0.99991 0.00033                riffle_beetles                 heptageniidae
## 631  29  39     101      12          10        0.033         6.3 0.99576 0.02557                riffle_beetles                 leptohyphidae
## 632  29  40     101      73          42        0.200        38.4 0.88896 0.17814                riffle_beetles               leptophlebiidae
## 633  29  42     101      22          16        0.060        11.6 0.98864 0.03585                riffle_beetles                chloroperlidae
## 634  29  43     101      93          59        0.255        48.9 0.99893 0.00273                riffle_beetles                    leuctridae
## 635  29  44     101      61          37        0.167        32.1 0.95390 0.08516                riffle_beetles                    nemouridae
## 636  29  45     101      51          37        0.140        26.8 0.99981 0.00067                riffle_beetles                      perlidae
## 637  29  46     101      22          13        0.060        11.6 0.80863 0.33835                riffle_beetles                    perlodidae
## 638  29  47     101       3           2        0.008         1.6 0.85649 0.53923                riffle_beetles               glossosomatidae
## 639  29  49     101      22          15        0.060        11.6 0.96415 0.09119                riffle_beetles                 hydroptilidae
## 640  29  50     101      35          13        0.096        18.4 0.03283 0.98675                riffle_beetles              lepidostomatidae
## 641  29  51     101      52          33        0.142        27.4 0.97770 0.04660                riffle_beetles                 limnephilidae
## 642  29  52     101       4           2        0.011         2.1 0.64921 0.72767                riffle_beetles                    molannidae
## 643  29  53     101       6           2        0.016         3.2 0.29332 0.91659                riffle_beetles                 odontoceridae
## 644  29  54     101      74          53        0.203        38.9 0.99999 0.00002                riffle_beetles                philopotamidae
## 645  29  55     101       9           6        0.025         4.7 0.88745 0.30315                riffle_beetles                  phryganeidae
## 646  29  56     101      81          51        0.222        42.6 0.99549 0.01028                riffle_beetles             polycentropodidae
## 647  29  57     101      27          16        0.074        14.2 0.83005 0.29586                riffle_beetles                rhyacophilidae
## 648  29  58     101      54          35        0.148        28.4 0.98911 0.02458                riffle_beetles                      uenoidae
## 649  30  31     131      55          45        0.195        37.5 0.99761 0.00712                        snails                         clams
## 650  30  32     131      68          40        0.242        46.4 0.02871 0.98678                        snails                fishfly_larvae
## 651  30  33     131      47          36        0.167        32.1 0.94740 0.10665                        snails           water_penny_beetles
## 652  30  34     131      70          54        0.249        47.8 0.98604 0.03104                        snails                    ameletidae
## 653  30  35     131      13          10        0.046         8.9 0.84276 0.36045                        snails                      caenidae
## 654  30  36     131       5           4        0.018         3.4 0.85575 0.49067                        snails                ephemerellidae
## 655  30  37     131       3           3        0.011         2.0 1.00000 0.31529                        snails                   ephemeridae
## 656  30  38     131      50          35        0.178        34.1 0.68469 0.44998                        snails                 heptageniidae
## 657  30  39     131      12           6        0.043         8.2 0.14056 0.95351                        snails                 leptohyphidae
## 658  30  40     131      73          35        0.259        49.8 0.00000 1.00000                        snails               leptophlebiidae
## 659  30  42     131      22          14        0.078        15.0 0.39381 0.77183                        snails                chloroperlidae
## 660  30  43     131      93          57        0.330        63.5 0.03229 0.98461                        snails                    leuctridae
## 661  30  44     131      61          30        0.217        41.6 0.00013 0.99997                        snails                    nemouridae
## 662  30  45     131      51          32        0.181        34.8 0.20914 0.87583                        snails                      perlidae
## 663  30  46     131      22          13        0.078        15.0 0.22817 0.88756                        snails                    perlodidae
## 664  30  47     131       3           2        0.011         2.0 0.68471 0.76257                        snails               glossosomatidae
## 665  30  49     131      22          19        0.078        15.0 0.99011 0.03906                        snails                 hydroptilidae
## 666  30  50     131      35          12        0.124        23.9 0.00000 1.00000                        snails              lepidostomatidae
## 667  30  51     131      52          32        0.185        35.5 0.14948 0.91633                        snails                 limnephilidae
## 668  30  52     131       4           1        0.014         2.7 0.09543 0.99049                        snails                    molannidae
## 669  30  53     131       6           0        0.021         4.1 0.00086 1.00000                        snails                 odontoceridae
## 670  30  54     131      74          51        0.263        50.5 0.62458 0.50047                        snails                philopotamidae
## 671  30  55     131       9           8        0.032         6.1 0.97073 0.15990                        snails                  phryganeidae
## 672  30  56     131      81          51        0.288        55.3 0.11879 0.93234                        snails             polycentropodidae
## 673  30  57     131      27          16        0.096        18.4 0.19435 0.90194                        snails                rhyacophilidae
## 674  30  58     131      54          35        0.192        36.8 0.31913 0.79132                        snails                      uenoidae
## 675  31  32      55      68          20        0.101        19.5 0.63556 0.49443                         clams                fishfly_larvae
## 676  31  33      55      47          18        0.070        13.5 0.96741 0.06874                         clams           water_penny_beetles
## 677  31  34      55      70          24        0.104        20.1 0.92914 0.12673                         clams                    ameletidae
## 678  31  35      55      13           6        0.019         3.7 0.95643 0.13086                         clams                      caenidae
## 679  31  36      55       5           1        0.007         1.4 0.55546 0.81893                         clams                ephemerellidae
## 680  31  38      55      50          15        0.075        14.3 0.66928 0.46938                         clams                 heptageniidae
## 681  31  39      55      12           4        0.018         3.4 0.76440 0.46666                         clams                 leptohyphidae
## 682  31  40      55      73          16        0.109        20.9 0.07234 0.96375                         clams               leptophlebiidae
## 683  31  42      55      22           4        0.033         6.3 0.18482 0.92525                         clams                chloroperlidae
## 684  31  43      55      93          27        0.139        26.6 0.60832 0.51761                         clams                    leuctridae
## 685  31  44      55      61          13        0.091        17.5 0.08506 0.95794                         clams                    nemouridae
## 686  31  45      55      51          17        0.076        14.6 0.85177 0.24528                         clams                      perlidae
## 687  31  46      55      22           5        0.033         6.3 0.35323 0.81518                         clams                    perlodidae
## 688  31  49      55      22           8        0.033         6.3 0.86388 0.26857                         clams                 hydroptilidae
## 689  31  50      55      35          12        0.052        10.0 0.84678 0.26741                         clams              lepidostomatidae
## 690  31  51      55      52          18        0.078        14.9 0.90117 0.17439                         clams                 limnephilidae
## 691  31  52      55       4           2        0.006         1.1 0.92828 0.32384                         clams                    molannidae
## 692  31  53      55       6           1        0.009         1.7 0.44734 0.87219                         clams                 odontoceridae
## 693  31  54      55      74          26        0.110        21.2 0.95831 0.07971                         clams                philopotamidae
## 694  31  55      55       9           5        0.013         2.6 0.98240 0.07808                         clams                  phryganeidae
## 695  31  56      55      81          23        0.121        23.2 0.53962 0.58847                         clams             polycentropodidae
## 696  31  57      55      27           9        0.040         7.7 0.79350 0.35508                         clams                rhyacophilidae
## 697  31  58      55      54          21        0.081        15.5 0.98266 0.03857                         clams                      uenoidae
## 698  32  33      68      47          33        0.087        16.6 1.00000 0.00000                fishfly_larvae           water_penny_beetles
## 699  32  34      68      70          31        0.129        24.8 0.98188 0.03726                fishfly_larvae                    ameletidae
## 700  32  35      68      13           4        0.024         4.6 0.48563 0.74059                fishfly_larvae                      caenidae
## 701  32  36      68       5           2        0.009         1.8 0.76076 0.58167                fishfly_larvae                ephemerellidae
## 702  32  37      68       3           3        0.006         1.1 1.00000 0.04316                fishfly_larvae                   ephemeridae
## 703  32  38      68      50          25        0.092        17.7 0.99595 0.01041                fishfly_larvae                 heptageniidae
## 704  32  39      68      12           8        0.022         4.2 0.99520 0.02360                fishfly_larvae                 leptohyphidae
## 705  32  40      68      73          46        0.135        25.9 1.00000 0.00000                fishfly_larvae               leptophlebiidae
## 706  32  42      68      22          13        0.041         7.8 0.99594 0.01429                fishfly_larvae                chloroperlidae
## 707  32  43      68      93          59        0.172        32.9 1.00000 0.00000                fishfly_larvae                    leuctridae
## 708  32  44      68      61          44        0.113        21.6 1.00000 0.00000                fishfly_larvae                    nemouridae
## 709  32  45      68      51          34        0.094        18.1 1.00000 0.00000                fishfly_larvae                      perlidae
## 710  32  46      68      22          13        0.041         7.8 0.99594 0.01429                fishfly_larvae                    perlodidae
## 711  32  47      68       3           3        0.006         1.1 1.00000 0.04316                fishfly_larvae               glossosomatidae
## 712  32  49      68      22          10        0.041         7.8 0.89883 0.20756                fishfly_larvae                 hydroptilidae
## 713  32  50      68      35          25        0.065        12.4 1.00000 0.00000                fishfly_larvae              lepidostomatidae
## 714  32  51      68      52          32        0.096        18.4 1.00000 0.00001                fishfly_larvae                 limnephilidae
## 715  32  52      68       4           3        0.007         1.4 0.98516 0.12810                fishfly_larvae                    molannidae
## 716  32  53      68       6           6        0.011         2.1 1.00000 0.00170                fishfly_larvae                 odontoceridae
## 717  32  54      68      74          44        0.137        26.2 1.00000 0.00000                fishfly_larvae                philopotamidae
## 718  32  55      68       9           5        0.017         3.2 0.94763 0.17343                fishfly_larvae                  phryganeidae
## 719  32  56      68      81          39        0.149        28.7 0.99952 0.00137                fishfly_larvae             polycentropodidae
## 720  32  57      68      27          21        0.050         9.6 1.00000 0.00000                fishfly_larvae                rhyacophilidae
## 721  32  58      68      54          35        0.100        19.1 1.00000 0.00000                fishfly_larvae                      uenoidae
## 722  33  34      47      70          28        0.089        17.1 0.99995 0.00018           water_penny_beetles                    ameletidae
## 723  33  35      47      13           6        0.017         3.2 0.98210 0.06643           water_penny_beetles                      caenidae
## 724  33  36      47       5           3        0.006         1.2 0.98672 0.09533           water_penny_beetles                ephemerellidae
## 725  33  38      47      50          22        0.064        12.2 0.99992 0.00030           water_penny_beetles                 heptageniidae
## 726  33  39      47      12           8        0.015         2.9 0.99980 0.00171           water_penny_beetles                 leptohyphidae
## 727  33  40      47      73          28        0.093        17.9 0.99986 0.00049           water_penny_beetles               leptophlebiidae
## 728  33  42      47      22          12        0.028         5.4 0.99977 0.00122           water_penny_beetles                chloroperlidae
## 729  33  43      47      93          43        0.119        22.8 1.00000 0.00000           water_penny_beetles                    leuctridae
## 730  33  44      47      61          27        0.078        14.9 1.00000 0.00002           water_penny_beetles                    nemouridae
## 731  33  45      47      51          24        0.065        12.5 0.99999 0.00003           water_penny_beetles                      perlidae
## 732  33  46      47      22          10        0.028         5.4 0.99473 0.01871           water_penny_beetles                    perlodidae
## 733  33  49      47      22          10        0.028         5.4 0.99473 0.01871           water_penny_beetles                 hydroptilidae
## 734  33  50      47      35          14        0.045         8.6 0.99356 0.01864           water_penny_beetles              lepidostomatidae
## 735  33  51      47      52          18        0.066        12.7 0.98377 0.03783           water_penny_beetles                 limnephilidae
## 736  33  53      47       6           2        0.008         1.5 0.84192 0.45507           water_penny_beetles                 odontoceridae
## 737  33  54      47      74          35        0.094        18.1 1.00000 0.00000           water_penny_beetles                philopotamidae
## 738  33  55      47       9           4        0.011         2.2 0.95897 0.15104           water_penny_beetles                  phryganeidae
## 739  33  56      47      81          31        0.103        19.8 0.99996 0.00015           water_penny_beetles             polycentropodidae
## 740  33  57      47      27          16        0.034         6.6 1.00000 0.00003           water_penny_beetles                rhyacophilidae
## 741  33  58      47      54          29        0.069        13.2 1.00000 0.00000           water_penny_beetles                      uenoidae
## 742  34  35      70      13           8        0.025         4.7 0.98619 0.05213                    ameletidae                      caenidae
## 743  34  36      70       5           5        0.009         1.8 1.00000 0.00587                    ameletidae                ephemerellidae
## 744  34  37      70       3           2        0.006         1.1 0.95286 0.30085                    ameletidae                   ephemeridae
## 745  34  38      70      50          32        0.095        18.2 1.00000 0.00000                    ameletidae                 heptageniidae
## 746  34  39      70      12           9        0.023         4.4 0.99913 0.00607                    ameletidae                 leptohyphidae
## 747  34  40      70      73          38        0.139        26.6 0.99987 0.00040                    ameletidae               leptophlebiidae
## 748  34  42      70      22          13        0.042         8.0 0.99434 0.01896                    ameletidae                chloroperlidae
## 749  34  43      70      93          44        0.177        33.9 0.99929 0.00194                    ameletidae                    leuctridae
## 750  34  44      70      61          29        0.116        22.2 0.98992 0.02248                    ameletidae                    nemouridae
## 751  34  45      70      51          26        0.097        18.6 0.99606 0.01007                    ameletidae                      perlidae
## 752  34  46      70      22          15        0.042         8.0 0.99973 0.00138                    ameletidae                    perlodidae
## 753  34  47      70       3           1        0.006         1.1 0.69915 0.74576                    ameletidae               glossosomatidae
## 754  34  49      70      22          11        0.042         8.0 0.94734 0.12243                    ameletidae                 hydroptilidae
## 755  34  50      70      35          10        0.066        12.8 0.19084 0.89880                    ameletidae              lepidostomatidae
## 756  34  51      70      52          18        0.099        19.0 0.44134 0.68661                    ameletidae                 limnephilidae
## 757  34  52      70       4           0        0.008         1.5 0.16007 1.00000                    ameletidae                    molannidae
## 758  34  53      70       6           0        0.011         2.2 0.06286 1.00000                    ameletidae                 odontoceridae
## 759  34  54      70      74          33        0.141        27.0 0.97743 0.04485                    ameletidae                philopotamidae
## 760  34  55      70       9           4        0.017         3.3 0.80801 0.42728                    ameletidae                  phryganeidae
## 761  34  56      70      81          40        0.154        29.5 0.99956 0.00125                    ameletidae             polycentropodidae
## 762  34  57      70      27          12        0.051         9.8 0.87339 0.23559                    ameletidae                rhyacophilidae
## 763  34  58      70      54          31        0.103        19.7 0.99995 0.00018                    ameletidae                      uenoidae
## 764  35  38      13      50           4        0.018         3.4 0.77341 0.45176                      caenidae                 heptageniidae
## 765  35  40      13      73           6        0.026         4.9 0.82229 0.36440                      caenidae               leptophlebiidae
## 766  35  42      13      22           3        0.008         1.5 0.95356 0.17433                      caenidae                chloroperlidae
## 767  35  43      13      93           8        0.033         6.3 0.89766 0.24494                      caenidae                    leuctridae
## 768  35  44      13      61           5        0.022         4.1 0.80345 0.39802                      caenidae                    nemouridae
## 769  35  45      13      51           7        0.018         3.5 0.99355 0.02866                      caenidae                      perlidae
## 770  35  46      13      22           4        0.008         1.5 0.99129 0.04644                      caenidae                    perlodidae
## 771  35  49      13      22           2        0.008         1.5 0.82567 0.45336                      caenidae                 hydroptilidae
## 772  35  50      13      35           3        0.012         2.4 0.80603 0.43375                      caenidae              lepidostomatidae
## 773  35  51      13      52           2        0.018         3.5 0.26424 0.91176                      caenidae                 limnephilidae
## 774  35  54      13      74           7        0.026         5.0 0.92740 0.18869                      caenidae                philopotamidae
## 775  35  56      13      81           6        0.029         5.5 0.72480 0.49099                      caenidae             polycentropodidae
## 776  35  57      13      27           1        0.010         1.8 0.42836 0.86996                      caenidae                rhyacophilidae
## 777  35  58      13      54           7        0.019         3.7 0.99038 0.03941                      caenidae                      uenoidae
## 778  36  38       5      50           2        0.007         1.3 0.88802 0.38938                ephemerellidae                 heptageniidae
## 779  36  40       5      73           4        0.010         1.9 0.99272 0.07006                ephemerellidae               leptophlebiidae
## 780  36  43       5      93           4        0.013         2.4 0.97481 0.16529                ephemerellidae                    leuctridae
## 781  36  44       5      61           3        0.008         1.6 0.96398 0.18456                ephemerellidae                    nemouridae
## 782  36  45       5      51           3        0.007         1.3 0.98178 0.11784                ephemerellidae                      perlidae
## 783  36  51       5      52           2        0.007         1.4 0.87614 0.41152                ephemerellidae                 limnephilidae
## 784  36  54       5      74           3        0.010         1.9 0.92638 0.29051                ephemerellidae                philopotamidae
## 785  36  56       5      81           2        0.011         2.1 0.64560 0.70275                ephemerellidae             polycentropodidae
## 786  36  58       5      54           1        0.007         1.4 0.56643 0.81212                ephemerellidae                      uenoidae
## 787  37  40       3      73           2        0.006         1.1 0.94644 0.32286                   ephemeridae               leptophlebiidae
## 788  37  43       3      93           3        0.008         1.5 1.00000 0.11174                   ephemeridae                    leuctridae
## 789  37  54       3      74           3        0.006         1.2 1.00000 0.05582                   ephemeridae                philopotamidae
## 790  37  56       3      81           2        0.007         1.3 0.92653 0.38316                   ephemeridae             polycentropodidae
## 791  38  39      50      12           8        0.016         3.1 0.99965 0.00271                 heptageniidae                 leptohyphidae
## 792  38  40      50      73          39        0.099        19.0 1.00000 0.00000                 heptageniidae               leptophlebiidae
## 793  38  42      50      22          13        0.030         5.7 0.99992 0.00049                 heptageniidae                chloroperlidae
## 794  38  43      50      93          38        0.126        24.2 1.00000 0.00000                 heptageniidae                    leuctridae
## 795  38  44      50      61          32        0.083        15.9 1.00000 0.00000                 heptageniidae                    nemouridae
## 796  38  45      50      51          32        0.069        13.3 1.00000 0.00000                 heptageniidae                      perlidae
## 797  38  46      50      22          15        0.030         5.7 1.00000 0.00001                 heptageniidae                    perlodidae
## 798  38  49      50      22           6        0.030         5.7 0.66424 0.53406                 heptageniidae                 hydroptilidae
## 799  38  50      50      35          14        0.047         9.1 0.98705 0.03382                 heptageniidae              lepidostomatidae
## 800  38  51      50      52          25        0.071        13.5 0.99999 0.00004                 heptageniidae                 limnephilidae
## 801  38  52      50       4           3        0.005         1.0 0.99580 0.05492                 heptageniidae                    molannidae
## 802  38  53      50       6           3        0.008         1.6 0.95922 0.18319                 heptageniidae                 odontoceridae
## 803  38  54      50      74          25        0.100        19.3 0.98174 0.03940                 heptageniidae                philopotamidae
## 804  38  55      50       9           5        0.012         2.3 0.98947 0.05311                 heptageniidae                  phryganeidae
## 805  38  56      50      81          22        0.110        21.1 0.68124 0.44462                 heptageniidae             polycentropodidae
## 806  38  57      50      27          14        0.037         7.0 0.99960 0.00176                 heptageniidae                rhyacophilidae
## 807  38  58      50      54          30        0.073        14.1 1.00000 0.00000                 heptageniidae                      uenoidae
## 808  39  40      12      73          11        0.024         4.6 1.00000 0.00012                 leptohyphidae               leptophlebiidae
## 809  39  42      12      22           7        0.007         1.4 1.00000 0.00005                 leptohyphidae                chloroperlidae
## 810  39  43      12      93          11        0.030         5.8 0.99989 0.00175                 leptohyphidae                    leuctridae
## 811  39  44      12      61          11        0.020         3.8 1.00000 0.00002                 leptohyphidae                    nemouridae
## 812  39  45      12      51          11        0.017         3.2 1.00000 0.00000                 leptohyphidae                      perlidae
## 813  39  46      12      22           4        0.007         1.4 0.99420 0.03483                 leptohyphidae                    perlodidae
## 814  39  49      12      22           4        0.007         1.4 0.99420 0.03483                 leptohyphidae                 hydroptilidae
## 815  39  50      12      35           5        0.011         2.2 0.99016 0.04568                 leptohyphidae              lepidostomatidae
## 816  39  51      12      52           5        0.017         3.2 0.92949 0.19704                 leptohyphidae                 limnephilidae
## 817  39  54      12      74           7        0.024         4.6 0.95917 0.12618                 leptohyphidae                philopotamidae
## 818  39  56      12      81           6        0.026         5.1 0.80780 0.39139                 leptohyphidae             polycentropodidae
## 819  39  57      12      27           3        0.009         1.7 0.93043 0.22820                 leptohyphidae                rhyacophilidae
## 820  39  58      12      54          11        0.018         3.4 1.00000 0.00000                 leptohyphidae                      uenoidae
## 821  40  42      73      22          18        0.044         8.4 1.00000 0.00001               leptophlebiidae                chloroperlidae
## 822  40  43      73      93          61        0.184        35.4 1.00000 0.00000               leptophlebiidae                    leuctridae
## 823  40  44      73      61          47        0.121        23.2 1.00000 0.00000               leptophlebiidae                    nemouridae
## 824  40  45      73      51          42        0.101        19.4 1.00000 0.00000               leptophlebiidae                      perlidae
## 825  40  46      73      22          17        0.044         8.4 0.99999 0.00009               leptophlebiidae                    perlodidae
## 826  40  47      73       3           3        0.006         1.1 1.00000 0.05356               leptophlebiidae               glossosomatidae
## 827  40  49      73      22           5        0.044         8.4 0.08807 0.96819               leptophlebiidae                 hydroptilidae
## 828  40  50      73      35          30        0.069        13.3 1.00000 0.00000               leptophlebiidae              lepidostomatidae
## 829  40  51      73      52          35        0.103        19.8 1.00000 0.00000               leptophlebiidae                 limnephilidae
## 830  40  52      73       4           4        0.008         1.5 1.00000 0.01984               leptophlebiidae                    molannidae
## 831  40  53      73       6           6        0.012         2.3 1.00000 0.00265               leptophlebiidae                 odontoceridae
## 832  40  54      73      74          36        0.147        28.1 0.99459 0.01242               leptophlebiidae                philopotamidae
## 833  40  55      73       9           4        0.018         3.4 0.77838 0.46772               leptophlebiidae                  phryganeidae
## 834  40  56      73      81          41        0.160        30.8 0.99936 0.00175               leptophlebiidae             polycentropodidae
## 835  40  57      73      27          21        0.053        10.3 1.00000 0.00001               leptophlebiidae                rhyacophilidae
## 836  40  58      73      54          37        0.107        20.5 1.00000 0.00000               leptophlebiidae                      uenoidae
## 837  42  43      22      93          21        0.056        10.7 1.00000 0.00000                chloroperlidae                    leuctridae
## 838  42  44      22      61          21        0.036         7.0 1.00000 0.00000                chloroperlidae                    nemouridae
## 839  42  45      22      51          17        0.030         5.8 1.00000 0.00000                chloroperlidae                      perlidae
## 840  42  46      22      22          10        0.013         2.5 1.00000 0.00001                chloroperlidae                    perlodidae
## 841  42  49      22      22           3        0.013         2.5 0.76843 0.47629                chloroperlidae                 hydroptilidae
## 842  42  50      22      35          10        0.021         4.0 0.99972 0.00156                chloroperlidae              lepidostomatidae
## 843  42  51      22      52           9        0.031         6.0 0.96059 0.10007                chloroperlidae                 limnephilidae
## 844  42  54      22      74          17        0.044         8.5 0.99999 0.00011                chloroperlidae                philopotamidae
## 845  42  55      22       9           0        0.005         1.0 0.32617 1.00000                chloroperlidae                  phryganeidae
## 846  42  56      22      81          14        0.048         9.3 0.99145 0.02705                chloroperlidae             polycentropodidae
## 847  42  57      22      27          10        0.016         3.1 0.99999 0.00012                chloroperlidae                rhyacophilidae
## 848  42  58      22      54          14        0.032         6.2 0.99996 0.00023                chloroperlidae                      uenoidae
## 849  43  44      93      61          51        0.154        29.5 1.00000 0.00000                    leuctridae                    nemouridae
## 850  43  45      93      51          43        0.129        24.7 1.00000 0.00000                    leuctridae                      perlidae
## 851  43  46      93      22          14        0.056        10.7 0.95989 0.09846                    leuctridae                    perlodidae
## 852  43  47      93       3           3        0.008         1.5 1.00000 0.11174                    leuctridae               glossosomatidae
## 853  43  49      93      22          13        0.056        10.7 0.90154 0.20170                    leuctridae                 hydroptilidae
## 854  43  50      93      35          31        0.088        17.0 1.00000 0.00000                    leuctridae              lepidostomatidae
## 855  43  51      93      52          38        0.131        25.2 0.99999 0.00003                    leuctridae                 limnephilidae
## 856  43  52      93       4           4        0.010         1.9 1.00000 0.05321                    leuctridae                    molannidae
## 857  43  53      93       6           6        0.015         2.9 1.00000 0.01185                    leuctridae                 odontoceridae
## 858  43  54      93      74          57        0.187        35.8 1.00000 0.00000                    leuctridae                philopotamidae
## 859  43  55      93       9           5        0.023         4.4 0.78143 0.46077                    leuctridae                  phryganeidae
## 860  43  56      93      81          54        0.204        39.2 1.00000 0.00001                    leuctridae             polycentropodidae
## 861  43  57      93      27          25        0.068        13.1 1.00000 0.00000                    leuctridae                rhyacophilidae
## 862  43  58      93      54          42        0.136        26.2 1.00000 0.00000                    leuctridae                      uenoidae
## 863  44  45      61      51          36        0.084        16.2 1.00000 0.00000                    nemouridae                      perlidae
## 864  44  46      61      22          20        0.036         7.0 1.00000 0.00000                    nemouridae                    perlodidae
## 865  44  49      61      22           6        0.036         7.0 0.41479 0.76182                    nemouridae                 hydroptilidae
## 866  44  50      61      35          27        0.058        11.1 1.00000 0.00000                    nemouridae              lepidostomatidae
## 867  44  51      61      52          33        0.086        16.5 1.00000 0.00000                    nemouridae                 limnephilidae
## 868  44  52      61       4           3        0.007         1.3 0.99049 0.09543                    nemouridae                    molannidae
## 869  44  53      61       6           6        0.010         1.9 1.00000 0.00086                    nemouridae                 odontoceridae
## 870  44  54      61      74          38        0.122        23.5 1.00000 0.00000                    nemouridae                philopotamidae
## 871  44  55      61       9           3        0.015         2.9 0.69118 0.58727                    nemouridae                  phryganeidae
## 872  44  56      61      81          30        0.134        25.7 0.93234 0.11879                    nemouridae             polycentropodidae
## 873  44  57      61      27          24        0.045         8.6 1.00000 0.00000                    nemouridae                rhyacophilidae
## 874  44  58      61      54          36        0.089        17.2 1.00000 0.00000                    nemouridae                      uenoidae
## 875  45  46      51      22          14        0.030         5.8 0.99998 0.00011                      perlidae                    perlodidae
## 876  45  49      51      22           5        0.030         5.8 0.44248 0.74878                      perlidae                 hydroptilidae
## 877  45  50      51      35          18        0.048         9.3 0.99990 0.00044                      perlidae              lepidostomatidae
## 878  45  51      51      52          28        0.072        13.8 1.00000 0.00000                      perlidae                 limnephilidae
## 879  45  52      51       4           2        0.006         1.1 0.94193 0.28741                      perlidae                    molannidae
## 880  45  53      51       6           3        0.008         1.6 0.95621 0.19190                      perlidae                 odontoceridae
## 881  45  54      51      74          31        0.102        19.7 0.99996 0.00015                      perlidae                philopotamidae
## 882  45  55      51       9           5        0.012         2.4 0.98827 0.05761                      perlidae                  phryganeidae
## 883  45  56      51      81          23        0.112        21.5 0.74490 0.37106                      perlidae             polycentropodidae
## 884  45  57      51      27          13        0.037         7.2 0.99777 0.00795                      perlidae                rhyacophilidae
## 885  45  58      51      54          31        0.075        14.3 1.00000 0.00000                      perlidae                      uenoidae
## 886  46  49      22      22           3        0.013         2.5 0.76843 0.47629                    perlodidae                 hydroptilidae
## 887  46  50      22      35          10        0.021         4.0 0.99972 0.00156                    perlodidae              lepidostomatidae
## 888  46  51      22      52          11        0.031         6.0 0.99650 0.01291                    perlodidae                 limnephilidae
## 889  46  54      22      74          10        0.044         8.5 0.82697 0.31388                    perlodidae                philopotamidae
## 890  46  55      22       9           2        0.005         1.0 0.93027 0.27517                    perlodidae                  phryganeidae
## 891  46  56      22      81           8        0.048         9.3 0.36350 0.79188                    perlodidae             polycentropodidae
## 892  46  57      22      27           7        0.016         3.1 0.99548 0.01933                    perlodidae                rhyacophilidae
## 893  46  58      22      54          15        0.032         6.2 1.00000 0.00004                    perlodidae                      uenoidae
## 894  47  54       3      74           2        0.006         1.2 0.94418 0.33028               glossosomatidae                philopotamidae
## 895  47  56       3      81           2        0.007         1.3 0.92653 0.38316               glossosomatidae             polycentropodidae
## 896  49  50      22      35           4        0.021         4.0 0.62974 0.59950                 hydroptilidae              lepidostomatidae
## 897  49  51      22      52           3        0.031         6.0 0.10087 0.96856                 hydroptilidae                 limnephilidae
## 898  49  54      22      74          12        0.044         8.5 0.96801 0.08113                 hydroptilidae                philopotamidae
## 899  49  55      22       9           1        0.005         1.0 0.72483 0.67383                 hydroptilidae                  phryganeidae
## 900  49  56      22      81          17        0.048         9.3 0.99993 0.00045                 hydroptilidae             polycentropodidae
## 901  49  57      22      27           4        0.016         3.1 0.82372 0.37408                 hydroptilidae                rhyacophilidae
## 902  49  58      22      54           7        0.032         6.2 0.75069 0.42655                 hydroptilidae                      uenoidae
## 903  50  51      35      52          26        0.049         9.5 1.00000 0.00000              lepidostomatidae                 limnephilidae
## 904  50  53      35       6           6        0.006         1.1 1.00000 0.00003              lepidostomatidae                 odontoceridae
## 905  50  54      35      74          20        0.070        13.5 0.99612 0.01115              lepidostomatidae                philopotamidae
## 906  50  55      35       9           1        0.009         1.6 0.48747 0.84346              lepidostomatidae                  phryganeidae
## 907  50  56      35      81          16        0.077        14.8 0.74520 0.38844              lepidostomatidae             polycentropodidae
## 908  50  57      35      27          19        0.026         4.9 1.00000 0.00000              lepidostomatidae                rhyacophilidae
## 909  50  58      35      54          20        0.051         9.8 0.99999 0.00006              lepidostomatidae                      uenoidae
## 910  51  52      52       4           4        0.006         1.1 1.00000 0.00493                 limnephilidae                    molannidae
## 911  51  53      52       6           6        0.008         1.6 1.00000 0.00032                 limnephilidae                 odontoceridae
## 912  51  54      52      74          27        0.104        20.0 0.99326 0.01612                 limnephilidae                philopotamidae
## 913  51  55      52       9           3        0.013         2.4 0.79790 0.45877                 limnephilidae                  phryganeidae
## 914  51  56      52      81          16        0.114        21.9 0.03587 0.98376                 limnephilidae             polycentropodidae
## 915  51  57      52      27          18        0.038         7.3 1.00000 0.00000                 limnephilidae                rhyacophilidae
## 916  51  58      52      54          26        0.076        14.6 0.99999 0.00006                 limnephilidae                      uenoidae
## 917  52  54       4      74           3        0.008         1.5 0.97903 0.16038                    molannidae                philopotamidae
## 918  52  56       4      81           2        0.009         1.7 0.79708 0.56341                    molannidae             polycentropodidae
## 919  52  58       4      54           3        0.006         1.1 0.99424 0.06815                    molannidae                      uenoidae
## 920  53  54       6      74           6        0.012         2.3 1.00000 0.00288                 odontoceridae                philopotamidae
## 921  53  56       6      81           3        0.013         2.5 0.79276 0.50156                 odontoceridae             polycentropodidae
## 922  53  58       6      54           3        0.009         1.7 0.94632 0.21899                 odontoceridae                      uenoidae
## 923  54  55      74       9           5        0.018         3.5 0.92107 0.23196                philopotamidae                  phryganeidae
## 924  54  56      74      81          44        0.163        31.2 0.99997 0.00011                philopotamidae             polycentropodidae
## 925  54  57      74      27          20        0.054        10.4 0.99999 0.00006                philopotamidae                rhyacophilidae
## 926  54  58      74      54          30        0.108        20.8 0.99924 0.00223                philopotamidae                      uenoidae
## 927  55  56       9      81           4        0.020         3.8 0.68989 0.57408                  phryganeidae             polycentropodidae
## 928  55  57       9      27           1        0.007         1.3 0.63101 0.75233                  phryganeidae                rhyacophilidae
## 929  55  58       9      54           7        0.013         2.5 0.99982 0.00226                  phryganeidae                      uenoidae
## 930  56  57      81      27          18        0.059        11.4 0.99856 0.00528             polycentropodidae                rhyacophilidae
## 931  56  58      81      54          30        0.119        22.8 0.99380 0.01474             polycentropodidae                      uenoidae
## 932  57  58      27      54          20        0.040         7.6 1.00000 0.00000                rhyacophilidae                      uenoidae
# network stuff

library(asnipe)
library(igraph)
assoc=streambioticsum_suff_biotic_bin_t_3 #transpose the data into group-by-individual
mat=get_network(t(assoc), association_index="SRI") #create adjacency matrix with "simple ratio index"
## Generating  58  x  58  matrix
g.streams=graph_from_adjacency_matrix(mat, "undirected", weighted=T) #make into igraph object
plot(g.streams, edge.width=E(g.streams)$weight*5, vertex.label="")

com=cluster_louvain(g.streams)
com
## IGRAPH clustering multi level, groups: 4, mod: 0.1
## + groups:
##   $`1`
##    [1] "streambioticsum_suff_mtdusky"  "streambioticsum_suff_nodusky"  "streambioticsum_suff_twolined" "common_shiner"                 "creek_chub"                    "sow_bugs"                      "scuds"                         "water_mites"                   "damselfly_nymphs"              "alderfly_larvae"               "dragonfly_nymphs"              "riffle_beetles"                "snails"                        "clams"                         "ameletidae"                    "leuctridae"                    "hydroptilidae"                 "philopotamidae"               
##   [19] "polycentropodidae"            
##   
##   $`2`
##    [1] "streambioticsum_suff_longtail" "streambioticsum_suff_red"      "streambioticsum_suff_mole"     "streambioticsum_suff_redback"  "streambioticsum_suff_slimy"    "blacknose_dace"                "redbelly_dace"                 "redside_dace"                  "fishfly_larvae"                "water_penny_beetles"           "caenidae"                      "ephemerellidae"                "heptageniidae"                 "leptohyphidae"                 "leptophlebiidae"               "capniidae"                     "chloroperlidae"                "nemouridae"                   
##   [19] "perlidae"                      "perlodidae"                    "glossosomatidae"               "goeridae"                      "lepidostomatidae"              "limnephilidae"                 "molannidae"                    "odontoceridae"                 "rhyacophilidae"                "uenoidae"                     
##   
##   $`3`
##   [1] "bluegill_sunfish"           "central_stoneroller_minnow" "green_sunfish"              "yellow_bullhead_catfish"   
##   + ... omitted several groups/vertices
com$memberships
##      [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14] [,15] [,16] [,17] [,18] [,19] [,20] [,21] [,22] [,23] [,24] [,25] [,26] [,27] [,28] [,29] [,30] [,31] [,32] [,33] [,34] [,35] [,36] [,37] [,38] [,39] [,40] [,41] [,42] [,43] [,44] [,45] [,46] [,47] [,48] [,49] [,50] [,51] [,52] [,53] [,54] [,55] [,56] [,57] [,58]
## [1,]    1    1    1    2    2    2    2    2    3     4     4     1     1     4     5     5     5     3     3     5     4     5     1     1     1     1     1     1     1     1     1     2     3     1     3     3     5     3     3     3     3     3     1     3     3     3     2     3     1     2     2     2     2     1     5     1     2     3
## [2,]    1    1    1    2    2    2    2    2    2     3     3     1     1     3     4     4     4     2     2     4     3     4     1     1     1     1     1     1     1     1     1     2     2     1     2     2     4     2     2     2     2     2     1     2     2     2     2     2     1     2     2     2     2     1     4     1     2     2
set.seed(2)
plot(com, g.streams, edge.width=E(g.streams)$weight*0.5)

library(RColorBrewer)
colors=brewer.pal(length(com),'Accent') #make a color palette
V(g.streams)$color=colors[membership(com)] #assign each vertex a color based on the community assignment

set.seed(2)
plot(com,g.streams, edge.width=E(g.streams)$weight*0.1,edge.color="lightgrey",vertex.label.cex=0.8,vertex.size=7,rescale=TRUE)

# number of species
S <- vcount(g.streams)

# number of interactions
L <- ecount(g.streams)

# average number of interactions species
L.S <- L/S

# network connectance
C <- L/S^2

# Calculate connectance
connectance <- ecount(g.streams) / vcount(g.streams)^2 

# Print connectance va
print(paste0('Connectance of stream network =', round(connectance,2)))
## [1] "Connectance of stream network =0.34"
links.per.species <- ecount(g.streams) / vcount(g.streams)

## Mean generality of species in the network
Generality <- function(M){
  return(sum(colSums(M))/sum((colSums(M)!=0)));
}
Generality(mat)
## [1] 5.497505
  ## Mean vulnerability of the species in the network
  Vulnerability <- function(M){
    return(sum(rowSums(M))/sum((rowSums(M)!=0)));
  }
Vulnerability(mat)
## [1] 5.497505
  ## In-degree or number of prey of all species in the network
  InDegree <- function(M){
    return(colSums(M));
  }
InDegree(mat)
##  streambioticsum_suff_mtdusky  streambioticsum_suff_nodusky streambioticsum_suff_twolined streambioticsum_suff_longtail      streambioticsum_suff_red     streambioticsum_suff_mole  streambioticsum_suff_redback    streambioticsum_suff_slimy                blacknose_dace              bluegill_sunfish    central_stoneroller_minnow                 common_shiner                    creek_chub                 green_sunfish                 johnny_darter                rainbow_darter                 rainbow_trout                 redbelly_dace                  redside_dace                  white_sucker 
##                    4.89714583                    8.89001874                   11.70048301                    1.89869056                    5.30426291                    0.61522089                    9.31578346                    3.32639466                    5.54438309                    1.03429748                    1.34680364                    0.15619359                    7.35882458                    1.43295707                    1.48310026                    1.82011997                    0.34574673                    0.81506562                    0.60528726                    1.33444515 
##       yellow_bullhead_catfish               sessile_animals                      sow_bugs                         scuds                   water_mites              damselfly_nymphs               alderfly_larvae              dragonfly_nymphs                riffle_beetles                        snails                         clams                fishfly_larvae           water_penny_beetles                    ameletidae                      caenidae                ephemerellidae                   ephemeridae                 heptageniidae                 leptohyphidae               leptophlebiidae 
##                    0.45572537                    1.20451477                    5.43878047                    6.00373795                    7.76299495                    9.13365758                   10.56696534                   11.59315741                   10.66328242                    9.12881510                    7.04017091                   10.66986556                    9.40509233                    9.48138099                    3.19268020                    1.72422304                    1.34038345                    9.21363392                    4.27171342                   10.95290191 
##                     capniidae                chloroperlidae                    leuctridae                    nemouridae                      perlidae                    perlodidae               glossosomatidae                      goeridae                 hydroptilidae              lepidostomatidae                 limnephilidae                    molannidae                 odontoceridae                philopotamidae                  phryganeidae             polycentropodidae                rhyacophilidae                      uenoidae 
##                    0.05620723                    6.33085611                   12.15424733                   10.75091308                   10.08058338                    5.43053801                    1.28113619                    0.34411082                    3.84671795                    7.58551467                    8.76067854                    1.68155509                    2.21599302                   10.64278047                    2.57876862                    9.16869175                    7.16836525                   10.30872674
  ## Out-degree or number of predators of all species in the network
  OutDegree <- function(M){
    return(rowSums(M));
  }
OutDegree(mat)
##  streambioticsum_suff_mtdusky  streambioticsum_suff_nodusky streambioticsum_suff_twolined streambioticsum_suff_longtail      streambioticsum_suff_red     streambioticsum_suff_mole  streambioticsum_suff_redback    streambioticsum_suff_slimy                blacknose_dace              bluegill_sunfish    central_stoneroller_minnow                 common_shiner                    creek_chub                 green_sunfish                 johnny_darter                rainbow_darter                 rainbow_trout                 redbelly_dace                  redside_dace                  white_sucker 
##                    4.89714583                    8.89001874                   11.70048301                    1.89869056                    5.30426291                    0.61522089                    9.31578346                    3.32639466                    5.54438309                    1.03429748                    1.34680364                    0.15619359                    7.35882458                    1.43295707                    1.48310026                    1.82011997                    0.34574673                    0.81506562                    0.60528726                    1.33444515 
##       yellow_bullhead_catfish               sessile_animals                      sow_bugs                         scuds                   water_mites              damselfly_nymphs               alderfly_larvae              dragonfly_nymphs                riffle_beetles                        snails                         clams                fishfly_larvae           water_penny_beetles                    ameletidae                      caenidae                ephemerellidae                   ephemeridae                 heptageniidae                 leptohyphidae               leptophlebiidae 
##                    0.45572537                    1.20451477                    5.43878047                    6.00373795                    7.76299495                    9.13365758                   10.56696534                   11.59315741                   10.66328242                    9.12881510                    7.04017091                   10.66986556                    9.40509233                    9.48138099                    3.19268020                    1.72422304                    1.34038345                    9.21363392                    4.27171342                   10.95290191 
##                     capniidae                chloroperlidae                    leuctridae                    nemouridae                      perlidae                    perlodidae               glossosomatidae                      goeridae                 hydroptilidae              lepidostomatidae                 limnephilidae                    molannidae                 odontoceridae                philopotamidae                  phryganeidae             polycentropodidae                rhyacophilidae                      uenoidae 
##                    0.05620723                    6.33085611                   12.15424733                   10.75091308                   10.08058338                    5.43053801                    1.28113619                    0.34411082                    3.84671795                    7.58551467                    8.76067854                    1.68155509                    2.21599302                   10.64278047                    2.57876862                    9.16869175                    7.16836525                   10.30872674

#occupancy - all taxa

phwhall_occobject_allsigcor.occ.formula <- ~scale(pool_depth_.cm.) + scale(per_sand) + scale(per_cobble) + scale(substrate_metric_total) +
  scale(pool_metric_total)
phwhall_occobject_season.det.formula <- ~ scale(seasons)

# Number of species
N <- dim(phwhall_occobject$y)[1]
# Distances between sites
dist.phwh <- dist(phwhall_occobject$coords)
# Exponential covariance model
cov.model <- "exponential"
ms.inits <- list(alpha.comm = 0, 
                 beta.comm = 0, 
                 beta = 0, 
                 alpha = 0,
                 tau.sq.beta = 1, 
                 tau.sq.alpha = 1, 
                 z = apply(phwhall_occobject$y, c(1, 2), max, na.rm = TRUE))
ms.priors <- list(beta.comm.normal = list(mean = 0, var = 2.72),
                  alpha.comm.normal = list(mean = 0, var = 2.72), 
                  tau.sq.beta.ig = list(a = 0.1, b = 0.1), 
                  tau.sq.alpha.ig = list(a = 0.1, b = 0.1))


out.alltax.allsigcor.ms <- msPGOcc(occ.formula = phwhall_occobject_allsigcor.occ.formula, 
                                    det.formula = phwhsal_occobject_season.det.formula, 
                                    data = phwhall_occobject, 
                                    inits = ms.inits, 
                                    n.samples = 30000, 
                                    priors = ms.priors, 
                                    n.omp.threads = 4, 
                                    verbose = TRUE, 
                                    n.report = 60000, 
                                    n.burn = 10000,
                                    n.thin = 50, 
                                    n.chains = 3)
summary(out.alltax.allsigcor.ms, level = 'both')
ppc.alltax.allsigcor.ms.out <- ppcOcc(out.alltax.allsigcor.ms, 'chi-squared', group = 1)
summary(ppc.alltax.allsigcor.ms.out, level = 'both')

waicOcc(out.alltax.allsigcor.ms)

improved detection model

phwhall_occobject_allsigcor.occ.formula <- ~scale(pool_depth_.cm.) + scale(per_sand) + scale(per_cobble) + scale(substrate_metric_total) +
  scale(pool_metric_total)
phwhall_occobject_dayyearseason.det.formula <- ~scale(seasons)+scale(dayyear)

# Number of species
N <- dim(phwhall_occobject$y)[1]
# Distances between sites
dist.phwh <- dist(phwhall_occobject$coords)
# Exponential covariance model
cov.model <- "exponential"
ms.inits <- list(alpha.comm = 0, 
                 beta.comm = 0, 
                 beta = 0, 
                 alpha = 0,
                 tau.sq.beta = 1, 
                 tau.sq.alpha = 1, 
                 z = apply(phwhall_occobject$y, c(1, 2), max, na.rm = TRUE))
ms.priors <- list(beta.comm.normal = list(mean = 0, var = 2.72),
                  alpha.comm.normal = list(mean = 0, var = 2.72), 
                  tau.sq.beta.ig = list(a = 0.1, b = 0.1), 
                  tau.sq.alpha.ig = list(a = 0.1, b = 0.1))


out.alltax.allsigcor.impdet.ms <- msPGOcc(occ.formula = phwhall_occobject_allsigcor.occ.formula, 
                                    det.formula = phwhall_occobject_dayyearseason.det.formula, 
                                    data = phwhall_occobject, 
                                    inits = ms.inits, 
                                    n.samples = 30000, 
                                    priors = ms.priors, 
                                    n.omp.threads = 4, 
                                    verbose = TRUE, 
                                    n.report = 60000, 
                                    n.burn = 10000,
                                    n.thin = 50, 
                                    n.chains = 3)
summary(out.alltax.allsigcor.impdet.ms, level = 'both')
ppc.alltax.allsigcor.impdet.ms.out <- ppcOcc(out.alltax.allsigcor.impdet.ms, 'chi-squared', group = 1)
summary(ppc.alltax.allsigcor.impdet.ms.out, level = 'both')

waicOcc(out.alltax.allsigcor.impdet.ms)

write_rds(out.alltax.allsigcor.impdet.ms,"alltaxmodel_phwh.rds")

full null

null <- ~1

# Number of species
N <- dim(phwhall_occobject$y)[1]
# Distances between sites
dist.phwh <- dist(phwhall_occobject$coords)
# Exponential covariance model
cov.model <- "exponential"
ms.inits <- list(alpha.comm = 0, 
                 beta.comm = 0, 
                 beta = 0, 
                 alpha = 0,
                 tau.sq.beta = 1, 
                 tau.sq.alpha = 1, 
                 z = apply(phwhall_occobject$y, c(1, 2), max, na.rm = TRUE))
ms.priors <- list(beta.comm.normal = list(mean = 0, var = 2.72),
                  alpha.comm.normal = list(mean = 0, var = 2.72), 
                  tau.sq.beta.ig = list(a = 0.1, b = 0.1), 
                  tau.sq.alpha.ig = list(a = 0.1, b = 0.1))


out.null <- msPGOcc(occ.formula = null, 
                                    det.formula = null, 
                                    data = phwhall_occobject, 
                                    inits = ms.inits, 
                                    n.samples = 30000, 
                                    priors = ms.priors, 
                                    n.omp.threads = 4, 
                                    verbose = TRUE, 
                                    n.report = 60000, 
                                    n.burn = 10000,
                                    n.thin = 50, 
                                    n.chains = 3)
summary(out.null, level = 'both')
ppc.out.null <- ppcOcc(out.null, 'chi-squared', group = 1)
summary(ppc.out.null, level = 'both')

waicOcc(out.null)

Will want to exclude species that did not fit as well.

out.alltax.allsigcor.impdet.ms<-readRDS("alltaxmodel_phwh.rds")

summary(out.alltax.allsigcor.impdet.ms,max.print=100000)
## 
## Call:
## msPGOcc(occ.formula = phwhall_occobject_allsigcor.occ.formula, det.formula = phwhall_occobject_dayyearseason.det.formula, data = phwhall_occobject, inits = ms.inits, priors = ms.priors, n.samples = 30000, n.omp.threads = 4, verbose = TRUE, n.report = 60000, n.burn = 10000, n.thin = 50, n.chains = 3)
## 
## Samples per Chain: 30000
## Burn-in: 10000
## Thinning Rate: 50
## Number of Chains: 3
## Total Posterior Samples: 1200
## Run Time (min): 52.2222
## 
## ----------------------------------------
##  Community Level
## ----------------------------------------
## Occurrence Means (logit scale): 
##                                  Mean     SD    2.5%     50%   97.5%   Rhat  ESS
## (Intercept)                   -2.8897 0.8106 -4.1358 -3.0216 -0.8177 1.3829   19
## scale(pool_depth_.cm.)        -0.0189 0.1261 -0.2612 -0.0202  0.2446 1.0128  996
## scale(per_sand)                0.4350 0.0947  0.2540  0.4328  0.6232 1.0005 1264
## scale(per_cobble)              0.2455 0.0708  0.1068  0.2441  0.3797 1.0046 1200
## scale(substrate_metric_total)  0.3483 0.0759  0.1939  0.3484  0.4971 1.0016 1076
## scale(pool_metric_total)      -0.0111 0.0659 -0.1415 -0.0112  0.1189 1.0040 1121
## 
## Occurrence Variances (logit scale): 
##                                  Mean     SD   2.5%     50%   97.5%   Rhat  ESS
## (Intercept)                   20.1277 6.2804 6.2490 19.9050 33.7245 1.2347   39
## scale(pool_depth_.cm.)         0.6635 0.1997 0.3567  0.6368  1.1398 1.0009  846
## scale(per_sand)                0.2564 0.0786 0.1299  0.2473  0.4325 1.0016 1200
## scale(per_cobble)              0.0880 0.0414 0.0304  0.0807  0.1884 1.0074  874
## scale(substrate_metric_total)  0.0931 0.0465 0.0323  0.0825  0.2054 1.0020 1088
## scale(pool_metric_total)       0.0986 0.0432 0.0357  0.0911  0.2026 1.0064 1261
## 
## Detection Means (logit scale): 
##                   Mean     SD    2.5%     50%   97.5%   Rhat  ESS
## (Intercept)    -1.6660 0.6560 -3.5379 -1.5174 -0.8506 1.5221   15
## scale(seasons) -0.2099 0.0849 -0.3768 -0.2093 -0.0468 1.0000 1200
## scale(dayyear)  0.0430 0.0670 -0.0857  0.0408  0.1796 0.9997 1329
## 
## Detection Variances (logit scale): 
##                  Mean     SD   2.5%    50%   97.5%   Rhat  ESS
## (Intercept)    4.2489 2.8532 1.6422 3.4169 13.0521 1.8461   11
## scale(seasons) 0.3257 0.0801 0.1999 0.3122  0.5103 1.0039 1377
## scale(dayyear) 0.1949 0.0557 0.1075 0.1867  0.3228 1.0066 1200
## 
## ----------------------------------------
##  Species Level
## ----------------------------------------
## Occurrence (logit scale): 
##                                                             Mean     SD     2.5%     50%   97.5%   Rhat  ESS
## (Intercept)-streambiotic_suff_mtdusky                    -1.6714 0.3158  -2.2931 -1.6676 -1.0738 1.0069 1200
## (Intercept)-streambiotic_suff_nodusky                    -0.2926 0.2490  -0.7606 -0.2946  0.2157 1.0019 1200
## (Intercept)-streambiotic_suff_twolined                    1.3494 0.2331   0.9142  1.3450  1.8238 1.0085 1200
## (Intercept)-streambiotic_suff_longtail                   -2.7872 0.9864  -4.3067 -2.8829 -0.7278 1.0416  344
## (Intercept)-streambiotic_suff_red                        -2.1236 0.3988  -2.9360 -2.1125 -1.3427 1.0015 1200
## (Intercept)-streambiotic_suff_mole                       -2.8320 2.1500  -6.1460 -3.2241  2.8850 1.0121   87
## (Intercept)-streambiotic_suff_fourtoed                   -7.0579 3.5622 -14.7157 -6.9632  0.7699 1.1068   80
## (Intercept)-streambiotic_suff_redback                     0.2688 0.2868  -0.2481  0.2551  0.8896 1.0116 1059
## (Intercept)-streambiotic_suff_slimy                      -2.6199 0.6411  -3.8349 -2.6258 -1.3496 1.0093 1200
## (Intercept)-blacknose_dace                               -1.2054 0.4735  -2.0231 -1.2426 -0.1994 1.0119 1200
## (Intercept)-bluegill_sunfish                             -3.7258 2.3377  -7.3622 -4.1296  2.0549 1.1298   79
## (Intercept)-bluntnose_minnow                             -6.8915 3.7733 -14.1115 -6.9540  2.4590 1.2352   70
## (Intercept)-brindled_madtom                              -7.0534 3.2793 -13.9572 -6.9878  0.3016 1.0210  111
## (Intercept)-brook_stickleback                            -7.1122 3.2834 -13.7670 -7.0479  0.1516 1.1848  123
## (Intercept)-brook_trout                                  -7.1785 3.3522 -14.0238 -7.1069 -0.3317 1.1173  106
## (Intercept)-central_mudminnow                            -7.4677 3.1885 -14.4570 -7.2760 -1.3172 1.0883   88
## (Intercept)-central_stoneroller_minnow                    0.2610 2.6950  -3.6953 -0.0168  6.3101 1.0429  153
## (Intercept)-common_shiner                                -3.7405 2.3847  -7.5003 -4.0724  2.3740 1.0714  145
## (Intercept)-creek_chub                                    0.2249 0.4715  -0.5601  0.1843  1.2506 1.0145 1200
## (Intercept)-eastern_sand_darter                          -7.1371 3.3839 -14.2057 -6.8568 -0.4857 1.1854  113
## (Intercept)-fantail_darter                               -7.3309 3.4109 -13.6478 -7.3197  0.2814 1.0633   74
## (Intercept)-fathead_minnow                               -7.0752 3.7493 -14.4893 -7.0690  1.8171 1.0938   78
## (Intercept)-golden_shiner                                -7.0745 3.4416 -14.1829 -7.0144  0.0641 1.1160  145
## (Intercept)-goldfish                                     -6.7943 3.3873 -13.6019 -6.7761  0.4492 1.1215   93
## (Intercept)-grass_pickerel                               -7.0637 3.4071 -14.2590 -6.9380 -0.0003 1.0807   82
## (Intercept)-greenside_darter                             -7.0977 3.4632 -14.1352 -6.9934  0.4010 1.1293  112
## (Intercept)-green_sunfish                                -0.8145 2.8525  -5.0552 -1.3766  6.3994 1.0220  107
## (Intercept)-johnny_darter                                -1.1372 2.5547  -4.2377 -1.8215  5.8808 1.1016   89
## (Intercept)-largemouth_bass                              -7.0980 3.2337 -13.4376 -6.8887 -0.2490 1.0630  110
## (Intercept)-longear_sunfish                              -7.4140 3.2980 -14.9066 -7.0032 -1.7382 1.1130  144
## (Intercept)-longnose_dace                                -6.8785 3.2587 -13.3308 -6.8346 -0.2809 1.0859  127
## (Intercept)-mottled_sculpin                              -7.2003 3.2037 -14.1498 -6.9098 -0.5250 1.1300  111
## (Intercept)-northern_hog_sucker                          -6.8674 3.3454 -14.1051 -6.5850 -0.0535 1.0572  178
## (Intercept)-pumpkinseed_sunfish                          -7.1124 3.4247 -14.5798 -6.8443 -0.5439 1.1252  141
## (Intercept)-rainbow_darter                               -2.8952 1.3061  -4.8557 -3.1010  0.1429 1.0408  150
## (Intercept)-rainbow_trout                                -6.9916 3.3899 -14.2202 -6.8555  0.2404 1.0369  104
## (Intercept)-redbelly_dace                                -2.4819 2.2035  -5.7180 -2.9002  3.0511 1.0440  182
## (Intercept)-redside_dace                                 -3.3292 2.4776  -7.2167 -3.7049  2.7117 1.0906   83
## (Intercept)-river_chub                                   -6.8888 3.4570 -13.7146 -7.0238  1.8403 1.2002   85
## (Intercept)-silverjaw_minnow                             -7.4363 3.4387 -15.0933 -7.0283 -1.3192 1.1063  254
## (Intercept)-smallmouth_bass                              -7.1866 3.0710 -13.7327 -7.0961 -1.0083 1.1085  193
## (Intercept)-spotfin_shiner                               -7.0542 3.2570 -14.2424 -6.8545 -0.4446 1.1031  178
## (Intercept)-stonecat_madtom                              -7.2054 3.1927 -13.8734 -7.1343 -0.8378 1.1105  117
## (Intercept)-striped_shiner                               -7.1079 3.3263 -13.8537 -7.1191  0.0730 1.0957   77
## (Intercept)-trout_perch                                  -7.0610 3.1221 -14.3304 -6.7461 -1.2735 1.0290  122
## (Intercept)-warmouth_sunfish                             -6.8193 3.3254 -13.0212 -6.8420  0.2631 1.0828   67
## (Intercept)-white_sucker                                 -1.6229 2.0338  -4.3526 -2.0695  3.8386 1.0967  144
## (Intercept)-yellow_bullhead_catfish                      -3.4573 2.7157  -7.4249 -4.0641  3.5879 1.0420   82
## (Intercept)-sessile_animals                              -1.6096 2.0533  -4.3211 -2.1043  3.5089 1.0108  167
## (Intercept)-aquatic_worms                                 3.1021 0.6406   2.1854  3.0119  4.5790 1.0284 1003
## (Intercept)-sow_bugs                                     -0.8697 0.2401  -1.3433 -0.8673 -0.4078 1.0136 1115
## (Intercept)-scuds                                        -0.2922 0.2437  -0.7547 -0.3094  0.2216 1.0026 1200
## (Intercept)-water_mites                                   0.8918 0.6268  -0.0568  0.7870  2.3533 1.0032 1456
## (Intercept)-damselfly_nymphs                              1.2825 0.4296   0.5423  1.2496  2.1956 1.0138 1200
## (Intercept)-alderfly_larvae                               0.9982 0.5220   0.2616  0.9258  2.1611 1.0072 1200
## (Intercept)-other_beetles                                 2.3960 0.5824   1.5310  2.3072  3.7063 1.0123 1200
## (Intercept)-crayfish                                      1.7067 0.3134   1.1683  1.6755  2.3998 0.9998 1200
## (Intercept)-dragonfly_nymphs                              2.1909 0.5235   1.3590  2.1165  3.3958 1.0131 1090
## (Intercept)-riffle_beetles                                0.8138 0.3060   0.2840  0.7827  1.5518 1.0094  983
## (Intercept)-other_flies                                   5.3742 1.3067   3.5999  5.1581  8.4109 1.0189  335
## (Intercept)-midges                                        7.0682 1.8530   4.4088  6.7589 11.5066 1.0097  532
## (Intercept)-snails                                        2.2443 0.5670   1.3429  2.1747  3.4480 1.0238  884
## (Intercept)-clams                                         1.0285 1.2947  -0.2492  0.6834  4.8916 1.0049  387
## (Intercept)-fishfly_larvae                                0.2736 0.3555  -0.3510  0.2447  1.0270 1.0014 1200
## (Intercept)-water_penny_beetles                          -0.3778 0.3146  -0.9740 -0.3852  0.2687 1.0134 1200
## (Intercept)-cranefly_larvae                               3.5094 0.6563   2.4088  3.4274  4.9850 1.0090 1200
## (Intercept)-ameletidae                                    2.2774 1.2939   0.8079  1.9868  5.7393 1.0365  269
## (Intercept)-arthropleidae                                -6.9640 3.5273 -13.8095 -7.1280  1.2260 1.0377   79
## (Intercept)-baetidae                                      2.4801 0.4639   1.7742  2.4257  3.4994 1.0016 1200
## (Intercept)-baetiscidae                                  -7.3073 3.3593 -14.5140 -7.0662 -0.9920 1.0949  197
## (Intercept)-caenidae                                     -1.9179 0.4897  -2.8016 -1.9432 -0.9140 1.0055 1083
## (Intercept)-ephemerellidae                                0.3600 2.6123  -3.2720 -0.0905  6.7463 1.0277  125
## (Intercept)-ephemeridae                                  -0.9252 3.0957  -4.4288 -1.6916  7.7726 1.1372   96
## (Intercept)-heptageniidae                                -0.4805 0.3024  -1.0301 -0.4907  0.1644 1.0041 1200
## (Intercept)-isonychiidae                                 -6.8291 3.4875 -13.2607 -6.9023  1.7498 1.0942   91
## (Intercept)-leptohyphidae                                 0.7116 2.4152  -2.1556  0.0602  6.7710 1.0148  175
## (Intercept)-leptophlebiidae                              -0.4340 0.2062  -0.8396 -0.4433 -0.0128 1.0010 1200
## (Intercept)-polymitarcyidae                              -7.0008 3.4940 -14.2122 -6.9362  1.1252 1.0595  135
## (Intercept)-potamanthidae                                -6.7182 3.5802 -14.0777 -6.6941  1.2172 1.0667  105
## (Intercept)-pseudironidae                                -7.2023 3.4675 -14.7931 -6.9349 -0.3905 1.2009  121
## (Intercept)-siphlonuridae                                -7.3228 3.2561 -13.7737 -7.0589 -0.8043 1.0723   81
## (Intercept)-capniidae                                    -7.1588 3.3482 -14.1327 -7.2355 -0.5028 1.0430  111
## (Intercept)-chloroperlidae                               -0.8242 0.7049  -1.8431 -0.9236  0.8767 1.0383  784
## (Intercept)-leuctridae                                    0.0479 0.1864  -0.2760  0.0407  0.4252 1.0040 1200
## (Intercept)-nemouridae                                    0.2620 0.4565  -0.4265  0.2004  1.2542 1.0170 1281
## (Intercept)-peltoperlidae                                -6.8993 3.6425 -14.4221 -6.7738  0.4331 1.0945  155
## (Intercept)-perlidae                                     -0.5157 0.2394  -0.9731 -0.5195 -0.0517 1.0021 1489
## (Intercept)-perlodidae                                    2.6890 2.3437  -0.3275  2.1992  8.1902 1.1052  259
## (Intercept)-pteronarcyidae                               -7.4993 3.2902 -15.0314 -7.1267 -1.1286 1.0375  232
## (Intercept)-taeniopterygidae                             -7.4550 3.0921 -13.7788 -7.3171 -1.5923 1.0829  163
## (Intercept)-brachycentridae                              -7.1579 3.0476 -13.6339 -7.0785 -0.9852 1.1407  102
## (Intercept)-dipseuodopsidae                              -7.0052 3.2048 -13.8019 -6.8476 -0.6929 1.0892   75
## (Intercept)-glossosomatidae                              -4.5174 0.9038  -6.4746 -4.4723 -2.9239 1.0120 1067
## (Intercept)-goeridae                                     -7.1288 3.1598 -14.4513 -6.8562 -0.8039 1.1530  130
## (Intercept)-helicopsychidae                              -7.0960 3.3249 -14.0048 -6.9356  0.0352 1.0802   64
## (Intercept)-hydropsychidae                                1.6188 0.2750   1.1073  1.6129  2.2024 1.0114 1200
## (Intercept)-hydroptilidae                                -1.1451 0.6431  -2.1779 -1.2053  0.3192 0.9996  888
## (Intercept)-lepidostomatidae                             -1.5017 0.2951  -2.1085 -1.4880 -0.9440 1.0006 1200
## (Intercept)-leptoceridae                                 -7.3243 3.5354 -15.4596 -7.0670 -1.1162 1.1471  114
## (Intercept)-limnephilidae                                -0.4135 0.2696  -0.9207 -0.4217  0.1196 1.0106 1094
## (Intercept)-molannidae                                   -3.7488 0.9263  -5.5739 -3.7192 -1.8769 1.0167  878
## (Intercept)-odontoceridae                                -3.0429 1.0115  -4.8007 -3.1240 -0.8342 1.0059  739
## (Intercept)-philopotamidae                                0.6268 0.3545   0.0010  0.6167  1.3451 1.0047 1319
## (Intercept)-phryganeidae                                 -1.2262 1.4137  -2.9907 -1.5792  2.7230 1.1993  217
## (Intercept)-polycentropodidae                             0.1839 0.3187  -0.3635  0.1608  0.8722 1.0005 1345
## (Intercept)-psychomiidae                                 -7.0248 3.5038 -13.3155 -7.0853  1.5167 1.1337   76
## (Intercept)-rhyacophilidae                               -1.1545 0.3760  -1.8427 -1.1751 -0.3484 1.0020 1257
## (Intercept)-uenoidae                                      0.3959 0.5554  -0.4218  0.3158  1.7402 1.0068  936
## scale(pool_depth_.cm.)-streambiotic_suff_mtdusky         -0.5721 0.3134  -1.2483 -0.5514 -0.0350 1.0033 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-streambiotic_suff_nodusky         -0.7842 0.2582  -1.2984 -0.7789 -0.3103 1.0140 1075
## scale(pool_depth_.cm.)-streambiotic_suff_twolined        -0.6604 0.2088  -1.0743 -0.6595 -0.2790 1.0029 1091
## scale(pool_depth_.cm.)-streambiotic_suff_longtail        -0.6566 0.5489  -1.7810 -0.6349  0.3933 1.0415 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-streambiotic_suff_red             -1.0977 0.3982  -1.9069 -1.0867 -0.3832 1.0115 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-streambiotic_suff_mole            -0.9076 0.7176  -2.3994 -0.8869  0.4946 1.0021  988
## scale(pool_depth_.cm.)-streambiotic_suff_fourtoed        -0.0487 0.7615  -1.5535 -0.0615  1.4115 0.9997 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-streambiotic_suff_redback         -1.0551 0.2835  -1.6449 -1.0433 -0.5179 1.0013 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-streambiotic_suff_slimy           -0.9919 0.5187  -2.1346 -0.9572 -0.0802 1.0105 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-blacknose_dace                     0.5650 0.3711  -0.0953  0.5400  1.3433 1.0156 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-bluegill_sunfish                  -0.3383 0.7034  -1.7435 -0.3499  1.1214 1.0002 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-bluntnose_minnow                  -0.0500 0.7763  -1.5662 -0.0645  1.4439 1.0062 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-brindled_madtom                   -0.0269 0.7692  -1.5234 -0.0294  1.4443 1.0059 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-brook_stickleback                  0.0159 0.7945  -1.5287 -0.0205  1.6555 1.0075 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-brook_trout                        0.0087 0.7640  -1.5761  0.0447  1.4683 1.0095 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-central_mudminnow                 -0.0329 0.7828  -1.5765 -0.0154  1.4825 1.0007 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-central_stoneroller_minnow         0.2590 0.8199  -1.3787  0.2667  1.8791 1.0101 1086
## scale(pool_depth_.cm.)-common_shiner                      0.6191 0.6970  -0.7559  0.6007  2.1389 1.0067  991
## scale(pool_depth_.cm.)-creek_chub                         1.1814 0.4757   0.3622  1.1438  2.2180 1.0068 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-eastern_sand_darter               -0.0521 0.7610  -1.4936 -0.0424  1.4474 1.0035 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-fantail_darter                     0.0147 0.7999  -1.5982  0.0380  1.5339 1.0040 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-fathead_minnow                    -0.0331 0.7906  -1.5579 -0.0101  1.5230 1.0003 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-golden_shiner                     -0.0539 0.8068  -1.6405 -0.0610  1.5348 1.0050 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-goldfish                          -0.0058 0.7821  -1.5214 -0.0093  1.5780 1.0121 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-grass_pickerel                    -0.0423 0.7850  -1.6429 -0.0157  1.4344 1.0009 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-greenside_darter                  -0.0121 0.7439  -1.4593 -0.0037  1.4616 1.0025 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-green_sunfish                      0.2618 0.7810  -1.2521  0.2475  1.7928 1.0068  936
## scale(pool_depth_.cm.)-johnny_darter                      0.6618 0.6734  -0.8229  0.6631  1.9769 1.0001  520
## scale(pool_depth_.cm.)-largemouth_bass                   -0.0300 0.7910  -1.5812 -0.0329  1.5342 1.0052 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-longear_sunfish                   -0.0159 0.7591  -1.4462 -0.0303  1.4447 1.0018 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-longnose_dace                      0.0036 0.7646  -1.4051  0.0036  1.5188 1.0004 1587
## scale(pool_depth_.cm.)-mottled_sculpin                   -0.0119 0.7899  -1.5727 -0.0110  1.4861 1.0066 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-northern_hog_sucker               -0.0127 0.7867  -1.6250  0.0253  1.4802 1.0018 1008
## scale(pool_depth_.cm.)-pumpkinseed_sunfish               -0.0756 0.7903  -1.6087 -0.0839  1.5422 1.0034 1081
## scale(pool_depth_.cm.)-rainbow_darter                     0.7779 0.5835  -0.2323  0.7499  2.0978 1.0073  913
## scale(pool_depth_.cm.)-rainbow_trout                     -0.0684 0.7989  -1.7436 -0.0315  1.3929 1.0024 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-redbelly_dace                      0.7809 0.7196  -0.7193  0.7756  2.2018 1.0162  686
## scale(pool_depth_.cm.)-redside_dace                      -0.2126 0.7060  -1.6647 -0.2060  1.1618 1.0062 1099
## scale(pool_depth_.cm.)-river_chub                        -0.0533 0.7839  -1.5771 -0.0474  1.3524 1.0155 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-silverjaw_minnow                  -0.0356 0.8094  -1.6096 -0.0248  1.5726 1.0039 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-smallmouth_bass                    0.0119 0.7873  -1.5953  0.0186  1.5768 1.0031 1414
## scale(pool_depth_.cm.)-spotfin_shiner                     0.0239 0.7455  -1.3624  0.0188  1.5160 1.0024 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-stonecat_madtom                   -0.0216 0.7837  -1.5568 -0.0101  1.5292 1.0052 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-striped_shiner                    -0.0399 0.7729  -1.5243 -0.0367  1.5115 1.0008 1078
## scale(pool_depth_.cm.)-trout_perch                       -0.0278 0.7578  -1.4970 -0.0269  1.4849 1.0027 1663
## scale(pool_depth_.cm.)-warmouth_sunfish                  -0.0519 0.7558  -1.6268 -0.0662  1.3638 1.0097 1033
## scale(pool_depth_.cm.)-white_sucker                       0.6162 0.6370  -0.6688  0.5890  1.8982 1.0058 1059
## scale(pool_depth_.cm.)-yellow_bullhead_catfish            0.0253 0.7096  -1.4565  0.0496  1.3573 1.0042 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-sessile_animals                   -0.2776 0.6718  -1.6544 -0.2773  1.0764 1.0024 1010
## scale(pool_depth_.cm.)-aquatic_worms                      0.3812 0.4817  -0.4233  0.3384  1.4015 1.0017 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-sow_bugs                           0.7583 0.2480   0.2959  0.7456  1.2735 1.0006 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-scuds                              0.1082 0.2236  -0.3420  0.0993  0.5576 1.0075 1327
## scale(pool_depth_.cm.)-water_mites                        0.3881 0.3893  -0.3068  0.3471  1.2303 1.0022 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-damselfly_nymphs                   1.8763 0.5027   1.0259  1.8276  2.9761 1.0142 1089
## scale(pool_depth_.cm.)-alderfly_larvae                    0.0138 0.3669  -0.6618 -0.0023  0.8137 1.0031 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-other_beetles                     -0.4390 0.4387  -1.2307 -0.4436  0.4510 1.0049 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-crayfish                          -0.7319 0.2800  -1.3096 -0.7266 -0.2157 1.0027 1260
## scale(pool_depth_.cm.)-dragonfly_nymphs                   0.5327 0.4620  -0.2877  0.4973  1.5345 1.0090 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-riffle_beetles                     0.6434 0.3300   0.1102  0.6021  1.3725 1.0012 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-other_flies                        0.6445 0.6702  -0.5878  0.6266  2.0818 1.0067 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-midges                             0.0055 0.7013  -1.3490 -0.0034  1.4121 1.0017 1155
## scale(pool_depth_.cm.)-snails                             1.3655 0.5142   0.5131  1.3260  2.5663 1.0111 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-clams                              0.2600 0.5150  -0.7002  0.2306  1.4267 1.0055 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-fishfly_larvae                    -0.8439 0.2902  -1.4699 -0.8277 -0.3167 1.0035 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-water_penny_beetles               -0.4621 0.2786  -1.0124 -0.4561  0.0523 1.0020 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-cranefly_larvae                    0.5872 0.5421  -0.3626  0.5409  1.7337 0.9994 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-ameletidae                         1.0107 0.6725  -0.3677  0.9859  2.3581 1.0013  862
## scale(pool_depth_.cm.)-arthropleidae                     -0.0337 0.7990  -1.6697 -0.0473  1.4618 1.0025 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-baetidae                           0.3418 0.4131  -0.3347  0.2815  1.3211 1.0016 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-baetiscidae                       -0.0522 0.7918  -1.5842 -0.0761  1.5067 0.9999 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-caenidae                           0.5639 0.3012  -0.0242  0.5677  1.1699 1.0028 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-ephemerellidae                     0.0922 0.7083  -1.2929  0.0837  1.5920 1.0257  896
## scale(pool_depth_.cm.)-ephemeridae                        0.3737 0.7191  -1.0703  0.3908  1.7517 1.0599  437
## scale(pool_depth_.cm.)-heptageniidae                      0.1435 0.2627  -0.3434  0.1349  0.7013 1.0072 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-isonychiidae                      -0.0171 0.7990  -1.4913 -0.0128  1.5263 1.0148 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-leptohyphidae                      0.2254 0.6375  -1.0456  0.2255  1.5010 1.0010  961
## scale(pool_depth_.cm.)-leptophlebiidae                   -0.6252 0.2246  -1.0706 -0.6316 -0.1991 1.0000 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-polymitarcyidae                   -0.0425 0.7530  -1.6391 -0.0277  1.3684 0.9996 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-potamanthidae                     -0.0035 0.7371  -1.4756  0.0067  1.3912 1.0077 1019
## scale(pool_depth_.cm.)-pseudironidae                     -0.0533 0.7666  -1.5151 -0.0846  1.4163 1.0036 1588
## scale(pool_depth_.cm.)-siphlonuridae                     -0.0267 0.7894  -1.6992 -0.0062  1.5015 1.0188 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-capniidae                         -0.0111 0.8059  -1.6136 -0.0286  1.6281 1.0008 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-chloroperlidae                     0.0537 0.3691  -0.6651  0.0521  0.7682 1.0088 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-leuctridae                        -0.4966 0.1975  -0.8866 -0.4872 -0.1428 1.0049 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-nemouridae                        -0.3199 0.2910  -0.8798 -0.3130  0.2642 1.0083 1413
## scale(pool_depth_.cm.)-peltoperlidae                     -0.0431 0.7812  -1.5270 -0.0546  1.4684 1.0019 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-perlidae                          -0.1929 0.2341  -0.6473 -0.1832  0.2510 1.0052 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-perlodidae                        -0.0858 0.7054  -1.4198 -0.1060  1.3162 1.0073 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-pteronarcyidae                     0.0240 0.8037  -1.6344  0.0330  1.5746 1.0000 1141
## scale(pool_depth_.cm.)-taeniopterygidae                  -0.0250 0.7846  -1.5473 -0.0326  1.5411 1.0029 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-brachycentridae                   -0.0164 0.7713  -1.4592 -0.0315  1.5209 1.0018 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-dipseuodopsidae                   -0.0214 0.7743  -1.5572 -0.0097  1.4623 1.0083 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-glossosomatidae                   -0.6362 0.6297  -1.8978 -0.6173  0.5193 1.0033 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-goeridae                          -0.0209 0.7837  -1.5303 -0.0215  1.5492 1.0031 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-helicopsychidae                   -0.0834 0.7991  -1.6098 -0.0707  1.4864 0.9991 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-hydropsychidae                    -0.1457 0.2545  -0.6179 -0.1557  0.3428 1.0010 1330
## scale(pool_depth_.cm.)-hydroptilidae                      0.5170 0.4096  -0.2662  0.4934  1.3736 0.9999 1048
## scale(pool_depth_.cm.)-lepidostomatidae                  -1.2124 0.3276  -1.8826 -1.2014 -0.6162 1.0022 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-leptoceridae                      -0.0574 0.7597  -1.5809 -0.0336  1.4168 1.0045 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-limnephilidae                     -0.3823 0.2455  -0.8713 -0.3832  0.1195 1.0007 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-molannidae                        -0.8066 0.5620  -1.9310 -0.7845  0.2203 1.0068 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-odontoceridae                     -1.0337 0.5910  -2.2649 -1.0067  0.0531 1.0009 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-philopotamidae                    -0.2216 0.2847  -0.7565 -0.2316  0.3767 1.0077 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-phryganeidae                       0.5172 0.5112  -0.5364  0.5075  1.5256 1.0056 1206
## scale(pool_depth_.cm.)-polycentropodidae                 -0.2271 0.2569  -0.7201 -0.2275  0.3022 1.0063 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-psychomiidae                      -0.0645 0.8020  -1.6344 -0.0888  1.4950 1.0040 1095
## scale(pool_depth_.cm.)-rhyacophilidae                    -0.9063 0.3370  -1.5664 -0.9061 -0.2724 1.0123 1200
## scale(pool_depth_.cm.)-uenoidae                          -0.2066 0.3342  -0.8491 -0.2077  0.4331 1.0007  871
## scale(per_sand)-streambiotic_suff_mtdusky                -0.2264 0.2911  -0.8122 -0.2106  0.3253 1.0001 1094
## scale(per_sand)-streambiotic_suff_nodusky                 0.0764 0.2511  -0.4136  0.0780  0.5776 1.0092 1200
## scale(per_sand)-streambiotic_suff_twolined                0.5868 0.2488   0.0971  0.5730  1.0860 1.0005 1200
## scale(per_sand)-streambiotic_suff_longtail                0.9938 0.3939   0.2583  0.9768  1.8217 1.0217 1200
## scale(per_sand)-streambiotic_suff_red                     0.7818 0.3008   0.1956  0.7856  1.3931 1.0005 1200
## scale(per_sand)-streambiotic_suff_mole                    0.5087 0.4496  -0.3977  0.5194  1.3751 1.0108 1200
## scale(per_sand)-streambiotic_suff_fourtoed                0.4138 0.5095  -0.5593  0.4133  1.4531 1.0008 1200
## scale(per_sand)-streambiotic_suff_redback                 0.5509 0.2737   0.0488  0.5419  1.1473 1.0073 1200
## scale(per_sand)-streambiotic_suff_slimy                   0.1019 0.3420  -0.5723  0.1071  0.7768 1.0026 1200
## scale(per_sand)-blacknose_dace                            0.3719 0.3024  -0.2042  0.3691  0.9868 1.0048 1200
## scale(per_sand)-bluegill_sunfish                          0.5103 0.4407  -0.3121  0.5010  1.4121 1.0033 1200
## scale(per_sand)-bluntnose_minnow                          0.4056 0.4889  -0.5598  0.4052  1.3846 1.0034 1200
## scale(per_sand)-brindled_madtom                           0.4121 0.4742  -0.5609  0.3938  1.3215 1.0053 1200
## scale(per_sand)-brook_stickleback                         0.4091 0.5302  -0.6263  0.4269  1.3875 1.0053 1200
## scale(per_sand)-brook_trout                               0.4423 0.5107  -0.5479  0.4420  1.4578 1.0021 1200
## scale(per_sand)-central_mudminnow                         0.4218 0.5052  -0.5463  0.4132  1.4233 1.0197 1200
## scale(per_sand)-central_stoneroller_minnow                0.4118 0.4946  -0.5461  0.4049  1.3742 1.0018 1200
## scale(per_sand)-common_shiner                             0.4871 0.4561  -0.4321  0.4938  1.3878 1.0074 1200
## scale(per_sand)-creek_chub                                0.7388 0.3414   0.1218  0.7326  1.4541 0.9997 1200
## scale(per_sand)-eastern_sand_darter                       0.4177 0.5066  -0.5574  0.4104  1.4417 1.0008 1200
## scale(per_sand)-fantail_darter                            0.4235 0.5119  -0.6170  0.4133  1.4359 1.0045 1357
## scale(per_sand)-fathead_minnow                            0.4188 0.5067  -0.6065  0.4230  1.3993 1.0011 1200
## scale(per_sand)-golden_shiner                             0.4203 0.4975  -0.6039  0.4157  1.3731 1.0046 1302
## scale(per_sand)-goldfish                                  0.4414 0.4965  -0.5363  0.4422  1.4019 1.0027 1200
## scale(per_sand)-grass_pickerel                            0.4418 0.4972  -0.5322  0.4638  1.4439 1.0071 1200
## scale(per_sand)-greenside_darter                          0.4264 0.5048  -0.6079  0.4329  1.3943 1.0072 1200
## scale(per_sand)-green_sunfish                             0.3924 0.4901  -0.5676  0.3997  1.3603 1.0062 1311
## scale(per_sand)-johnny_darter                             0.5846 0.4425  -0.2272  0.5649  1.5239 1.0143 1166
## scale(per_sand)-largemouth_bass                           0.4627 0.4960  -0.4644  0.4616  1.4421 1.0219 1200
## scale(per_sand)-longear_sunfish                           0.4246 0.5035  -0.5009  0.4068  1.4500 1.0023 1216
## scale(per_sand)-longnose_dace                             0.4317 0.5127  -0.5618  0.4617  1.4691 1.0093 1304
## scale(per_sand)-mottled_sculpin                           0.4090 0.4818  -0.5461  0.4093  1.3157 1.0084 1200
## scale(per_sand)-northern_hog_sucker                       0.4336 0.4756  -0.5308  0.4515  1.3549 1.0178 1200
## scale(per_sand)-pumpkinseed_sunfish                       0.4175 0.5218  -0.6736  0.4465  1.4078 1.0029 1200
## scale(per_sand)-rainbow_darter                            0.4073 0.4190  -0.3999  0.3965  1.2279 1.0009 1044
## scale(per_sand)-rainbow_trout                             0.4146 0.4805  -0.6306  0.4292  1.3565 0.9997 1200
## scale(per_sand)-redbelly_dace                             0.5144 0.4707  -0.3727  0.5069  1.5209 1.0004 1200
## scale(per_sand)-redside_dace                              0.3104 0.4836  -0.6842  0.3253  1.2207 1.0038 1200
## scale(per_sand)-river_chub                                0.4473 0.4831  -0.5082  0.4403  1.4010 1.0101 1359
## scale(per_sand)-silverjaw_minnow                          0.4407 0.4963  -0.5138  0.4542  1.3854 1.0050 1200
## scale(per_sand)-smallmouth_bass                           0.4376 0.5023  -0.5903  0.4490  1.3787 1.0005 1200
## scale(per_sand)-spotfin_shiner                            0.4242 0.5009  -0.5736  0.4362  1.3842 1.0009 1200
## scale(per_sand)-stonecat_madtom                           0.4334 0.4988  -0.5590  0.4225  1.4102 1.0111 1200
## scale(per_sand)-striped_shiner                            0.4016 0.5002  -0.5712  0.4039  1.3859 1.0024 1200
## scale(per_sand)-trout_perch                               0.4289 0.4835  -0.5544  0.4447  1.3575 1.0055 1076
## scale(per_sand)-warmouth_sunfish                          0.4432 0.5062  -0.5711  0.4310  1.4665 1.0029 1338
## scale(per_sand)-white_sucker                              0.5151 0.4279  -0.3694  0.5150  1.3285 1.0015 1200
## scale(per_sand)-yellow_bullhead_catfish                   0.4388 0.4785  -0.5441  0.4452  1.3723 1.0054 1200
## scale(per_sand)-sessile_animals                           0.1126 0.4469  -0.7989  0.1296  0.9526 1.0073  924
## scale(per_sand)-aquatic_worms                            -0.2854 0.3430  -0.9421 -0.2814  0.4034 1.0033  998
## scale(per_sand)-sow_bugs                                 -0.3152 0.2827  -0.8839 -0.3137  0.2049 1.0005 1200
## scale(per_sand)-scuds                                    -0.2759 0.2477  -0.7776 -0.2738  0.1976 1.0006 1200
## scale(per_sand)-water_mites                               0.0189 0.3487  -0.7002  0.0308  0.6561 1.0157 1200
## scale(per_sand)-damselfly_nymphs                          0.2651 0.2644  -0.2546  0.2606  0.7813 0.9996 1200
## scale(per_sand)-alderfly_larvae                           0.3270 0.3188  -0.2681  0.3158  0.9929 1.0062 1200
## scale(per_sand)-other_beetles                             0.8350 0.3689   0.1277  0.8363  1.5474 1.0032 1200
## scale(per_sand)-crayfish                                  0.5849 0.2884   0.0297  0.5758  1.1720 1.0018 1200
## scale(per_sand)-dragonfly_nymphs                          0.6911 0.3229   0.1012  0.6775  1.3297 1.0079 1200
## scale(per_sand)-riffle_beetles                            0.1993 0.2258  -0.2208  0.2007  0.6714 1.0171 1590
## scale(per_sand)-other_flies                               0.4657 0.4521  -0.4179  0.4675  1.3712 1.0127 1200
## scale(per_sand)-midges                                    0.4480 0.4793  -0.5386  0.4581  1.3782 0.9995 1200
## scale(per_sand)-snails                                   -0.3513 0.2871  -0.8953 -0.3510  0.2124 1.0001 1200
## scale(per_sand)-clams                                     0.3670 0.3779  -0.2849  0.3340  1.1881 1.0019 1200
## scale(per_sand)-fishfly_larvae                            0.7447 0.2813   0.2188  0.7299  1.3135 1.0181  948
## scale(per_sand)-water_penny_beetles                       0.1369 0.2805  -0.3955  0.1333  0.6889 1.0036 1200
## scale(per_sand)-cranefly_larvae                           0.6893 0.3877  -0.0208  0.6868  1.4820 1.0003 1200
## scale(per_sand)-ameletidae                                0.4053 0.3774  -0.3040  0.3997  1.1487 1.0075 1085
## scale(per_sand)-arthropleidae                             0.4310 0.5072  -0.5733  0.4496  1.3745 1.0012 1200
## scale(per_sand)-baetidae                                  0.5222 0.3050  -0.0630  0.5167  1.1164 1.0101 1183
## scale(per_sand)-baetiscidae                               0.4230 0.5045  -0.5693  0.4307  1.4127 1.0013 1200
## scale(per_sand)-caenidae                                  0.0729 0.3314  -0.5926  0.0685  0.7094 1.0101 1200
## scale(per_sand)-ephemerellidae                            0.4391 0.4521  -0.3905  0.4285  1.3547 1.0001 1200
## scale(per_sand)-ephemeridae                               0.3995 0.4648  -0.5196  0.3912  1.3470 1.0002 1200
## scale(per_sand)-heptageniidae                             0.9981 0.2805   0.4550  0.9916  1.5394 1.0002 1200
## scale(per_sand)-isonychiidae                              0.4259 0.5026  -0.5308  0.4288  1.4295 0.9998 1200
## scale(per_sand)-leptohyphidae                             0.4154 0.4248  -0.3878  0.3990  1.3066 1.0010 1200
## scale(per_sand)-leptophlebiidae                           0.8374 0.2356   0.3617  0.8329  1.3023 1.0073 1200
## scale(per_sand)-polymitarcyidae                           0.4209 0.4927  -0.6083  0.4220  1.3947 1.0059 1200
## scale(per_sand)-potamanthidae                             0.4117 0.5066  -0.5564  0.4154  1.4584 1.0013 1314
## scale(per_sand)-pseudironidae                             0.4339 0.4975  -0.5414  0.4337  1.3759 1.0148 1200
## scale(per_sand)-siphlonuridae                             0.4443 0.4878  -0.5034  0.4442  1.4051 1.0031 1200
## scale(per_sand)-capniidae                                 0.4126 0.5041  -0.5611  0.4120  1.3949 1.0073 1200
## scale(per_sand)-chloroperlidae                            0.2650 0.3370  -0.4347  0.2569  0.9450 1.0112 1200
## scale(per_sand)-leuctridae                                0.7323 0.2349   0.2971  0.7245  1.2031 1.0011 1200
## scale(per_sand)-nemouridae                                0.8881 0.2944   0.3437  0.8754  1.5044 1.0021 1200
## scale(per_sand)-peltoperlidae                             0.3803 0.4894  -0.6111  0.4016  1.3324 1.0057 1200
## scale(per_sand)-perlidae                                  0.8623 0.2716   0.3528  0.8611  1.4229 1.0043 1200
## scale(per_sand)-perlodidae                                0.5867 0.4992  -0.3924  0.5914  1.5774 1.0030  952
## scale(per_sand)-pteronarcyidae                            0.4276 0.5048  -0.5926  0.4236  1.3668 1.0071 1208
## scale(per_sand)-taeniopterygidae                          0.4142 0.5015  -0.5777  0.4203  1.4237 1.0106 1200
## scale(per_sand)-brachycentridae                           0.4226 0.4889  -0.5346  0.4331  1.4079 1.0214 1093
## scale(per_sand)-dipseuodopsidae                           0.4190 0.5076  -0.5717  0.4296  1.3842 1.0012 1200
## scale(per_sand)-glossosomatidae                           0.4833 0.3996  -0.3489  0.4973  1.2490 1.0059 1048
## scale(per_sand)-goeridae                                  0.4096 0.4949  -0.5589  0.4134  1.3566 1.0016 1200
## scale(per_sand)-helicopsychidae                           0.4216 0.5058  -0.6244  0.4176  1.4687 1.0031 1200
## scale(per_sand)-hydropsychidae                            0.5641 0.2746   0.0347  0.5500  1.1281 1.0025 1200
## scale(per_sand)-hydroptilidae                            -0.1727 0.3647  -0.9170 -0.1516  0.4719 0.9996 1200
## scale(per_sand)-lepidostomatidae                          0.9913 0.2931   0.4282  0.9753  1.5907 1.0035 1200
## scale(per_sand)-leptoceridae                              0.4135 0.5021  -0.6246  0.4374  1.3967 1.0031 1200
## scale(per_sand)-limnephilidae                             1.3057 0.2943   0.7482  1.3006  1.8938 1.0042 1253
## scale(per_sand)-molannidae                                1.0807 0.4147   0.3414  1.0634  1.9436 1.0010 1174
## scale(per_sand)-odontoceridae                             0.6791 0.4039  -0.1066  0.6956  1.4446 1.0077 1005
## scale(per_sand)-philopotamidae                            0.1392 0.2872  -0.4093  0.1399  0.7082 1.0032 1200
## scale(per_sand)-phryganeidae                              0.6082 0.3787  -0.0924  0.5865  1.3492 1.0100 1200
## scale(per_sand)-polycentropodidae                        -0.0773 0.2572  -0.5720 -0.0763  0.4061 1.0093 1200
## scale(per_sand)-psychomiidae                              0.4480 0.4959  -0.5192  0.4550  1.4066 1.0073 1200
## scale(per_sand)-rhyacophilidae                            0.5940 0.2963   0.0334  0.5988  1.1805 1.0053 1200
## scale(per_sand)-uenoidae                                  0.6041 0.3371  -0.0312  0.5862  1.3118 0.9998 1200
## scale(per_cobble)-streambiotic_suff_mtdusky               0.2062 0.1964  -0.1551  0.2026  0.6083 0.9992 1200
## scale(per_cobble)-streambiotic_suff_nodusky               0.2514 0.2027  -0.1441  0.2465  0.6383 1.0040 1451
## scale(per_cobble)-streambiotic_suff_twolined              0.6377 0.2262   0.2251  0.6300  1.1214 1.0011 1200
## scale(per_cobble)-streambiotic_suff_longtail              0.2641 0.2777  -0.2735  0.2625  0.8261 1.0023 1082
## scale(per_cobble)-streambiotic_suff_red                   0.3887 0.2321  -0.0409  0.3738  0.8462 0.9989 1200
## scale(per_cobble)-streambiotic_suff_mole                  0.0957 0.3008  -0.5503  0.1106  0.6574 1.0031 1200
## scale(per_cobble)-streambiotic_suff_fourtoed              0.2508 0.3004  -0.3601  0.2520  0.8629 1.0021 1277
## scale(per_cobble)-streambiotic_suff_redback               0.0967 0.2092  -0.3371  0.1025  0.5098 1.0029 1200
## scale(per_cobble)-streambiotic_suff_slimy                 0.2399 0.2536  -0.2735  0.2363  0.7532 1.0014 1200
## scale(per_cobble)-blacknose_dace                          0.4232 0.2335  -0.0041  0.4171  0.9034 0.9996 1339
## scale(per_cobble)-bluegill_sunfish                        0.2216 0.3036  -0.3827  0.2223  0.7852 1.0077 1200
## scale(per_cobble)-bluntnose_minnow                        0.2517 0.2970  -0.3294  0.2604  0.8374 1.0063 1200
## scale(per_cobble)-brindled_madtom                         0.2420 0.3007  -0.3762  0.2377  0.8490 1.0079 1097
## scale(per_cobble)-brook_stickleback                       0.2401 0.3031  -0.3625  0.2326  0.8237 1.0130 1200
## scale(per_cobble)-brook_trout                             0.2556 0.3060  -0.3358  0.2564  0.8287 1.0109 1200
## scale(per_cobble)-central_mudminnow                       0.2352 0.2874  -0.3504  0.2293  0.8335 1.0026 1200
## scale(per_cobble)-central_stoneroller_minnow              0.1895 0.3071  -0.4393  0.1957  0.8073 1.0191 1200
## scale(per_cobble)-common_shiner                           0.2403 0.3052  -0.3550  0.2474  0.8368 1.0040 1200
## scale(per_cobble)-creek_chub                              0.1453 0.2286  -0.3235  0.1420  0.5688 1.0007 1200
## scale(per_cobble)-eastern_sand_darter                     0.2360 0.3060  -0.3821  0.2480  0.8214 1.0081 1118
## scale(per_cobble)-fantail_darter                          0.2482 0.2963  -0.3202  0.2511  0.8432 1.0029 1200
## scale(per_cobble)-fathead_minnow                          0.2468 0.2954  -0.3387  0.2486  0.8532 1.0105 1200
## scale(per_cobble)-golden_shiner                           0.2425 0.3010  -0.3579  0.2424  0.8288 0.9993 1200
## scale(per_cobble)-goldfish                                0.2400 0.3036  -0.3910  0.2461  0.8446 1.0025 1200
## scale(per_cobble)-grass_pickerel                          0.2462 0.2981  -0.3397  0.2458  0.8531 1.0041 1461
## scale(per_cobble)-greenside_darter                        0.2454 0.2955  -0.3229  0.2449  0.8210 1.0109 1200
## scale(per_cobble)-green_sunfish                           0.2223 0.2927  -0.3589  0.2216  0.8064 1.0013 1200
## scale(per_cobble)-johnny_darter                           0.2600 0.2796  -0.3064  0.2643  0.8059 0.9999 1380
## scale(per_cobble)-largemouth_bass                         0.2518 0.3057  -0.3530  0.2563  0.8448 1.0021 1050
## scale(per_cobble)-longear_sunfish                         0.2464 0.2930  -0.3206  0.2473  0.8288 1.0069 1200
## scale(per_cobble)-longnose_dace                           0.2380 0.2978  -0.3553  0.2252  0.8367 1.0038 1409
## scale(per_cobble)-mottled_sculpin                         0.2407 0.2979  -0.3862  0.2444  0.8245 1.0123 1200
## scale(per_cobble)-northern_hog_sucker                     0.2519 0.2940  -0.3489  0.2554  0.8149 1.0113 1200
## scale(per_cobble)-pumpkinseed_sunfish                     0.2425 0.3074  -0.3742  0.2473  0.8135 0.9997  773
## scale(per_cobble)-rainbow_darter                          0.3798 0.2697  -0.1299  0.3749  0.9059 1.0026 1200
## scale(per_cobble)-rainbow_trout                           0.2469 0.3012  -0.3654  0.2474  0.8462 1.0013 1200
## scale(per_cobble)-redbelly_dace                           0.2422 0.2784  -0.2978  0.2404  0.8065 1.0100 1037
## scale(per_cobble)-redside_dace                            0.3638 0.3082  -0.1716  0.3554  0.9912 1.0013  839
## scale(per_cobble)-river_chub                              0.2558 0.2950  -0.3058  0.2578  0.8440 1.0052 1200
## scale(per_cobble)-silverjaw_minnow                        0.2367 0.3040  -0.3931  0.2421  0.8100 1.0033 1200
## scale(per_cobble)-smallmouth_bass                         0.2488 0.3062  -0.3325  0.2466  0.8879 1.0120 1200
## scale(per_cobble)-spotfin_shiner                          0.2491 0.2947  -0.3586  0.2578  0.8247 0.9998 1200
## scale(per_cobble)-stonecat_madtom                         0.2500 0.2930  -0.3655  0.2457  0.8602 1.0028 1469
## scale(per_cobble)-striped_shiner                          0.2480 0.2993  -0.3642  0.2443  0.8392 1.0093 1200
## scale(per_cobble)-trout_perch                             0.2548 0.2905  -0.3178  0.2554  0.8109 1.0013 1591
## scale(per_cobble)-warmouth_sunfish                        0.2443 0.2990  -0.3714  0.2579  0.8188 1.0232 1200
## scale(per_cobble)-white_sucker                            0.3275 0.2696  -0.1769  0.3265  0.8786 1.0138  978
## scale(per_cobble)-yellow_bullhead_catfish                 0.2454 0.2900  -0.3329  0.2454  0.8132 1.0115 1200
## scale(per_cobble)-sessile_animals                         0.1688 0.2827  -0.4041  0.1605  0.7450 1.0101 1018
## scale(per_cobble)-aquatic_worms                           0.2881 0.2606  -0.2093  0.2851  0.8444 1.0063 1200
## scale(per_cobble)-sow_bugs                                0.2594 0.1902  -0.1028  0.2552  0.6481 1.0025 1200
## scale(per_cobble)-scuds                                   0.1169 0.1977  -0.2762  0.1167  0.4976 1.0020 1104
## scale(per_cobble)-water_mites                             0.4795 0.2792  -0.0461  0.4722  1.0804 1.0004 1002
## scale(per_cobble)-damselfly_nymphs                        0.3048 0.2302  -0.1535  0.3049  0.8031 1.0083 1322
## scale(per_cobble)-alderfly_larvae                        -0.1114 0.2526  -0.6186 -0.1017  0.3788 1.0106 1200
## scale(per_cobble)-other_beetles                           0.1131 0.2426  -0.3766  0.1162  0.5751 1.0189 1200
## scale(per_cobble)-crayfish                                0.4140 0.2280  -0.0100  0.4055  0.8887 1.0007 1200
## scale(per_cobble)-dragonfly_nymphs                        0.1238 0.2552  -0.4338  0.1369  0.6048 1.0148 1200
## scale(per_cobble)-riffle_beetles                          0.4058 0.2028   0.0218  0.3999  0.8379 1.0019 1061
## scale(per_cobble)-other_flies                             0.2100 0.3031  -0.3640  0.2071  0.8107 0.9994 1200
## scale(per_cobble)-midges                                  0.2327 0.2894  -0.3331  0.2473  0.8020 1.0032 1791
## scale(per_cobble)-snails                                  0.0348 0.2600  -0.5080  0.0320  0.5303 1.0088 1030
## scale(per_cobble)-clams                                   0.0062 0.2689  -0.5431  0.0083  0.5179 1.0001 1064
## scale(per_cobble)-fishfly_larvae                          0.3352 0.2207  -0.0943  0.3286  0.7635 1.0076 1200
## scale(per_cobble)-water_penny_beetles                     0.4437 0.2230   0.0203  0.4407  0.8794 1.0006 1200
## scale(per_cobble)-cranefly_larvae                         0.2391 0.2652  -0.2770  0.2361  0.7559 1.0038 1105
## scale(per_cobble)-ameletidae                              0.2205 0.2739  -0.3339  0.2158  0.7868 1.0022 1529
## scale(per_cobble)-arthropleidae                           0.2308 0.2950  -0.3884  0.2448  0.7853 1.0006 1200
## scale(per_cobble)-baetidae                                0.3143 0.2531  -0.1722  0.3055  0.8202 1.0177 1200
## scale(per_cobble)-baetiscidae                             0.2425 0.3109  -0.3665  0.2424  0.8998 1.0008 1200
## scale(per_cobble)-caenidae                               -0.2005 0.2628  -0.7624 -0.1883  0.2830 1.0001 1200
## scale(per_cobble)-ephemerellidae                          0.2703 0.2817  -0.2961  0.2591  0.8270 0.9995 1200
## scale(per_cobble)-ephemeridae                             0.2030 0.2931  -0.3968  0.2093  0.7869 1.0026 1200
## scale(per_cobble)-heptageniidae                           0.2604 0.2014  -0.1290  0.2561  0.6796 1.0020 1200
## scale(per_cobble)-isonychiidae                            0.2325 0.2964  -0.3742  0.2330  0.8224 1.0094  993
## scale(per_cobble)-leptohyphidae                           0.0869 0.3095  -0.5382  0.0941  0.6954 1.0046  756
## scale(per_cobble)-leptophlebiidae                         0.3437 0.1823  -0.0024  0.3431  0.6971 1.0006 1395
## scale(per_cobble)-polymitarcyidae                         0.2328 0.3110  -0.4154  0.2351  0.8321 1.0092 1200
## scale(per_cobble)-potamanthidae                           0.2441 0.3117  -0.3533  0.2341  0.9064 1.0055 1200
## scale(per_cobble)-pseudironidae                           0.2359 0.3030  -0.3832  0.2373  0.8542 1.0015 1200
## scale(per_cobble)-siphlonuridae                           0.2486 0.2946  -0.3144  0.2443  0.8350 1.0043 1200
## scale(per_cobble)-capniidae                               0.2631 0.3085  -0.3054  0.2598  0.8957 1.0018 1200
## scale(per_cobble)-chloroperlidae                          0.2849 0.2421  -0.1855  0.2837  0.7577 1.0061 1200
## scale(per_cobble)-leuctridae                              0.4108 0.1820   0.0555  0.4154  0.7750 1.0002 1412
## scale(per_cobble)-nemouridae                              0.3604 0.2203  -0.0659  0.3556  0.7974 1.0038 1084
## scale(per_cobble)-peltoperlidae                           0.2430 0.3065  -0.3608  0.2416  0.8624 1.0013 1071
## scale(per_cobble)-perlidae                                0.1059 0.1936  -0.2975  0.1117  0.4706 1.0033 1200
## scale(per_cobble)-perlodidae                              0.2115 0.2921  -0.3658  0.2140  0.7979 1.0023 1200
## scale(per_cobble)-pteronarcyidae                          0.2373 0.3086  -0.3763  0.2355  0.8325 1.0111 1101
## scale(per_cobble)-taeniopterygidae                        0.2499 0.3048  -0.3598  0.2485  0.8408 1.0001 1200
## scale(per_cobble)-brachycentridae                         0.2349 0.3175  -0.4371  0.2423  0.8978 1.0044 1200
## scale(per_cobble)-dipseuodopsidae                         0.2385 0.3003  -0.3689  0.2396  0.8174 1.0038 1200
## scale(per_cobble)-glossosomatidae                         0.3019 0.2783  -0.2534  0.3036  0.8513 1.0073 1200
## scale(per_cobble)-goeridae                                0.2441 0.2986  -0.3808  0.2449  0.8378 1.0027 1200
## scale(per_cobble)-helicopsychidae                         0.2395 0.2994  -0.3195  0.2334  0.8281 1.0026 1200
## scale(per_cobble)-hydropsychidae                          0.2663 0.2092  -0.1489  0.2647  0.7038 1.0160 1200
## scale(per_cobble)-hydroptilidae                           0.1683 0.2472  -0.3026  0.1712  0.6821 1.0018 1200
## scale(per_cobble)-lepidostomatidae                        0.2161 0.2179  -0.2214  0.2211  0.6128 1.0032 1200
## scale(per_cobble)-leptoceridae                            0.2442 0.3103  -0.4041  0.2524  0.8543 1.0004 1361
## scale(per_cobble)-limnephilidae                           0.1752 0.2042  -0.2285  0.1797  0.5711 1.0031 1200
## scale(per_cobble)-molannidae                              0.2071 0.2717  -0.3520  0.2126  0.7207 1.0094 1200
## scale(per_cobble)-odontoceridae                           0.3321 0.2615  -0.1961  0.3236  0.8322 1.0074 1200
## scale(per_cobble)-philopotamidae                          0.5303 0.2437   0.0946  0.5190  1.0736 1.0054 1101
## scale(per_cobble)-phryganeidae                            0.0028 0.2927  -0.6084  0.0115  0.5469 1.0063 1014
## scale(per_cobble)-polycentropodidae                       0.5448 0.2266   0.1332  0.5323  1.0323 1.0007 1200
## scale(per_cobble)-psychomiidae                            0.2523 0.3092  -0.3375  0.2530  0.8308 1.0021 1200
## scale(per_cobble)-rhyacophilidae                          0.4106 0.2243  -0.0025  0.3990  0.8768 1.0048 1200
## scale(per_cobble)-uenoidae                                0.1198 0.2342  -0.3296  0.1184  0.5806 1.0048 1200
## scale(substrate_metric_total)-streambiotic_suff_mtdusky   0.4494 0.2298   0.0129  0.4366  0.9117 1.0054 1200
## scale(substrate_metric_total)-streambiotic_suff_nodusky   0.7050 0.2481   0.2531  0.6820  1.2354 1.0052 1200
## scale(substrate_metric_total)-streambiotic_suff_twolined  0.5463 0.2191   0.1407  0.5481  1.0151 1.0098 1200
## scale(substrate_metric_total)-streambiotic_suff_longtail  0.2580 0.2873  -0.3320  0.2695  0.8010 1.0002 1200
## scale(substrate_metric_total)-streambiotic_suff_red       0.3947 0.2507  -0.1000  0.3906  0.8853 1.0010 1200
## scale(substrate_metric_total)-streambiotic_suff_mole      0.1457 0.3033  -0.4961  0.1589  0.7081 1.0112 1048
## scale(substrate_metric_total)-streambiotic_suff_fourtoed  0.3598 0.3014  -0.2210  0.3640  0.9677 1.0054 1200
## scale(substrate_metric_total)-streambiotic_suff_redback   0.3076 0.2276  -0.1660  0.3072  0.7396 1.0025 1200
## scale(substrate_metric_total)-streambiotic_suff_slimy     0.4793 0.2643  -0.0198  0.4706  1.0111 1.0099 1200
## scale(substrate_metric_total)-blacknose_dace              0.6599 0.2818   0.1637  0.6520  1.2390 0.9997 1200
## scale(substrate_metric_total)-bluegill_sunfish            0.2775 0.3167  -0.3750  0.2837  0.8861 1.0030 1200
## scale(substrate_metric_total)-bluntnose_minnow            0.3383 0.3252  -0.3220  0.3414  0.9337 1.0073 1313
## scale(substrate_metric_total)-brindled_madtom             0.3486 0.3042  -0.2685  0.3526  0.9240 0.9996 1200
## scale(substrate_metric_total)-brook_stickleback           0.3468 0.3036  -0.2790  0.3580  0.9229 1.0025 1308
## scale(substrate_metric_total)-brook_trout                 0.3328 0.3312  -0.3664  0.3253  0.9706 1.0059 1200
## scale(substrate_metric_total)-central_mudminnow           0.3583 0.3005  -0.2448  0.3482  0.9613 1.0090 1574
## scale(substrate_metric_total)-central_stoneroller_minnow  0.2931 0.3054  -0.3622  0.2900  0.8962 1.0079 1200
## scale(substrate_metric_total)-common_shiner               0.2943 0.3081  -0.3222  0.3020  0.9081 1.0252 1099
## scale(substrate_metric_total)-creek_chub                  0.2988 0.2511  -0.2136  0.2979  0.7763 1.0032 1238
## scale(substrate_metric_total)-eastern_sand_darter         0.3626 0.3144  -0.2527  0.3621  0.9963 1.0025 1338
## scale(substrate_metric_total)-fantail_darter              0.3380 0.3071  -0.2775  0.3444  0.9264 0.9999 1200
## scale(substrate_metric_total)-fathead_minnow              0.3465 0.3096  -0.2413  0.3411  0.9901 1.0023 1200
## scale(substrate_metric_total)-golden_shiner               0.3458 0.3090  -0.2963  0.3615  0.9416 1.0084 1200
## scale(substrate_metric_total)-goldfish                    0.3549 0.3181  -0.2877  0.3520  1.0113 1.0075 1200
## scale(substrate_metric_total)-grass_pickerel              0.3371 0.3129  -0.2932  0.3398  0.9891 1.0026  925
## scale(substrate_metric_total)-greenside_darter            0.3474 0.3028  -0.2561  0.3508  0.9455 1.0022 1200
## scale(substrate_metric_total)-green_sunfish               0.3731 0.3038  -0.1908  0.3660  0.9881 1.0037 1022
## scale(substrate_metric_total)-johnny_darter               0.2636 0.3070  -0.3434  0.2783  0.8555 1.0124 1200
## scale(substrate_metric_total)-largemouth_bass             0.3420 0.3070  -0.2399  0.3403  0.9182 1.0100 1200
## scale(substrate_metric_total)-longear_sunfish             0.3365 0.2996  -0.2711  0.3380  0.9449 1.0059 1200
## scale(substrate_metric_total)-longnose_dace               0.3462 0.3108  -0.2665  0.3468  0.9402 1.0076 1200
## scale(substrate_metric_total)-mottled_sculpin             0.3317 0.3108  -0.2992  0.3360  0.9292 1.0067 1365
## scale(substrate_metric_total)-northern_hog_sucker         0.3431 0.3090  -0.2739  0.3486  0.9401 1.0004 1200
## scale(substrate_metric_total)-pumpkinseed_sunfish         0.3391 0.3237  -0.3518  0.3502  0.9872 1.0067 1029
## scale(substrate_metric_total)-rainbow_darter              0.2930 0.2922  -0.2959  0.2976  0.8556 1.0171 1200
## scale(substrate_metric_total)-rainbow_trout               0.3578 0.3109  -0.2389  0.3456  0.9912 1.0009 1200
## scale(substrate_metric_total)-redbelly_dace               0.2798 0.3058  -0.3365  0.2772  0.8454 1.0013 1200
## scale(substrate_metric_total)-redside_dace                0.4056 0.2974  -0.1704  0.4026  1.0304 1.0008 1200
## scale(substrate_metric_total)-river_chub                  0.3518 0.3069  -0.2568  0.3502  0.9510 1.0025 1104
## scale(substrate_metric_total)-silverjaw_minnow            0.3521 0.3159  -0.2681  0.3540  0.9932 1.0064 1200
## scale(substrate_metric_total)-smallmouth_bass             0.3473 0.3097  -0.2290  0.3456  0.9813 1.0055 1200
## scale(substrate_metric_total)-spotfin_shiner              0.3404 0.3183  -0.2865  0.3326  0.9620 0.9994 1098
## scale(substrate_metric_total)-stonecat_madtom             0.3511 0.3091  -0.2679  0.3462  0.9425 1.0009 1200
## scale(substrate_metric_total)-striped_shiner              0.3474 0.3107  -0.3041  0.3572  0.9811 1.0004 1303
## scale(substrate_metric_total)-trout_perch                 0.3573 0.3160  -0.2967  0.3577  0.9755 1.0108 1200
## scale(substrate_metric_total)-warmouth_sunfish            0.3410 0.3202  -0.2953  0.3409  1.0134 1.0035 1499
## scale(substrate_metric_total)-white_sucker                0.2575 0.2941  -0.3218  0.2560  0.8383 1.0053 1200
## scale(substrate_metric_total)-yellow_bullhead_catfish     0.3175 0.3083  -0.3105  0.3257  0.8952 1.0159 1200
## scale(substrate_metric_total)-sessile_animals             0.5067 0.2892  -0.0368  0.4871  1.1131 1.0067 1200
## scale(substrate_metric_total)-aquatic_worms               0.3661 0.2749  -0.1712  0.3605  0.9462 1.0060 1200
## scale(substrate_metric_total)-sow_bugs                    0.1399 0.2163  -0.3099  0.1419  0.5652 1.0003 1285
## scale(substrate_metric_total)-scuds                       0.3148 0.2053  -0.0799  0.3122  0.7045 1.0048 1200
## scale(substrate_metric_total)-water_mites                 0.6143 0.2694   0.1125  0.6117  1.1693 0.9995 1200
## scale(substrate_metric_total)-damselfly_nymphs            0.2162 0.2285  -0.2665  0.2177  0.6526 0.9995 1200
## scale(substrate_metric_total)-alderfly_larvae             0.3402 0.2499  -0.1661  0.3477  0.8347 1.0076 1200
## scale(substrate_metric_total)-other_beetles               0.0118 0.2631  -0.4874  0.0232  0.5160 1.0009 1200
## scale(substrate_metric_total)-crayfish                    0.2709 0.2238  -0.1774  0.2741  0.7190 1.0193 1294
## scale(substrate_metric_total)-dragonfly_nymphs            0.2976 0.2421  -0.1906  0.2949  0.7450 1.0178 1200
## scale(substrate_metric_total)-riffle_beetles              0.2316 0.2018  -0.1656  0.2321  0.6095 1.0012 1200
## scale(substrate_metric_total)-other_flies                 0.3677 0.2774  -0.1946  0.3702  0.9137 1.0008 1200
## scale(substrate_metric_total)-midges                      0.3239 0.3049  -0.2888  0.3138  0.9076 1.0111 1200
## scale(substrate_metric_total)-snails                      0.3499 0.2224  -0.0746  0.3418  0.7905 1.0116 1200
## scale(substrate_metric_total)-clams                       0.1908 0.2533  -0.2899  0.1817  0.7169 1.0023 1185
## scale(substrate_metric_total)-fishfly_larvae              0.3544 0.2425  -0.1222  0.3491  0.8300 1.0039 1100
## scale(substrate_metric_total)-water_penny_beetles         0.7010 0.2681   0.2251  0.6847  1.2850 1.0013 1200
## scale(substrate_metric_total)-cranefly_larvae             0.4434 0.2588  -0.0515  0.4305  0.9842 1.0391 1200
## scale(substrate_metric_total)-ameletidae                  0.3212 0.2689  -0.1942  0.3275  0.8144 1.0283 1200
## scale(substrate_metric_total)-arthropleidae               0.3456 0.3141  -0.2928  0.3373  0.9580 1.0002 1729
## scale(substrate_metric_total)-baetidae                    0.4640 0.2296   0.0307  0.4556  0.9279 1.0055 1200
## scale(substrate_metric_total)-baetiscidae                 0.3492 0.3157  -0.2575  0.3397  1.0392 1.0002 1091
## scale(substrate_metric_total)-caenidae                    0.1573 0.2578  -0.3706  0.1647  0.6429 1.0124 1200
## scale(substrate_metric_total)-ephemerellidae              0.3075 0.2949  -0.3076  0.3232  0.8742 1.0014 1200
## scale(substrate_metric_total)-ephemeridae                 0.3523 0.3050  -0.2534  0.3644  0.9293 0.9996 1200
## scale(substrate_metric_total)-heptageniidae               0.1549 0.2428  -0.3373  0.1609  0.6120 0.9989 1200
## scale(substrate_metric_total)-isonychiidae                0.3492 0.3141  -0.3120  0.3408  1.0081 1.0018 1200
## scale(substrate_metric_total)-leptohyphidae               0.2992 0.2923  -0.3186  0.2941  0.8511 1.0109 1027
## scale(substrate_metric_total)-leptophlebiidae             0.1838 0.2012  -0.2059  0.1804  0.6021 1.0042  976
## scale(substrate_metric_total)-polymitarcyidae             0.3534 0.3118  -0.2871  0.3554  0.9771 1.0024 1200
## scale(substrate_metric_total)-potamanthidae               0.3489 0.3139  -0.2827  0.3440  0.9704 1.0161 1200
## scale(substrate_metric_total)-pseudironidae               0.3584 0.3151  -0.2649  0.3446  0.9925 1.0003 1200
## scale(substrate_metric_total)-siphlonuridae               0.3419 0.3129  -0.2980  0.3517  1.0101 1.0014 1200
## scale(substrate_metric_total)-capniidae                   0.3492 0.3120  -0.2571  0.3528  0.9736 1.0093 1200
## scale(substrate_metric_total)-chloroperlidae              0.3372 0.2502  -0.1388  0.3283  0.8305 1.0103 1200
## scale(substrate_metric_total)-leuctridae                  0.3978 0.2036  -0.0091  0.3974  0.7847 0.9993 1200
## scale(substrate_metric_total)-nemouridae                  0.3457 0.2416  -0.1345  0.3516  0.8026 1.0005 1200
## scale(substrate_metric_total)-peltoperlidae               0.3530 0.3127  -0.2623  0.3557  0.9904 1.0051 1200
## scale(substrate_metric_total)-perlidae                    0.0733 0.2266  -0.3832  0.0757  0.4898 1.0020 1200
## scale(substrate_metric_total)-perlodidae                  0.3253 0.3029  -0.3155  0.3227  0.8988 1.0110 1200
## scale(substrate_metric_total)-pteronarcyidae              0.3402 0.3224  -0.3022  0.3417  0.9944 1.0239 1200
## scale(substrate_metric_total)-taeniopterygidae            0.3540 0.3098  -0.2746  0.3565  0.9461 1.0005 1200
## scale(substrate_metric_total)-brachycentridae             0.3407 0.3140  -0.2546  0.3385  0.9818 1.0225 1200
## scale(substrate_metric_total)-dipseuodopsidae             0.3433 0.2993  -0.2446  0.3428  0.9390 1.0013 1030
## scale(substrate_metric_total)-glossosomatidae             0.3316 0.2914  -0.2992  0.3308  0.8878 0.9994 1200
## scale(substrate_metric_total)-goeridae                    0.3430 0.3114  -0.2942  0.3507  0.9579 1.0101 1200
## scale(substrate_metric_total)-helicopsychidae             0.3524 0.3015  -0.2559  0.3523  0.9320 1.0034 1200
## scale(substrate_metric_total)-hydropsychidae              0.6472 0.2276   0.2268  0.6325  1.0976 1.0037 1200
## scale(substrate_metric_total)-hydroptilidae               0.5885 0.2677   0.1244  0.5717  1.1474 1.0207 1200
## scale(substrate_metric_total)-lepidostomatidae            0.2080 0.2292  -0.2474  0.2139  0.6379 1.0155 1200
## scale(substrate_metric_total)-leptoceridae                0.3487 0.3174  -0.2802  0.3562  0.9661 1.0020 1200
## scale(substrate_metric_total)-limnephilidae               0.3009 0.2272  -0.1327  0.2982  0.7497 0.9990 1200
## scale(substrate_metric_total)-molannidae                  0.3407 0.2888  -0.2423  0.3365  0.9301 1.0044 1200
## scale(substrate_metric_total)-odontoceridae               0.3163 0.2862  -0.2372  0.3139  0.8986 1.0010 1200
## scale(substrate_metric_total)-philopotamidae              0.6389 0.2566   0.1821  0.6255  1.1879 1.0041 1200
## scale(substrate_metric_total)-phryganeidae                0.2474 0.2968  -0.3541  0.2660  0.8129 1.0058 1200
## scale(substrate_metric_total)-polycentropodidae           0.3778 0.2287  -0.0352  0.3700  0.8524 1.0093 1200
## scale(substrate_metric_total)-psychomiidae                0.3410 0.3106  -0.2603  0.3365  0.9603 1.0017 1039
## scale(substrate_metric_total)-rhyacophilidae              0.5598 0.2534   0.0905  0.5553  1.0876 1.0124 1200
## scale(substrate_metric_total)-uenoidae                    0.4026 0.2517  -0.1034  0.3973  0.8989 1.0273 1200
## scale(pool_metric_total)-streambiotic_suff_mtdusky        0.2485 0.2124  -0.1457  0.2433  0.6714 1.0003 1200
## scale(pool_metric_total)-streambiotic_suff_nodusky       -0.0817 0.1909  -0.4610 -0.0796  0.2856 1.0081 1200
## scale(pool_metric_total)-streambiotic_suff_twolined       0.2682 0.1895  -0.0799  0.2649  0.6671 1.0008 1200
## scale(pool_metric_total)-streambiotic_suff_longtail      -0.0455 0.2843  -0.6355 -0.0330  0.4811 1.0038 1200
## scale(pool_metric_total)-streambiotic_suff_red           -0.5066 0.2511  -1.0515 -0.4938 -0.0594 1.0025 1087
## scale(pool_metric_total)-streambiotic_suff_mole          -0.1470 0.3096  -0.8091 -0.1418  0.4219 1.0042 1200
## scale(pool_metric_total)-streambiotic_suff_fourtoed      -0.0012 0.3249  -0.6194  0.0012  0.6388 1.0085 1200
## scale(pool_metric_total)-streambiotic_suff_redback       -0.4147 0.2438  -0.9194 -0.4076  0.0691 0.9989 1200
## scale(pool_metric_total)-streambiotic_suff_slimy         -0.1293 0.2493  -0.5990 -0.1279  0.3531 1.0041 1200
## scale(pool_metric_total)-blacknose_dace                   0.1040 0.2629  -0.3735  0.0921  0.6760 1.0052 1200
## scale(pool_metric_total)-bluegill_sunfish                 0.0055 0.3075  -0.5871  0.0061  0.6292 1.0008 1200
## scale(pool_metric_total)-bluntnose_minnow                -0.0037 0.3188  -0.6373  0.0044  0.6693 1.0038 1200
## scale(pool_metric_total)-brindled_madtom                 -0.0112 0.3210  -0.6640  0.0010  0.6055 1.0209 1392
## scale(pool_metric_total)-brook_stickleback               -0.0149 0.3212  -0.6242 -0.0220  0.6157 1.0001 1037
## scale(pool_metric_total)-brook_trout                     -0.0275 0.3038  -0.6481 -0.0120  0.5531 1.0312 1200
## scale(pool_metric_total)-central_mudminnow               -0.0152 0.3156  -0.6537 -0.0054  0.6013 1.0037 1327
## scale(pool_metric_total)-central_stoneroller_minnow       0.0108 0.3207  -0.6469  0.0144  0.6674 1.0056 1200
## scale(pool_metric_total)-common_shiner                   -0.0248 0.3278  -0.6875 -0.0133  0.6073 1.0058 1026
## scale(pool_metric_total)-creek_chub                       0.1583 0.2584  -0.3372  0.1458  0.7010 1.0112 1247
## scale(pool_metric_total)-eastern_sand_darter              0.0003 0.3239  -0.6604  0.0105  0.6516 1.0004 1200
## scale(pool_metric_total)-fantail_darter                  -0.0111 0.3136  -0.6041 -0.0012  0.6081 1.0136 1081
## scale(pool_metric_total)-fathead_minnow                  -0.0128 0.3150  -0.6457 -0.0125  0.6364 1.0073 1200
## scale(pool_metric_total)-golden_shiner                   -0.0265 0.3078  -0.6155 -0.0353  0.5800 1.0002 1200
## scale(pool_metric_total)-goldfish                        -0.0048 0.3187  -0.6140 -0.0216  0.6492 1.0065 1200
## scale(pool_metric_total)-grass_pickerel                  -0.0071 0.3116  -0.6190 -0.0105  0.6440 1.0040 1200
## scale(pool_metric_total)-greenside_darter                -0.0071 0.3307  -0.6773 -0.0082  0.6423 1.0029 1200
## scale(pool_metric_total)-green_sunfish                    0.0302 0.3144  -0.5781  0.0347  0.6676 1.0004 1304
## scale(pool_metric_total)-johnny_darter                   -0.0904 0.3054  -0.7062 -0.0904  0.4804 1.0069 1200
## scale(pool_metric_total)-largemouth_bass                 -0.0098 0.3238  -0.6992 -0.0144  0.6026 1.0033 1200
## scale(pool_metric_total)-longear_sunfish                 -0.0178 0.3141  -0.6484 -0.0170  0.5922 1.0083 1200
## scale(pool_metric_total)-longnose_dace                   -0.0244 0.3187  -0.6554 -0.0278  0.6189 1.0054 1200
## scale(pool_metric_total)-mottled_sculpin                 -0.0224 0.3047  -0.5996 -0.0317  0.6125 1.0024 1200
## scale(pool_metric_total)-northern_hog_sucker             -0.0141 0.3298  -0.6320 -0.0196  0.6661 1.0095 1066
## scale(pool_metric_total)-pumpkinseed_sunfish             -0.0176 0.3163  -0.6883 -0.0066  0.6099 1.0026 1164
## scale(pool_metric_total)-rainbow_darter                  -0.1066 0.2958  -0.7434 -0.0955  0.4603 1.0006 1200
## scale(pool_metric_total)-rainbow_trout                   -0.0049 0.3216  -0.6252 -0.0005  0.6331 1.0080 1200
## scale(pool_metric_total)-redbelly_dace                   -0.0339 0.3199  -0.7037 -0.0272  0.5710 1.0008 1200
## scale(pool_metric_total)-redside_dace                     0.0124 0.3109  -0.5890  0.0128  0.6411 1.0062 1011
## scale(pool_metric_total)-river_chub                       0.0046 0.3273  -0.6588 -0.0064  0.6722 1.0019 1200
## scale(pool_metric_total)-silverjaw_minnow                 0.0016 0.3090  -0.6242 -0.0039  0.6188 1.0142 1200
## scale(pool_metric_total)-smallmouth_bass                 -0.0230 0.3278  -0.6588 -0.0242  0.6340 0.9992 1084
## scale(pool_metric_total)-spotfin_shiner                   0.0003 0.3226  -0.6463  0.0034  0.6321 1.0127 1440
## scale(pool_metric_total)-stonecat_madtom                 -0.0191 0.3127  -0.6433 -0.0054  0.5992 1.0061 1200
## scale(pool_metric_total)-striped_shiner                  -0.0011 0.2986  -0.6305 -0.0057  0.5946 1.0008 1200
## scale(pool_metric_total)-trout_perch                      0.0048 0.3181  -0.6287 -0.0029  0.6363 1.0011 1331
## scale(pool_metric_total)-warmouth_sunfish                -0.0106 0.3226  -0.6442 -0.0146  0.6095 1.0018 1200
## scale(pool_metric_total)-white_sucker                    -0.1158 0.3090  -0.7454 -0.1145  0.4673 1.0125 1200
## scale(pool_metric_total)-yellow_bullhead_catfish          0.0079 0.2981  -0.5610  0.0124  0.6076 1.0187 1200
## scale(pool_metric_total)-sessile_animals                  0.0603 0.3054  -0.4856  0.0450  0.6666 1.0030 1200
## scale(pool_metric_total)-aquatic_worms                   -0.3389 0.2756  -0.9258 -0.3208  0.1778 1.0190 1200
## scale(pool_metric_total)-sow_bugs                         0.0167 0.2048  -0.3861  0.0047  0.4193 1.0042 1310
## scale(pool_metric_total)-scuds                           -0.3650 0.1996  -0.7797 -0.3568  0.0048 1.0013 1098
## scale(pool_metric_total)-water_mites                      0.1875 0.2541  -0.2929  0.1824  0.6937 1.0046 1274
## scale(pool_metric_total)-damselfly_nymphs                 0.1646 0.2298  -0.2686  0.1532  0.6287 1.0032 1200
## scale(pool_metric_total)-alderfly_larvae                  0.2169 0.2340  -0.2728  0.2243  0.6625 1.0065 1200
## scale(pool_metric_total)-other_beetles                   -0.0137 0.2608  -0.5352 -0.0156  0.5057 1.0006 1200
## scale(pool_metric_total)-crayfish                         0.1031 0.2298  -0.3733  0.1032  0.5549 1.0085 1200
## scale(pool_metric_total)-dragonfly_nymphs                -0.1952 0.2361  -0.6907 -0.1806  0.2425 1.0023 1200
## scale(pool_metric_total)-riffle_beetles                   0.0835 0.1868  -0.2722  0.0853  0.4435 1.0185 1200
## scale(pool_metric_total)-other_flies                      0.1752 0.2944  -0.3654  0.1667  0.7710 1.0017 1200
## scale(pool_metric_total)-midges                          -0.0289 0.3137  -0.6403 -0.0265  0.5447 1.0023 1200
## scale(pool_metric_total)-snails                           0.2252 0.2292  -0.1993  0.2202  0.7228 1.0053 1200
## scale(pool_metric_total)-clams                           -0.0208 0.2666  -0.5694 -0.0065  0.4457 1.0011 1200
## scale(pool_metric_total)-fishfly_larvae                  -0.0295 0.2242  -0.4668 -0.0226  0.4098 1.0061 1200
## scale(pool_metric_total)-water_penny_beetles              0.0830 0.2086  -0.3040  0.0804  0.4905 1.0091 1200
## scale(pool_metric_total)-cranefly_larvae                  0.2186 0.2600  -0.2919  0.2133  0.7333 1.0019 1200
## scale(pool_metric_total)-ameletidae                       0.2320 0.2924  -0.3240  0.2191  0.8350 0.9995 1200
## scale(pool_metric_total)-arthropleidae                   -0.0159 0.3305  -0.6552 -0.0188  0.6579 1.0108  918
## scale(pool_metric_total)-baetidae                         0.1930 0.2292  -0.2432  0.1914  0.6470 1.0136 1200
## scale(pool_metric_total)-baetiscidae                     -0.0047 0.3054  -0.6233 -0.0071  0.5846 1.0011 1085
## scale(pool_metric_total)-caenidae                         0.1408 0.2638  -0.3401  0.1317  0.6788 1.0213 1200
## scale(pool_metric_total)-ephemerellidae                   0.1058 0.3139  -0.5099  0.0908  0.7465 1.0072  806
## scale(pool_metric_total)-ephemeridae                     -0.0133 0.3014  -0.5670 -0.0170  0.5933 1.0020 1200
## scale(pool_metric_total)-heptageniidae                   -0.0218 0.2178  -0.4274 -0.0217  0.4231 1.0075 1054
## scale(pool_metric_total)-isonychiidae                    -0.0244 0.3164  -0.6559 -0.0227  0.6161 1.0142 1200
## scale(pool_metric_total)-leptohyphidae                    0.1318 0.3099  -0.5004  0.1244  0.7414 1.0018 1200
## scale(pool_metric_total)-leptophlebiidae                 -0.1210 0.1768  -0.4688 -0.1200  0.2157 1.0117 1200
## scale(pool_metric_total)-polymitarcyidae                 -0.0215 0.3129  -0.6436 -0.0205  0.6129 1.0020 1467
## scale(pool_metric_total)-potamanthidae                   -0.0035 0.3157  -0.6166 -0.0101  0.6041 1.0029 1200
## scale(pool_metric_total)-pseudironidae                   -0.0133 0.3231  -0.6589 -0.0129  0.6034 1.0015 1200
## scale(pool_metric_total)-siphlonuridae                   -0.0161 0.3079  -0.5946 -0.0269  0.6423 1.0100 1200
## scale(pool_metric_total)-capniidae                        0.0000 0.3119  -0.6008  0.0008  0.6320 1.0170 1200
## scale(pool_metric_total)-chloroperlidae                   0.0760 0.2545  -0.4291  0.0826  0.5872 1.0045 1200
## scale(pool_metric_total)-leuctridae                      -0.1160 0.1751  -0.4640 -0.1150  0.2074 1.0023 1200
## scale(pool_metric_total)-nemouridae                      -0.0831 0.2286  -0.5295 -0.0832  0.3665 1.0218 1200
## scale(pool_metric_total)-peltoperlidae                   -0.0056 0.3035  -0.6336 -0.0144  0.5869 1.0055 1026
## scale(pool_metric_total)-perlidae                         0.3449 0.2133  -0.0314  0.3308  0.8007 1.0012 1096
## scale(pool_metric_total)-perlodidae                      -0.0179 0.2966  -0.6046 -0.0085  0.5373 1.0159 1200
## scale(pool_metric_total)-pteronarcyidae                  -0.0050 0.3167  -0.6255 -0.0099  0.6041 1.0017 1211
## scale(pool_metric_total)-taeniopterygidae                -0.0083 0.3187  -0.6570 -0.0162  0.6717 1.0046 1232
## scale(pool_metric_total)-brachycentridae                 -0.0007 0.3072  -0.6120 -0.0002  0.6167 1.0068 1242
## scale(pool_metric_total)-dipseuodopsidae                 -0.0040 0.3253  -0.6508 -0.0072  0.6202 1.0084 1200
## scale(pool_metric_total)-glossosomatidae                 -0.0558 0.2743  -0.6064 -0.0606  0.4958 1.0222 1101
## scale(pool_metric_total)-goeridae                        -0.0080 0.3191  -0.6168 -0.0128  0.6533 1.0014 1200
## scale(pool_metric_total)-helicopsychidae                 -0.0056 0.3183  -0.6151 -0.0146  0.6430 1.0002 1306
## scale(pool_metric_total)-hydropsychidae                  -0.0245 0.1930  -0.4014 -0.0245  0.3638 1.0151 1200
## scale(pool_metric_total)-hydroptilidae                   -0.0445 0.2591  -0.5655 -0.0483  0.4875 1.0174 1200
## scale(pool_metric_total)-lepidostomatidae                -0.1171 0.1943  -0.5186 -0.1071  0.2343 1.0004 1220
## scale(pool_metric_total)-leptoceridae                    -0.0206 0.3292  -0.6601 -0.0248  0.6271 1.0029 1200
## scale(pool_metric_total)-limnephilidae                   -0.2047 0.2108  -0.6398 -0.1900  0.1788 1.0003 1200
## scale(pool_metric_total)-molannidae                      -0.1774 0.2787  -0.7613 -0.1676  0.3659 1.0053 1200
## scale(pool_metric_total)-odontoceridae                   -0.3154 0.2879  -0.9252 -0.3057  0.2102 1.0084 1200
## scale(pool_metric_total)-philopotamidae                  -0.2221 0.2255  -0.7130 -0.2044  0.1962 1.0006 1200
## scale(pool_metric_total)-phryganeidae                    -0.1644 0.2733  -0.7329 -0.1542  0.3642 1.0034 1200
## scale(pool_metric_total)-polycentropodidae               -0.0530 0.1933  -0.4746 -0.0516  0.2994 1.0294 1200
## scale(pool_metric_total)-psychomiidae                    -0.0145 0.3120  -0.6120 -0.0111  0.5716 1.0052 1200
## scale(pool_metric_total)-rhyacophilidae                  -0.1035 0.2247  -0.5480 -0.0913  0.3480 1.0048 1200
## scale(pool_metric_total)-uenoidae                         0.0628 0.2272  -0.3937  0.0631  0.5086 1.0044 1200
## 
## Detection (logit scale): 
##                                              Mean     SD    2.5%     50%   97.5%   Rhat  ESS
## (Intercept)-streambiotic_suff_mtdusky     -0.2914 0.3078 -0.8823 -0.3007  0.3236 1.0100 1200
## (Intercept)-streambiotic_suff_nodusky     -0.2558 0.1790 -0.6103 -0.2578  0.0880 1.0104 1200
## (Intercept)-streambiotic_suff_twolined     1.4451 0.1416  1.1720  1.4412  1.7236 1.0215 1200
## (Intercept)-streambiotic_suff_longtail    -1.8625 0.8383 -3.6466 -1.7982 -0.3676 1.0052  772
## (Intercept)-streambiotic_suff_red         -0.8582 0.3406 -1.5083 -0.8641 -0.1866 1.0020 1200
## (Intercept)-streambiotic_suff_mole        -2.9449 1.4637 -5.9136 -2.8580 -0.4228 1.0349  114
## (Intercept)-streambiotic_suff_fourtoed    -2.4440 2.5086 -8.3143 -2.1281  1.6399 1.1088   38
## (Intercept)-streambiotic_suff_redback     -0.4285 0.1641 -0.7467 -0.4250 -0.1194 1.0035 1200
## (Intercept)-streambiotic_suff_slimy       -1.6962 0.6748 -3.0118 -1.6839 -0.4629 0.9996 1200
## (Intercept)-blacknose_dace                -1.9011 0.4428 -2.8552 -1.8904 -1.0864 1.0020 1200
## (Intercept)-bluegill_sunfish              -2.6766 1.8041 -6.4054 -2.3838  0.2415 1.1059   59
## (Intercept)-bluntnose_minnow              -2.4916 2.6427 -8.6599 -2.1462  1.9154 1.2410   41
## (Intercept)-brindled_madtom               -2.3606 2.4936 -8.2588 -2.1136  1.8225 1.0778   76
## (Intercept)-brook_stickleback             -2.4250 2.5262 -8.2330 -2.2046  1.8824 1.1898   73
## (Intercept)-brook_trout                   -2.4368 2.6132 -8.1440 -2.1353  1.6340 1.1910   73
## (Intercept)-central_mudminnow             -2.1988 2.5748 -8.1423 -1.9547  2.2522 1.1559   44
## (Intercept)-central_stoneroller_minnow    -4.1764 1.0953 -6.0463 -4.3117 -1.7766 1.0478  168
## (Intercept)-common_shiner                 -2.9831 1.6973 -6.5375 -2.8389  0.0159 1.0960   75
## (Intercept)-creek_chub                    -1.8477 0.2616 -2.3363 -1.8533 -1.3231 1.0165 1200
## (Intercept)-eastern_sand_darter           -2.4486 2.4737 -8.0662 -2.3141  2.0632 1.1641   80
## (Intercept)-fantail_darter                -2.4621 2.5101 -7.8373 -2.2349  1.7915 1.0989   78
## (Intercept)-fathead_minnow                -2.4723 2.6290 -8.5944 -2.0776  1.9317 1.1516   36
## (Intercept)-golden_shiner                 -2.3984 2.5076 -8.2144 -2.1050  1.8264 1.0975   68
## (Intercept)-goldfish                      -2.5517 2.4666 -8.2571 -2.2695  1.6762 1.1073   68
## (Intercept)-grass_pickerel                -2.3993 2.5378 -8.1277 -2.1712  1.9566 1.1506   68
## (Intercept)-greenside_darter              -2.3624 2.5468 -7.9913 -2.1201  2.0741 1.1043   88
## (Intercept)-green_sunfish                 -4.1827 1.3169 -6.5877 -4.2588 -1.5651 1.0078  165
## (Intercept)-johnny_darter                 -3.2856 1.1297 -5.3953 -3.3127 -1.0551 1.0180  183
## (Intercept)-largemouth_bass               -2.3234 2.4294 -7.9822 -2.0658  1.8450 1.0934   71
## (Intercept)-longear_sunfish               -2.3466 2.4095 -7.6200 -2.1262  2.1507 1.1010   62
## (Intercept)-longnose_dace                 -2.5289 2.4990 -8.1012 -2.2800  1.9572 1.1219   70
## (Intercept)-mottled_sculpin               -2.3371 2.5359 -8.1357 -2.0348  2.0491 1.1076   85
## (Intercept)-northern_hog_sucker           -2.5142 2.4823 -8.0926 -2.3154  1.7104 1.0997  112
## (Intercept)-pumpkinseed_sunfish           -2.3195 2.4301 -7.5600 -2.0708  1.9404 1.0819   83
## (Intercept)-rainbow_darter                -2.0014 0.9941 -4.1952 -1.8907 -0.2793 1.0100  319
## (Intercept)-rainbow_trout                 -2.3874 2.5284 -8.1079 -2.1566  1.8102 1.1034   44
## (Intercept)-redbelly_dace                 -3.4341 1.4092 -6.1523 -3.3884 -0.9159 1.0426  254
## (Intercept)-redside_dace                  -3.2591 1.6892 -6.7621 -3.0568 -0.4367 1.0848   66
## (Intercept)-river_chub                    -2.4837 2.4681 -8.1890 -2.3056  1.5278 1.1575   47
## (Intercept)-silverjaw_minnow              -2.3307 2.3479 -8.0135 -2.1353  1.8411 1.1308   57
## (Intercept)-smallmouth_bass               -2.3410 2.4102 -7.8480 -2.1545  1.8437 1.0926   45
## (Intercept)-spotfin_shiner                -2.3585 2.4561 -8.1076 -2.1394  1.9856 1.1190   69
## (Intercept)-stonecat_madtom               -2.4520 2.5752 -8.4653 -2.2294  1.9326 1.2455   82
## (Intercept)-striped_shiner                -2.3044 2.3965 -7.6039 -2.0895  1.9722 1.1216   76
## (Intercept)-trout_perch                   -2.2398 2.4065 -7.5753 -1.9360  1.8791 1.0707   61
## (Intercept)-warmouth_sunfish              -2.4565 2.5343 -8.2805 -2.2178  1.6799 1.0936   43
## (Intercept)-white_sucker                  -2.9844 1.2165 -5.2154 -3.0055 -0.7442 1.0612  169
## (Intercept)-yellow_bullhead_catfish       -2.8236 1.9484 -6.7769 -2.6077  0.4685 1.0604  102
## (Intercept)-sessile_animals               -2.9783 1.2888 -5.2886 -3.0022 -0.5222 1.0012  288
## (Intercept)-aquatic_worms                  0.6181 0.1108  0.4097  0.6180  0.8431 0.9994 1200
## (Intercept)-sow_bugs                       0.0351 0.1962 -0.3493  0.0355  0.4155 0.9995 1200
## (Intercept)-scuds                         -0.2698 0.1817 -0.6343 -0.2687  0.0867 1.0102 1200
## (Intercept)-water_mites                   -1.2911 0.1975 -1.6772 -1.2924 -0.9024 1.0033 1200
## (Intercept)-damselfly_nymphs              -0.2754 0.1382 -0.5615 -0.2697  0.0038 1.0106 1200
## (Intercept)-alderfly_larvae               -1.0421 0.1891 -1.3984 -1.0401 -0.6844 1.0021 1307
## (Intercept)-other_beetles                 -0.0246 0.1201 -0.2547 -0.0261  0.2204 1.0067 1200
## (Intercept)-crayfish                       0.6413 0.1214  0.4018  0.6441  0.8811 1.0041 1200
## (Intercept)-dragonfly_nymphs              -0.1140 0.1236 -0.3584 -0.1156  0.1256 1.0067 1200
## (Intercept)-riffle_beetles                 0.0677 0.1370 -0.1854  0.0698  0.3358 1.0135 1453
## (Intercept)-other_flies                    1.6953 0.1330  1.4487  1.6916  1.9651 1.0147 1200
## (Intercept)-midges                         1.7920 0.1379  1.5161  1.7889  2.0679 1.0039 1200
## (Intercept)-snails                        -0.0316 0.1190 -0.2517 -0.0299  0.1994 1.0041 1200
## (Intercept)-clams                         -1.3937 0.2908 -1.9730 -1.3854 -0.8416 1.0119  776
## (Intercept)-fishfly_larvae                -0.7965 0.1914 -1.1995 -0.7970 -0.4230 1.0067 1200
## (Intercept)-water_penny_beetles           -0.9121 0.2179 -1.3530 -0.9169 -0.4644 1.0317 1200
## (Intercept)-cranefly_larvae                0.9855 0.1174  0.7708  0.9810  1.2181 1.0029 1200
## (Intercept)-ameletidae                    -2.4044 0.2623 -2.9779 -2.3926 -1.9226 0.9997 1085
## (Intercept)-arthropleidae                 -2.4860 2.5392 -8.2959 -2.2300  1.6794 1.0810   59
## (Intercept)-baetidae                       0.4092 0.1311  0.1476  0.4086  0.6593 1.0136 1200
## (Intercept)-baetiscidae                   -2.4159 2.4326 -7.8271 -2.1853  1.8803 1.1091   92
## (Intercept)-caenidae                      -1.0183 0.5029 -2.1489 -0.9827 -0.1586 1.0050 1200
## (Intercept)-ephemerellidae                -4.0193 1.0853 -5.7958 -4.2026 -1.7746 1.0530  169
## (Intercept)-ephemeridae                   -3.3444 1.3751 -5.7248 -3.3904 -0.6845 1.1421  116
## (Intercept)-heptageniidae                 -0.6951 0.2260 -1.1541 -0.6875 -0.2616 1.0006 1200
## (Intercept)-isonychiidae                  -2.4865 2.4374 -7.9426 -2.1930  1.6888 1.1219   39
## (Intercept)-leptohyphidae                 -3.1989 0.8090 -4.5762 -3.2970 -1.5032 1.0190  262
## (Intercept)-leptophlebiidae                0.5817 0.1684  0.2675  0.5793  0.9155 1.0017 1200
## (Intercept)-polymitarcyidae               -2.4090 2.4607 -8.0205 -2.2101  1.7337 1.0833   51
## (Intercept)-potamanthidae                 -2.5168 2.5528 -8.3855 -2.2856  1.7607 1.1255   74
## (Intercept)-pseudironidae                 -2.4157 2.5236 -7.7872 -2.1981  1.6838 1.1253   87
## (Intercept)-siphlonuridae                 -2.2606 2.4535 -7.4841 -2.0885  1.9264 1.0558   56
## (Intercept)-capniidae                     -2.3979 2.4413 -7.6042 -2.1606  1.6089 1.1048   74
## (Intercept)-chloroperlidae                -1.5697 0.4259 -2.4468 -1.5524 -0.7894 1.0234  848
## (Intercept)-leuctridae                     0.7916 0.1564  0.4920  0.7918  1.1001 0.9998 1200
## (Intercept)-nemouridae                    -1.2491 0.2449 -1.7594 -1.2422 -0.8109 1.0111 1315
## (Intercept)-peltoperlidae                 -2.5557 2.5538 -8.0919 -2.3327  1.7069 1.1291   66
## (Intercept)-perlidae                      -0.2311 0.1894 -0.5944 -0.2259  0.1214 1.0019 1165
## (Intercept)-perlodidae                    -3.2312 0.3845 -3.9276 -3.2507 -2.4047 1.0147  656
## (Intercept)-pteronarcyidae                -2.2416 2.3968 -7.7128 -2.0586  2.0355 1.0890   42
## (Intercept)-taeniopterygidae              -2.3336 2.5536 -8.4495 -2.1545  1.9275 1.1497   69
## (Intercept)-brachycentridae               -2.3151 2.3445 -7.5422 -2.1183  1.7410 1.1496   74
## (Intercept)-dipseuodopsidae               -2.4638 2.5645 -8.4706 -2.2159  2.0027 1.1222  107
## (Intercept)-glossosomatidae               -0.6958 0.7425 -2.2693 -0.6708  0.6758 1.0011 1544
## (Intercept)-goeridae                      -2.2967 2.3659 -7.6550 -2.2005  1.6332 1.0908   55
## (Intercept)-helicopsychidae               -2.4151 2.4361 -7.9637 -2.2285  1.7999 1.1111   36
## (Intercept)-hydropsychidae                 0.9845 0.1235  0.7411  0.9886  1.2173 1.0011 1478
## (Intercept)-hydroptilidae                 -1.7222 0.4446 -2.6088 -1.7124 -0.8926 0.9994 1058
## (Intercept)-lepidostomatidae              -0.0396 0.2138 -0.4597 -0.0334  0.3630 1.0039 1022
## (Intercept)-leptoceridae                  -2.3503 2.4481 -8.1601 -2.1322  1.6888 1.1810   59
## (Intercept)-limnephilidae                 -0.4565 0.1964 -0.8381 -0.4581 -0.0904 1.0022 1200
## (Intercept)-molannidae                    -1.2748 0.9122 -3.1035 -1.2469  0.4831 1.0071  989
## (Intercept)-odontoceridae                 -2.0221 0.9209 -3.9958 -1.9658 -0.3853 1.0008  877
## (Intercept)-philopotamidae                -0.7041 0.1650 -1.0292 -0.7095 -0.3739 1.0025 1200
## (Intercept)-phryganeidae                  -2.6549 0.8377 -4.3007 -2.6346 -1.1960 1.0630  390
## (Intercept)-polycentropodidae             -0.4526 0.1794 -0.7968 -0.4538 -0.0988 0.9999 1200
## (Intercept)-psychomiidae                  -2.3476 2.4979 -8.0579 -2.0057  1.7895 1.1135   58
## (Intercept)-rhyacophilidae                -1.1480 0.3097 -1.7541 -1.1455 -0.5633 1.0043 1200
## (Intercept)-uenoidae                      -1.2592 0.2428 -1.7636 -1.2601 -0.7993 0.9996 1200
## scale(seasons)-streambiotic_suff_mtdusky  -0.9483 0.2300 -1.4407 -0.9381 -0.5424 1.0059 1200
## scale(seasons)-streambiotic_suff_nodusky  -0.4391 0.1477 -0.7468 -0.4372 -0.1691 1.0070 1200
## scale(seasons)-streambiotic_suff_twolined -0.2331 0.1373 -0.5065 -0.2320  0.0263 1.0046 1200
## scale(seasons)-streambiotic_suff_longtail -0.3800 0.3842 -1.1835 -0.3779  0.3540 1.0016 1200
## scale(seasons)-streambiotic_suff_red      -0.7282 0.2958 -1.3331 -0.7254 -0.1434 1.0087 1200
## scale(seasons)-streambiotic_suff_mole     -0.0778 0.4543 -0.9638 -0.0739  0.8260 1.0003 1200
## scale(seasons)-streambiotic_suff_fourtoed -0.2313 0.5608 -1.3591 -0.2188  0.8668 1.0045 1200
## scale(seasons)-streambiotic_suff_redback  -0.5561 0.1389 -0.8452 -0.5523 -0.2877 1.0015 1200
## scale(seasons)-streambiotic_suff_slimy    -0.7388 0.4130 -1.5970 -0.7236 -0.0033 1.0002 1318
## scale(seasons)-blacknose_dace             -1.0679 0.2509 -1.5697 -1.0594 -0.5939 1.0015 1200
## scale(seasons)-bluegill_sunfish            0.0699 0.5126 -0.9251  0.0633  1.1312 1.0121 1200
## scale(seasons)-bluntnose_minnow           -0.1938 0.5764 -1.3177 -0.1841  0.9488 1.0024 1296
## scale(seasons)-brindled_madtom            -0.2307 0.5616 -1.3320 -0.1989  0.7906 1.0010 1572
## scale(seasons)-brook_stickleback          -0.2055 0.5802 -1.3157 -0.2045  0.9245 1.0098 1200
## scale(seasons)-brook_trout                -0.2024 0.5584 -1.2795 -0.2102  0.8934 1.0061 1200
## scale(seasons)-central_mudminnow          -0.2184 0.5610 -1.3450 -0.2052  0.8461 1.0015 1200
## scale(seasons)-central_stoneroller_minnow -0.1696 0.4167 -0.9898 -0.1777  0.6639 1.0011 1200
## scale(seasons)-common_shiner              -0.4334 0.4935 -1.4196 -0.4258  0.5259 1.0062 1308
## scale(seasons)-creek_chub                 -1.0593 0.2066 -1.4779 -1.0607 -0.6626 1.0005 1200
## scale(seasons)-eastern_sand_darter        -0.1979 0.5650 -1.3591 -0.1885  0.8976 1.0002 1093
## scale(seasons)-fantail_darter             -0.2186 0.5767 -1.3935 -0.2003  0.8707 1.0105 1200
## scale(seasons)-fathead_minnow             -0.1851 0.5624 -1.2654 -0.1845  0.9097 1.0166  731
## scale(seasons)-golden_shiner              -0.1866 0.5523 -1.2735 -0.1642  0.8850 1.0016 1200
## scale(seasons)-goldfish                   -0.2090 0.5747 -1.3509 -0.1947  0.8478 1.0005 1200
## scale(seasons)-grass_pickerel             -0.2250 0.5627 -1.3558 -0.2285  0.9772 1.0049 1456
## scale(seasons)-greenside_darter           -0.1770 0.5720 -1.2687 -0.1864  0.9002 1.0036 1200
## scale(seasons)-green_sunfish              -0.4650 0.4276 -1.3411 -0.4635  0.3901 1.0090 1200
## scale(seasons)-johnny_darter               0.2365 0.3971 -0.5194  0.2240  1.0614 1.0030 1200
## scale(seasons)-largemouth_bass            -0.2092 0.5748 -1.3042 -0.2179  0.9684 1.0012 1200
## scale(seasons)-longear_sunfish            -0.1910 0.5681 -1.3383 -0.1999  0.8986 1.0004 1200
## scale(seasons)-longnose_dace              -0.2145 0.5552 -1.3541 -0.1995  0.8626 1.0143 1200
## scale(seasons)-mottled_sculpin            -0.1825 0.5679 -1.3525 -0.1805  0.9658 1.0015 1200
## scale(seasons)-northern_hog_sucker        -0.1750 0.5581 -1.2779 -0.1885  0.9522 1.0024 1200
## scale(seasons)-pumpkinseed_sunfish        -0.2287 0.5496 -1.3599 -0.2219  0.8735 1.0009 1301
## scale(seasons)-rainbow_darter             -0.4499 0.4061 -1.2638 -0.4501  0.2832 0.9999 1200
## scale(seasons)-rainbow_trout              -0.2272 0.5411 -1.2770 -0.2079  0.7987 1.0051 1200
## scale(seasons)-redbelly_dace              -0.8027 0.4468 -1.7670 -0.7867  0.0406 1.0040 1197
## scale(seasons)-redside_dace               -0.5211 0.4865 -1.5157 -0.5039  0.3817 1.0036 1200
## scale(seasons)-river_chub                 -0.2090 0.5561 -1.3016 -0.1899  0.7884 1.0006 1409
## scale(seasons)-silverjaw_minnow           -0.1980 0.5581 -1.2958 -0.2097  0.8794 1.0305 1200
## scale(seasons)-smallmouth_bass            -0.2192 0.5509 -1.3127 -0.2253  0.8644 1.0054 1200
## scale(seasons)-spotfin_shiner             -0.1884 0.5550 -1.2859 -0.2006  0.8651 1.0091 1200
## scale(seasons)-stonecat_madtom            -0.1828 0.5719 -1.2739 -0.1694  0.9372 1.0010 1200
## scale(seasons)-striped_shiner             -0.1888 0.5716 -1.3014 -0.1868  0.9123 1.0042 1200
## scale(seasons)-trout_perch                -0.2159 0.5727 -1.3134 -0.2150  0.9090 1.0041 1200
## scale(seasons)-warmouth_sunfish           -0.2058 0.5612 -1.2884 -0.2043  0.9066 1.0035 1200
## scale(seasons)-white_sucker               -0.3334 0.4030 -1.1594 -0.3305  0.4325 1.0419 1232
## scale(seasons)-yellow_bullhead_catfish    -0.3894 0.5209 -1.4421 -0.3914  0.6377 1.0091 1200
## scale(seasons)-sessile_animals            -0.2203 0.4234 -1.0867 -0.2137  0.5666 1.0046 1105
## scale(seasons)-aquatic_worms              -0.0254 0.1032 -0.2166 -0.0270  0.1857 1.0004 1416
## scale(seasons)-sow_bugs                    0.4887 0.1714  0.1753  0.4857  0.8304 1.0028 1200
## scale(seasons)-scuds                       0.4519 0.1545  0.1566  0.4450  0.7785 1.0039 1200
## scale(seasons)-water_mites                 0.3590 0.1514  0.0572  0.3582  0.6615 1.0081  964
## scale(seasons)-damselfly_nymphs           -0.0906 0.1143 -0.3207 -0.0884  0.1280 1.0099 1200
## scale(seasons)-alderfly_larvae            -0.1277 0.1398 -0.3931 -0.1263  0.1430 1.0072 1049
## scale(seasons)-other_beetles              -0.4198 0.1113 -0.6419 -0.4167 -0.1981 1.0013 1200
## scale(seasons)-crayfish                   -0.4262 0.1184 -0.6579 -0.4290 -0.1926 1.0001 1200
## scale(seasons)-dragonfly_nymphs           -0.1582 0.1028 -0.3585 -0.1558  0.0423 1.0044 1200
## scale(seasons)-riffle_beetles              0.0243 0.1128 -0.1960  0.0240  0.2419 1.0093 1200
## scale(seasons)-other_flies                -0.1836 0.1355 -0.4516 -0.1817  0.0841 1.0125  822
## scale(seasons)-midges                      0.3712 0.1343  0.1085  0.3654  0.6370 1.0015  974
## scale(seasons)-snails                     -0.1997 0.1134 -0.4207 -0.1976  0.0139 1.0044 1200
## scale(seasons)-clams                      -0.4151 0.1720 -0.7761 -0.4059 -0.1098 1.0050 1200
## scale(seasons)-fishfly_larvae             -0.2194 0.1389 -0.4991 -0.2174  0.0586 1.0014 1100
## scale(seasons)-water_penny_beetles        -0.0482 0.1617 -0.3495 -0.0532  0.2781 1.0032 1324
## scale(seasons)-cranefly_larvae             0.1343 0.1149 -0.1000  0.1345  0.3486 1.0045 1320
## scale(seasons)-ameletidae                 -1.8690 0.2363 -2.3641 -1.8555 -1.4522 1.0030 1056
## scale(seasons)-arthropleidae              -0.1782 0.5551 -1.3165 -0.1598  0.8262 1.0004 1200
## scale(seasons)-baetidae                    1.1663 0.1350  0.9063  1.1641  1.4353 1.0131 1200
## scale(seasons)-baetiscidae                -0.2328 0.5699 -1.4133 -0.2439  0.9152 1.0008 1336
## scale(seasons)-caenidae                    0.0762 0.2888 -0.5013  0.0732  0.6389 0.9998 1200
## scale(seasons)-ephemerellidae              0.8794 0.4324  0.0970  0.8606  1.7359 1.0327 1050
## scale(seasons)-ephemeridae                 0.1353 0.4207 -0.6535  0.1192  1.0088 1.0082 1373
## scale(seasons)-heptageniidae               0.1134 0.1534 -0.1791  0.1145  0.4177 0.9998 1200
## scale(seasons)-isonychiidae               -0.1834 0.5670 -1.2607 -0.1838  0.9895 1.0113 1200
## scale(seasons)-leptohyphidae              -0.9456 0.3377 -1.7001 -0.9255 -0.3290 1.0037 1085
## scale(seasons)-leptophlebiidae            -0.0300 0.1476 -0.3310 -0.0280  0.2508 1.0007 1253
## scale(seasons)-polymitarcyidae            -0.1959 0.5548 -1.2278 -0.2084  0.9247 1.0168 1099
## scale(seasons)-potamanthidae              -0.2074 0.5825 -1.3477 -0.2154  0.9372 1.0039 1200
## scale(seasons)-pseudironidae              -0.2015 0.5770 -1.3225 -0.2226  0.9623 1.0122 1200
## scale(seasons)-siphlonuridae              -0.2133 0.5811 -1.3364 -0.2185  1.0155 1.0030 1332
## scale(seasons)-capniidae                  -0.2050 0.5560 -1.3063 -0.2032  0.8588 1.0004 1051
## scale(seasons)-chloroperlidae             -0.1170 0.1953 -0.4931 -0.1094  0.2842 1.0221 1037
## scale(seasons)-leuctridae                  0.5099 0.1318  0.2532  0.5073  0.7619 1.0041 1200
## scale(seasons)-nemouridae                 -0.6125 0.1573 -0.9186 -0.6154 -0.3045 1.0109 1200
## scale(seasons)-peltoperlidae              -0.2228 0.5684 -1.3217 -0.2198  0.8630 1.0165 1200
## scale(seasons)-perlidae                   -0.0860 0.1506 -0.3978 -0.0857  0.1949 1.0010 1200
## scale(seasons)-perlodidae                 -0.5449 0.2083 -0.9497 -0.5424 -0.1323 1.0080 1200
## scale(seasons)-pteronarcyidae             -0.2161 0.5761 -1.3631 -0.2047  0.9229 1.0060 1200
## scale(seasons)-taeniopterygidae           -0.1942 0.5933 -1.3449 -0.2018  0.9510 1.0031 1200
## scale(seasons)-brachycentridae            -0.1882 0.5515 -1.3284 -0.1765  0.8874 1.0018 1200
## scale(seasons)-dipseuodopsidae            -0.1888 0.5887 -1.3937 -0.1781  0.9565 1.0045 1200
## scale(seasons)-glossosomatidae             0.1690 0.4462 -0.6814  0.1673  1.0902 1.0041 1310
## scale(seasons)-goeridae                   -0.2325 0.5725 -1.3575 -0.2254  0.8548 1.0000 1362
## scale(seasons)-helicopsychidae            -0.2187 0.5690 -1.3375 -0.1956  0.9149 1.0017 1200
## scale(seasons)-hydropsychidae              0.0524 0.1162 -0.1737  0.0535  0.2873 1.0009 1067
## scale(seasons)-hydroptilidae              -0.1493 0.2418 -0.6221 -0.1514  0.3310 0.9992  979
## scale(seasons)-lepidostomatidae            0.0523 0.2054 -0.3378  0.0536  0.4569 1.0091 1325
## scale(seasons)-leptoceridae               -0.1974 0.5887 -1.4024 -0.1935  0.9145 1.0016 1200
## scale(seasons)-limnephilidae              -0.3237 0.1705 -0.6769 -0.3228 -0.0108 1.0012 1200
## scale(seasons)-molannidae                  0.2643 0.4383 -0.5753  0.2704  1.1115 0.9993 1451
## scale(seasons)-odontoceridae              -0.7630 0.4385 -1.6716 -0.7293  0.0072 1.0088 1200
## scale(seasons)-philopotamidae              0.2481 0.1293 -0.0111  0.2475  0.5075 1.0047 1348
## scale(seasons)-phryganeidae               -0.6789 0.3720 -1.4360 -0.6616 -0.0108 1.0140 1086
## scale(seasons)-polycentropodidae           0.0126 0.1296 -0.2437  0.0132  0.2587 1.0084 1200
## scale(seasons)-psychomiidae               -0.2188 0.5593 -1.3195 -0.2163  0.8131 1.0022 1391
## scale(seasons)-rhyacophilidae             -0.3146 0.2048 -0.7099 -0.3173  0.1086 1.0037 1200
## scale(seasons)-uenoidae                   -0.7840 0.1723 -1.1208 -0.7851 -0.4561 1.0004 1200
## scale(dayyear)-streambiotic_suff_mtdusky  -0.0321 0.2753 -0.5932 -0.0344  0.5000 1.0100 1200
## scale(dayyear)-streambiotic_suff_nodusky   0.0499 0.1602 -0.2626  0.0501  0.3702 1.0185 1042
## scale(dayyear)-streambiotic_suff_twolined -0.1209 0.1386 -0.4038 -0.1210  0.1425 1.0070 1200
## scale(dayyear)-streambiotic_suff_longtail  0.1009 0.3712 -0.6348  0.0923  0.8278 1.0284 1200
## scale(dayyear)-streambiotic_suff_red      -0.1272 0.2860 -0.6782 -0.1388  0.4478 0.9998 1384
## scale(dayyear)-streambiotic_suff_mole      0.2099 0.4104 -0.6160  0.2130  1.0149 1.0094 1200
## scale(dayyear)-streambiotic_suff_fourtoed  0.0368 0.4507 -0.8928  0.0507  0.8822 1.0178 1200
## scale(dayyear)-streambiotic_suff_redback  -0.0457 0.1276 -0.3051 -0.0465  0.2087 1.0036 1200
## scale(dayyear)-streambiotic_suff_slimy     0.7116 0.3430  0.0443  0.6925  1.4079 1.0024 1317
## scale(dayyear)-blacknose_dace              0.3673 0.2199 -0.0420  0.3643  0.8257 1.0147 1200
## scale(dayyear)-bluegill_sunfish           -0.0125 0.4275 -0.8448 -0.0161  0.8175 1.0062 1200
## scale(dayyear)-bluntnose_minnow            0.0283 0.4585 -0.8361  0.0063  0.9576 1.0090 1200
## scale(dayyear)-brindled_madtom             0.0423 0.4414 -0.8365  0.0436  0.9358 1.0006 1200
## scale(dayyear)-brook_stickleback           0.0318 0.4475 -0.8470  0.0454  0.8753 1.0009 1344
## scale(dayyear)-brook_trout                 0.0360 0.4451 -0.8447  0.0489  0.9078 0.9998 1200
## scale(dayyear)-central_mudminnow           0.0365 0.4321 -0.7992  0.0354  0.8907 1.0021 1200
## scale(dayyear)-central_stoneroller_minnow  0.3969 0.3139 -0.2193  0.4097  1.0365 0.9999 1200
## scale(dayyear)-common_shiner               0.0498 0.4022 -0.7111  0.0492  0.8339 1.0193 1200
## scale(dayyear)-creek_chub                  0.3004 0.1766 -0.0263  0.2985  0.6645 1.0042 1200
## scale(dayyear)-eastern_sand_darter         0.0379 0.4428 -0.7841  0.0407  0.8883 1.0086 1352
## scale(dayyear)-fantail_darter              0.0441 0.4423 -0.8516  0.0500  0.9089 1.0039 1200
## scale(dayyear)-fathead_minnow              0.0458 0.4378 -0.8104  0.0662  0.9132 1.0035 1200
## scale(dayyear)-golden_shiner               0.0180 0.4378 -0.8596  0.0323  0.8989 1.0076 1200
## scale(dayyear)-goldfish                    0.0278 0.4706 -0.8897  0.0287  0.9545 1.0070 1746
## scale(dayyear)-grass_pickerel              0.0446 0.4384 -0.8284  0.0453  0.8766 1.0073 1200
## scale(dayyear)-greenside_darter            0.0318 0.4379 -0.8098  0.0274  0.9043 1.0006 1365
## scale(dayyear)-green_sunfish               0.2658 0.3415 -0.4095  0.2690  0.9266 1.0173 1200
## scale(dayyear)-johnny_darter               0.5204 0.3403 -0.1183  0.5207  1.2014 0.9993 1123
## scale(dayyear)-largemouth_bass             0.0390 0.4504 -0.8575  0.0287  0.9314 1.0087 1200
## scale(dayyear)-longear_sunfish             0.0534 0.4282 -0.7677  0.0562  0.9121 1.0136 1200
## scale(dayyear)-longnose_dace               0.0401 0.4472 -0.8599  0.0243  0.9490 1.0161 1200
## scale(dayyear)-mottled_sculpin             0.0417 0.4381 -0.8350  0.0508  0.8701 1.0207  971
## scale(dayyear)-northern_hog_sucker         0.0297 0.4399 -0.8340  0.0236  0.8832 1.0006 1649
## scale(dayyear)-pumpkinseed_sunfish         0.0476 0.4354 -0.8374  0.0644  0.8511 1.0094 1200
## scale(dayyear)-rainbow_darter              0.0305 0.3735 -0.7582  0.0367  0.7180 1.0017 1200
## scale(dayyear)-rainbow_trout               0.0323 0.4279 -0.8064  0.0477  0.8870 1.0119 1200
## scale(dayyear)-redbelly_dace              -0.1027 0.3875 -0.8651 -0.0969  0.7023 1.0051 1080
## scale(dayyear)-redside_dace                0.1096 0.4208 -0.6831  0.0921  0.9359 1.0107 1200
## scale(dayyear)-river_chub                  0.0218 0.4279 -0.7867  0.0152  0.8805 1.0090 1200
## scale(dayyear)-silverjaw_minnow            0.0223 0.4480 -0.8527  0.0272  0.9186 1.0033 1200
## scale(dayyear)-smallmouth_bass             0.0725 0.4519 -0.8383  0.0758  0.9588 1.0014 1423
## scale(dayyear)-spotfin_shiner              0.0373 0.4566 -0.8989  0.0339  0.9087 1.0000 1200
## scale(dayyear)-stonecat_madtom             0.0437 0.4501 -0.8791  0.0456  0.9565 1.0223 1200
## scale(dayyear)-striped_shiner              0.0499 0.4411 -0.7971  0.0529  0.9139 1.0102 1211
## scale(dayyear)-trout_perch                 0.0454 0.4335 -0.7786  0.0321  0.9228 1.0142 1200
## scale(dayyear)-warmouth_sunfish            0.0535 0.4341 -0.7892  0.0514  0.9213 1.0002 1200
## scale(dayyear)-white_sucker                0.2139 0.3605 -0.4607  0.2222  0.8887 1.0089 1200
## scale(dayyear)-yellow_bullhead_catfish     0.1972 0.4140 -0.6301  0.1911  0.9962 1.0022 1200
## scale(dayyear)-sessile_animals             0.4860 0.3716 -0.2202  0.4578  1.2716 1.0008 1200
## scale(dayyear)-aquatic_worms              -0.1231 0.1024 -0.3165 -0.1299  0.0822 1.0004 1326
## scale(dayyear)-sow_bugs                    0.1291 0.1679 -0.2126  0.1288  0.4521 1.0012 1009
## scale(dayyear)-scuds                      -0.0252 0.1510 -0.3190 -0.0184  0.2799 1.0078 1200
## scale(dayyear)-water_mites                 0.0071 0.1444 -0.2845  0.0052  0.2999 1.0121 1200
## scale(dayyear)-damselfly_nymphs            0.1964 0.1140 -0.0175  0.1961  0.4195 1.0024 1200
## scale(dayyear)-alderfly_larvae             0.6684 0.1569  0.3802  0.6661  0.9709 1.0002 1200
## scale(dayyear)-other_beetles              -0.0802 0.1063 -0.3009 -0.0781  0.1320 1.0009 1313
## scale(dayyear)-crayfish                   -0.0759 0.1169 -0.3018 -0.0755  0.1596 1.0037 1307
## scale(dayyear)-dragonfly_nymphs            0.0938 0.1085 -0.1119  0.0941  0.3064 1.0069 1200
## scale(dayyear)-riffle_beetles              0.1416 0.1251 -0.0959  0.1398  0.3945 1.0088 1200
## scale(dayyear)-other_flies                -0.1825 0.1317 -0.4343 -0.1805  0.0770 0.9993 1200
## scale(dayyear)-midges                     -0.3404 0.1219 -0.5748 -0.3381 -0.1112 1.0011 1200
## scale(dayyear)-snails                      0.1449 0.1088 -0.0625  0.1468  0.3529 1.0096 1200
## scale(dayyear)-clams                       0.0302 0.1484 -0.2587  0.0395  0.3065 1.0017 1200
## scale(dayyear)-fishfly_larvae              0.4734 0.1533  0.1884  0.4689  0.7879 1.0075 1200
## scale(dayyear)-water_penny_beetles         0.8444 0.1955  0.4670  0.8439  1.2312 1.0024 1200
## scale(dayyear)-cranefly_larvae             0.4796 0.1270  0.2272  0.4777  0.7300 1.0013 1200
## scale(dayyear)-ameletidae                 -0.2326 0.1439 -0.5303 -0.2296  0.0423 1.0330 1200
## scale(dayyear)-arthropleidae               0.0460 0.4582 -0.9065  0.0437  0.9271 1.0185 1330
## scale(dayyear)-baetidae                    0.0852 0.1294 -0.1592  0.0799  0.3447 1.0060 1200
## scale(dayyear)-baetiscidae                 0.0434 0.4293 -0.8084  0.0446  0.8505 1.0001 1200
## scale(dayyear)-caenidae                    0.0681 0.2899 -0.4970  0.0670  0.6226 1.0082 1200
## scale(dayyear)-ephemerellidae             -0.5367 0.3675 -1.2828 -0.5315  0.1724 1.0045 1535
## scale(dayyear)-ephemeridae                 0.1991 0.3584 -0.4911  0.1913  0.9245 1.0002 1200
## scale(dayyear)-heptageniidae              -0.2386 0.1735 -0.5819 -0.2396  0.0986 1.0020 1200
## scale(dayyear)-isonychiidae                0.0383 0.4143 -0.7572  0.0357  0.8419 0.9996 1067
## scale(dayyear)-leptohyphidae               0.0671 0.2422 -0.4209  0.0655  0.5178 1.0006 1200
## scale(dayyear)-leptophlebiidae            -0.4363 0.1666 -0.7666 -0.4321 -0.1046 1.0118 1200
## scale(dayyear)-polymitarcyidae             0.0530 0.4488 -0.8100  0.0466  0.9563 1.0035 1200
## scale(dayyear)-potamanthidae               0.0422 0.4532 -0.8594  0.0431  0.9825 1.0067 1200
## scale(dayyear)-pseudironidae               0.0367 0.4435 -0.8053  0.0282  0.9233 1.0045 1200
## scale(dayyear)-siphlonuridae               0.0341 0.4387 -0.8119  0.0203  0.9213 1.0020 1294
## scale(dayyear)-capniidae                   0.0440 0.4413 -0.8476  0.0490  0.9335 1.0022 1200
## scale(dayyear)-chloroperlidae             -0.3078 0.2210 -0.7341 -0.3149  0.1131 1.0011 1200
## scale(dayyear)-leuctridae                 -0.2411 0.1513 -0.5370 -0.2423  0.0524 1.0048 1012
## scale(dayyear)-nemouridae                 -0.8215 0.1863 -1.2043 -0.8107 -0.4872 0.9991 1200
## scale(dayyear)-peltoperlidae               0.0146 0.4226 -0.8292  0.0143  0.8263 1.0044 1200
## scale(dayyear)-perlidae                   -0.1291 0.1727 -0.4789 -0.1341  0.1915 1.0069 1200
## scale(dayyear)-perlodidae                 -1.1846 0.2726 -1.7471 -1.1712 -0.6809 1.0019 1200
## scale(dayyear)-pteronarcyidae              0.0501 0.4527 -0.8144  0.0373  0.9270 1.0048 1200
## scale(dayyear)-taeniopterygidae            0.0445 0.4493 -0.8697  0.0435  0.9719 1.0057 1200
## scale(dayyear)-brachycentridae             0.0303 0.4342 -0.8231  0.0377  0.8682 1.0088 1306
## scale(dayyear)-dipseuodopsidae             0.0372 0.4263 -0.8309  0.0280  0.8639 1.0052 1200
## scale(dayyear)-glossosomatidae            -0.1751 0.4264 -1.0007 -0.1629  0.6160 1.0102 1183
## scale(dayyear)-goeridae                    0.0395 0.4544 -0.8619  0.0224  0.9212 1.0086 1292
## scale(dayyear)-helicopsychidae             0.0421 0.4338 -0.8402  0.0453  0.8570 1.0004 1319
## scale(dayyear)-hydropsychidae              0.4611 0.1380  0.2039  0.4600  0.7477 1.0085 1560
## scale(dayyear)-hydroptilidae               0.1053 0.2141 -0.3163  0.0981  0.5156 1.0009 1200
## scale(dayyear)-lepidostomatidae           -0.3813 0.2222 -0.8409 -0.3724  0.0459 1.0134 1071
## scale(dayyear)-leptoceridae                0.0282 0.4362 -0.8375  0.0301  0.8929 1.0047 1399
## scale(dayyear)-limnephilidae               0.1171 0.1642 -0.1886  0.1156  0.4375 1.0226 1350
## scale(dayyear)-molannidae                  0.0216 0.3916 -0.7077  0.0236  0.7653 1.0017 1200
## scale(dayyear)-odontoceridae               0.1587 0.3948 -0.5830  0.1429  0.9929 1.0018 1093
## scale(dayyear)-philopotamidae              0.2924 0.1414  0.0039  0.2941  0.5570 1.0230 1062
## scale(dayyear)-phryganeidae                0.5464 0.3163 -0.0064  0.5315  1.1936 1.0041 1200
## scale(dayyear)-polycentropodidae           0.2357 0.1426 -0.0469  0.2387  0.5121 0.9989 1200
## scale(dayyear)-psychomiidae                0.0496 0.4368 -0.8491  0.0498  0.8901 0.9999  892
## scale(dayyear)-rhyacophilidae             -0.4950 0.2213 -0.9482 -0.4893 -0.0839 1.0030 1200
## scale(dayyear)-uenoidae                   -0.3711 0.1622 -0.6941 -0.3665 -0.0588 1.0054 1200

Joint species distribution models

phwhall_occobject_2<-phwhall_occobject

phwhall_occobject_2$y<-phwhall_occobject$y[(apply(phwhall_occobject$y, 1, mean, na.rm = TRUE) > 0),,]
dim(phwhall_occobject_2$y)


sppnames_2<-rownames(phwhall_occobject_2$y)

sort(apply(phwhall_occobject_2$y, 1, mean, na.rm = TRUE))

# louvain's cluster identified 3 clusters - one of (perhaps) more rocky stream communities, one with most fish that are indicators of # stream health, and another of more spring-associated communities. 

#Place a common species first. The first species has all of its factor loadings set to fixed values, and so it can have a large #influence on the resulting interpretation on the factor loadings and latent factors. We have also found that having a very rare #species first can result in very slow mixing and increased sensitivity to initial values of the latent factor loadings matrix.
#For the remaining q−1 factors, place species that you believe will show different occurrence patterns than the first species, and #the other species placed before it. Place these remaining q−1 species in order of decreasing differences from the initial factor.

#For example, if I had q=3, for the second species in the array, I would place a species that I a priori think is most different from #the first species. For the third species in the array, I would place a species that I think will show different occurrence patterns #than both the first and second species, but its patterns may not be as noticeably different compared to the first and second species.


# Reorder species. 
sp.ordered <- c("streambiotic_suff_twolined","rainbow_darter","odontoceridae",sppnames_2[!(sppnames_2 %in% c("streambiotic_suff_twolined","rainbow_darter","odontoceridae"))])

#
# Create new detection-nondetection data matrix in the new order
y.new <- phwhall_occobject_2$y[sp.ordered, , ]
# Create a new data array
phwhall.ordered <- phwhall_occobject_2
# Change the data to the new ordered data
phwhall.ordered$y <- y.new
str(phwhall.ordered)
# Number of species
N <- nrow(phwhall.ordered$y)
# Initiate all lambda initial values to 0. 
n.factors<-3
lambda.inits <- matrix(0, N, n.factors)
# Set diagonal elements to 1
diag(lambda.inits) <- 1
# Set lower triangular elements to random values from a standard normal distribution
lambda.inits[lower.tri(lambda.inits)] <- rnorm(sum(lower.tri(lambda.inits)))
# Check it out. Note this is also how spOccupancy specifies default
# initial values for lambda.
lambda.inits

inits <- list(alpha.comm = 0,
              beta.comm = 0,
              beta = 0,
              alpha = 0,
              tau.sq.beta = 1,
              tau.sq.alpha = 1,
              lambda = lambda.inits, 
              z = apply(phwhall.ordered$y, c(1, 2), max, na.rm = TRUE))
priors <- list(beta.comm.normal = list(mean = 0, var = 2.72),
               alpha.comm.normal = list(mean = 0, var = 2.72),
               tau.sq.beta.ig = list(a = 0.1, b = 0.1),
               tau.sq.alpha.ig = list(a = 0.1, b = 0.1))
n.samples <- 5000
n.burn <- 1000
n.thin <- 8
n.chains <- 3
phwhall_occobject_allsigcor.occ.formula <- ~scale(pool_depth_.cm.) + scale(per_sand) + scale(per_cobble) + scale(substrate_metric_total) +
  scale(pool_metric_total)
phwhall_occobject_dayyearseason.det.formula <- ~scale(seasons)+scale(dayyear)
out.lfMsPGOcc <- lfMsPGOcc(occ.formula = phwhall_occobject_allsigcor.occ.formula, det.formula = phwhall_occobject_dayyearseason.det.formula, 
                           data = phwhall.ordered, inits = inits, priors = priors, 
                           n.factors = n.factors, n.samples = n.samples, 
                           n.omp.threads = 1, verbose = TRUE, n.report = 1000, 
                           n.burn = n.burn, n.thin = n.thin, n.chains = n.chains)
summary(out.lfMsPGOcc)
plot(out.lfMsPGOcc$beta.comm.samples, density = FALSE)
summary(out.lfMsPGOcc$lambda.samples)

ppc.out <- ppcOcc(out.lfMsPGOcc, fit.stat = 'freeman-tukey', group = 1)

options(max.print=1000000)
sink("out_lambdas.txt")
print(summary(out.lfMsPGOcc$lambda.samples,quantiles=c(0.05,0.5,0.95)))
sink() 


write.csv(summary(out.lfMsPGOcc$lambda.samples),"out.csv")

now spatial model

# Pair-wise distance between all sites
dist.phwh <- dist(phwhall_occobject_2$coords)
# Exponential correlation model
cov.model <- "exponential"
# Specify all other initial values identical to lfMsPGOcc() from before
# Number of species
N <- nrow(phwhall_occobject_2$y)
# Initiate all lambda initial values to 0. 
lambda.inits <- matrix(0, N, n.factors)
# Set diagonal elements to 1
diag(lambda.inits) <- 1
# Set lower triangular elements to random values from a standard normal dist
lambda.inits[lower.tri(lambda.inits)] <- rnorm(sum(lower.tri(lambda.inits)))
# Check it out
lambda.inits

inits <- list(alpha.comm = 0,
              beta.comm = 0,
              beta = 0,
              alpha = 0,
              tau.sq.beta = 1,
              tau.sq.alpha = 1,
              lambda = lambda.inits, 
              phi = 3 / mean(dist.phwh),
              z = apply(phwhall.ordered$y, c(1, 2), max, na.rm = TRUE))
batch.length <- 25
n.batch <- 200
n.burn <- 3000
n.thin <- 2
n.chains <- 3
min.dist <- min(dist.phwh)
max.dist <- max(dist.phwh)
priors <- list(beta.comm.normal = list(mean = 0, var = 2.72),
               alpha.comm.normal = list(mean = 0, var = 2.72),
               tau.sq.beta.ig = list(a = 0.1, b = 0.1),
               tau.sq.alpha.ig = list(a = 0.1, b = 0.1), 
               phi.unif = list(3 / max.dist, 3 / min.dist))
tuning <- list(phi = 1)
n.omp.threads <- 1
verbose <- TRUE
n.report <- 50 # Report progress at every 50th batch.

out.sfMsPGOcc <- sfMsPGOcc(occ.formula = phwhall_occobject_allsigcor.occ.formula, det.formula = phwhall_occobject_dayyearseason.det.formula, 
                           data = phwhall.ordered, 
                           inits = inits, 
                           n.batch = n.batch, 
                           batch.length = batch.length, 
                           accept.rate = 0.43, 
                           priors = priors, 
                           n.factors = n.factors,
                           cov.model = cov.model, 
                           tuning = tuning, 
                           n.omp.threads = n.omp.threads, 
                           verbose = TRUE, 
                           NNGP = TRUE, 
                           n.neighbors = 5, 
                           n.report = n.report, 
                           n.burn = n.burn, 
                           n.thin = n.thin, 
                           n.chains = n.chains)
summary(out.sfMsPGOcc)
plot(out.sfMsPGOcc$beta.comm.samples, density = FALSE)
summary(out.sfMsPGOcc$lambda.samples)

ppc.out.sf <- ppcOcc(out.sfMsPGOcc, fit.stat = 'freeman-tukey', group = 1)
waicOcc(out.sfMsPGOcc)
waicOcc(out.lfMsPGOcc)


lambda.inits.1 <- matrix(0, N, 1)
# Set diagonal elements to 1
diag(lambda.inits.1) <- 1
# Set lower triangular elements to random values from a standard normal dist
lambda.inits.1[lower.tri(lambda.inits.1)] <- rnorm(sum(lower.tri(lambda.inits.1)))
# Check it out
lambda.inits.1
inits.1 <- list(alpha.comm = 0,
              beta.comm = 0,
              beta = 0,
              alpha = 0,
              tau.sq.beta = 1,
              tau.sq.alpha = 1,
              lambda = lambda.inits.1, 
              phi = 3 / mean(dist.phwh),
              z = apply(phwhall.ordered$y, c(1, 2), max, na.rm = TRUE))

out.sfMsPGOcc.fac1 <- sfMsPGOcc(occ.formula = phwhall_occobject_allsigcor.occ.formula, det.formula = phwhall_occobject_dayyearseason.det.formula, 
                           data = phwhall.ordered, 
                           inits = inits.1, 
                           n.batch = n.batch, 
                           batch.length = batch.length, 
                           accept.rate = 0.43, 
                           priors = priors, 
                           n.factors = 1,
                           cov.model = cov.model, 
                           tuning = tuning, 
                           n.omp.threads = n.omp.threads, 
                           verbose = TRUE, 
                           NNGP = TRUE, 
                           n.neighbors = 5, 
                           n.report = n.report, 
                           n.burn = n.burn, 
                           n.thin = n.thin, 
                           n.chains = n.chains)

summary(out.sfMsPGOcc.fac1$lambda.samples)

This revised model (seems) to point towards sow bugs as particularly differentiated from good stream salamander habitat. Let’s explore that further - using sow bugs as the second factor.

# Reorder species. 
sp.ordered.2 <- c("streambiotic_suff_twolined","sow_bugs",sppnames_2[!(sppnames_2 %in% c("streambiotic_suff_twolined","sow_bugs"))])

#
# Create new detection-nondetection data matrix in the new order
y.new.2 <- phwhall_occobject_2$y[sp.ordered.2, , ]
# Create a new data array
phwhall.ordered.2 <- phwhall_occobject_2
# Change the data to the new ordered data
phwhall.ordered.2$y <- y.new.2
str(phwhall.ordered.2)
# Number of species
N <- nrow(phwhall.ordered.2$y)
# Initiate all lambda initial values to 0. 
n.factors<-2
lambda.inits <- matrix(0, N, n.factors)
# Set diagonal elements to 1
diag(lambda.inits) <- 1
# Set lower triangular elements to random values from a standard normal distribution
lambda.inits[lower.tri(lambda.inits)] <- rnorm(sum(lower.tri(lambda.inits)))
# Check it out. Note this is also how spOccupancy specifies default
# initial values for lambda.
lambda.inits

n.samples <- 5000
n.burn <- 1000
n.thin <- 8
n.chains <- 3
phwhall_occobject_allsigcor.occ.formula <- ~scale(pool_depth_.cm.) + scale(per_sand) + scale(per_cobble) + scale(substrate_metric_total) +
  scale(pool_metric_total)
phwhall_occobject_dayyearseason.det.formula <- ~scale(seasons)+scale(dayyear)
inits.2 <- list(alpha.comm = 0,
              beta.comm = 0,
              beta = 0,
              alpha = 0,
              tau.sq.beta = 1,
              tau.sq.alpha = 1,
              lambda = lambda.inits, 
              phi = 3 / mean(dist.phwh),
              z = apply(phwhall.ordered.2$y, c(1, 2), max, na.rm = TRUE))

out.sfMsPGOcc.fac2 <- sfMsPGOcc(occ.formula = phwhall_occobject_allsigcor.occ.formula, det.formula = phwhall_occobject_dayyearseason.det.formula, 
                           data = phwhall.ordered.2, 
                           inits = inits.2, 
                           n.batch = n.batch, 
                           batch.length = batch.length, 
                           accept.rate = 0.43, 
                           priors = priors, 
                           n.factors = n.factors,
                           cov.model = cov.model, 
                           tuning = tuning, 
                           n.omp.threads = n.omp.threads, 
                           verbose = TRUE, 
                           NNGP = TRUE, 
                           n.neighbors = 5, 
                           n.report = n.report, 
                           n.burn = n.burn, 
                           n.thin = n.thin, 
                           n.chains = n.chains)

summary(out.sfMsPGOcc.fac2$lambda.samples)

waicOcc(out.sfMsPGOcc.fac1)

waicOcc(out.sfMsPGOcc.fac2)

Nope - q = 1 is still best.

out.sfMsPGOcc.fac1 should likely be the model to use for now.

reasonable fit for this model already! let’s try to predict out to all streams.

phwh_subset_2<-phwh_subset %>% dplyr::select(stream_name,date,latitude,longitude,pool_depth_.cm.,per_sand,per_cobble,substrate_metric_total,pool_metric_total) %>% distinct(stream_name, date, .keep_all = TRUE)
  
phwh_subset_3<-na.omit(phwh_subset_2)


pool_depth_.cm. = ((phwh_subset_3$pool_depth_.cm. - mean(phwhall.ordered$occ.covs[,16]))/sd(phwhall.ordered$occ.covs[,16]))
per_sand = ((phwh_subset_3$per_sand - mean(phwhall.ordered$occ.covs[,8]))/sd(phwhall.ordered$occ.covs[,8]))
per_cobble = ((phwh_subset_3$per_cobble - mean(phwhall.ordered$occ.covs[, 6])) / sd(phwhall.ordered$occ.covs[, 6]))
substrate_metric_total = ((phwh_subset_3$substrate_metric_total - mean(phwhall.ordered$occ.covs[, 1])) / sd(phwhall.ordered$occ.covs[, 1]))
pool_metric_total = ((as.numeric(phwh_subset_3$pool_metric_total) - mean(phwhall.ordered$occ.covs[, 15])) / sd(phwhall.ordered$occ.covs[, 15]))

predict_data<-data.frame(int = 1, pool_depth_.cm. = pool_depth_.cm., per_sand = per_sand, per_cobble = per_cobble, substrate_metric_total = substrate_metric_total, pool_metric_total = pool_metric_total)

coords<-as.matrix(phwh_subset_3[,c("longitude","latitude")])

fullphwhpred<-predict(out.sfMsPGOcc.fac1,as.matrix(predict_data),coords,type="occupancy")

str(fullphwhpred)
# Species richness samples
rich.pred <- apply(fullphwhpred$z.0.samples, c(1, 3), sum)
rich.real<-apply(na.omit(phwhall_occobject$y),c(2,3),function(x) sum(x,na.rm=T))
latersurveys<-rich.real[,3:8]
latersurveys[latersurveys==0]<-NA
rich.real[,3:8]<-latersurveys
plot.dat <- data.frame(stream_name=phwh_subset_3$stream_name,
                       date=phwh_subset_3$date,
                       x = phwh_subset_3$longitude, 
                       y = phwh_subset_3$latitude, 
                       rich.mean = apply(rich.pred, 2, mean), 
                       rich.sd = apply(rich.pred, 2, sd))

plot.dat.real <- data.frame(stream_name=colnames(seventhcheck_all_2),
                       x = phwhall_occobject$coords[,1], 
                       y = phwhall_occobject$coords[,2], 
                       rich.mean = apply(rich.real, 1, function(x) mean(x,na.rm=T)), 
                       rich.sd = apply(rich.real, 1, function(x) sd(x,na.rm=T)))
# Plot species richness across PHWH

RMSE <- function(observed, predicted) {
  sqrt(mean((predicted - observed)^2, na.rm=TRUE))
}
f1 <- function(x, test, train) {
  nmx <- x[1]
  idp <- x[2]
  if (nmx < 1) return(Inf)
  if (idp < .001) return(Inf)
  m <- gstat(formula=rich.mean~1, locations=train, nmax=nmx, set=list(idp=idp))
  p <- predict(m, newdata=test, debug.level=0)$var1.pred
  RMSE(test$rich.mean, p)
}

set.seed(12345)


respoly<-readOGR("G:/NaturalResources/Byer/DataAnalysis/bbs_cmp_analyses/bbsapp/CMPboundaries.shp")

respoly <- spTransform(respoly, CRS("+init=epsg:4326"))

plot.dat$date<-as.Date(plot.dat$date , format = "%Y/%m/%d")

plot.dat$year<-year(plot.dat$date)

sort(unique(plot.dat$year))

plot.dat_20032010<-plot.dat[plot.dat$year %in% c(2003,2004,2007,2008,20009,2010),]

plot.dat_20172022<-plot.dat[plot.dat$year %in% c(2017,2018,2019,2020,2021,2022),]
  
  dsp <- SpatialPoints(plot.dat_20172022[,3:4])
  dsp <- SpatialPointsDataFrame(dsp, plot.dat_20172022)
  crs(dsp)<-CRS("+init=epsg:4326")
  j <- sample(nrow(dsp), 0.2 * nrow(dsp))
  tst <- dsp[j,]
  trn <- dsp[-j,]
  opt <- optim(c(8, .5), f1, test=tst, train=trn)
  
  # define groups for mapping
  cuts <- c(14,21,28,35)
  # set up a palette of interpolated colors
  blues <- colorRampPalette(c('yellow', 'orange', 'blue', 'dark blue'))
  spplot(dsp, 'rich.mean', cuts=cuts, col.regions=blues(5), pch=20, cex=2)
  v <- voronoi(dsp)
  
  ch <- chull(plot.dat_20172022[,3:4])
  coords <- plot.dat_20172022[c(ch, ch[1]), 3:4]  # closed polygon
  
  plot(plot.dat_20172022[,3:4], pch=19)
  lines(coords, col="red")
  
 
  vca <- intersect(v, respoly)
  spplot(vca, 'rich.mean', col.regions=rev(get_col_regions()))
  r <- raster(respoly, res=0.0001)
  crs(r)<-CRS("+init=epsg:4326")
  crs(vca)<-CRS("+init=epsg:4326")
  vr <- rasterize(vca, r, 'rich.mean')
  crs(vr)<-CRS("+init=epsg:4326")
  plot(vr)
  points(dsp)
  
  writeRaster(vr,filename = paste0(getwd(),"richness_20172022.asc"),overwrite=TRUE)
  
  #actual richness
  
  dsp <- SpatialPoints(plot.dat.real[,2:3])
  dsp <- SpatialPointsDataFrame(dsp, plot.dat.real)
  crs(dsp)<-CRS("+init=epsg:3734")
  j <- sample(nrow(dsp), 0.2 * nrow(dsp))
  tst <- dsp[j,]
  trn <- dsp[-j,]
  opt <- optim(c(8, .5), f1, test=tst, train=trn)
 
  respoly.3734<-spTransform(respoly,CRS("+init=epsg:3734"))
  r <- raster(respoly.3734, res=300)
  
  fitmax <- gstat::gstat(formula = rich.mean ~ 1, data = dsp, nmax = opt$par[1], set = list(idp = opt$par[2]))
  maxint <- raster::interpolate(r, model=fitmax)
  crs(maxint)<-CRS("+init=epsg:3734")
  plot(maxint, col=rev(heat.colors(255)))
  r2 <- crop(maxint, extent(respoly.3734))
  r3 <- mask(r2, respoly.3734)
    plot(r3, col=rev(heat.colors(255)))

  
  writeRaster(r3,filename = paste0(getwd(),"richness_observed.asc"),overwrite=TRUE)

As a brief note - all of the above assumes closure (no immigration/emigration across surveys), which is likely violated. There are two suites of approaches that could be used at this juncture - Hmsc, assuming perfect detection, and Fidino et al. (2019)’s dcom. First, I will try just fitting the spatial factor occupancy model to 2008 data.

phwhall_occobject_2008_2<-phwhall_occobject_2008

phwhall_occobject_2008_2$y<-phwhall_occobject_2008$y[(apply(phwhall_occobject_2008$y, 1, mean, na.rm = TRUE) > 0),,]
dim(phwhall_occobject_2008_2$y)


sppnames_2008_2<-rownames(phwhall_occobject_2008_2$y)

sort(apply(phwhall_occobject_2008_2$y, 1, mean, na.rm = TRUE))

# louvain's cluster identified 3 clusters - one of (perhaps) more rocky stream communities, one with most fish that are indicators of # stream health, and another of more spring-associated communities. 

#Place a common species first. The first species has all of its factor loadings set to fixed values, and so it can have a large #influence on the resulting interpretation on the factor loadings and latent factors. We have also found that having a very rare #species first can result in very slow mixing and increased sensitivity to initial values of the latent factor loadings matrix.
#For the remaining q−1 factors, place species that you believe will show different occurrence patterns than the first species, and #the other species placed before it. Place these remaining q−1 species in order of decreasing differences from the initial factor.

#For example, if I had q=3, for the second species in the array, I would place a species that I a priori think is most different from #the first species. For the third species in the array, I would place a species that I think will show different occurrence patterns #than both the first and second species, but its patterns may not be as noticeably different compared to the first and second species.


# Reorder species. 
sp.2008.ordered <- c("midges","streambiotic_suff_mole","johnny_darter",sppnames_2008_2[!(sppnames_2008_2 %in% c("midges","streambiotic_suff_mole","johnny_darter"))])

# Create new detection-nondetection data matrix in the new order
y.2008.new <- phwhall_occobject_2008_2$y[sp.2008.ordered, , ]
# Create a new data array
phwhall.2008.ordered <- phwhall_occobject_2008_2
# Change the data to the new ordered data
phwhall.2008.ordered$y <- y.2008.new
str(phwhall.2008.ordered)

# Pair-wise distance between all sites
dist.phwh <- dist(phwhall.2008.ordered$coords)
# Exponential correlation model
cov.model <- "exponential"
# Specify all other initial values identical to lfMsPGOcc() from before
# Number of species
N <- nrow(phwhall.2008.ordered$y)
# Initiate all lambda initial values to 0. 
lambda.inits <- matrix(0, N, n.factors)
# Set diagonal elements to 1
diag(lambda.inits) <- 1
# Set lower triangular elements to random values from a standard normal dist
lambda.inits[lower.tri(lambda.inits)] <- rnorm(sum(lower.tri(lambda.inits)))
# Check it out
lambda.inits

inits <- list(alpha.comm = 0,
              beta.comm = 0,
              beta = 0,
              alpha = 0,
              tau.sq.beta = 1,
              tau.sq.alpha = 1,
              lambda = lambda.inits, 
              phi = 3 / mean(dist.phwh),
              z = apply(phwhall.2008.ordered$y, c(1, 2), max, na.rm = TRUE))
batch.length <- 50
n.batch <- 500
n.burn <- 5000
n.thin <- 2
n.chains <- 3
min.dist <- min(dist.phwh)
max.dist <- max(dist.phwh)
priors <- list(beta.comm.normal = list(mean = 0, var = 2.72),
               alpha.comm.normal = list(mean = 0, var = 2.72),
               tau.sq.beta.ig = list(a = 0.1, b = 0.1),
               tau.sq.alpha.ig = list(a = 0.1, b = 0.1), 
               phi.unif = list(3 / max.dist, 3 / min.dist))
tuning <- list(phi = 1)
n.omp.threads <- 1
verbose <- TRUE
n.report <- 50 # Report progress at every 50th batch.

phwhall_occobject_2008_allsigcor.occ.formula <- ~scale(substrate_metric_total) +
  scale(pool_metric_total)
phwhall_occobject_2008_dayyearseason.det.formula <- ~scale(dayyear)
out.sfMsPGOcc.2008 <- sfMsPGOcc(occ.formula = phwhall_occobject_2008_allsigcor.occ.formula, det.formula = phwhall_occobject_2008_dayyearseason.det.formula, 
                           data = phwhall.2008.ordered, 
                           inits = inits, 
                           n.batch = n.batch, 
                           batch.length = batch.length, 
                           accept.rate = 0.43, 
                           priors = priors, 
                           n.factors = n.factors,
                           cov.model = cov.model, 
                           tuning = tuning, 
                           n.omp.threads = n.omp.threads, 
                           verbose = TRUE, 
                           NNGP = TRUE, 
                           n.neighbors = 5, 
                           n.report = n.report, 
                           n.burn = n.burn, 
                           n.thin = n.thin, 
                           n.chains = n.chains)
summary(out.sfMsPGOcc.2008)
plot(out.sfMsPGOcc.2008$beta.comm.samples, density = FALSE)
summary(out.sfMsPGOcc.2008$lambda.samples)

ppc.out.2008 <- ppcOcc(out.sfMsPGOcc.2008, fit.stat = 'freeman-tukey', group = 1)
summary(ppc.out.2008)

improved detection model - for 2008 alone

phwhall_occobject_allsigcor.occ.formula <- ~scale(pool_depth_.cm.) + scale(per_sand) + scale(per_cobble) + scale(substrate_metric_total) +
  scale(pool_metric_total)
phwhall_occobject_dayyear.det.formula <- ~scale(dayyear)

# Number of species
N <- dim(phwhall.2008.ordered$y)[1]
# Distances between sites
dist.phwh <- dist(phwhall.2008.ordered$coords)
# Exponential covariance model
cov.model <- "exponential"
ms.inits <- list(alpha.comm = 0, 
                 beta.comm = 0, 
                 beta = 0, 
                 alpha = 0,
                 tau.sq.beta = 1, 
                 tau.sq.alpha = 1, 
                 z = apply(phwhall.2008.ordered$y, c(1, 2), max, na.rm = TRUE))
ms.priors <- list(beta.comm.normal = list(mean = 0, var = 2.72),
                  alpha.comm.normal = list(mean = 0, var = 2.72), 
                  tau.sq.beta.ig = list(a = 0.1, b = 0.1), 
                  tau.sq.alpha.ig = list(a = 0.1, b = 0.1))


out.alltax.allsigcor.impdet.ms.2008 <- msPGOcc(occ.formula = phwhall_occobject_allsigcor.occ.formula, 
                                    det.formula = phwhall_occobject_dayyear.det.formula, 
                                    data = phwhall.2008.ordered, 
                                    inits = ms.inits, 
                                    n.samples = 30000, 
                                    priors = ms.priors, 
                                    n.omp.threads = 4, 
                                    verbose = TRUE, 
                                    n.report = 10000, 
                                    n.burn = 5000,
                                    n.thin = 50, 
                                    n.chains = 3)
summary(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.2008, level = 'both')
ppc.alltax.allsigcor.impdet.ms.2008.out <- ppcOcc(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.2008, 'chi-squared', group = 1)
summary(ppc.alltax.allsigcor.impdet.ms.2008.out, level = 'both')

waicOcc(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.2008)

write_rds(out.alltax.allsigcor.impdet.ms,"alltaxmodel_phwh.rds")

occupancy model for 0710 alone

phwhall_occobject_0710_2<-phwhall_occobject_0710

phwhall_occobject_0710_2$y<-phwhall_occobject_0710$y[(apply(phwhall_occobject_0710$y, 1, mean, na.rm = TRUE) > 0),,]
dim(phwhall_occobject_0710_2$y)


sppnames_0710_2<-rownames(phwhall_occobject_0710_2$y)

sort(apply(phwhall_occobject_0710_2$y, 1, mean, na.rm = TRUE))

# louvain's cluster identified 3 clusters - one of (perhaps) more rocky stream communities, one with most fish that are indicators of # stream health, and another of more spring-associated communities. 

#Place a common species first. The first species has all of its factor loadings set to fixed values, and so it can have a large #influence on the resulting interpretation on the factor loadings and latent factors. We have also found that having a very rare #species first can result in very slow mixing and increased sensitivity to initial values of the latent factor loadings matrix.
#For the remaining q−1 factors, place species that you believe will show different occurrence patterns than the first species, and #the other species placed before it. Place these remaining q−1 species in order of decreasing differences from the initial factor.

#For example, if I had q=3, for the second species in the array, I would place a species that I a priori think is most different from #the first species. For the third species in the array, I would place a species that I think will show different occurrence patterns #than both the first and second species, but its patterns may not be as noticeably different compared to the first and second species.


# Reorder species. 
sp.0710.ordered <- c("midges","streambiotic_suff_mole","johnny_darter",sppnames_0710_2[!(sppnames_0710_2 %in% c("midges","streambiotic_suff_mole","johnny_darter"))])

# Create new detection-nondetection data matrix in the new order
y.0710.new <- phwhall_occobject_0710_2$y[sp.0710.ordered, , ]
# Create a new data array
phwhall.0710.ordered <- phwhall_occobject_0710_2
# Change the data to the new ordered data
phwhall.0710.ordered$y <- y.0710.new
str(phwhall.0710.ordered)

phwhall_occobject_allsigcor.occ.formula <- ~scale(pool_depth_.cm.) + scale(per_sand) + scale(per_cobble) + scale(substrate_metric_total) +
  scale(pool_metric_total)
phwhall_occobject_dayyear.det.formula <- ~scale(dayyear)

# Number of species
N <- dim(phwhall.0710.ordered$y)[1]
# Distances between sites
dist.phwh <- dist(phwhall.0710.ordered$coords)
# Exponential covariance model
cov.model <- "exponential"
ms.inits <- list(alpha.comm = 0, 
                 beta.comm = 0, 
                 beta = 0, 
                 alpha = 0,
                 tau.sq.beta = 1, 
                 tau.sq.alpha = 1, 
                 z = apply(phwhall.0710.ordered$y, c(1, 2), max, na.rm = TRUE))
ms.priors <- list(beta.comm.normal = list(mean = 0, var = 2.72),
                  alpha.comm.normal = list(mean = 0, var = 2.72), 
                  tau.sq.beta.ig = list(a = 0.1, b = 0.1), 
                  tau.sq.alpha.ig = list(a = 0.1, b = 0.1))


out.alltax.allsigcor.impdet.ms.0710 <- msPGOcc(occ.formula = phwhall_occobject_allsigcor.occ.formula, 
                                    det.formula = phwhall_occobject_dayyear.det.formula, 
                                    data = phwhall.0710.ordered, 
                                    inits = ms.inits, 
                                    n.samples = 30000, 
                                    priors = ms.priors, 
                                    n.omp.threads = 4, 
                                    verbose = TRUE, 
                                    n.report = 10000, 
                                    n.burn = 5000,
                                    n.thin = 50, 
                                    n.chains = 3)
summary(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.0710, level = 'both')
ppc.alltax.allsigcor.impdet.ms.0710.out <- ppcOcc(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.0710, 'chi-squared', group = 1)
summary(ppc.alltax.allsigcor.impdet.ms.0710.out, level = 'both')

waicOcc(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.0710)

write_rds(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.0710,"alltaxmodel_phwh_0710.rds")

prediction across census streams - taxa richness?

rich.pred<-apply(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.0710$z.samples, c(1,3), sum)


 plot.dat.rich <- data.frame(x = pcap_full_land$xcoord, 
                            y = pcap_full_land$ycoord, 
                            mean.rich = apply(rich.pred, 2, mean),
                            sd.rich = apply(rich.pred, 2, sd),
                            mean.rich.R = apply(rich.pred.R,2,mean),
                            sd.rich.R = apply(rich.pred.R,2,sd),
                            mean.rich.S = apply(rich.pred.S,2,mean),
                            sd.rich.S = apply(rich.pred.S,2,sd),
                            mean.rich.T = apply(rich.pred.T,2,mean),
                            sd.rich.T = apply(rich.pred.T,2,sd),
                            stringsAsFactors = FALSE)
 
 write.csv(plot.dat.rich,"plotdatarichness.csv")
  
  dsp <- SpatialPoints(plot.dat.rich[,1:2])
  dsp <- SpatialPointsDataFrame(dsp, plot.dat.rich)
  crs(dsp)<-"+proj=lcc +lat_0=39.6666666666667 +lon_0=-82.5 +lat_1=41.7 +lat_2=40.4333333333333 +x_0=600000 +y_0=0 +datum=NAD83 +units=us-ft +no_defs"
  j <- sample(nrow(dsp), 0.2 * nrow(dsp))
  tst <- dsp[j,]
  trn <- dsp[-j,]
RMSE <- function(observed, predicted) {
  sqrt(mean((predicted - observed)^2, na.rm=TRUE))
}
f1 <- function(x, test, train) {
  nmx <- x[1]
  idp <- x[2]
  if (nmx < 1) return(Inf)
  if (idp < .001) return(Inf)
  m <- gstat(formula=mean.rich.S~1, locations=train, nmax=nmx, set=list(idp=idp))
  p <- predict(m, newdata=test, debug.level=0)$var1.pred
  RMSE(test$mean.rich.S, p)
}
p <- data.frame(geom(dsp)[, c("x", "y")], as.data.frame(dsp))
r <- raster(respoly, res=100)
opt <- optim(c(8, 0.5), f1, test=tst, train=trn)
m <- gstat(formula=mean.rich.S~1, locations=~x+y, data=p, nmax=opt$par[1], set=list(idp=opt$par[2]))
idw <- interpolate(r, m, debug.level=0)


idw <- mask(idw, respoly)
plot(idw, 1)

occupancy predictions

respoly<-readOGR("G:/NaturalResources/Byer/DataAnalysis/bbs_cmp_analyses/bbsapp/CMPboundaries.shp")

RMSE <- function(observed, predicted) {
  sqrt(mean((predicted - observed)^2, na.rm=TRUE))
}
f1 <- function(x, test, train) {
  nmx <- x[1]
  idp <- x[2]
  if (nmx < 1) return(Inf)
  if (idp < .001) return(Inf)
  m <- gstat(formula=mean.psi~1, locations=train, nmax=nmx, set=list(idp=idp))
  p <- predict(m, newdata=test, debug.level=0)$var1.pred
  RMSE(test$mean.psi, p)
}

idwrasters_occupancy_census<-list()

sppnames<-rownames(phwhall.0710.ordered$y)
saveRDS(sppnames,"sppnames_census.RData")
for(i in 1:length(sppnames)){
  plot.dat.ms <- data.frame(x = phwhall.0710.ordered$coords[,1], 
                            y = phwhall.0710.ordered$coords[,2], 
                            mean.psi = apply(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.0710$psi.samples[,i,], 2, mean))
  
  dsp <- SpatialPoints(plot.dat.ms[,1:2])
  dsp <- SpatialPointsDataFrame(dsp, plot.dat.ms)
  crs(dsp)<-CRS("+init=epsg:3734")
  j <- sample(nrow(dsp), 0.2 * nrow(dsp))
  tst <- dsp[j,]
  trn <- dsp[-j,]
opt <- optim(c(8, .5), f1, test=tst, train=trn)
  # define groups for mapping
  cuts <- c(0,0.25,0.75,1.0)
  # set up a palette of interpolated colors
  blues <- colorRampPalette(c('yellow', 'orange', 'blue', 'dark blue'))
  spplot(dsp, 'mean.psi', cuts=cuts, col.regions=blues(5), pch=20, cex=2)
  v <- voronoi(dsp)
   
  ch <- chull(plot.dat.ms[,1:2])
  coords <- plot.dat.ms[c(ch, ch[1]), 1:2]  # closed polygon
  
  plot(plot.dat.ms[,1:2], pch=19)
  lines(coords, col="red")
  
  r <- raster(respoly, res=500)
  
  fitmax <- gstat::gstat(formula = mean.psi ~ 1, data = dsp, nmax = opt$par[1], set = list(idp = opt$par[2]))
  maxint <- raster::interpolate(r, model=fitmax)
  crs(maxint)<-"+proj=lcc +lat_0=39.6666666666667 +lon_0=-82.5 +lat_1=41.7 +lat_2=40.4333333333333 +x_0=600000 +y_0=0 +datum=NAD83 +units=us-ft +no_defs"
  plot(maxint, col=rev(heat.colors(255)))
  plot(vr, add=TRUE)
  r2 <- crop(maxint, extent(respoly))
  r3 <- mask(r2, respoly)
  plot(r3)
  idwrasters_occupancy_census[[i]]<-r3
  writeRaster(r3,filename = paste0("G:/NaturalResources/Byer/DataAnalysis/PHWH/rasterpredictions/02082023_predictions/census/",sppnames[i],"_census_meanpsi_02082023.asc"),overwrite=TRUE)
  
}

saveRDS(idwrasters_occupancy_census,"idwrasters_occupancy_census.rData")

options(max.print=1000000)
sink("out.alltax.allsigcor.impdet.ms.0710.txt")
print(summary(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.0710,level="species",quantiles=c(0.05,0.5,0.95)))
sink() 

occupancy model for 1316 alone

phwhall_occobject_1316_2<-phwhall_occobject_1316

phwhall_occobject_1316_2$y<-phwhall_occobject_1316$y[(apply(phwhall_occobject_1316$y, 1, mean, na.rm = TRUE) > 0),,]
dim(phwhall_occobject_1316_2$y)


sppnames_1316_2<-rownames(phwhall_occobject_1316_2$y)

sort(apply(phwhall_occobject_1316_2$y, 1, mean, na.rm = TRUE))

# louvain's cluster identified 3 clusters - one of (perhaps) more rocky stream communities, one with most fish that are indicators of # stream health, and another of more spring-associated communities. 

#Place a common species first. The first species has all of its factor loadings set to fixed values, and so it can have a large #influence on the resulting interpretation on the factor loadings and latent factors. We have also found that having a very rare #species first can result in very slow mixing and increased sensitivity to initial values of the latent factor loadings matrix.
#For the remaining q−1 factors, place species that you believe will show different occurrence patterns than the first species, and #the other species placed before it. Place these remaining q−1 species in order of decreasing differences from the initial factor.

#For example, if I had q=3, for the second species in the array, I would place a species that I a priori think is most different from #the first species. For the third species in the array, I would place a species that I think will show different occurrence patterns #than both the first and second species, but its patterns may not be as noticeably different compared to the first and second species.


# Reorder species. 
sp.1316.ordered <- c("other_flies","central_stoneroller_minnow","johnny_darter",sppnames_1316_2[!(sppnames_1316_2 %in% c("other_flies","central_stoneroller_minnow","johnny_darter"))])

# Create new detection-nondetection data matrix in the new order
y.1316.new <- phwhall_occobject_1316_2$y[sp.1316.ordered, , ]
# Create a new data array
phwhall.1316.ordered <- phwhall_occobject_1316_2
# Change the data to the new ordered data
phwhall.1316.ordered$y <- y.1316.new
str(phwhall.1316.ordered)

phwhall_occobject_allsigcor.occ.formula <- ~scale(pool_depth_.cm.) + scale(per_sand) + scale(per_cobble) + scale(substrate_metric_total) +
  scale(pool_metric_total)
phwhall_occobject_dayyear.det.formula <- ~scale(dayyear)

# Number of species
N <- dim(phwhall.1316.ordered$y)[1]
# Distances between sites
dist.phwh <- dist(phwhall.1316.ordered$coords)
# Exponential covariance model
cov.model <- "exponential"
ms.inits <- list(alpha.comm = 0, 
                 beta.comm = 0, 
                 beta = 0, 
                 alpha = 0,
                 tau.sq.beta = 1, 
                 tau.sq.alpha = 1, 
                 z = apply(phwhall.1316.ordered$y, c(1, 2), max, na.rm = TRUE))
ms.priors <- list(beta.comm.normal = list(mean = 0, var = 2.72),
                  alpha.comm.normal = list(mean = 0, var = 2.72), 
                  tau.sq.beta.ig = list(a = 0.1, b = 0.1), 
                  tau.sq.alpha.ig = list(a = 0.1, b = 0.1))


out.alltax.allsigcor.impdet.ms.1316 <- msPGOcc(occ.formula = phwhall_occobject_allsigcor.occ.formula, 
                                    det.formula = phwhall_occobject_dayyear.det.formula, 
                                    data = phwhall.1316.ordered, 
                                    inits = ms.inits, 
                                    n.samples = 30000, 
                                    priors = ms.priors, 
                                    n.omp.threads = 4, 
                                    verbose = TRUE, 
                                    n.report = 10000, 
                                    n.burn = 5000,
                                    n.thin = 50, 
                                    n.chains = 3)
summary(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.1316, level = 'both')
ppc.alltax.allsigcor.impdet.ms.1316.out <- ppcOcc(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.1316, 'chi-squared', group = 1)
summary(ppc.alltax.allsigcor.impdet.ms.1316.out, level = 'both')

waicOcc(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.1316)

write_rds(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.1316,"alltaxmodel_phwh_1316.rds")

occupancy predictions

respoly<-readOGR("G:/NaturalResources/Byer/DataAnalysis/bbs_cmp_analyses/bbsapp/CMPboundaries.shp")

RMSE <- function(observed, predicted) {
  sqrt(mean((predicted - observed)^2, na.rm=TRUE))
}
f1 <- function(x, test, train) {
  nmx <- x[1]
  idp <- x[2]
  if (nmx < 1) return(Inf)
  if (idp < .001) return(Inf)
  m <- gstat(formula=mean.psi~1, locations=train, nmax=nmx, set=list(idp=idp))
  p <- predict(m, newdata=test, debug.level=0)$var1.pred
  RMSE(test$mean.psi, p)
}

idwrasters_occupancy_first<-list()

sppnames<-rownames(phwhall.1316.ordered$y)
saveRDS(sppnames,"sppnames_first.RData")

for(i in 1:length(sppnames)){
  plot.dat.ms <- data.frame(x = phwhall.1316.ordered$coords[,1], 
                            y = phwhall.1316.ordered$coords[,2], 
                            mean.psi = apply(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.1316$psi.samples[,i,], 2, mean))
  
  dsp <- SpatialPoints(plot.dat.ms[,1:2])
  dsp <- SpatialPointsDataFrame(dsp, plot.dat.ms)
  crs(dsp)<-CRS("+init=epsg:3734")
  j <- sample(nrow(dsp), 0.2 * nrow(dsp))
  tst <- dsp[j,]
  trn <- dsp[-j,]
opt <- optim(c(8, .5), f1, test=tst, train=trn)
  # define groups for mapping
  cuts <- c(0,0.25,0.75,1.0)
  # set up a palette of interpolated colors
  blues <- colorRampPalette(c('yellow', 'orange', 'blue', 'dark blue'))
  spplot(dsp, 'mean.psi', cuts=cuts, col.regions=blues(5), pch=20, cex=2)
  v <- voronoi(dsp)
   
  ch <- chull(plot.dat.ms[,1:2])
  coords <- plot.dat.ms[c(ch, ch[1]), 1:2]  # closed polygon
  
  plot(plot.dat.ms[,1:2], pch=19)
  lines(coords, col="red")
  
  r <- raster(respoly, res=500)
  
  fitmax <- gstat::gstat(formula = mean.psi ~ 1, data = dsp, nmax = opt$par[1], set = list(idp = opt$par[2]))
  maxint <- raster::interpolate(r, model=fitmax)
  crs(maxint)<-"+proj=lcc +lat_0=39.6666666666667 +lon_0=-82.5 +lat_1=41.7 +lat_2=40.4333333333333 +x_0=600000 +y_0=0 +datum=NAD83 +units=us-ft +no_defs"
  plot(maxint, col=rev(heat.colors(255)))
  plot(vr, add=TRUE)
  r2 <- crop(maxint, extent(respoly))
  r3 <- mask(r2, respoly)
  plot(r3)
  idwrasters_occupancy_first[[i]]<-r3
  writeRaster(r3,filename = paste0("G:/NaturalResources/Byer/DataAnalysis/PHWH/rasterpredictions/02082023_predictions/first/",sppnames[i],"_first_meanpsi_02082023.asc"),overwrite=TRUE)
  
}

saveRDS(idwrasters_occupancy_first,"idwrasters_occupancy_first.RData")

options(max.print=1000000)
sink("out.alltax.allsigcor.impdet.ms.1316.txt")
print(summary(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.1316,level="species",quantiles=c(0.05,0.5,0.95)))
sink() 

occupancy model for 1821 alone

phwhall_occobject_1821_2<-phwhall_occobject_1821

phwhall_occobject_1821_2$y<-phwhall_occobject_1821$y[(apply(phwhall_occobject_1821$y, 1, mean, na.rm = TRUE) > 0),,]
dim(phwhall_occobject_1821_2$y)


sppnames_1821_2<-rownames(phwhall_occobject_1821_2$y)

sort(apply(phwhall_occobject_1821_2$y, 1, mean, na.rm = TRUE))

# louvain's cluster identified 3 clusters - one of (perhaps) more rocky stream communities, one with most fish that are indicators of # stream health, and another of more spring-associated communities. 

#Place a common species first. The first species has all of its factor loadings set to fixed values, and so it can have a large #influence on the resulting interpretation on the factor loadings and latent factors. We have also found that having a very rare #species first can result in very slow mixing and increased sensitivity to initial values of the latent factor loadings matrix.
#For the remaining q−1 factors, place species that you believe will show different occurrence patterns than the first species, and #the other species placed before it. Place these remaining q−1 species in order of decreasing differences from the initial factor.

#For example, if I had q=3, for the second species in the array, I would place a species that I a priori think is most different from #the first species. For the third species in the array, I would place a species that I think will show different occurrence patterns #than both the first and second species, but its patterns may not be as noticeably different compared to the first and second species.


# Reorder species. 
sp.1821.ordered <- c("midges","streambiotic_suff_mole",sppnames_1821_2[!(sppnames_1821_2 %in% c("midges","streambiotic_suff_mole"))])

# Create new detection-nondetection data matrix in the new order
y.1821.new <- phwhall_occobject_1821_2$y[sp.1821.ordered, , ]
# Create a new data array
phwhall.1821.ordered <- phwhall_occobject_1821_2
# Change the data to the new ordered data
phwhall.1821.ordered$y <- y.1821.new
str(phwhall.1821.ordered)

phwhall_occobject_allsigcor.occ.formula <- ~scale(pool_depth_.cm.) + scale(per_sand) + scale(per_cobble) + scale(substrate_metric_total) +
  scale(pool_metric_total)
phwhall_occobject_dayyear.det.formula <- ~scale(dayyear)

# Number of species
N <- dim(phwhall.1821.ordered$y)[1]
# Distances between sites
dist.phwh <- dist(phwhall.1821.ordered$coords)
# Exponential covariance model
cov.model <- "exponential"
ms.inits <- list(alpha.comm = 0, 
                 beta.comm = 0, 
                 beta = 0, 
                 alpha = 0,
                 tau.sq.beta = 1, 
                 tau.sq.alpha = 1, 
                 z = apply(phwhall.1821.ordered$y, c(1, 2), max, na.rm = TRUE))
ms.priors <- list(beta.comm.normal = list(mean = 0, var = 2.72),
                  alpha.comm.normal = list(mean = 0, var = 2.72), 
                  tau.sq.beta.ig = list(a = 0.1, b = 0.1), 
                  tau.sq.alpha.ig = list(a = 0.1, b = 0.1))


out.alltax.allsigcor.impdet.ms.1821 <- msPGOcc(occ.formula = phwhall_occobject_allsigcor.occ.formula, 
                                    det.formula = phwhall_occobject_dayyear.det.formula, 
                                    data = phwhall.1821.ordered, 
                                    inits = ms.inits, 
                                    n.samples = 30000, 
                                    priors = ms.priors, 
                                    n.omp.threads = 4, 
                                    verbose = TRUE, 
                                    n.report = 10000, 
                                    n.burn = 5000,
                                    n.thin = 50, 
                                    n.chains = 3)
summary(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.1821, level = 'both')
ppc.alltax.allsigcor.impdet.ms.1821.out <- ppcOcc(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.1821, 'chi-squared', group = 1)
summary(ppc.alltax.allsigcor.impdet.ms.1821.out, level = 'both')

waicOcc(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.1821)

write_rds(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.1821,"alltaxmodel_phwh_1821.rds")

occupancy predictions

respoly<-readOGR("G:/NaturalResources/Byer/DataAnalysis/bbs_cmp_analyses/bbsapp/CMPboundaries.shp")

RMSE <- function(observed, predicted) {
  sqrt(mean((predicted - observed)^2, na.rm=TRUE))
}
f1 <- function(x, test, train) {
  nmx <- x[1]
  idp <- x[2]
  if (nmx < 1) return(Inf)
  if (idp < .001) return(Inf)
  m <- gstat(formula=mean.psi~1, locations=train, nmax=nmx, set=list(idp=idp))
  p <- predict(m, newdata=test, debug.level=0)$var1.pred
  RMSE(test$mean.psi, p)
}

idwrasters_occupancy_second<-list()

sppnames<-rownames(phwhall.1821.ordered$y)
saveRDS(sppnames,"sppnames_second.RData")

for(i in 1:length(sppnames)){
  plot.dat.ms <- data.frame(x = phwhall.1821.ordered$coords[,1], 
                            y = phwhall.1821.ordered$coords[,2], 
                            mean.psi = apply(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.1821$psi.samples[,i,], 2, mean))
  
  dsp <- SpatialPoints(plot.dat.ms[,1:2])
  dsp <- SpatialPointsDataFrame(dsp, plot.dat.ms)
  crs(dsp)<-CRS("+init=epsg:3734")
  j <- sample(nrow(dsp), 0.2 * nrow(dsp))
  tst <- dsp[j,]
  trn <- dsp[-j,]
opt <- optim(c(8, .5), f1, test=tst, train=trn)
  # define groups for mapping
  cuts <- c(0,0.25,0.75,1.0)
  # set up a palette of interpolated colors
  blues <- colorRampPalette(c('yellow', 'orange', 'blue', 'dark blue'))
  spplot(dsp, 'mean.psi', cuts=cuts, col.regions=blues(5), pch=20, cex=2)
  v <- voronoi(dsp)
   
  ch <- chull(plot.dat.ms[,1:2])
  coords <- plot.dat.ms[c(ch, ch[1]), 1:2]  # closed polygon
  
  plot(plot.dat.ms[,1:2], pch=19)
  lines(coords, col="red")
  
  r <- raster(respoly, res=500)
  
  fitmax <- gstat::gstat(formula = mean.psi ~ 1, data = dsp, nmax = opt$par[1], set = list(idp = opt$par[2]))
  maxint <- raster::interpolate(r, model=fitmax)
  crs(maxint)<-"+proj=lcc +lat_0=39.6666666666667 +lon_0=-82.5 +lat_1=41.7 +lat_2=40.4333333333333 +x_0=600000 +y_0=0 +datum=NAD83 +units=us-ft +no_defs"
  plot(maxint, col=rev(heat.colors(255)))
  plot(vr, add=TRUE)
  r2 <- crop(maxint, extent(respoly))
  r3 <- mask(r2, respoly)
  plot(r3)
  idwrasters_occupancy_second[[i]]<-r3
  writeRaster(r3,filename = paste0("G:/NaturalResources/Byer/DataAnalysis/PHWH/rasterpredictions/02082023_predictions/second/",sppnames[i],"_second_meanpsi_02082023.asc"),overwrite=TRUE)
  
}

saveRDS(idwrasters_occupancy_second,"idwrasters_occupancy_second.RData")

options(max.print=1000000)
sink("out.alltax.allsigcor.impdet.ms.1821.txt")
print(summary(out.alltax.allsigcor.impdet.ms.1821,level="species",quantiles=c(0.05,0.5,0.95)))
sink()